苏辙是元丰八年（1085）八月回京任秘书省校书郎的，当年十月，又被任命为右司谏。这时高太后垂帘听政，起用了司马光、吕公着等人，准备革除王安石变法造成的弊端，一切回到熙宁以前的原样。
苏辙上任不久，便将矛头直指王安石阵营中的两个重要人物—蔡确和韩填，写了《乞罢左右仆射蔡确韩填状》。这篇奏状是在“右臣（苏辙为右司谏，故自称右臣）顷论奏蔡确、韩填才不足用及多过恶，乞赐罢免，至今未见施行。确近已上章求退，而填安然未有去意”的情况下写的，说蔡确、韩填“皆碌碌常才，无过人之实”，“朝廷将取其德，则不闻其孝弟可称；将取其才，则不闻其功业可纪；将取其学，则不闻其经术可师。徒以悦媚上下，坚固宠禄”，所以罢免此二人不必可惜。为什么要罢免他们呢？因为“确、填受恩最深，做事最久，据位最尊”，推行王安石变法与他们关系极大，时至今日不主动求退“不过以为是皆先帝所为而非吾罪也”，所以苏辙强调：“夫为大臣，忘君洵己，不以身任罪决，而归咎先帝，不忠不孝，宁有过此！臣窃不忍千载之后书之简策，大臣既自处无过之地，则先帝独被恶名。”苏辙要求公开这篇奏状，“乞宣示此疏，使确、填自处进退之分，臣虽万死，不以为恨。”在白纸奏状的后面，苏辙用黄纸写下未尽之意附于正文之后：“臣窃观蔡确所上表，虽外迫人言，若欲求退，而论功攘善，实图自安。所云，收拔当世之香艾（受尊敬的长者）以陪辅王室者，臣谓当世之曹艾，乃确昔日之所抑远者也；所谓蠲省（减少）有司之烦碎以慰安民心，臣谓有司之烦碎，乃确昔日之所创造者也。此二事皆确为相无状，以累先帝之明。非陛下卓然独见，孰能行此！确既不自引咎，又反以为功，着之表疏，传之天下，则是确等所造之恶，皆归先帝，而陛下所行之善，皆归于确。臣不胜愤慈，乞赐详酌施行。”
苏辙这篇《乞罢左右仆射蔡确韩填状》，用词尖刻犀利，把蔡确、韩填的小人嘴脸揭露得痛快淋漓、人骨三分；行文一反从容淡泊的常态，如疾风暴雨，大义凛然，宣示了义无反顾的决心。该文感情饱满，说理充分，有很强的感染力。
苏辙与左正言朱光庭密切配合，置个人安危得失于不顾，以不达目的誓不罢休的决心多次上疏要求罢免王安石旧党，为罢免蔡确竟上疏七次。在朝廷罢免了旧相蔡确、韩填、枢密使章悴、京兆尹蔡京后，苏辙又把矛头指向因凶险奸诈、两面三刀而被称为“双面人”的吕惠卿，向朝廷呈送了《乞诛窜吕惠卿状》。
奏状说：“安石山野之人，强狠傲诞，其于吏事冥无所知。惠卿指挞教导，以济其恶。青苗、助役议出其手。韩琦始言青苗之害，先帝知琦朴忠，蟠然感悟，欲退安石而行言……惠卿方为小官，自知失势，上章乞对，力进邪说，荧感圣听，巧回天意，身为馆殿，摄行内侍之职，亲往传宣，以起安石，肆其伪辨，破难琦说，仍为安石画劫持上下之策，大率多用刑狱以震动天下。自是净臣吞声，有识丧气，而天下靡然矣。至于排周忠良，引用邪党，惠卿之力，十居八九。”又说了吕惠卿推行手实法后“鞭捶交下，纸笔翔贵；小民怨苦，甚于苗役”，接着又“兴起大狱，以恐胁士人，如郑侠、王安国之徒，仅保首领而去”的过恶。
奏状说吕惠卿以“赃罪被黝”后，极力陈述边界征战的事以迎合皇帝的心意。在延安时得到同党徐禧的帮助，“违背物情，坏乱边政，至今为患。西戎无变，妄奏警急，擅领大众，涉人虏境，竟不见敌，迁延而归，糜费资粮，弃捐戈甲，以巨万计。”由此挑起了与西夏的战争，导致了永乐战事的失败，使边界至今不能安静下来。
