在大臣们的辅佐下，明神宗朱翊钧使大明王朝的经济得到了空前的繁荣，但明神宗朱翊钧也曾28年不上朝听政，被后人认为是中国历代帝王中最懒惰的。明神宗朱翊钧还穷奢极欲，横征暴敛，为此背负了千古骂名。
明神宗朱翊钧从10岁开始，到58岁生命结束，他的一生可以分成三个阶段：10岁到20岁，他只是一个象征性的权威，凡事依大学士张居正而行；20岁以后，他开始亲政，有一段时间勤于政务；后期怠于政事，酒色财气，醉生梦死。
朱翊钧的统治后期全面否定了张居正改革，这也是明神宗朱翊钧本人由勤变懒、全面废弃励精图治的标志。当明神宗朱翊钧彻底摆脱了张居正的束缚之后，就开始了他的独裁统治。从此以后，明神宗朱翊钧完全变成了另一个人：昔日少年天子的气派与风采，已经不复存在，取而代之的是长年深居禁宫，嗜酒、恋色、贪财，私欲膨胀，恣意妄为。
继张居正而任首辅大学士的张四维、申时行，目睹张居正生前的宠荣和死后的受辱，自然再不敢以张居正为榜样。因此，曾经以才干受张居正赏识的申时行，深知伴君如伴虎的道理，吸取张居正的教训，一方面顺从皇帝朱翊钧，一方面用诚意打动整个文官政府。一句话，申时行是一个典型的和事佬。这位来自富饶的苏州府长洲县的明世宗嘉靖四十一年（1562年）状元，正如他的字“汝默”一样，力求清静，但也被人视为“首鼠两端”。申时行在任上，开创了两项很恶劣的先例——章奏留中和经筵讲义的进呈。他也因此被人批评为要为神宗的“荒怠”负责。章奏留中，就是皇帝对于大臣们送上来的奏疏不予理睬，放在宫中，既不批示，也不发还。经筵讲义的进呈，就是皇帝不需要参加经筵，经筵讲官们只需要把他们的讲义送到宫中就可以了。这两件惯例的养成，就彻底地切断了皇帝与大臣们交流的渠道。
明神宗朱翊钧的独裁统治的背后，必然隐藏着严重的危机。明神宗万历二十年（1592年）二月，宁夏副总兵官哮拜起兵反叛；五月，日本发动侵朝战争；同时，西南又发生播州杨应龙叛乱。明神宗朱翊钧被迫三路出征，史称“万历三大征”。三征历时十余年，虽然获得全胜，但却丧师数十万，耗银千万两，致使国库空虚、百姓遭难、由此开始，明朝一步一步由盛转衰。
就在明神宗朱翊钧隐居深宫，怠于临政、万事不理之际，东北的后金却迅速崛起。爱新觉罗·努尔哈赤以30年时间统一了满洲女真各部落，并于万历四十四年（1616年）建立了后金政权，形成了与明王朝相对立的地方政权。明神宗朱翊钧为了应付辽东战事的军费，先后三次下令加派全国田赋，时称“辽饷”。此举非但无济于事，反而使民不聊生，阶级矛盾激化，明王朝灭亡的危机已然形成。因此后人评论，“明之亡，不亡于崇祯之失德，而亡于神宗之怠惰”。
在明神宗朱翊钧亲政的后20年，基本上是一个不理朝政的皇帝。因此，近代史学家孟森在他的《明清史讲义》里把明神宗朱翊钧亲政的晚期称为“醉梦之期”，并说其特点是“怠于临朝，勇于敛财，不郊不庙不朝者30年，与外廷隔绝”。
事实上，明神宗朱翊钧亲政的晚期不仅仅是“怠于临朝，勇于敛财”，更重要的表现是过度纵情于酒色财气之中。明神宗万历十四年（1594年）十月，礼部主事卢洪春曾奏称，明神宗朱翊钧“日夜纵饮作乐”。明神宗万历十七年（1589年）十二月，大理寺左评事雒于仁曾上疏明神宗朱翊钧，疏中批评他沉迷于酒、色、财、气，并献“四箴”。明神宗朱翊钧看后暴跳如雷，大怒不止，从此奏章留中不发。雒于仁上疏的内容应该说基本上是属实的。
明神宗朱翊钧的好色也是非常有名的。万历十年（1582年）三月，明神宗朱翊钧曾效仿明祖父明世宗朱厚熜的做法，在民间大选妃嫔，一天就娶了“九嫔”。而且，明神宗朱翊钧在玩弄女色的同时，还玩弄小太监。当时宫中有10个长得很俊的太监，就专门“给事御前，或承恩与上同卧起”，号称“十俊”。
