由于战后国际形势和美国远东政策的变化，东京审判只对28名甲级战犯进行了审理和判决，对已经逮捕的其他90名重要战争嫌疑犯陆续予以释放，致使这些在策划、发动侵略战争中担负主要或重要责任的战争嫌疑犯没有受到应有惩罚，继续在日本政治生活中占据重要位置、发挥重要影响。
对此，梅汝璈在后来的回忆录中写道：名列日本“甲级战犯”者共有约70名，均经逮捕羁押，准备交远东国际法庭审判。当时盟军总部的国际检察处(远东国际法庭的起诉机关)以案情过分庞大复杂，而一案审讯的被告亦不宜太多(那时欧洲纽伦堡国际法庭审讯的纳粹德国首要战犯仅22名)，于是遂决定分为两批或三批向法庭起诉，由法庭作为两案或三案审理。第一案的28名被告都是20年来在日本政治、军事和外交上负首要责任的元凶巨魁。至于其余的那些金融实业界巨头、大财阀、大军火商(如岸信介、欠原房之助、鲇川义介等)，以及在政治、军事、外交上地位虽稍低但恶名昭着的那些战犯(如西尾寿造、安藤纪三郎、儿玉誉大夫、青本一男、谷正之、天羽英二等)，则拟留在将来第二案或第三案中起诉受审。但是，由于第一案的审理进程旷日持久，在对第一案25名战犯的判决执行后，再也没有提起第二案、第三案的问题了。同时，麦克阿瑟便以盟军最高统帅的身份指示国际检察处(一个完全由美国人操纵的机关)以“罪证不足、免予起诉”为借口而把这余下的约40名甲级战犯分两次擅自释放了。第一批是在1947年秋天释放的，共有23名(臭名远扬的上一届日本首相岸信介，以及曾经两度来华访问过的久原房子助，都是这一批释放的)。第二批是在1948年年底释放的，共19名(参加日本国会议员访华代表团访问过中国的须磨弥吉郎是这一批释放的)。日本所有的“甲级战犯”已经全部被麦克阿瑟释放得一干二净，远东国际法庭既已无事可做，只能无形中归于消散。那时各法官也都归心似箭，纷纷离日返国(在11位同仁中，我系惟一的例外；由于某些政治原因，我一直在日本逗留到1949年6月上旬)。奇怪的是：在远东委员会的决议或盟军总部的文告中，始终找不到任何明文规定法庭解散的日期或其结束的程序。
积贫积弱、饱受欺凌的中国和东南亚各国的善良老百姓不会忘记日本侵略者给他们带来的灾难，但是，美国出于一己之需，却在战后迅速改变了对日本的态度。对日本战犯的大赦无疑是放虎归山，这不仅是对中国和东南亚各国人民的极大伤害，而且也为日本右翼翻案否认侵略历史埋下了祸根。
这正应了梅汝璈说的那句话：宽大固是美德，但是姑息、畏惧，却是懦弱。
梅汝璈研习国际公法多年，对于国际政治、国际关系中的奥秘是十分了解的，他深知“利益原则”的作用与分量。中国前途未卜，苏俄咄咄逼人，美国的全球战略决定了它一定会保存天皇扶植日本，至于中国和东南亚各国人民的长远利益和民族情感，则很自然地被搁置起来了。作为“五强之一”，作为与东南亚各国很不一样的文明古国——中国，不但其日后的发展不能受到关照，而且连她在刚刚结束的战争中所做出的惨痛牺牲和决定性贡献都面临着被遗忘的危险，这怎能不令人扼腕叹息！
1948年11月30日的《申报》刊载了梅汝璈的谈话：“在第二轮的审判过程中，我们得到无数的证据，足以证明他(日本天皇)即使不是日本侵略战争阴谋的发起人之一，至少也是一个消极的阴谋参加者。这一点，即足够构成从犯的罪名。”
尽管远东国际军事法庭确立了若干正确原则，但在梅汝璈看来，仍然是“留有众多遗憾”，而其中最大的遗憾在于让日本天皇裕仁逃脱了战争责任的追究，从而造成日本一些政治势力和民众长期拒绝对战争进行深刻反省和忏悔，政治上长期右倾化。
事实上，天皇裕仁在日本近代天皇制中的地位和作用，决定了其具有不可推卸的战争责任。日本的近代天皇制，实际上就是专制主义天皇制，天皇理所当然地应对一切重大国事承担法律责任。
天皇制在日本经历了古代、近代及现代三个发展阶段。