奏状说：“安石之于惠卿，有卵翼之恩，有父师之义”，王安石初次罢相，推荐吕惠卿代替自己执政。吕惠卿执政后恐怕王安石被朝廷复用，想通过将与王安石关系密切的王定国、李士宁下狱审理来捉住王安石的把柄，以阻止他归朝复位。王安石发觉后，立即被召进朝廷，两人相互攻击。吕惠卿把王安石写给自己的信拿了出来交给朝廷，作为攻击王安石的罪证。其中有封信上有王安石“无使上知”的字迹，引起皇帝不快，王安石遂以欺君之罪再度罢相。苏辙用这些事例说明了吕惠卿是个“私行险薄，非人所为”的阴险小人。
奏状最后用唐太宗任用李勋，曹操杀死吕布等许多历史人物故事为证，说明像吕惠卿这样的人如果继续在朝，必为国家大患。现在王安石变法尽被废除，而吕惠卿却没有受到惩罚，是因为“盖其凶悍猜忍如蝮蝎，万一复用，眶毗必报，是以言者未肯轻发”。于是作者挺身而出。“是以不惮死亡，献此愚直”，要求皇帝对吕惠卿“纵未以污铁锢（行刑的工具），犹当追削官职，投界四裔，以御魑魅”。
这篇文章气势宏大，咄咄逼人，言词激烈，毫不留情地把“双面人”吕惠卿的丑恶品行暴露无遗，笔锋到处，人木三分。
司马光执政后，认为王安石推行的雇役法害处很大，准备恢复差役法。苏辙与苏轼的看法一样，认为“差雇之弊，其实相半”，但他没有像哥哥那样正面顶撞司马光，只是委婉地进言：“自罢差役，至今仅二十年，吏民皆未习惯。况役法关涉众事，根牙磐错，行之徐缓，乃得审详，若不穷究首尾，匆速便行，恐既行之后，别生诸弊。今州县役钱，例有积年宽剩，大约足支数年，若且依旧雇役，尽今年而止。催督有司审议差役，趁今冬成法，来年役使乡户。但使既行之后，无复人言，则进退皆便。”苏辙这个建议，司马光未予采纳。
司马光又以王安石私设《诗》、《书》新义考试天下士而使学者很难适应，所以想改科举，别为新格。苏辙也反对王安石任相期间以他自己所着的书为范本来考试举子，但对马上以九经取士的方法持有异议，就写了《言科场事状》上奏朝廷。苏辙在此文里认为：进士来年秋试，“岁月无几，而议不时决。诗赋虽小技，而比次声律，用功不浅。至于兼治他经，诵读讲解，尤不可轻易。要之，来年皆未可施行。乞来年科场，一切如旧，惟经义兼取注疏及诸家议论，或出己见，不专用王氏之学。仍罢律义，令举人知有定论，一意为学，以待选试，然后徐议元佑五年以后科举格式，未为晚也。”司马光没有听从。
苏辙很关心民间疾苦，他看到京城四门外白骨如麻，大部分为当年筑城开漆期间死亡的民夫，而且东门外又为碾磨茶叶作坊流出的污水所浸润，原先埋葬了的尸体也因土薄水深而暴露了出来，“狼藉臭腐，不忍闻见”，就上《乞葬埋城外白骨状》奏状给朝廷，并希望因此而能“感召和气，卒致丰岁”。
苏辙在积极参与清除朝中王安石余党的同时，也为那些因反对变法而遭到流放的官员平反伸冤。其中有个叫郑侠的小官，与苏辙“生平未尝识面”，“而侠以孤远，终无一人为言其冤者”，苏辙为此写了《乞牵复英州别驾郑侠状》：
