1922年9月初，方志敏愉快地接受了组织的决定，肩负重任，又回到了南昌。
当时，中国共产党成立不久，一个刚刚加入中国社会主义青年团，才22岁的方志敏，在南昌没有任何工作基础，一切都要自己拿主意想办法，独挡一面地开辟工作，困难重重。但他坚信，路是人走出来的。
方志敏首先办起了“南昌文化书社”，并自任经理。他和同志们冒着生命危险，解决了困难最大的经费问题。
书社虽然门面不大，书籍却名目繁多，有很多进步书刊，吸引了许多进步青年。书社越办越红火，方志敏忙得不可开交。后来由于敌人实行高压政策，禁止他们传播进步思想，书社也被查封了。组织上见方志敏有被捕的危险，便暂时安排他去了南京。
1924年3月，经赵醒侬介绍，方志敏光荣的加入了中国共产党，揭开了他生命中新的一页。
此时，孙中山实行联俄、联共、扶助农工的政策。实现了第一次国共合作。当时根据党的决定，方志敏等都曾以个人名义加入国民党。在中共中央直属江西省特别支部领导国共两党合作的一段时间里，江西革命形势发展很快，学生运动、工人运动、妇女运动和社会各界的活动都开展起来了。方志敏决定到农村去开辟新的战场。
方志敏首先来到南昌市郊区的杨子洲。这里的农民被地主压榨得喘不过气来，家家是“镰刀墙上挂，锅里没米下”。有的四五口之家，吃穿用全部家当，一担子就可以挑走，可见农民是多么穷。
方志敏走村串寨，宣传“耕者有其田”的主张；访贫问苦，发动贫苦农民组织起来，建立农会，维持自己的生存权利，得到农民的热烈响应。
杨子洲农民协会成立了。农民协会带领贫苦农民掀起了抗租、抗债、抗税的运动。同时，方志敏又回到弋阳家乡农村，向农民宣讲共产党的政策，培养农运骨干，建立农协机构；秘密发展党员，建立党小组。从此，戈阳农民运动也蓬勃发展起来了。
1926年4月末，方志敏作为江西省农运代表，去广州出席广东省农民代表大会。他听到了北伐军雄壮的歌声；见到了中共广东省委农委书记、大会主席澎湃，并聆听了他具体生动的报告；参加了公祭黄花岗活动，悼念了死难的烈士；参加了向广东革命政府请愿，要求早日北伐等一系列活动。
11月，方志敏担任了江西省农民协会筹委会常务委员长兼秘书长，主持全省农运工作。在他的领导下，江西农运工作发展迅速，有力地支援了北伐军进军江西。北伐军在江西战场上取得了重大胜利。这时全省农协组织扩展到54个县，农民会员人数已发展到30多万。
农民运动的蓬勃发展，引起了以蒋介石为代表的国民党右派的惊恐和仇视。他们把方志敏当成眼中钉。但方志敏并没有被吓倒，每次省农协开会时，总要与他们一争高低，寸步不让。
1927年2月20日，方志敏在江西农民代表大会上被推选为大会主席，并作了《会务总报告》，挫败了段锡朋等国民党AB团的贿选活动。方志敏又被选为省农协常务委员长兼秘书长，负责主持全省农协的全面工作。
此时已是中共江西区委委员兼农委书记的方志敏，指出对段锡朋等国民党AB团破坏农运的行径，应采取对策予以反击的建议，但得不到当时区委主要领导人的支持。陈独秀的右倾机会主义助长了国民党右派的嚣张气焰。他们妄图以“圈定”的手法，将方志敏排斥在外，夺取省农协会的领导权。
方志敏对段锡朋等采取不妥协的态度，得到了中央农委毛泽东的坚决支持。经过斗争，终于粉碎了国民党右派的阴谋。
