唐太宗李世民对房玄龄十分信任，把用人大权完全交付给他。房玄龄根据唐太宗『量才授职』、『任官唯贤』、『务省官员』的原则，对所有中央官员重新进行了审核优选，最后只留下精干人员共六百四十名；房玄龄善于发挥别人的长处，『闻人有善，若己有之』。他和杜如晦配合得最好，杜如晦的长处是善于判断，而他善于谋划，因此有『房谋杜断』的说法。
武德九年（626）六月初九，唐高祖正式下诏，立李世民为皇太子。高祖退至后宫，并颁令“自今军国庶事，无大小悉委太子处决，然后奏闻”。也就是说，朝中一应事务都由李世民全权处理，高祖禅位只是时间问题了。
当夜，房玄龄与杜如晦、长孙无忌等一班文武近臣来到东宫，与李世民把酒庆贺。新太子李世民一身绛黄色常服，喜形于色，太子妃长孙氏亲自出来与众人把盏，丝竹声声，广袖翩翩，殿中一派喜庆气氛。席间，新太子少不得以酒致谢，评功论绩，与“玄武门之变”中所有立功者都敬了酒。
然而酒至半酣时，李世民却突然面露凄惨之色，悄然落下泪来。程咬金从旁见了，高声叫道：
“这东宫本来就该主公来住，如今天遂人愿，主公何故悲伤，倒教我们扫兴？”
李世民双手撑着案边，低头说：“想太原起兵之时，我与建成和元吉只是一门心思保父皇成霸业，那时是何等亲密无猜啊？如今天下归唐，可一母所生的四个兄弟，却只剩下我一个人了，怎能不教我哀伤呢？”言罢涕泗横流。
及酒干夜阑，众人散去，李世民吩咐轿马将诸臣送回各府第，却把房玄龄留在宫中说话。
李世民说：“玄龄啊，你跟了我十余年，最知我的心事。现在虽然剪除了逆患，可我心里并不安稳，这是为什么呢？”
房玄龄不觉也流下泪来，说：“秦王……太子殿下宅心宽厚，难忘手足之情，这也正是我等诸臣仰慕殿下的地方。不过眼下尚不是儿女情长的时候啊？圣上把大唐江山交付与你，老百姓无不翘首以待，殿下自当改弦更张，兴利除害，抚臣民以安社稷，扬国威以镇僻远，正所谓继往开来，百业待举！”
李世民与房玄龄促膝执手而坐，说：“依你之见，我当如何开局？”
房玄龄说：“人言新官上任三把火，殿下受命辖天下，当务之急亦是三件。首要一件便是三省六部和禁军十二府的人事安排。圣上身边的旧臣大都年老体衰，眼界狭窄，难合殿下之志，且这些年来殿下培养了一大批文韬武略，正是他们起来安邦治国的时候。第二件是安抚百姓。宫变方平，地方各州郡难免混乱，此时宜以安抚之，切不可以武力弹压。这第三件便是以仁取信。殿下素有仁爱之心，玄龄并不担忧，但事无巨细皆有所慎，却是不易。”
李世民惊道：“你这三条，与我想的竟是一样。莫非你钻进我心里看过了么？”
房玄龄当即跪起身，泣泪言道：“玄龄盼望这一天已经很久了。我没有半点私图，只为大唐能在明君圣主恩泽下兴旺发达，重现汉朝盛世。”
李世民非常感动，亲自为玄龄调了一杯莲子羹，并将羹匙递到他手里，说：“你所说的仁，巨处是什么，细处又是什么？”
房玄龄说：“巨到尽释前嫌、广用人才，细到慎对酒色犬马……”
未及房玄龄说完，李世民便一拍脑门说：“是啊！今天晚上这个宴会就是个失策，我该事先征求你的意见才是呢。还有禁苑那边养的几百只鹰犬，原是各地进贡朝廷的畋猎用物，明天我就让人放了吧。”
当下，李世民便与房玄龄研究东宫新阁名单。三日后上朝，便宣布了新的东宫文武官属：
宇文士及为太子詹事。
长孙无忌、杜如晦为太子左庶子。
高士廉、房玄龄为太子右庶子。
尉迟敬德为左卫率，程咬金为右卫率。
虞世南为中舍人，褚亮为舍人。
姚思廉为太子洗马。
以上诸人都是天策府的旧僚。其中宇文士及时任中书侍郎、天策府司马，他曾隋秦王征讨宋金刚，因功迁天策府骠骑将军，后又随秦王平王世充、窦建德，以功晋爵郢国公。在玄武门之变中，是他宣布了高祖的手敕，平息了兵乱。长孙无忌是李世民的内兄，从小就跟李世民友善，事变前他和杜如晦、房玄龄同为秦王府谋士。杜如晦自不待言，此前已任陕东道大行台司勋郎中，又以本职兼文学馆学士、天策府从事中郎。高士廉是太子妃长孙氏的亲娘舅，早在李世民任雍州牧时，他就是雍州治中，玄武门之变中，是他带人放出监狱里的囚犯，发给他们盔甲武器去增援玄武门的。尉迟敬德更不用说，原是刘武周手下经房玄龄开导留在秦府的，与李世民有生死之恩，事变中亲刃逆贼，起到了十分关键的作用。程咬金原在王世充幕下为将，也是玄武门之变的积极拥护和参与者。虞、褚、姚诸人都是文学馆学士。