右臣窃见英州别驾郑侠，昔以言事获罪，投窜南荒。侠有父年老，方将献言，自知必遭屏斤，取决于父。父慨然许侠，誓不以生死为恨。而流放以来，追今十年，屡经大赦，终不得牵复。父日益老，而侠无还期。有志之士，为之涕泣。况且陛下临御，一新庶政，凡侠所言，青苗、助役、市易、保甲等事，改更略尽。而侠以孤远，终无一人为言其冤者。臣与侠生平未尝识面，独不忍当陛下之世，有一夫不获其所。是以区区为侠一言，仗望圣慈，特赐录用，使其父子生得相见，以慰天下忠直之望。谨录奏闻，伏候救旨。
郑侠是个小官，初从学于王安石，后反对变法。时遇大旱，侠以所见居民流离困苦之状，叫画工画了一幅流民图上奏。神宗看后下自责诏，罢除方田、保甲、青苗诸新法。吕惠卿代替王安石为相后，郑侠又上言说王安石是为吕惠卿所误，于是被流放英州。苏辙上了这份奏状后，郑侠很快得以回归。也许是品尝过流放生涯的辛酸，苏辙这篇文章虽然甚短，但感情充沛，有极强的感染力。
《荐林豫札子》是一篇苏辙向皇帝推荐人才的上书，但触及的问题远不止此。文章先从吏治存在的问题说起，“臣窃见天下久安，士久不试，才者无以自现”，接着用汉丞相王嘉关于人才的一番议论说明了平时蓄养人才的重要，建议皇帝的近臣们，在无事之日应“各举所知”，以备急时所用，这样不但含蓄地表白了自己荐举林豫并不是出于私心，更为下段荐林豫蓄足了势。第二段介绍林豫是个“吏干强敏，长于应变，所至可记”的人，用其两任政绩及捕盗的具体数额予以证实。最后，苏辙建议与其让他“随例注授，碌碌于外……不若素养之为善也”，如果一旦有事，“则士赴难不爱其死”。这篇文章谈论的吏治问题及荐人都比较敏感，并涉及到了革新吏治的大间题，所以行文谨慎，词语委婉，使政敌无懈可击。文章的论据、议论、逻辑也十分充分、透彻、严密，为苏辙散文中的精品。
北宋与西夏的边界长期不平静，时有战事。宋神宗时，利用西夏国内动乱之机，宋朝派军队攻击，于熙河路增置兰州，于延安路增置安疆、米脂等五寨。宋哲宗登基第二年，西夏才派使者来祝贺哲宗登位。这些使者还没有走出国界，西夏又派遣使者来了。朝廷知道西夏这次派人来是请求归还失去的土地，在未接见使者以前，大臣们坐在一起商议对策。大臣们各抒己见，是放弃还是守御这些地方，议论不休而决定不下来。苏辙这时说话了，他说：“顷者西人虽至，疆场之事，初不自言。度其狡心，盖知朝廷厌兵，确然不请，欲使此意发自朝廷，得以为重，朝廷深觉其意，忍而不予，情得势穷，始来请命，一失此机，必为后悔。彼若点集兵马，屯聚境上，许之则畏兵而予，不复为思；不予则边畔一开，祸难无已。间不容发，正在此时，不可失也。况今日之事，主上妙年，母后听断，将帅吏士，恩情未接，兵交之日，谁使效命？”众人听他这么一分析，弃守之议就平息了。于是朝廷主动许诺归还五寨，使西夏君臣心服口服。
这年九月，尚书左仆射兼门下侍郎司马光因病去世。司马光自哲宗登位一年多来，因哲宗及太皇太后对他言听计从，就抱着以身殉国的决心报答朝廷对他的信任，于是不分昼夜操劳政务。宾客见他体弱病多，以诸葛亮食少事繁的例子劝其注意身体。司马光说：“死生，命也。”反而为国事更尽力，直至卧病在床仍操心朝中大事，即是梦中的语言，依然是天下大事。司马光死后，朝廷赠太师、温国公。苏辙因与司马光私交甚密，代替当时最高行政机构中书、门下、尚书三省写了《代三省祭司马丞相文》。