后金天命十一年（1626）8月21日，努尔哈赤毒疽发作而死，皇太极继承汗位。
据朝鲜史籍《鲁庵文集》记载，老汗王（努尔哈赤）临死时曾表示过：“‘皇太极能成吾志’。终无所命而死。”因而皇太极得汗位，是符合努尔哈赤临终之命的。
但是，关于皇太极是如何继位的问题，却有许多不同的争论，因为当时皇太极在诸贝勒中无论是年龄、功绩、外援势力上都没有明显优势，他能不通过政变而顺利登基继承大统，一直是清代的不解之谜。（图 皇太极）
长期以来，一些明清史专家认为，皇太极汗位是从其幼弟多尔衮手中篡夺来的。
清人蒋良骐的《东华录》顺治八年(1651)二月己亥诏内记载，多尔衮声称“太宗文皇帝（皇太极)之位原系夺立”，暗示皇太极篡夺汗位。据说，努尔哈赤生前已立多尔衮为嗣子，而皇太极用阴谋狡诈的手段从其幼弟手中夺取了汗位，为去除篡位障碍，还逼迫多尔衮生母大妃阿巴亥殉葬。
这种说法受到一些人的怀疑，认为大妃殉葬确实出自努尔哈赤的本意。因为努尔哈赤痛恨多尔衮的生母不忠，所以去世前特命她殉死。当时多尔衮才15岁，既无功业，也无威望，因此不可能立多尔衮为嗣。皇太极即位后，对多尔衮“特加爱重”，大力培养提拔，多尔衮对皇太极的恩育万分感念，尽心尽力辅佐皇太极，勋劳卓著，成为皇太极最得力的助手。总之，皇太极与多尔衮兄弟感情较好，无法想象皇太极对多尔衮干下篡位、杀母的勾当。
也有研究者认为，皇太极的汗位是通过激烈争斗、力克竞争对手而得到的。
努尔哈赤死后，皇太极与诸贝勒争夺汗位的斗争白热化，最后皇太极击败对手自立为汗。其间，皇太极与大贝勒代善的争斗尤为激烈。代善有勋绩，有声望，也有势力，长期以来一直是汗位的有力竞争者。皇太极则抓住一切机会打击代善，如利用代善与大妃阿巴亥的暖昧关系，推波助澜，借助舆论，促使努尔哈赤罢黜大妃，代善威望也遭受损害。努尔哈赤死后，又逼大妃死殉，削弱代善的势力，最后压服代善，夺取汗位。
还有学者认为，皇太极汗位并非夺立，而是由诸贝勒推举产生。
太祖努尔哈赤生前未立嗣子，为汗者须请贝勒推举产生。努尔哈赤有16个儿子，当时位列四大贝勒的，就是大贝勒代善，二贝勒阿敏，三贝勒莽古尔泰和四贝勒皇太极，争夺大位最有希望的就这4个人。
大贝勒代善年纪长，军功多，为人厚道。但是，代善前妻的儿子硕迁跟后妻关系不好，代善就要杀了他这个儿子。努尔哈赤反复地凋查发现是那个后妻挑拨离间，很不高兴。代善为了讨好父亲，就把后妻杀了。努尔哈赤认为这种行为不可以做国君。
二贝勒阿敏是努尔哈赤的侄子，舒尔哈齐的儿子。舒尔哈齐有了问题，努尔哈赤把他关起来，后来忧愤而死，这个事情和阿敏也有关系。但努尔哈赤没有处理阿敏，不过他也没有资格来争夺大位了。
三贝勒莽古尔泰的母亲犯了罪，莽古尔泰亲手把她杀了，同样失去了做国君的可能。这样四个大的贝勒就剩下皇太极了。
