库布里克拒绝给他看任何拍好的镜头，“只要演你自己就好了，”他说。皮克肯斯被介绍给他的机组成员，包括黑人演员詹姆斯·厄尔·琼斯和加拿大人肖恩·里默。为了找到话题，琼斯问起他在《独眼龙杰克》中与白兰度合作的感受。
“我操，”皮克肯斯说，“你知道我们跟白兰度这小子干了将近整一年，他妈的从没见过他做过一件正事，天天吵吵着屁眼阴户什么的。”
琼斯与绍森交换了一个眼色，他们知道这一回库布里克算是找对了人。
《奇爱博士》拍的最后一场戏就是作战指挥室里的扔蛋糕大战。起初库布里克和绍森并不想让这场闹剧上升到国际层面，而只是发生在美军内部两股不同势力之间。但是，一旦进入实拍，库布里克忍不住想要看到一场苏美竞赛。
交战的第一个镜头开始于苏联大使德萨德斯基为了抗拒搜身看是否带有录音设备，而将一块蛋糕掷向图吉德森，结果失手将美国总统砸昏了过去。图吉德森大声高呼，“先生们，总统遇到了袭击，以他的生命和总统权利的名义，我宣布——以牙还牙！”
一声令下，有30多名军官投入了战斗。“一周之内，我们共计扔出去1000块蛋糕，”乔治·斯科特回忆说，“走廊上、洗手间和化妆间里也到处是奶油，每场戏下来我们个个都成了从太空来的外星人。”
然而，在《奇爱博士》上映前两周，包括乔治·斯科特在内的大多数人都劝说库布里克剪掉这场蛋糕大战的戏，因为在11月22日，他们听说了肯尼迪总统遇刺的噩耗。事实上，这部电影在事发时早已完成拍摄，而这场戏也从未出现在最后剪完的那一版里，库布里克放弃这场戏的理由竟然是“我觉得看人们寻开心不是一件开心的事情”。
在未召回其他演员的情况下，库布里克下令将作战指挥室打扫干净，开始拍摄一个主要由斯科特、塞勒斯和彼得·布尔演出的新的结尾。在这个结尾中，奇爱博士描述军队和政坛的精英们如何能藏在矿井里，等待几百年后世界恢复太平。随着金刚带领的部队炸毁了苏联的核武器，一个自动控制的核报复系统将把地球变成无人区，只有在地下才能找到藏身之所。奇爱博士准备带领幸存的美国军队和政府官员潜入地下，而只有图吉德森一人反对他的演说。
为了重拍结尾，所有沾满蛋糕和奶油的服装都要拿去清洗和熨平。服装部门无法胜任如此巨大的工作量，只能将它们送往附近一家最大的干洗店。面对堆积如山的军装，干洗店老板仔细打量了一番那上面可疑的白色黏状物，十分神秘地问：“这些是拍色情片用的，对吗？”
经过15个星期的拍摄，《奇爱博士》于1963年4月23日关机。这时，距离影片的最终完成才走了不到1，3的路，剪辑师安东尼·哈维说，“刚刚接手剪辑工作时，我发现这些拍摄的胶片既不连贯，也缺少明显的主题，每个人都可以往不同的方向去剪，每场戏之间几乎找不到连接点。”实际上，这部影片总计花费了200万美元，大部分的钱都花在了长达8个月的后期剪辑上。
然而，这部电影里许多最难忘的段落都是在后期剪辑时浮出水面的，包括片头字幕部分，衬底是一架B52轰炸机在空中加油。设计师帕布洛·费罗用白色粉笔写出了又大又细的演职人员名单，使影片从一开始就有一种嬉闹的效果。库布里克也没浪费掉摄影师吉尔·泰勒冒着严寒在北极圈上空拍摄的万里冰封的画面。劳瑞·约翰逊为片头部分配上了杰拉德·弗里德改编的《马赛曲》，《光荣之路》的开场同样也是用的这段音乐。
