前面说了，在城外幕府山下，山田支队俘虏了14，777名中国士兵。这些士兵是被两角联队第1大队（大队长田山芳雄）的135名士兵捕获的。说起来令人不可思议。山田支队共俘虏了23，000多名战俘，15日、16日屠杀了10，000多人，还剩下13，000多人，最后被围杀于上元门外的大湾子。
12月18日，长江边的草鞋峡发生了整个南京大屠杀期间最大的一起暴行，57，000多名中国战俘和平民遇难。
草鞋峡大屠杀是经过精心策划的。实施这次屠杀的依旧是山田支队。该支队在南京陷落后一直没进城，就驻守在江边，负责“处刑”。按该支队分队长栗原利一回忆：他们整个部队在南京一共“处决”了70，000多名中国人。这个数字跟鱼雷营两次屠杀（10，000多人）、大湾子屠杀（13，000多人）、草鞋峡屠杀（57，000多人）的总数基本上是相符合的。鱼雷营的两次屠杀和大湾子的屠杀，死难者基本上为中国战俘。而草鞋峡屠杀，除了一部分战俘外，还有大量南京平民。
中国军民被反绑了双手，然后被勒令排成四队，向江边走去。长江浩浩荡荡，望不到边。当他们到达江边时已是夜间。草鞋峡冷风吹面，早已经埋伏好的日军的机枪响了。在疯狂的扫射中，中国军民血花飞溅，一片片倒下。
多少年后仍无法想象，57，000余人一次性被屠杀的场面是怎么样的。南京，已是活地狱。
屠杀中，日军使用了6挺重机枪。日军的重机枪有70多公斤重，一次可以发射800发子弹，每打完1600发子弹后，枪管就会变得通红，必须更换新的。由于这个特点，在作战时，日军一般在打完子弹后，就会抛下重机枪撤到后面取子弹，然后再带着子弹回来重新战斗。在这次屠杀中，三个日军负责一挺机枪，两人轮流射击，一人负责装输子弹。在这场超级杀戮中，可以想象日军更换了多少重机枪的枪管。
山田支队以来自会津若松的步兵第65联队为主体，联队长为两角业作大佐。该联队有4个机关枪中队，至于当时的大扫射由哪个或哪几个中队执行，已不得而知。但在这里可以把这4个中队中队长的名字列出：宝田长次郎中尉、片冈俊郎中尉、三木正明中尉、针冈寿大尉。
伴随屠杀而来的是大规模的强奸。
用日本随军记者的话，在南京的日军，不强奸的，几乎没有。在金陵大学的操场上，17个日军轮奸一个中国少女。在另一个地点，一户人家不满10岁的女童和她的母亲以及70多岁的祖母同时遭到日军轮奸。这样的例子，在南京司空见惯。拉贝认为，南京浩劫期间，日军至少强奸了2万名妇女。拉贝这一数字还是比较保守的，最高可能达到8万人。
其中，天野乡三和他的中队在南京的暴行最有代表性，此人时任中岛第16师团野田第33联队第2大队第8中队长，虽然是个中尉，但由于上过陆军大学，而且南京战后，所在中队又当了上海派遣军司令官朝香宫亲王的亲兵，所以在军中表现十分之骄横。此人多次亲自带士兵进行强奸，曾对部下说：“在南京，抢劫、强奸、杀人，你们想干什么都行。”
南京又成了抢劫者的乐园。
对抢劫，日军是避而不谈的，他们用了另一个词：“征发”。一路上，由村至镇，由镇至县，由县至城，由小城至大城，日军都有一种破坏狂的心理，冲进住宅和机关后，拿不走的东西，就摔在地上，再用脚乱踩。到了南京，这里是九朝古都，历史文化悠久，珍宝典籍无数，虽然南京陷落前中国方面有组织地向大后方转移了一大部分财产，但还有不少财产无法或来不及运走。日军入城后，大掠夺开始，在南京，没有空着手的日军，无数住宅、商店、机关和其他场所被洗劫一空。陷城后，日军抢掠了大量珍贵文物。为使洗劫更具有针对性，日本专门派出典籍、古物专家和特别行动队，有计划地对中国的名贵文物进行掠夺。
