于是，1973年秋天，库布里克小心翼翼地率领大队人马开赴阿德摩尔制片厂，并于9月17日开始拍摄。自他们抵达之日起，当地就不断下雨，这成了一场新的灾难。由于交通受阻，150人的剧组得不到充足的给养。约翰·阿尔考特后来说，“《巴里·林登》是我工作的剧组里伙食供应最差的一个，有些时候我们不得不靠喝咖啡忍住饥饿。”
坏天气对于拍戏倒是有所帮助。英国奥林匹克击剑队的教练鲍勃·安德森被请来指导影片开始时的决斗场面，他原本提出在夜晚浓雾弥漫的树林里拍摄这场戏，但遭到库布里克的否决，因为他从历史资料中获悉当时的决斗都是在破晓时分进行的。因为下了一夜的雨，树梢上的雨水不断往下滴，同样造成了雾气弥漫的效果，库布里克对此相当满意。
随着拍摄的推进，库布里克开始不断地对剧本产生质疑。肯·亚当说，“拍摄这部电影的方式从此变得很奇怪。斯坦利坚信很少有编剧堪与萨克雷媲美。在他看来，《巴里·林登》原著本身就是一部剧本，他决定要毫厘不差地严格按照萨克雷的描写进行拍摄。”如此一来，拍摄进度明显放慢，10周之后，他已经花了250万美元，但只拍了影片的l，10。为了节省金钱和时间，他提议把原本要在德国和欧洲大陆拍的外景也放在爱尔兰拍摄。亚当坚持认为爱尔兰的建筑风格和房子的大小与奥地利和德国有显著的差异，但库布里克却要求他，“你证明给我看看。”
正如《全金属夹克》的一名技术人员所说，“如果他认为你是对的，他会接受。而如果他认为你是错的，他会花上100万美元证明这一点。”库布里克的理由是，电影是一门惩罚的艺术。“一部影片拍砸了，”他说，“那就等于往地上泼了一盆水，你永远无法挽回。理想的方式就是每拍完一场戏，你要花上一个月的时间去反复考虑它是否完美，直到你满意为止。”
《巴里·林登》再次验证了库布里克在电影圈里的“臭名”，每场戏必然要拍到二三十条，甚至50条之多。他更愿采取在《发条橙》里用过的方法，让演员在实拍前花上10天进行排练。而在《巴里·林登》中，他干脆把排练放在了摄影机前。查理·卓别林是第一个采用这种方法的人，他反复拍某场戏，并非因为对拍过的镜头不满意，而是因为在摄影机和照明灯前工作更能激发起演员的创造力。
扮演里维伦德·隆特的莫瑞-梅尔文回忆说，“斯坦利把我逼到了极限，每次我都通不过。有一次，我们拍了40条，我还是不能让他满意。这时，他宣布休息一小会儿。重新开机时，场记大声叫道，‘注意，这是第9条了。’我开始以为听错了，后来才知道斯坦利想用这种办法不让我感到尴尬。于是我又拍了27条直到他说，‘好了，莫瑞，我找到我想要的东西了。’我听见摄影机后面有人小声说，‘我敢打赌他会用第三条。’”
然而，并不是所有人都能忍受库布里克的做法。由于拍摄周期一天天延长，休息日不断被取消，剧组人员的怨气也在日积月累。随着圣诞节的来临，库布里克意识到他不可能在这种状态下继续工作下去。与伯纳德·威廉斯协商之后，他建议在圣诞节和新年期间给演职人员一个不带薪水的假期。雷恩·奥尼尔同意以这种方式休息8周，而其他人尽管对不支付薪水心存不满，但他们还是很珍惜这次与家人团聚的机会。
新年过后，影片继续拍摄，但很快就又被迫中断，原因是阿德摩尔的制片办公室接到了都柏林警方打来的电话，声称他们得到的情报显示库布里克有可能是爱尔兰共和军暗杀的目标。
就在警方试图鉴别这条信息真伪的同时，库布里克及其家人已经飞回了英国。事后，警方判断说这一死亡威胁与爱尔兰共和军没有直接关联，更有可能是都柏林其他恐怖组织的恶作剧行为。而爱尔兰电影史学家凯文·罗克凯特则分析说，《巴里-林登》的前半个小时大都表现的是英国军队的行军画面，其中一些是在爱尔兰的克尔克尼郡拍摄的，那里与爱尔兰共和军有着历史上的渊源。他坚信是一些爱尔兰共和军的同情分子借此来阻止影片在当地继续拍摄。不管结论如何，剧组在待命了3天之后集体返回了伦敦，《巴里·林登》再也没有回爱尔兰拍摄。
库布里克更倾向于把对他的死亡威胁与《发条橙》而不是《巴里·林登》联系起来。他坚信《发条橙》激起了人们对他的仇恨，因而把他作为潜在的袭击目标。这也足以解释库布里克为何与华纳兄弟公司会在1974年初秘而不宣地将《发条橙》从英国影院里撤出，而当时该片在英国票房排行榜上仍排在第11位，在英国国内的总票房已达到了300万美元。
1979年，为配合迈克尔·西蒙特撰写的传记《库布里克》的出版，英国国家影院联盟举办了库布里克电影回顾展。组织这项活动的阿德里安·特纳安排在伦敦的乔·艾伦餐厅公开采访摄影师约翰·阿尔考特，他希望阿尔考特能在现场放映一个《发条橙》的片段。阿尔考特说，“我开始以为这不是件难事，于是立刻给斯坦利打电话，没想到他的回答竟然是，‘约翰，我知道你想干什么，但是我很抱歉地告诉你这是绝对不可能的。’”