江西省的农民运动更加汹涌澎湃，几千年封建地主阶级的特权被打得粉碎。一贯欺压穷人，抢男霸女的土豪被公审枪决；对敲榨人民血汗的劣绅进行彻底清算；农协会召开2万多人的群众大会，宣布披着神父外衣的帝国主义分子的滔天罪行，并将其当场处决。这时的江西农村真是翻天覆地，农协会在农村“说得出，做得到”，地主豪绅的威风扫地。
国民党右派视农民运动如洪水猛兽，亮出了早已磨好的屠刀，向革命人民杀过来了。1927年3月，在蒋介石的指使下，他们残杀了赣州总工会委员长、共产党员陈赞贤；捣毁了国民党左派党部；搜捕工人纠察队，队长曹炳元惨遭杀害；工人被打死20多人，市民伤60多人。
面对一件件反革命暴行，方志敏心情非常沉痛，决心制止反革命暴行，严惩右派。
在中央农委扩大会议上，方志敏完全赞同毛泽东关于建立农民武装，打击地主武装的主张。他联合各方面代表和农民运动讲习所学员，向国民党中央国民政府发起请愿活动，得到全国人民的支持。
4月2日到3日，南昌各界举行声势浩大的游行示威，一致要求严惩AB团。刚从武汉返回南昌的方志敏，立即投入战斗。游行队伍在朱德领导的军官教导团的配合下，AB团分子几乎全部就擒。
不久，蒋介石在上海发动了“四、一二”反革命政变，血腥屠杀革命志士。李烈钧在上饶，朱培德在南昌与蒋介石遥相呼应。严酷的现实，使方志敏清醒地认识到，只有用革命的武装对付反革命武装，才能取得最后的胜利，不能对国民党抱有任何幻想了。因此着手筹建省直属农协的自卫武装。在当时南昌市公安局长朱德的支持下，方志敏得到了100多支枪，武装起一个中队自卫军。全省各县农民自己也纷纷武装起来了。方志敏将队伍开到涂家埠，土匪恶霸早已逃之夭夭；豪绅地主被抓起来游街示众，他们的家财、粮食被没收，分发给穷苦民众。
省农协自卫队初征告捷，各地农民受到极大的鼓舞。在省农协和朱德领导的军官教导团支持下，很多地方都组织了农民自卫军，群情高昂，军威大振。
然而这些却招至中共江西区委刘九峰等人的指责，批评方志敏说：“友党对枪特别不放心，你要把所有的枪都交出来！”方志敏打断刘九峰的话，大声说道：“这是谁决定的？手无寸铁，让我们任人屠杀？他们要是放心了，我们就不能放心！”刘九峰等人却说：“这是根据陈总书记的指示决定的。统一战线是个大局，出了问题你要负责。”方志敏气愤地答道：“难道烈士的血就白流了吗？你们看得下去，我可看不下去，交枪你们先去问问民众，问问牺牲的同志。”方志敏用铁的事实驳得赵九峰等人无言以对。他们见无计可施，竟卑鄙地采取组织措施，给方志敏以党内警告处分。但方志敏把个人的一切，置之度外，就是不交枪。
当时右倾机会主义路线控制了全党，各地农民自卫队武装被解散，反动派反扑过来。被抓获的AB团分子被释放了；各地曾无影无踪的土豪劣绅、贪官污吏又回来了；残杀革命志士的事件不断发生，到处是一片白色恐怖。
在艰苦的岁月里，方志敏与南昌市女子职业学校的高材生缪敏建立了深厚的感情。缪敏是方志敏的同乡，一位朴实漂亮的农村姑娘。她经常协助方志敏进行革命活动，并加入了青年团。6月5日，为躲避敌人追捕而暂住区委秘密机关的方志敏，与缪敏举行了婚礼。他们虽然一无所有，但共同的理想和追求，使两颗年轻的心联在了一起。澎湃和新上任的江西区委书记罗亦农为他们主持了婚礼。
几天后的一个早晨，天刚朦朦亮，赣江水面笼罩着晨雾，方志敏化装成教书先生模样，乘小船秘密驶向吉安。缪敏站在江边，满含热泪，挥动着手帕，凝视着新婚丈夫远去。