哥伦比亚公司决定不为《奇爱博士》安排试映。为了角逐奥斯卡提名，该片只是于1963年12月在纽约作了小范围的放映，后因肯尼迪总统遇刺事件II缶时撤下。直到1964年1月30日，它才在全美公映。“一部真正的讽刺作品，”《星期六评论》杂志如是说，“以全人类作为终极目标。我不得不说，这位名叫库布里克的年轻导演将美国喜剧片带入了一个全新的领域。”博斯利·克罗瑟在《纽约时报》上写道：“这部电影从头至尾令我有一种惶恐不安的感受，它在挑战我对我们国家整个军队建设的信任感。”《华盛顿邮报》干脆说：“没有哪个共产主义国家能够拍出比该片更有效、传播更广的反美电影。”
1964年9月，《保险失灵》上映了，事实再次证明库布里克选择彼得·乔治的小说是明智之举。电视出身的西德尼·卢梅特赋予了这部电影早期电视剧的特点——画面黑白对比鲜明，靠解说提供大量的背景资料。沃尔特·马修扮演政府发言人，滔滔不绝地大谈恐怖制衡。丹·奥赫利饰演的将军为报复莫斯科被夷为平地而要向纽约扔炸弹。与《在海滩上》的情形一样，阴郁的主题像是课堂里的讲座或教堂里的布道，令听众昏昏欲睡，找不到感觉。
该片构不成对《奇爱博士》的任何威胁，后者先是被美国编剧协会授予最佳剧本奖，纽约影评家协会继而又评选库布里克为本年度最佳导演，被库布里克击败的包括乔治·顾柯。不过，后者执导的《窈窕淑女》则包揽了当年的绝大多数奖项，包括包括最佳影片、最佳导演、最佳男主角、最佳彩色摄影、最佳彩色美工、最佳音响、最佳音乐和最佳彩色服装设计等8项奥斯卡奖，其他奖项则被《玛丽·波平斯》和《希腊大亨》瓜分。《奇爱博士》获得最佳影片、最佳导演、最佳男主角（彼得·塞勒斯）和最佳改编剧本的奥斯卡提名，但却一项未得。令库布里克感到欣慰的是，《奇爱博士》仅凭录像带出租一项便收进500万美元，成为哥伦比亚公司当年最卖座的电影。
在《奇爱博士》的片头字幕上，编剧一直署的是库布里克、绍森和乔治，谁也没有想到会出问题。1964年8月9日，制片人马丁·朗索霍夫在《纽约时报》上登了整版广告，宣布《奇爱博士》的编剧特里·绍森将与《汤姆·琼斯》的导演托尼·理查森合作改编埃弗林·沃的小说《亲爱的》。库布里克看到后给这家报纸写信，一口咬定绍森是在《奇爱博士》的剧本已经完工的情况下加入进来的，所以他并非该片真正意义上的编剧。后来他又对黛安·约翰逊说，绍森对于《奇爱博士》的贡献只是“坐在车上，草草看了几页剧本”。约翰逊好奇地问他为什么同意在编剧一栏署上绍森的名字，他回答说：“我想这是我的慷慨之处，这么做能帮助他找到更多的工作。”
话传到绍森的耳朵里，他没有生气，也未作申辩，因为他有求于库布里克，此刻他正在酝酿他职业生涯中最具野心的作品——《蓝色电影》。
60年代，色情正在以种种伪装进入美国主流电影，好莱坞电影人纷纷打起成人电影的主意，千方百计说服大公司鼓起勇气让它们从地下走到地上。《奇爱博士》拍摄期间，绍森在库布里克的家里安排了一次色情电影放映。库布里克只看了一部分，但他后来悄没声儿地对绍森说，“如果有人能在大公司的环境下拍这样一部电影就太棒了。”
1963年中，当绍森回到美国时，他开始了《蓝色电影》的创作，这部小说描写的是艺术导演鲍里斯·阿德里安尝试拍摄好莱坞第一部大制作的色情片《爱的面孑L》，大明星们不用替身亲自出演硬桥硬马的做爱场面。