日本的古代天皇制经历了一个较长的酝酿过程，从6世纪末圣德太子摄政时期开始经大化革新至8世纪初制订《大宝律令》和《养老律令》正式确立下来。随着天皇制的形成，天皇也开始被神化了。公元8世纪初期成书的《古事记》和《日本书记》关于天皇传世肇国的叙述，把天皇说成是天照大神的子孙，来统治日本这一“万邦无比的神国”。然而，在古代1000多年的发展过程中，由于种种原因，天皇并非始终处于掌握最高权力的地位，大部分时期成为“虚君”，天皇只是作为神道等某种宗教信仰的象征而存在，成为日本封建制度的陪衬与装饰。
日本由古代天皇制向近代天皇制的转变，即近代天皇制的形成是从明治维新时期开始的。明治维新建立了日本地主资产阶级联合政权，并确立了近代天皇制。1889年颁布的《大日本帝国宪法》，是近代天皇制的法律保障。与此同时，在意识形态领域，则以幕府末期尊王思想的大发展为基础，提高神只官的地位，将幕府时期受冷落的神道升为国教，在国民中大力灌输忠于被神化了的天皇的封建君臣思想。
明治年间，日本的御用文学家和文学家，在《古事记》和《日本书记》关于日本是神国、天皇是神灵的传说故事基础上，撰写了大量进一步神化天皇的文章，说什么“世间有形形色色的神，既有掌管全面的福运神，更有众多的分工明细的部门神：即掌管商业的财运神，掌管农业的丰运神，掌管医药的康运神，掌管文化的智运神，等等。而天皇则是掌管一切神灵的大集中神，是至高无上的神，是权力无边的神。”说什么“天皇的话是神的命令，遵循者一生吉安而荣华富贵，违逆者厄运临头而横遭惨祸。为执行天皇命令而死者，灵魂升入天堂而成为神仙；因违逆天皇命令而死者，将被打入十八层地狱而后降生为虫蚁。”说什么“日本国是天皇的祖先开创的国家，日本的一切都属于天皇所有。日本人从降生起就用天皇的神水洗澡，死后还要葬在天皇创造的神土上。日本人的智慧、灵魂和躯体都是天皇赐予的，应毫无保留地将自己的一切奉献给天皇。”
在日本近代天皇制中，天皇是名副其实的天皇制的代表者。明治维新虽然使日本确立了资产阶级君主立宪的国家制度，日本也由此走上资本主义的发展道路。但是由于资本主义社会经济基础的薄弱，封建意识形态的大量存在和神道及武士道精神的发扬光大，而导致明治维新的不彻底，使日本很快走上了对外侵略扩张的道路，成为军事封建帝国主义国家。
日本的天皇也如同封建时代的独裁君主，集一切国家权力于一身，神圣不可侵犯。
明治宪法规定，“大日本帝国由万世一系之天皇统治之”，天皇“神圣不可侵犯”，“天皇为国之元首，总揽统治权”，天皇掌握了国家一切最高权力，在帝国议会协助下行使立法权，裁决议会所订法律；有权召集议会，宣布开会、闭会、休会及解散众议院；议会闭会时发布敕令代替法律，决定官制及文武官员薪俸，任免文武官员；统率陆海军，决定陆海军编制及常备军兵额；有权宣战、媾和及缔结条约；宣布戒严令，大赦、特赦、减刑及平反恢复名誉；授予爵位勋章及其他荣誉，等等。由此可见，明治宪法作为国家的最高法律赋予天皇管理国务的最高权力，天皇处在国家权力结构的中心。还应该看到明治宪法所形成的日本政治体制与西方立宪君主制的区别：日本近代天皇制下的天皇已不是“虚位”君主，而是制订法律、施行国务的“实君”；近代天皇制的三权分立也不同于西方的三权分立，而是内阁、议会、军部各自为政，分别向天皇负责。
日本的法西斯统治体制实际上就是以天皇为中心的军部法西斯独裁统治体制。在日本法西斯化的过程中，曾经过了两次所谓“明证国体”运动，天皇的统治和在日本国民精神上的绝对权威得到了进一步强化。东条英机在法庭上曾这样谈到天皇裕仁的权威：“没有任何一个日本臣民能违迕天皇陛下的旨意，日本政府或日本国的高级官员尤其如此。”每一届日本内阁都按天皇旨意组成，各届内阁首相及内阁成员，无不对天皇奉命惟谨。而且，天皇还用频频更迭内阁的办法，保持他的绝对权威，以防止内阁权势过重，威胁皇权。在罗斯福任美国总统期间，日本内阁就换了12届。