除此之外，明神宗朱翊钧的贪财在明代诸帝中可谓最有名了。关于明神宗朱翊钧贪财的事例极多：在亲政以后，明神宗朱翊钧查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配；为了掠夺钱财，他曾以采木、烧造、织造、采办为名搜刮民财，明神宗万历十九年（1591年），仅景德镇御窑厂烧造的瓷器就达23万多件；为了掠夺钱财，他还曾多次派遣宦官为矿监税使，四处搜括人民，而且征税的项目千奇百怪，无物不税、无地不税，使百姓怨声载道。
酒色的过度，使明神宗朱翊钧的身体极为虚弱。明神宗万历十四年（1586年），24岁的明神宗朱翊钧传谕内阁，说自己“一时头昏眼黑，力乏不兴”。礼部主事卢洪春为此特地上疏，指出“肝虚则头晕目眩，肾虚则腰痛精泄”。
明神宗万历十八年（1590年）正月初一，明神宗朱翊钧自称“腰痛脚软，行立不便”。明神宗万历三十年（1602年），明神宗朱翊钧曾因为病情加剧，召首辅沈一贯入阁嘱托后事。从这些现象看来，明神宗朱翊钧的身体状况实是每况愈下。因此，明神宗朱翊钧亲政期间，几乎很少上朝。明神宗朱翊钧处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。“万历三大征”中边疆大事的处理，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的“召对”形式。在“三大征”结束之后，明神宗朱翊钧对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。所以，明神宗朱翊钧荒怠的情形，还真有前后两个阶段：前一阶段是不愿意上朝听政；后一阶段是连大臣们的奏章也不批复，直接“留中”不发。但是，按照明朝的制度，皇帝是政府的唯一决策者。一旦皇帝不愿处置但又不轻易授权于太监或大臣，整个文官政府的运转就可能陷于停顿。到17世纪初期，由于明神宗朱翊钧不理朝政，官员空缺的现象非常严重。明神宗万历三十年（1602年），南、北两京共缺尚书3名、侍郎10名；各地缺巡抚3名，布政使、按察使等官缺66名、知府缺25名。按正常的编制，南、北二京六部应当有尚书12名，侍郎24名，这时总共缺了近1/3。到明神宗万历四十一年（1613年）十一月，南北两京缺尚书、侍郎14名。地方的行政管理，有时必须由一个县的知县兼任邻县的知县。由这样的情形，可以想见明神宗朱翊钧在位后期政府运作的效率。明神宗朱翊钧委顿于上，百官党争于下，这就是万历朝后期的官场大势。官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日、互相倾轧。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。整个政府陷于半瘫痪状态。正如梁启超所说，明末的党争，就好像两群冬烘先生打架，打到明朝亡了，便一起拉倒。这样的恶果，未尝不是由明神宗朱翊钧的荒怠造成的。所以，《明史》对于明神宗的盖棺论定是这样表述的：“论者谓：明之亡，实亡于神宗。”
明神宗万历四十八年（1620年）三月，因长期毫无节制地沉迷于酒色，加上辽东惨败，国事困扰，明神宗朱翊钧病重不起。七月二十一日，明神宗朱翊钧在弘德殿咽下了最后一口气，终年58岁，安葬于30多年前自己精心修建的“寿宫”——定陵，死后谥为显皇帝，庙号神宗。
戚家军抗倭
明朝倭寇，由来已久。早在明太祖洪武二年（1369年），倭寇就已经数次攻掠苏州、崇明等地，杀人劫物，猖狂一时。
明代倭寇之祸大致可分为三个阶段：第一个阶段是洪武至正德年间；第二个阶段是嘉靖年间，也是最猖獗时期；第三个阶段是万历年间。