阿德里安显而易见是库布里克的化身。“他的作品才华横溢，尽管他不买好莱坞的帐，但人人都对他趋之如鹜，”绍森在小说里写道，“然而现在他已经厌倦了这一切。虽然只有34岁，但他见过了太多东西，却还没有发现他正在寻找的事物。他已经拍过20部电影，所有这些电影都针对3个没有人能真正理解的主题——死亡、永恒和时间的原点。”
绍森说，“我认为库布里克是执导这部电影最理想的人选。我不断地将小说的一些章节寄给他。我还收到过他的一份电报，对于书中以让娜·莫罗为原型塑造的阿拉贝拉这个角色，他的评语是，‘你写出了一个绝对称得上高手的口交者！’”
放弃《蓝色电影》是库布里克走出的正确的一步。不管他选择什么作为自己的下一部电影，它都必须是气势宏大、深人人心的。色情的制造商和色情的消费者只是在一个封闭的系统内部从事买卖，就像是做爱一样。这里面没有他的位置。
一旦决定落户英国，库布里克买下了阿博兹米德，这是伦敦以北14英里处的一座大宅，紧邻波尔哈姆伍德制片厂。这座乔治亚时期证券经纪人遗留下的房产有着超大的庭院和厚重的铁门，四周高墙耸立。它不像是一个决定寻找新生活的人应该选择的住所，更像是一处避风港或远离尘嚣的孤岛。1964年，克里斯蒂安带着女儿们住了进来，她也决定在这里将绘画作为她的第二职业。
事实证明，库布里克作出了一个明智之举。这一时期，英国电影业开始蓬勃复苏，政府的支持、廉价的片厂和设备以及当地拥有的训练有素却身价低廉的演职人员也吸引了好莱坞将其大部分电影的拍摄移师到这里。不过，历史上美国电影人涌入欧洲的现象并不多见。从雷克斯·英格拉姆开始，欧洲成为了美国导演退休后来此安度晚年的落脚点。最近的一次出现在50年代，一些被列入左翼黑名单的好莱坞导演被迫移居到巴黎和伦敦，其中包括朱尔斯·达辛、西·恩德费尔德和约瑟夫·洛塞。他们是为数不多的能继续从事电影事业的幸运儿，不过仍需依赖美国公司接受并发行他们的电影。相比之下，库布里克保持了一定的独立性，他不需要像洛塞那样为美国艺术院线拍情节剧，像达辛那样拍国际影星演出的惊悚片，或像恩德费尔德那样拍古装史诗片，他只拍他想拍的电影。
与此同时，欧洲大陆正被法国电影新浪潮所席卷，新一代电影人肩扛16毫米摄影机，手拎像机关枪一样的微型录音机向好莱坞帝国宣战。库布里克很欣赏这种拍摄手段，并把它们部分地用进了《2001年太空漫游》，但他否认受到过任何法国新浪潮的影响。1964年，他在接受法国《电影》杂志采访时说，“我不知道流派代表着什么。我承认特吕弗和戈达尔拍出了十分有趣的电影，但我并不认为他们影响到了美国电影。这就好比说自从格里菲思拍出了《党同伐异》之后，所有的电影人都受到了他的影响。电影不是某个人发明出来的，就像我们不知道是谁发明了讲故事。”
30年代为好莱坞写剧本时，威廉·福克纳问他的公司能否让他在家里工作。“好啊，没问题，”他们回答说，以为他指的是在贝佛利山租的公寓，却没想到福克纳动身回到了他在密密西比的老家。库布里克采取了相同的策略，在好莱坞眼中，他是一个喜欢在家工作的美国导演，而他的家是在大洋彼岸的英国。
虽然用的是英国的技术人员和演员，库布里克拍电影的钱全部来自美国，而他靠电影赚到的钱也大多来自美国观众的口袋。有人说，他开创了一种全新的电影制作模式，在美国和欧洲电影业之间确立了一种独立生产的方式。其实，除了他，再没有第二个人能享受到这种模式或方式，他的地位是真正独一无二的。
