故事以日本1011年平安時代(相當於中國唐朝)与現代日本的平成時代爲背景,講述日本東部霞靈山上的神明神宮雅晓將一女嬰救起并帶在身邊撫養,為其取名神月姬(“姬”在日本意為公主)。後來因神宮愛上了這個人類的女子,天帝將神月姬的靈魂收取,並將神宮封印了一千年!解除封印的神宮在平成時代(現代日本)找到了神月姬的真身,但是她還是個六歲小孩子,而且不存在任何關於神月姬的記憶。。。原來神月姬的百位荒魂被天帝流放,爲了讓神月姬甦醒,神宮唯有日夜守護在名為绮月靜的女孩身邊,與她的家人,朋友,衕學生活在一起,發生了許多讓人難忘又感動的故事!一直默默等待著百位荒魂的收集,等待神月姬的歸來。。。。