早在元朝时期（元武宗至大元年，1308年），已经有日本商盗劫掠庆元（今宁波）的记载。但那时的“倭寇”应该基本上都是“真倭”，中国人很少。元朝末年，恰恰是日本的“南北朝”时期，特别是日本南朝的“征西府”及各地分裂割据的地方势力，谁都不服谁，你杀我伐，使得战乱中大批日本武士、浪人、海盗、商人、流民等，潮涌至中国沿海。同时，他们又与被明太祖朱元璋击败的张诚、方周珍等部相勾结，在大明朝沿海地区不时杀烧劫掠。
虽然海寇猖獗，但当时朱元璋认为心腹之患是北方的残元势力，对沿海的外寇入侵只是防御而已。于是，明太祖朱元璋下诏加强海防力量，禁止军民人等“私通海外”，而海禁并没有完全封锁，允许贡舶贸易。
到了明世宗朱厚熜在位时，朝政一天比一天腐败。外寇看到明朝朝政腐败，也乘机侵扰。这些外寇之中，日本人最为厉害，他们三番五次侵扰明朝沿海一带，史书上称日本侵略者为倭寇。倭寇的侵略行为引起了明朝军民的强烈愤慨，明朝政府也组织军民驱逐、抗击倭寇。在抗击倭寇中，有一位民族英雄战绩显赫，他就是戚继光。
戚继光出身将门，自幼喜读兵书，勤奋习武，立志疆场，曾挥笔写下“封侯非我意，但愿海波平”的名句。17岁时袭父职任登州卫指挥佥事。25岁时，实授都指挥佥事，领山东登州、文登、即墨3营24卫所兵马，操练水军，整顿军备，抗击入侵山东沿海的倭寇。
1556年，戚继光以足智干练任浙江都指挥使司参将，镇守宁波、绍兴、台州三府。在龙山（今属宁波）、缙云、桐岭与倭寇三战三捷。在实战中，戚继光观察到明军纪律松弛，素质不良，作战能力较低，难以获取大的抗倭胜利，于是多次上书请求训练新军。1559年，戚继光在义乌招募农民、矿工4000名，编组训练成戚家军，成为抗倭主力。后来，戚继光针对明军兵器装备种类繁多、沿海地形多沼泽、倭寇小股分散的特点，创立攻防兼宜的“鸳鸯阵”，以12人为1队，长短兵器迭用，刺卫兼顾，因敌因地变换阵形，屡败倭寇。利用作战训练间隙，撰成《纪效新书》，阐述选兵、编伍、操练、出征等理论和方法，并以此训练戚家军，使戚家军闻名于世。
1561年，戚家军在台州、仙居、桃渚等处大胜倭寇，九战皆捷。擒斩倭寇1400余人，焚死、溺死倭寇4000余人，史称“台州大捷”，浙江倭患基本解除。
1562年，福建倭患日趋严重，戚继光奉调援闽。戚继光率军进入福建后，先攻下横屿，斩首2600人。接着，又攻下牛田，捣毁倭寇巢穴。倭寇纷纷逃向兴化，戚继光乘胜追击，连夜作战，连克60营，斩首无数。此后，戚继光又回师福清，歼灭登陆的倭寇200人。同时，明将刘灦也屡败倭寇，盘踞在福建境内的倭寇几乎被全部消灭。后来，戚继光返回浙江后，大量倭寇又进扰福建。1563年，朝廷命俞大猷、戚继光为福建正副总兵，率兵进剿，戚家军再次进入福建。明朝军队在平海与倭寇战斗，戚继光率军队率先登城，俞大猷、刘灦相继杀敌2200人，并救出被掠人口3000人。1564年，倭寇又纠集余党万余，围攻仙游，戚继光先败之于城下，继而又追击余寇，歼灭大量倭寇。其后，戚继光又在福宁大败倭寇，并与俞大猷一起最后扫清了福建境内的倭寇。在福建境内的倭寇被驱逐后，广东倭患严重，俞大猷奉命平定了广东的倭寇。至此，东南沿海的倭患被最后平定。戚继光的抗倭壮举感染着朝臣和百姓，被誉为民族英雄，其事迹也因而传之于世。
万历首辅张居正
历经200多年的风雨飘摇，到了嘉靖年间，大明王朝就像一位的老者到了风烛残年。紫禁城里每日青烟缭绕，做着长生不死梦的嘉靖皇帝不理朝政，将所有政务托付给丞相严嵩。而严嵩父子却抓住大好时机贪赃枉法，为非作歹。在这样的时代背景下，平民出身的内阁首辅（宰相）张居正被推上了历史的前台，以其非凡的魄力和智慧，整饬朝纲，巩固国防，推行一条鞭法，使奄奄一息的明王朝重新获得勃勃生机。