1937年的南京之冬，白日寒风惨惨，大街上到处是废墟和魔鬼般游荡的日军士兵；晚上，由于供电系统遭到破坏，残存的市民更不敢点灯招来日军，使往昔繁华的古都犹如黑暗的地狱死城。陷城初期，在南京活动的媒体人士，除日本随军记者外，还有少数美国和英国的记者，其中包括《纽约时报》的狄丁、《芝加哥每日新闻》的斯蒂尔、美联社的麦克丹尼尔、路透社的史密斯以及摄影师门肯。12月17日之前，他们陆续离开南京，前往上海。离开南京时，他们目睹了江边的屠杀：一边是跪在地上等待被处决的中国人，一边是嬉笑的日本人。正如麦克丹尼尔所说的那样：“我对南京最后的印象是，死亡的中国人！死亡的中国人！死亡的中国人！”
美国传教士麦卡伦当时留守南京，他在寄给家人的信中这样写道：
这是一段令人极端恐怖的事，我不知道从哪里说起，也不知道在哪里结束。
12月21日，日军第6师团从南京开走；23日，第9师团开走；第114师团、山田支队、第3师团第68联队等也陆续离开南京。这时候，只留下第16师团作为警备部队驻扎南京，师团长中岛今朝吾则被任命为警备司令官，司令部设在国民政府所在地，中岛则住进了蒋介石的官邸。
中岛将南京分为两部分，与手下的佐佐木到一旅团长分而辖之。佐佐木手下的野田联队和助川联队驻扎城内，草场辰巳手下的片桐联队和大野联队驻扎城外。
从12月22日起，残酷的“清街”和“良民登记”行动开始了。由于其他部队已撤离南京，这期间在古都的大街小巷呼啸而过的尽为中岛第16师团的士兵。中岛下令威胁残存的南京市民，必须于三日内往指定地点领取“良民证”，逾期不至，将被处死。
在各个登记点，进行着“良民登记”，先由日军军官讲话，随后汉奸翻译，诱惑人群中的士兵、宪兵、警察和公职人员自动站出来，并对人群中的青壮年男子的手掌、头部、肩膀等处进行仔细检查，以确定有没有当过兵。就这样，又有2000多人被揪出来屠杀。
但在最恐怖的岁月里，中国人的反抗依旧存在：
12月中旬，一名潜藏在南京的中国军人，携枪摸进第16师团的一个士官宿舍，一举击毙十多名睡在里面的日军小队长一级的少尉和中尉军官！日本海军航空兵飞行员奥宫正武的回忆里谈到了这个事件。12月25日圣诞节那天他在南京逗留，在下关江边发现日军在处死十几名中国人。他问原由，一名士兵说：“前几天的夜里，有一个勇敢的中国人侵入我们陆军小队长级的青年士官的寝室，那里面睡着十个还是十一个士官我也不太清楚，中国人把他们全都杀了，所以他们的战友和部下们为了复仇而要处死那个宿舍附近的居民。”
直到现在，也没有人知道那个中国军人后来的故事，是与日军同归于尽了，还是成功地脱险？无论如何，他都成为南京城内抗击日军的一个铁血传奇。
即使是遭遇屠杀的中国军民，在最后的时刻也会爆发出怒火。在乌龙山下的一次屠杀中，有上万人遇难。进行屠杀的是日军的两个机关枪小队，就在日军下手后，愤怒的军民迎着喷射的火舌冲向几十米外的日军，虽然一片片地倒下，但最后无尽的人群还是把这两个机关枪小队的日军彻底淹没了。这时候，站在高处准备焚尸灭迹的日军汽车队的士兵也不知所措，最后把油桶一个个推下斜坡，射燃后再次杀戮中国军民。这个回忆来自于山田支队士兵藤原审尔的描述，他所说的极有可能是大湾子的那次屠杀。
