6月，京蓬药业被共青团烟台市委授予“烟台市青年科技活动先进单位”称号；
7月，京蓬药业发明（设计）的农药瓶贴获“山东省第五届专利奖创新奖”；
7月，董事长张天良被****蓬莱市委、市人民政府授予“蓬莱市科技功臣”称号；
8月，总经理张毅被中国专利烟台优秀发明家（者）评审委员会评为“中国专利烟台优秀发明家”；
10月，“桃小灵乳油”、“扑虱蚜可湿性粉剂”、“绿帝乳油”、“烟碱微乳剂”、“八仙丰产素”被联合国果蔬加工与产业化国际研讨会暨展览会指定为专用产品；
11月，京蓬药业获聚酯瓶外观设计专利证书；
12月，总经理张毅荣获“第七届烟台杰出青年”荣誉称号。
2000年
1月，公司投资600万元，购置了三台套乳油瓶装机、三台套粉剂灌装机、一台乳油包装机、一台气流粉碎机、三台铝箔封口机、三台喷码机、两台贴标机，对制剂乳油粉剂的设备进行更新换代。公司从此脱离手包装时代，进入机械化作业向现代化转轨阶段。大大地提高了劳动生产率，降低了员工的劳动强度；
1月，人工模拟银杏杀菌剂获1999年山东省十大科技成果奖（山东省科技进步评审委员会）；
2月，董事长张天良被****蓬莱市委、市人民政府授予“优秀企业家”称号；
3月，京蓬药业被山东省科学技术委员会认定为“高新技术企业”；
4月，“30%桃小灵乳油”被滨州地区农业局评为1999—2000年度滨州地区防治农作物病虫草害优先推荐产品；
4月，“2.5%扑虱蚜可湿性粉剂”产品获2000年烟台市科技星火奖二等奖；
4月，“2.5%免扑虱蚜可湿性粉剂”、“40%灭蚜净乳油”被滨州地区农业局评为1999—2000年度滨州地区防治农作物病虫草害优先推荐产品；
4月，总经理张毅被山东省总工会授予“山东省富民兴鲁劳动奖章”；
5月，京蓬药业获得并通过首版ISO9002体系质量认证证书；
6月，公司送6名员工到蓬莱电大学习农业经济管理专业；
6月，“2.5%扑虱蚜可湿性粉剂”获烟台市星火奖三等奖；
6月，“20%速杀净乳油”获蓬莱市科技进步二等奖；
6月，“6%蚜螨双杀乳油”获蓬莱市科技进步三等奖；
6月，“30%桃小灵乳油”被山东省工商行政管理局认定为“山东省著名商标”；
9月，京蓬药业被山东省外经委二次确认为先进技术企业；
9月，京蓬药业被烟台安监局评为“安全标准化三级达标企业”；
9月，京蓬药业被山东省工商行政管理局命名为省级“重合同守信用企业”；
9月，公司送6名员工在烟台大学学习生物工程、工艺分析、精细化工专业。
2001年
3月，“6%蚜螨双杀乳油”获烟台市科技进步三等奖（烟台科技进步评委会）；
2001年6月至2002年6月，京蓬药业被中国农业银行山东省分行、省信誉评级总公司确认为“AAA级信用企业”；
5月，总经理张毅在2000年度新闻宣传工作中，被****蓬莱市委授予“宣传蓬莱贡献奖”；
6月，京蓬药业获ISO9002体系质量认证证书；
6月，董事长张天良被****蓬莱市委特授予“优秀共产党员”称号；
8月，成立山东京蓬生物药业股份有限公司，注册资金3000万元；
8月，“复方多菌灵”、“绿帝”、“结果宝”等在山东省首届农业新技术交流暨农用物资交易会上被评为“重点推广产品”（山东省农业技术推广总站）；
9月，“人工模拟银杏杀菌剂”研制及应用获山东省科技进步一等奖（山东省科技进步评审委员会）；
9月，董事长张天良被莱阳农学院聘为植保系“客座教授”；
10月，总经理张毅被中国管理科学研究院学术委员会聘任为“特约研究员”；
从1998年到2001年，企业稳步发展，在管理上下功夫，重视人才的培育和内部体制的改革，逐步向现代化企业过渡，取得了丰硕的成果。
第三阶段：创新思维 科学管理（2002年—2010年）
2002年
1月，农药残留检测剂（****胆碱酯酶）由京蓬药业自主研发，对家蝇进行规模育种饲养，并不断纯化良种蝇，使其活性对农药保持高度敏感，在此基础上从家蝇头部提取高敏感****胆碱酯酶，用于检测农药残留，公司投资200万元装备****胆碱酯酶的生产；
1月，京蓬药业获得农药包装箱外观设计专利证书；