然而，日本战败后，其统治集团包括天皇裕仁本人，都从维护所谓神圣的“国体”和“现人神”天皇出发，千方百计寻找和编造种种理由及借口，为天皇推卸战争责任。日本政府甚至为此专门召开会议并做出了关于战争责任问题的决定：“……有关决定开战、贯彻执行作战计划等，天皇陛下只能遵从实行宪法中形成的惯例，不能驳回大本营、政府已决定的事项。……”其主要观点和理由是根据明治宪法天皇的行政权由国务大臣(即内阁)“辅弼”、军队的统帅权由军部承担辅佐之责，加上宪法在实施时的天皇“无答责制”，所以“圣上对政务和军务绝对不承担责任。……这次大战实际上是由政府特别是军部独裁所进行的”。但事实果真如此吗？
首先，如前所述，明治宪法赋予了天皇管理国务的最高权力，是制订法律、施行国策的主体，其他如内阁、议会、军部都是分别向天皇负责，是副体和协助者。因此，让副体承担全部的法律责任而主体则毫无责任是无论如何也说不通的。诚然，由于日本的国家体制的关系，日本军部“统帅权独立”，即天皇统率陆海军，军部直属于天皇并承担辅佐之责，军部大臣的“帷幄上奏权”和“陆海军大臣现役制”等等，在近代天皇制下的日本军部具有特殊的地位和作用。日本的法西斯统治实际上就是军部法西斯对内镇压、对外侵略的独裁专制，它在日本法西斯化和发动侵略战争的过程中，起了极其重要的作用。日本军部所应承担的战争罪责也理应得到清算。但是，惩处了日本军部法西斯战犯，并不能推卸日本天皇的战争责任。日本军部法西斯无论独裁专断到何种地步，也是“辅佐”天皇行使对军队的统帅权。军部在近代天皇制下是不可能完全把持日本“皇军”的，天皇即使不是日本战争机器的惟一操纵者，也是操纵者之一。
关于裕仁天皇的战争责任，日本的有识之士史学家井上清指出：“天皇是大日本帝国的惟一最高的统治者，尤其他是大日本帝国军队的惟一最高的绝对统帅。……他作为大日本帝国的道德和精神的最高权威，要求作为臣民的日本国民，无条件地效忠、服从和尊崇他……所以，他从1931年9月18日日军发动侵略中国东北的战争开始，到1945年9月2日签署对盟国正式投降的文件为止，推动和指导了一连串的侵略战争，惨杀了数千万亚洲人。他是‘战争罪犯’，是‘法西斯分子’，是杀害五千万亚洲人的罪魁祸首。”
然而，裕仁天皇“并没有以诸如希特勒或墨索里尼的形式出现在大众面前，而是一直作为竹帘后面的神秘存在并保持着终极权限”。表面看来“行使权力的是军部，但军部本身的权限最终还是要靠天皇的最高权威来保证。即使东条，当他失去天皇信任时，也不能不辞职”。正如在澳大利亚提交的战犯名单上为起诉天皇所附的备忘录中所说：“按照帝国宪法的规定，宣战、讲和及缔结条约的权力在于天皇。因而，批准侵略战争便成为战犯的个人责任。……他如果真是和平主义者，就能够制止战争。……可是，仅仅由于他批准了战争，便要承担责任。”
其次，所谓“无答责制”，是指天皇在御前会议上对臣属的汇报只听不答，后果与责任由臣属承担。虽然在一般情况下，天皇援用“无答责制”不干预国政，但在历史的紧要关头和发生重大的政治事件以及重要的人事变动时，天皇都要参与，直至做出最后的“圣断”。就连天皇本人自己也是承认这一点的。1990年公之于世的1946年天皇的谈话记录《昭和天皇独白录》中清楚地表明了这一点。例如，在皇姑屯事件炸死张作霖后，“我厉声对田中说：……你提出辞呈吧！……田中因此提出辞呈，田中内阁也解散了。”1939年“阿部(信行)内阁成立之时，最大的问题是选定军部大臣。……我命令阿部把梅津(美治郎)和侍从武官长畑(俊六)安排在陆军的位子上。”卢沟桥事变后，“事件又扩大到上海。尽管近卫主张采取不扩大方针，但我感到战火既然已经蔓延到了上海，就很难不扩大。……于是我督促大举增兵”。另外，他也承认德、日、意三个法西斯国家结成同盟是他同意的，对英美开战的决定是他同意并下诏宣战的。