就算是在最残暴的日子里，仍有人性的光辉。
1937年11月12日上海陷落，日军分兵三路向南京疾进，美办金陵大学董事会董事长杭立武和该校美籍教师贝茨、史密斯、米尔斯等人沟通，提议设立安全区，作为一个非军事化的中立机构，为难民提供庇护。为保护广大市民和无家可归的难民，南京市政府和卫戍军司令部接受了这个建议。
南京安全区国际委员会成立后，主席由德国人拉贝（德国西门子公司驻京代表）担当，安全区东以中山路为界，南以汉中路为界，西以西康路为界，北以山西路及以北地带为界，相当于整个南京城面积的1/8。安全区里设有五台山小学、交通部大楼、最高法院、金陵大学、华侨招待所、司法院、金陵女子文理学院等25处难民所，及各国使馆。
委员会由包括拉贝在内的15名外国人和1名中国人（杭立武后随政府西迁）组成。南京陷落前，走了一批人，最后仍坚持留守南京的有：拉贝（德国人，西门子公司）、马吉（美国人，美国圣公会）、贝茨（美国人，金陵大学）、史密斯（美国人，金陵大学）、米尔斯（美国人，美国北方长老会）、特里默（美国人，鼓楼医院）、李格斯（美国人，金陵大学）、费奇（美国人，美国基督教青年会）等人。
南京陷落当天，国际红十字会南京委员会也宣告成立，马吉为主席，委员有金陵神学院牧师麦卡伦、德国礼和洋行职员克勒格尔、鼓楼医院外科医生威尔逊、牧师福斯特、金陵女子文理学院教导处主任（代校长）魏特琳等人。
安全区需要得到交战双方的承认。中国方面已经承认，并拆除了安全区内的防御工事；但国际委员会却始终没有得到日本方面的答复，而这是事情的关键。拉贝有些忐忑。不过，他还是很乐观的，甚至想等日军进城后再跟他们协商，他们认为这一切最终都不是什么问题。
拉贝曾接纳一队正在撤退的中国士兵，在他的力劝下，那队士兵放下武器进入了安全区。还有费奇，在他的坚持下，有4名不愿放下武器的来自广东的士兵交出了武器。当时，拉贝和费奇给他们的承诺是：保证其人身安全。但后来的情况让二人悔恨万分：没过多久，最高法院难民所里放下武器的中国士兵和平民大约1300人全部被日军带走屠杀。
拉贝终于意识到事情不像他想象的那么简单。
费奇则痛苦地写道：
现在一切很清楚，他们（日军）将要做什么。这些人（中国战俘和平民）排列成行，都被绳索捆绑，约一百人一组，由手持刺刀的日本兵监视；戴帽子的人，帽子被粗暴地扯下扔在地上，凭借汽车前灯的亮光，我们看见他们正走向死亡。整个队伍不闻一声，我们心情沉重。那四个跋山涉水来自广东、昨天勉强把武器交给我的士兵也在其中吗？还有那个来自北方、满身绷带的中士，那个在决定自己命运时用浑浊的眼光盯着我看的人也在里面吗？
日军的暴行让安全区国际委员会的委员日夜难安，他们每天都向日本大使馆和日本军司令部进行抗议，要求日军停止屠杀。上海总领事冈崎胜男、南京代理总领事福井淳以及大使馆工作人员福田笃泰等人一度答应向日本军司令部转达安全区委员们的意见，但不见效果。福井淳告诉他们，已有一支宪兵部队在维持南京的秩序了。当询问这支宪兵部队的人数时，日本人告诉委员们：17名。
17名宪兵维持涌进城中超过5万名已丧失军纪的士兵，这一切看起来多么荒唐。
