经过冯翔对叶三好言相劝，叶三勉强同意了廖正军带领士兵去旅顺武库接受装备，换下那些粗糙的长矛。换来的长枪虽然比不上西大营的武器精良，也总比枣木长矛好吧。叶三心中暗笑，他的第一个目的达到了，给孤岛新兵换上些趁手的家伙，是他来旅顺的第一个目的。
旅顺堡一面临海，造船厂的港口就在临海的一面，相对比较安全，现在造船厂自从李云亮把船厂里的技工和设备运走以后，基本上算是停工状态。冯翔在旅顺苦心经营了两年，他在三面陆地上的堡墙外修起了两道木墙，最外面还栽上好多木桩，用来阻挡女真骑兵和战车。面北的一面还修起了一座高高的塔楼，这是旅顺堡的制高点，也是全军的指挥中心，从这里可以俯视全堡的墙和门。高高的塔楼上升起了指挥旗帜，周围还有几面不同颜色的旗帜和营旗。
叶三和冯翔上了塔楼，命令旗帜官开始测试旗帜的指挥系统。指挥旗帜指向某个堡门时，堡门楼上的守军旗帜也要挥舞一下，叶三知道这被称为应旗，表示收到了上峰的命令。叶三的目光跟随着指挥旗帜的方向，堡门楼上的旗帜随即连续挥舞抖动了几次，每次都把命令传递到了最低单位的把总旗。楼下的把总控制着部队，那里的千总在应旗以后纷纷敲响梆子和战鼓，根据塔楼上旗帜传递的命令上城支援或在内部组成战阵。
各堡门的城楼上还有黑色和黄色的旗帜，它们分别是向塔楼报告战况的警戒旗帜和任务执行状况的汇报旗帜。塔楼和旗帜下都有传令兵，这些传令兵是用来满足复杂的战术沟通而准备的。
旗帜是大明朝军队最重要的指挥手段，一旦失去了旗帜就意味着失去指挥，那么这支部队人数再多，武器装备再精良充足，都会立刻从军队建制上脱离，也就等于没了这支部队。每次塔楼上的指挥旗帜点旗时，被指挥的部队都要迅速的应旗并把命令下传。这是叶三来旅顺的第二个目的，他要实地看看冯翔的军队战力如何。
叶三斜眼瞟了一下身边的冯翔，见冯翔面带微笑，想来指挥旗帜的命令畅通无阻而且准确无误了。每支被指挥旗帜指挥到的军官，也都在传递旗语时，带领着部下向叶三致敬，这更让冯翔脸上有光。这额外的动作在军队中如波澜一般传递，将士们在督司、守备、千总、把总的带领下，纷纷趁机在本部旗帜摇摆时，把武器高高举过头顶，拼命向叶三表示效忠。旗帜所到之处，每个士兵都发了疯一般向着叶三高喊。欢呼声也像旗帜一样在军队中传递，嘶声高喊的声音和将士们雀跃的身影连绵不绝。最后一面旗帜完成应旗后，已经被点过名的部队也耐不住寂寞，全体将士不管在什么角落，都发出最大的声音向塔楼上的叶三展示他们过人的勇气和无比的斗志。
等到铺天盖地的呼喊声结束了很久，叶三才透出一口大气：“军心如此，何愁不破女真。”
“正如叶阁老所言，末将定当痛饮蛮夷之血。”冯翔说完，突然仰天大笑，笑声中还夹杂着悲声，悲声中充满了从容和自信，还透着坚毅的叹息，既像是对辽东战死的死难者许下保证，也像是对凶残的敌人做出必灭此獠的预言。
接下来叶三和冯翔商量指挥的问题，冯翔不可能指挥叶三的军队，因为叶三知道，大明军队是根据明军的军典来制定旗帜旗语的，但是每个部队的将领之间都不太一样，加上一些个人喜好，那指挥旗帜的旗语就似是而非了。
