第二个合同于1870年开始履行，合同的一方是标准石油公司，另一方是范德比尔特旗下的一条铁路：湖岸铁路。弗莱格勒承诺每天的运输量不少于60个油罐车，从而在公开运价的基础上获得了大约30％的折扣。据湖岸铁路的管理者J.H.德弗罗说，这一合同为铁路节省了大量的开支，因为它能够安排每天不间断地向东海岸发送运油列车。油罐车完成往返旅程所需要的时间大大缩短至原来的三分之一——油罐车原来是和其他货物混和运输的，而且还节省了车辆和资金成本。德弗罗还虚情假意地说，其他任何炼油商都可以享受这一优惠条件，只要它能保证同样的运输量。
危机和并购
1871年，洛克菲勒所担心的危机已经近在咫尺了。每年的石油炼制能力已经膨胀到了1200万桶，而原油的年产量才刚刚突破500万桶，其中包括几百个家庭作坊式的“煮油商”。曾经有一段短暂的时间，原油价格高涨，炼油商们只能通过投标来购买原油生产商们的产品——1871年，原油的出井价曾涨到每桶5美元——但是，新的大型油田的发现很快又创造了大量的原油供应。铁路也承受着巨大的压力。伊利铁路大战引发了恶性的价格战，但炼油商们还在继续要求给予更多的折扣。同时，汤姆?斯科特正在迅速地把宾夕法尼亚铁路扩展进入纽约州和新泽西州，还散布消息说他计划在东海岸建造一个实力强大的炼油区，要与克里夫兰和匹兹堡一争高下。很明显，一场迟到的巨变重组就要发生了。
除了巩固自身以外，洛克菲勒还确定了自己在即将到来的淘汰大潮中的位置：1870年，他对自己的业务进行了重组，把公司改组为一个股份公司——标准石油公司。当时，除了铁路企业以外，股份公司还不是很常见，但是，股份公司能够通过收购股份来进行企业并购，所以是一种理想的企业并购载体。标准石油公司的注册资本为100万美元（共有1万股股份，每股100美元），其中包括：20万美元的新资产投资；洛克菲勒的弟弟的妻弟O.B.詹宁斯，以及他的合伙人威廉在公司成立时支付10万美元；剩余的资金由克里夫兰市一些重要的银行的官员在之后的两年内支付。剩余的股份按照与原来合伙资产的相同的比率在合伙人中进行分配。
危机发生了，而从1871年的12月到1872年的4月是危机最严重的时期。1871年11月30日，当时身在纽约的洛克菲勒第一次听到这样一个计划，那就是由炼油商和铁路共同组成一个石油联合企业。这个计划先是由汤姆?斯科特和彼德?沃森散布出来的，后来范德比尔特手下的一个管理人员也这么说。这样一个新的公司，即南部开发公司，将由铁路方和炼油方共同拥有；它将规定统一的运输费率并在三大铁路干线上统一分配货运量，还将在参加该公司的炼油商中分配生产和运输配额。与当时大多数的企业联营形成鲜明对比的是，这个公司是长有“牙齿”的。石油运输的费率将被定得很高，至少是当时平均价格的两倍，但几乎所有增加的收入都将被退还给参加这个公司的炼油商。另外，从那些不参加该公司的炼油商那里额外获取的费用也将被退给那些参加该公司的炼油商。简单地说，不参加该公司就意味着死亡。虽然洛克菲勒和弗莱格勒一直声称他们对成立南部开发公司这一想法极为怀疑，但是洛克菲勒却率先在他的行业里实现了这一想法。
12月15日，洛克菲勒一回到克里夫兰就立即向奥利弗?H.佩恩提出了一项标准石油公司并购克拉克-佩恩公司的计划。佩恩是该公司的主要合伙人，而这个公司则是克里夫兰的第二大炼油商。佩恩是克里夫兰最富有、关系最广泛的商人之一；而克拉克兄弟则是洛克菲勒以前开办第一个合伙炼油企业的合伙人。洛克菲勒在合同中明确说明，他希望佩恩继续留在公司里做一名管理人员，但不会给克拉克兄弟留任何位置。这个交易在短短的几天里就完成了。佩恩当时已经对炼油业务有些厌恶了，但洛克菲勒首先请他去查看标准石油的账本，佩恩对标准石油公司的盈利能力感到“震惊”。他同意出售公司，售价为40万美元；也就是说，除了克拉克-佩恩公司的资产估价以外，洛克菲勒还支付了15万美元的奖金以示善意。
据1872年1月1日和2日的两个文件记载，通过新发行2.5万股每股100美元的股份，标准石油公司增加了它的资本总额，先是增加到了250万美元，然后又增加到350万美元。在新增发的股份中，4000股可能是作为股息按比例配送给了现有的股东；4400股被洛克菲勒和弗莱格勒购买；4000股用来补偿对克拉克-佩恩公司的并购；还有900股用于另外两项并购——一个是克里夫兰的一家小型炼油厂，另一个是由杰贝兹?博斯特威克拥有的位于纽约滨海地区的炼油和分销企业，主要面向国际市场。最后，还有500股给了沃森，这也足够多了；剩余的11200股留作未来再并购其他企业时使用。洛克菲勒的行动非常迅速。