该文简练的词语，从哲宗登基、太后垂帘听政“曰予茕茕，谁恤予祸”的处境写起，说司马光受命于危难之际，他“身如搞木，心如金石”，不顾处境的危险担当起重任，于是“吾民苟安，吾君则宁。以顺得天，以信得人。锄去太甚，复其本原”，刚把朝廷的政务理顺，他却死去，引起“天以雨泣，都人酸辛”。司马丞相虽然离世，“其志则存”，因为“国有成法，朝有正人，持而守之，有进毋陨”，所以司马光虽死犹生。这篇祭文虽然是代三省而写，苏辙却倾注了自己对司马光的一片深情，不拖泥带水，文情并茂。
就在这年的八月，苏辙被任命为起居郎。三个月后，又迁为中书舍人。这时，当政的几个大臣把黄河改流的事提到了朝中议事日程上来，力主用大量人力使黄河流人古道。早在宋神宗时代，黄河从大吴这地方决口，神宗知道黄河已不可再人故道，就疏导河水向北流去，到现在水性已顺，只是河道还不深，两岸的堤防没有修筑，每年秋季都有决口溢出的危险，但并不是深害。苏辙为此事问中书相吕晦叔道：“公自视智勇孰与先帝？势力隆重能鼓舞天下孰与先帝？”吕晦叔吃惊地问：“君何言软？”苏辙说：“河决而北，自先帝不能回，而诸公欲回之，是自谓智勇势力过先帝也。且河决自元丰，导之北流，亦自元丰。是非得失，今日无所预。诸公不因其旧而修其未完，乃欲取而回之，其为力也难，而其为责也重矣！”吕晦叔答应说：“我与其他人再商议一下。”随后回河的议论纷纷，吕晦叔却不幸病死了，苏辙的建议没有发挥作用。然回河之事终以失败告终。为后来留下许多问题。苏辙的见解是高明的。
一年后苏辙又转为户部侍郎，他在调查研究的基础上，提出了改变中央与地方税赋分配比例及方法，改革户部的管理制度，从其他诸司中把应该属于户部的权力收回来，使朝廷每项花钱的事情都能把责任落到实处，做到责、权的统一，以提高办事效率。
元佑四年（1089）苏轼出知杭州后，朝廷立即命苏辙代替其兄为翰林学士，时间不长又兼吏部尚书。八月，苏辙奉诏出使辽国，贺辽主生辰。他把这一消息写信告诉苏轼后，苏轼立即寄来一诗送行。到了辽国都城。辽国君臣很敬重苏辙，派其侍读学士王师儒在宋使下榻的旅馆里陪伴。王师儒博学多才，能背诵出苏洵、苏轼的许多篇文章，并对苏辙说遗憾的是没有见到全集，只知道这些；他对苏辙的文章也知道不少，能背诵出《服获等赋》等多篇文章。像王师儒这样尊敬三苏的人品及喜爱其文章的人，在辽国还有许多。
这一时期的苏辙不但在政坛上活跃，写了许多不同凡响的政论文章，而且其他散文也颇有成就，尤其是《孟德传》，《丐者赵生传》这两篇人物传记写得很有特色。
《孟德传》讲述的故事是这样的：文中的主人公孟德是禁军神勇营的逃兵，年少时喜爱在山林里钻，当兵后在戍守秦州期间，为了“好山林”的志愿，他休掉妻子，把儿子也给了人，逃到华山脚下，用衣服换取了一把刀10个饼，带着进了山。他寻思：我本是禁军中的人，今天这个处境被捉住是死，被饿死也是死，遇到虎狼毒蛇也是死。有这三种死的可能，对自己的生命也就置之度外了，只管往山的深处走。把饼吃完以后，采草根树果来吃。一天病十分愈十次，呕吐、下痢、腹胀、胸慈等症状全都出现了。过了几个月，吃这些东西如吃五谷一样平安无事，所以进山二年不饿。