南京的25个收留所已聚集大批难民，进入金陵大学的人最多，接近 3万。其次是金陵女子文理学院，这里和金陵大学宿舍难民所一样，以收留妇女和儿童为主。该学院的校长已在12月初随政府机关西撤，留下教导处主任魏特琳女士任代校长。12月初，美国大使馆通知魏特琳希望她离开南京，但被这位坚强、勇敢而善良的美国女士拒绝。
由于金陵女子文理学院的难民以妇女为主，所以也就成为日军频频骚扰的地方。魏特琳在学院的门口插上美国国旗，但被日军扯下来丢在地上。在白天，日军用卡车把这里的漂亮女生带走，有的转天送回来，有的一去无消息。晚上，更多的日军散兵，或单独，或三五成群地翻过院墙，进入难民所强奸妇女。
为了保护中国妇女不受日军的伤害，魏特琳和委员们作了不懈的努力。费奇、米尔斯和史密斯专程来到金陵女子文理学院值夜班，彻夜地守在楼门口；贝茨则负责金陵大学的值班；麦卡伦负责鼓楼医院的值班；拉贝甚至把自己的住所腾出来，收留了600多名妇女、儿童和老人，并一次次轰跑日军。
1937年12月的南京，无论是中国难民还是外国友人，都度日如年。
从日本国内来的各种“慰问团”一个接一个抵达南京，其中包括由东京12所学校组成的“学生慰问团”。永富浩喜等日本学生一到南京，就被邀请去“参观”。先是开来一辆卡车，车上装了8名中国战俘，一名日本少尉军官提着刀，让东京来的学生上车，随后军官带着4个士兵也上了车，卡车出城开往下关江边。在车上，日军士兵叫中国战俘坐下，然后拿钢盔猛击他们的脑袋，把东京来的学生吓得够呛，那个少尉军官则哈哈大笑，说：一会儿你们开开眼界！
下车后，是江边的一块空地，少尉军官对东京的学生们说：现在，你们可以按自己喜欢的方式随意处置这些中国人。
开始的时候，东京的学生们有点怕，但后来就开始肆无忌惮，他们当中的一些人是学柔道和空手道的，于是冲过去对中国战俘拳打脚踢，反复地摔着。
少尉军官走到一个战俘背后，对学生说：看！随后抽出军刀，猛地砍向战俘的脖子。
南京浩劫的深处，包含着日本士兵对中国人的极度轻蔑，这种轻蔑自1894年以后在日本人的心中迅速弥漫，在1937年的南京被最大限度地释放出来。日军的主要杀人方式包括：斩杀、射杀、刺杀、活埋、焚烧……当然不止这些，当把杀人变成一种娱乐时，各种花样便出现了，比如用铁钩子将中国人的舌头钩出，然后拉着奔跑；比如用刀将中国人的耳朵削下串在一起，这样的例子不胜枚举。
很多日军在单个杀戮时，其随心所欲的程度令人发指，具有一种“突然性”。藤原审尔回忆：他们几个日军士兵和一个为他们挑行李的中国农民在火堆旁烤火取暖，烤着烤着，一个叫川忝的士兵大叫一声：“我要干啦！”随后，这个士兵一把抱起那个中国农民，扔进火里。
当时的日军对一个中国生命的消失，根本不当一回事。在杀戮中，他们心头不曾有一丝惊悸；相反，体验到了快感，再到后来，他们进行的残忍杀戮，甚至只是出于“无聊”，日军士兵田所耕三（第114师团）记录：
为了使俘虏有所畏惧，（我们）把他们的耳朵削下来；或把鼻子砍掉；或用刺刀插进他们的口腔，顺势把嘴切开；或是在眼帘下横着插进一刀，白眼球就像鱼眼一样黏糊糊地垂下来，足有五寸。从登陆以来，好久好久才有这点消遣，这些玩意儿都不干的话还有什么乐趣呢？
残暴就这样像瘟疫一样在1937年冬天的南京蔓延着。