同样的事情也发生在了马尔科姆·麦克道威尔身上。当他去俄罗斯拍片时，正赶上切尔诺贝利核泄露灾难，他想举办自己的电影展为遇难者筹募善款。结果，库布里克拒绝向他提供《发条橙》的拷贝。
《巴里·林登》的拍摄历时两年，总计300个工作日，其间经历了两次停工，成本超出预算达到了1100万美元。肯·亚当成为许多未能坚持到最后一刻的人之一。“《巴里·林登》对我来说不是一次愉快的经历，”他说，“到最后我病得相当厉害。”他经常站在那里双腿发颤，因为不敢吸烟，只好嘴里叼着一块巧克力饼干。他很快就离开片场长期休养，从此再没为库布里克工作过。
在烛光下拍摄既耗时又费力。在巴里与切瓦利埃玩纸牌的那场戏中，由于演员都必须穿着18世纪厚重的贵族服装，整个拍摄过程几乎成了煎熬。“我们被蜡烛烤得透不过气来，”一位参与演出的女演员说，“而我们还要在脸上涂上厚厚的白粉，几乎堵塞了每一个毛孔。”在拍室内戏时，蜡烛更成为一种隐患，亚当不得不在天花板上安装了石棉瓦，以防发生火灾。
就算一切都遵照他事先的准备进行，库布里克也很少满意过。片中最华彩的段落是巴里为爱子布莱恩举办的生日派对，其中出现了在高台上表演的魔术师和乘坐羊拉车的孩子们。这场戏是用2000支蜡烛照明的，当它们都被点着后，库布里克爬上梯子察看效果。接着他一言不发地从梯子上下来，离开了拍摄现场。“我们足足在那里站了15分钟，”玛瑞莎·贝伦森说，“最后被告知斯坦利不喜欢这样处理。”像其他许多场面一样，这场戏被推到几个月后才拍，这一回被换到了露天，在约克郡霍华德城堡前的广场上。
1974年的秋天花在了该片的配乐上。传统音乐家西恩·奥瑞亚达为影片的前半部分谱写了一系列横笛和鼓乐乐章，由爱尔兰民间乐团演奏。后半部分的配乐由伦纳德·罗森曼负责，罗森曼曾师从阿诺德·肖恩伯格，为《伊甸园东方》和《无因的反抗》等经典电影作过曲，他的任务是改编和重新录制亨德尔、巴赫、莫扎特、舒伯特和维瓦尔蒂等古典大师的音乐。这不是一份轻松的工作，罗森曼说：“库布里克很有才华，但他把任何人视作奴隶。在一小段乐章被演奏了105遍之后，他仍抱怨交响乐队慢了1／3拍。我扔掉了手中的指挥棒，一把掐住他的脖子，恨不能将他撕成碎片。”
1974年9月，华纳兄弟公司的高管从纽约飞到伦敦看这部电影，他们希望能赶在圣诞节前上映，从而有机会角逐1975年初的奥斯卡奖。但是库布里克拒绝给他们看任何东西。面对对方的抗议，库布里克作出的解释是，一旦《巴里·林登》获得它应得的奥斯卡奖，“这部影片就会爆棚。”他甚至拒绝提供一个拷贝给美国电影协会的评级委员会。相反，当评委们由华纳兄弟公司出钱乘坐头等舱飞到伦敦时，他们却得到了高规格的款待，不仅住进了多切斯特饭店，还可以在一场特别放映之前尽情享用美酒佳肴。
英国媒体在几天后看到了这部电影。朱利安·塞尼尔遵从库布里克的指示，预订下华纳兄弟公司用于试映的影院，打算连映30个晚上，此举激起了其他制片人的众怒，因为这意味着他们根本没有时间来放映自己的电影。影院经理也被这种霸道作风惹恼，拒绝放映《巴里·林登》，直到库布里克亲自给他打电话求情。连续几个晚上的放映都是灾难一场，由于华纳兄弟公司为讨好观众准备了大量的蛋糕和酒水。开映一小时后，影院里已是鼾声四起。
当该片在伦敦西区首映后，库布里克开始对放映效果斤斤计较。首映第一场是在华纳兄弟公司的旗舰影院莱切斯特广场影院，开映刚5分钟，库布里克的一位助理就急匆匆地闯进经理办公室，要求暂停并从头再放一遍，因为放映员使用的是1．85：1的画幅比例，而不是库布里克喜欢的1．66：1。
观众和影评界对《巴里·林登》的反映是杂乱无章和枯燥乏味。《阿拉伯的劳伦斯》这样的电影已使他们习惯了以清晰的脉络来重述过去。他们希望看到角色有历史感，用远离现实生活的方式说话。
迈克尔·西蒙特的观点代表了大多数影评家的意见，他认为《巴里·林登》的节奏像一部无声电影。“无声电影关注的当然是对话以外的东西，”他说，“不仅如此，《巴里·林登》在3小时7分钟的时间里更多的是让我们看到一些几乎静止的画面。他们几乎是在把一张照片组接在一起，挑战我们对活动影像艺术的认知，或者说，库布里克打算腾出足够的时间让他的观众离开座位去买冰淇淋和爆米花。”
然而，《巴里·林登》类似静态绘画式的风格恰恰成为它最显著也最容易被人们记住的特色，并且使库布里克在马丁·斯科塞斯等新好莱坞导演心目中确立了像神一样的地位，深得他们的顶礼膜拜。在电影被运动镜头统治的时代，《巴里·林登》以一种复古式的节奏更加审慎地移动着它的镜头，无论是行军还是决斗，都像是棋手手中需要缜密思考才去挪动的棋子。如果说哪部影片能反映出库布里克对外部世界高度的控制力的话，它一定是《巴里·林登》。