3月，“30%桃小灵乳油”、“15%扑虱蚜可湿性粉剂”、“25%对氯辛乳油”被评为滨州市2002年农资打假扶优重点推荐产品；
5月，“油菜素内酯”原药及制剂获蓬莱市科技进步一等奖；
5月，“40%玉友悬浮剂”获蓬莱市科技进步二等奖；
5月，“30%桃小灵乳油”、“2.5%扑虱蚜可湿性粉剂”、“25%棉神乳油”、“20%银果”、“亮锄”产品荣获中国农药工业协会农药产品质量保证授信，并采用协会非常防伪放心标贴证书；
6月，京蓬药业被中国农业银行山东省分行确认为“AAA级信用企业”；
6月，京蓬药业被山东省科学技术厅认定为高新技术企业；
7月，京蓬药业被****蓬莱市委、市政府授予“十佳民营企业”称号；
8月，“京蓬”被山东省工商行政管理局认定为“山东省著名商标”；
9月，公司送6名员工在莱阳农学院学习植物保护专业；
9月，“京蓬”牌系列产品在2002年中国名牌化工产品质量跟踪调查活动中被中国化工情报信息协会评为十佳品牌；
9月，总经理张毅荣获“2002年山东省质量管理先进工作者”称号；
10月，京蓬药业成为“美中国际合作交流促进会中国合作企业”（美中国际合作交流促进会）；
10月，京蓬药业获得农药包装袋外观设计专利证书；
12月，总经理张毅被烟台市人民政府评为“烟台市发展乡镇企业先进个人”；
2002年，“拟银杏杀菌剂——绿帝”及系列产品开发获国家级星火计划项目证书（科技部星火计划办公室）。
2003年
1月，京蓬药业被蓬莱市总工会授予“工会工作先进单位”称号；
1月，总经理张毅被评选为“蓬莱市人大代表”；
4月，京蓬药业被山东省科技厅、民营促进会授予“山东省优秀民营科技企业”称号；
4月，京蓬药业被科技部火炬高技术产业开发中心认定为“国家火炬计划重点高新技术企业”；
4月，“36%霜脲？锰锌悬浮剂”获国家级星火计划项目证书；
4月，“40%玉友悬乳剂”获国家级火炬计划项目证书（科学技术部火炬高技术产业开发中心）；
6月，“30%桃小灵乳油”被山东省工商行政管理局认定为“山东省著名商标”；
6月，京蓬药业被中国农业银行山东省分行评定为“AAA级信用企业”；
6月，董事长张天良被****蓬莱市特授予“优秀共产党员”称号；
10月，“银果”在2003年获国农牧渔业丰收奖二等奖（中华人民共和国农业部）；
10月，总经理张毅参加的山东省320万亩果菜安全生产配套技术推广项目获2003年全国农牧渔业丰收二等奖；
11月，“油菜素内酯”原药及制剂获山东省科技进步三等奖（山东省科学技术委员会）。
2004年
1月，“银果”和“银泰”农用杀菌活性的发现与应用研究获国家科学技术进步二等奖（中华人民共和国******）；
2月，投资研发的“烯啶虫胺”项目，是替代高毒有机磷农药的新品种，有着较好的市场前景，国内供不应求，主要出口日本、英国、巴基斯坦、越南等地。在此基础上，公司又开发了“烯啶虫胺水剂”，是“吡虫啉”产品的后续产品；
2月，京蓬药业通过ISO9001：2000质量管理体系认证（东北认证有限公司）；
3月，京蓬药业在规范农资市场铸造诚信品牌活动中被山东省质量协会、农村大众报、山东省农药工业协会评为“农民喜爱的放心产品”；
3月，“20%银果可湿性粉剂”被上海市农药新品种推荐委员会评为“上海市2004年度重点推荐品种”；
6月，京蓬药业被中国农业银行山东省分行评定为“AA+级信用企业”。
2005年
2月，山东省科学技术厅在全省19家企业中成立了“山东省生物农药工程技术研究中心”，我公司榜上有名。中心是以自主创新为主线，以实现高级技术为目标，积极开展相关领域工程技术研究，不断提高科技成果的成熟性、配套性和工程化水平，推动行业科技成果商品化、产业化、国际化，积极开展更高层次技术服务；
2月22日，京蓬药业完成了高效低毒银果杀菌剂产业化示范工程，扩建原银果乳油、可湿性粉剂装置，新建微胶囊悬浮剂生产装置，该项目年生产银果的能力可达3000吨，当年就生产了1000吨，为京蓬药业的发展奠定雄厚物质基础；
4月，京蓬药业被山东省科技厅认定为“高新技术企业”；