皇太极下面还有弟弟多尔衮和多铎。当时多尔衮15岁，多铎13岁。女真有幼子继承的这种传统，不过皇太极和其他几个贝勒商量了之后，就趁着努尔哈赤刚死的时候，说先父有遗言，要大妃殉葬。因此多尔衮和多铎失去母亲的支持，也不可能同皇太极争夺大位。在这种情况下，努尔哈赤死去当天，代善长子劝代善说：“四贝勒（皇太极）才德冠世，深契先帝圣心，众皆悦服，当速继大位。”代善表示同意。次日，在诸贝勒大臣聚于朝时，代善提议举皇太极为汗，诸贝勒“皆喜曰善。议遂定，乃合词请上即位”。
这样一场刀光剑影、不择手段的权力争斗，被代之以和平友好的互相谦让的程序顺理成章地完成了。这与贯穿清朝——特别是其前期血腥的最高权力之争，形成强烈反差，另一方面也说明了皇太极的足智多谋。综上各方面的分析，皇太极继位的各种说法各有驳立，难以确认历史真相。
太后下嫁是真是假
纵观清朝300年，尤以清初最为混乱，疑案层出不穷，其中最为著名的要数清宫三大案了，它们分别是太后下嫁、顺治出家和雍正即位。而在这三大案中，又以太后下嫁争议最多。
一种说法称，清太宗皇太极晏驾后，谁来继承王位成为了当时最为敏感的问题。其中以努尔哈赤十四子多尔衮和以皇太极长子豪格为首的两大政治集团互不相让。就在这时，当时还是妃子的孝庄文皇后找到了多尔衮，提出让多尔衮拥戴福临即位，作为条件之一就是多尔衮担任摄政王。多尔衮权衡利弊后，同意了孝庄文皇后的意见。
但也有人认为，这其中还有一个不可告人的秘密，就是多尔衮与孝庄文皇后进行了一次权色交易。多尔衮少年得志，意气风发，但就是由一个弱点——好色，而且对她的嫂子孝庄文皇后尤其注意，甚至到了痴迷的程度。孝庄早就意识到了这一点，因此在皇位继承的关键时刻使出杀手锏，一举成功，使自己的儿子福临成功继承了皇位。
但也有野史称，是前明降臣钱谦益向多尔衮提出此意的。多尔衮与顺治帝一直关系不好，这对摄政王多尔衮来说一直骨鲠在喉。而此时多尔衮元妃去世，多尔衮郁郁寡欢。钱谦益就此向多尔衮说，“无非再娶，以慰悼亡”。就此即请皇太后下嫁多尔衮，使传言变现实，实至名归，另外这样也正好控制顺治。这一提议很快就得到了多数大臣的支持，而福临也碍于多尔衮的权势勉强同意。就这样，太后正式下嫁多尔衮为妻。因此在孝庄太后死后，康熙等后代子孙因其丢了爱新觉罗家的脸面，将她葬在了清东陵陵区外。
其实，“太后下嫁”之说，首先起因于顺治五年（1648年），多尔衮被封为“皇父摄政王”。这个怪异的称呼引起了人们的猜测。大家认为，皇帝之母降贵屈尊下嫁，才使多尔衮有了这种尊称；也有人认识当时顺治是为了孝顺，考虑到母亲的孤苦及与多尔衮多年的情谊，和多尔衮对自己拥立帝位的恩情，在大臣的提议下议请多尔衮与母亲结合的。但不管怎样，“太后下嫁”的故事，也折射出了顺治帝和孝庄皇后这对孤儿寡母当时尴尬险恶的政治处境。
对“太后下嫁”的故事，虽然野史中记载很多，但清史稿中并没有提到。从事实来看，孝庄皇后死后，清王朝又延续了200多年。这期间，大清诸朝对她尊崇备至，极尽歌功颂德之事，在陵寝祭祀方面也把其放在首位。如果真有太后下嫁之事，清皇朝为何能自取其辱呢？当然也有一说：据说到了乾隆时期，纪晓岚在整理清宫档案时，觉得这一事件有辱皇家尊严，因此奏请皇帝批准，从档案中删去这一部分内容，从此再没有人提起这件事。不过，皇后下嫁的故事却广为流传。