虽多次遇到猛兽，也没有死去。孟德对此的说法是：“凡猛兽一类的动物能识别人的气息，离人尚有百步，就伏在地上号叫，声音在山谷中震响。我因为不怕死，没有被它吓住。过一会儿，它就跳过来像是要与我搏斗，距我十几步远停下蹲坐在那里，迟疑不决最终俯首帖耳地走了。试其它猛兽，前后情形都一样。”孟德后来到了商州，被捉住后经过一番转折，最后复员为民。他至今来往山中，没有什么祸害发生。苏辙在讲完这个故事后议论说：“世之君子皆有所顾，故有所慕，有所畏；慕与畏交于胸中……未有特立于世者也。今孟德其中无所顾，其浩然之气发越于外，不自见，而物见之矣。推此道也，虽列于天地可也，曾何猛兽之足道哉！”
《孟德传》塑造了一个“神勇”的英雄形象，作者借此对士君子中常见的心怀私虑、畏首畏尾的心态予以讽刺，大力歌颂无所顾忌的精神—“浩然之气”。苏轼对弟弟写《孟德传》的用心很理解，在《书＜孟德传＞后》说：“闻忠、万、云安多虎，有妇人置二小儿沙上而烷衣于水者。虎自山上驰来，妇人仓皇沈水避之。二小儿戏沙上自若。虎熟视久之，至以首抵触，庶其其一惧，而儿痴，竟不知怪，虎亦卒去。意虎之食人，必先被之以威，而不惧之人，威无所从施软？”苏辙常提倡为人要有浩然之气，在多篇文章中都谈到了这个问题。他一生历尽坎坷而始终如一，是心中这股无所畏惧的浩然之气一直支撑着他的结果。
《孟德传》以哲理性见长，且叙事生动，议论精警深刻，不仅是苏辙散文中很有特色的文章，且在整个宋文中也属别具一格的一篇佳文。
《丐者赵生传》叙述了乞丐赵生的奇行怪事。赵生是高安（摘州）人，“敝衣蓬发，未尝沐洗，好饮酒，醉辄殴晋其市人。虽有好事时召与语，生亦漫骂，斥其过恶。故高安之人皆谓之狂人，不敢近也。”就是这个赵生，在苏辙滴居绮州时主动求见，对苏辙大谈道家的学说，教给苏辙“挽水以溉百骸，经旬诸疾可去，经岁不怠，虽度世可也”的养身气功，并给苏辙讲述道家学说中的地狱里的情形，还说他能神游人间各处名山大川及自由出人于阴间地府。经过多次接触，苏轼认为赵生不但有道术，而且道学造诣很深。赵生双目云翁遮盖，看不清东西，却不时能脱翳看见碧色的瞳仁。从脐以上骨如龟壳，从心以下骨如刀锋。两骨相对，中间留有一指的空隙。赵生说他127岁了，一直云游四方，曾与扬州蒋君学道，蒋厌恶他，以药弄坏他的眼睛，留下了看不清东西的后遗症。这时苏轼滴居黄州，赵生求苏辙写了封推荐信后去了黄州，他爱苏轼的乐观随意好相处，留在那里半年不走。苏轼北归时跟随到了兴国，被知军杨绘留下。他有喜欢禽鸟六畜的爱好，居住兴国期间养了一匹骏骡，被骡踢伤而死，杨绘把他埋葬了。元佑元年有个叫法震的四川僧人到京师来见苏轼、苏辙，说他在云安的旅店里见到了个丐者，那丐者说：“吾姓赵，在黄州结识苏公，为我谢谢他。”苏轼惊问丐者的相貌，知是赵生无疑。当时兴国军的军事长官之子在座，回兴国后告诉了父亲，挖开坟墓看时，棺中已空了，只有一根拐杖及两胫在。苏辙知道了发葬的情况后很疑惑，他根据道教书籍记载的“尸假之下者留脚一骨”来判断，怀疑赵生之死是假装的。《丐者赵生传》描写的赵生传奇色彩很浓，反映出了苏辙中年后形成的儒、释、道合一的哲学思想。文章情节曲折，抓住具有特色的细节，使人物栩栩如生。