这次叶三来旅顺只带来了马文升、廖正军和伊恩，所带部下都在塔楼下当做预备队，马文升和廖正军下去领军，而伊恩则陪着叶三留在了塔楼上。
没过几天，女真主力从北山后拖来赶造出的大批攻城器械，旅顺堡防御战就此拉开序幕。叶三很识趣地站在塔楼边，这个紧张的时刻，叶三不可能去打扰冯翔的指挥，站在塔楼边上的位置，可以很清楚地看到城下两军的作战。
女真骑兵首先尝试着拆除挡在冲锋线上的木桩，立刻就遭到了堡墙上哨塔的猛烈阻击。当然拆除木桩的女真骑兵也不是要做明军的活靶子，他们身上都鼓鼓囊囊地套着三四层皮甲，五十米外射下的箭雨并没有给他们造成多大的伤害，除了几个骑兵被伤到手臂外，身上插着几只箭根本影响不了他们的行动。明军射了两轮箭就停止了，开始换上强弓弩机。弩机要装填，速度比较慢，和打火铳没啥两样，明军士兵一般不喜欢用在野战上，但是用来防守却很给力，冯翔的守备军竟然有几十张这样的强弓弩机。
按照大明朝记功的方法，砍敌一刀算重伤一敌，而射中三箭才算一次重伤。这个叶三也心知肚明，上阵的士兵都身披铠甲，中了箭也是皮肉伤，短时间内根本不影响战力。射中三箭的效果确实和砍中一刀差不多，而一旦被长矛扎中，不要说是人，就是一匹马也是废定了，所以叶三给新军只配备了长矛，被长矛刺入胸腹，就可以直接伤害到内脏，准死无疑。
强弓弩机的威力还比不上长矛，但是伤敌的效果已经接近刀砍，虽然还射不穿女真人的盾牌，可是射出时的速度很快，女真骑兵很难用盾牌格挡。居高临下的旅顺明军成排成排发射弩箭，每次都有十几个女真骑兵大声惨叫倒下，丢下盾牌在地上滚翻。活着的骑兵尽力举着盾牌，护住自己的头胸要害，拼命扒开木桩下的泥土，然后合力把木桩推倒。
堡墙上的射手为了节省体力，每个弩机旁都设有辅兵。这些人在装填张开弩机的时候，射手都在冷静地看着城下，再寻找目标。辅兵在弩机上装好铁箭后，射手就闭上左眼仔细瞄准后击发弩机。击发完，有的兴奋地大叫一声，那是射中了。有的低头叹息一声，那是没射中，白耽误功夫了，然后都会让到一边，让辅兵重新装填。前十轮射完以后，辅兵装填的速度开始慢下来，这一队的把总就会立刻示意后排的替补辅兵交换位置。
女真骑兵付出上百人的伤亡后，终于在木桩阵中清除出一条通道。后面蒙着牛皮的战车被推了上来，撑开的牛皮车顶掩护攻城部队继续破坏木墙。堡墙上的明军纷纷点燃火堆，把已经准备好的，绑着油脂的大箭，等射手示意瞄准完毕，辅兵就上前点燃大箭，让弩机把大箭钉在战车上，引燃战车。最后一道木墙距离堡墙只有三十多米，女真骑兵的战车就是被引燃也不肯出来送死，还是躲在战车下继续毁墙，直到战车被火焰吞没才一起逃到另一辆战车下。堡墙上等待多时的明军射手都会同时击发机扣，把一部分女真骑兵钉死在地上。
前面的战车不停地被引燃，女真后续部队也不停地推上新的战车。叶三看到后来的女真骑兵有了躲避弩机的经验，在燃烧的战车下，先跑出一部分，后面的骑兵瞧准时机，等到明军射手攒射后立刻快速疾奔，向其他战车下逃去。但总还是有倒霉蛋，被后发的射手射中大腿，惨叫着向战车爬去，但立马就有弩箭飞去，在那倒霉蛋的后背开了大洞，趴在地上的尸体抽搐了半天后，燃烧起来。