在这次任命的同时，李世民还有一系列特别表彰或赏赐，其中赐房玄龄绢五千匹，以表彰他的耿耿忠心。还有尉迟敬德，不但任命他担任了东宫最高武职，而且还把原齐王府国司的全部金帛器物赏给他，以表明新太子知恩图报。
这个新阁在形式和名义上，取代了原太子李建成的东宫机构，但由于李世民是以太子监国，高祖“高居无为”，原班子已经瘫痪，所以这个班底实际上行使的，是原先以高祖为首的最高决策机构的职能。
但这次封赏还只是初步的过渡，用今天的话说是“微调”，房玄龄帮助李世民最终敲定的人事调整名单，还要等李世民即位皇帝以后才能落实。太子即位要有一套十分复杂的程序，得经过皇帝谦让，太子推辞，皇帝坚持禅让，然后大臣们劝进，太子不得已而接受，最后才能受禅。尽管这一套都是走走形式，却必须认真去做。
李世民以太子监国，实际上掌握了最高统治权，便开始向朝廷大臣和天下百姓展示他的新风采。继安排完东宫官属之后，第二件事便是让房玄龄等人亲往禁苑，放纵了所有的鹰犬，取消各地对朝廷的进贡。鹰犬是皇帝畋猎用物，畋猎是皇帝荒废政务的标志，那些进贡则是各地珍异物产，进贡这些物产不仅浪费地方上大量人力物力，而且滋长腐败之风。接着，新太子又召集文武百官参朝议事，听取他们对治理国家的意见。新太子不嗜耳目之娱，不尚驰猎游赏，体察下情，勤心政事，作风严谨，政讼简易而清肃，立即赢得了朝廷内外的赞佩和拥戴。
此后半月，房玄龄主要是忙于为新皇帝即位做准备。其时东宫和朝廷两套中枢机构并行执政，这种局面显然不能长久下去，如何使太子早日即位，成为房玄龄面临的主要问题。这段时间里，好友杜如晦是他的最佳搭档，从旁协助的还有侯君集和长孙无忌。
房玄龄与杜如晦两人虽然性格上各有特点，却又常常不谋而合，配合默契。有时李世民跟房玄龄谋划事情，没有最后议定，两人就说：“必须杜如晦来，才能最后裁定。”一会儿杜如晦来到，作出决断，最终还是与房玄龄的意见相同。房玄龄知道杜如晦能决断大事，杜如晦也知道房玄龄善于谋划良策，两个人就好像写文章，一个草拟初稿，另一个加工润色，使得一些重大决策无遗憾之处，因此人们时常并称其为“房杜”。
七月己丑，房玄龄又对李世民说：“前日臣往宫中拜见陈叔达，他说圣上已然将禅退诏书拟好，不日就将召集朝参。按律制规定，阁员可以提前安排，望殿下再任命一批官属，我料即位大典不出月余即可举行了。”
李世民听过筹备工作的详细情况后，便责成房、杜等人拿出第二批名单：以秦叔宝为左卫大将军，程咬金为右卫大将军，尉迟敬德为右武侯大将军。这三个武职都是统率禁军十二府的，直接听命于皇帝：左右卫所领为内军，掌宫掖禁御，督摄仗卫，负责皇宫的安全；左右武侯掌车马护从、道路营禁，负责皇帝出行时的警卫。尉迟、程、秦三位刚被任命为新的东宫军事统帅，马上又调任禁卫军将领，这是李世民即位前的重要准备——让心腹将领握住军权，新皇帝则可确保无忧。
是月壬辰，李世民又宣布了第三批任命名单：
高士廉为侍中。
房玄龄为中书令。
萧瑀为左仆射。
长孙无忌为吏部尚书。
杜如晦为兵部尚书。
癸巳，对朝廷中枢机构长官又作了进一步增补：
宇文士及为中书令。
封德彝为右仆射。
颜师古、刘林甫为中书侍郎。
侯君集为左卫将军。
段志玄为骁卫将军。
薛万彻为右领军将军。
张公瑾为右武侯将军。
长孙安业为右监门将军。
李客师为领左右军将军。
这样一来，又有一批原天策府的主要僚属，被充实进朝廷中枢机构，基本上控制了要害部门。
房玄龄取代萧瑀成为中书省长官，高士廉是门下省长官。尚书省长官为尚书令，由于原先是李世民担任，现在空缺，以后也没人再任此职，因此萧瑀的左仆射实际上是最高首脑。萧瑀虽为高祖旧相，但他一直是支持秦王的，因此由右仆射升为左仆射。长孙无忌与杜如晦和房玄龄一样，同为李世民集团核心层里的人，便分别担任了尚书省六部中最重要的两个部的长官。宇文士及由太子府最高行政事务官升为中书省长官，与房玄龄一起共掌中书省事务。这是因为房玄龄的举荐，宇文士及是个有才干的人，而在中书省设两个监令，便于房玄龄脱出身来操持大事。侯君集、段志玄、张公瑾系秦王府武将，段志玄在太原时就与李世民交好，后来屡立战功，隐太子（即李建成）曾用金帛拉拢他，他不为所动，并将密情报与李世民。长孙安业是无忌的哥哥，李客师是李靖的弟弟，李世民当年曾救过李靖的命。
颜师古的安排是房玄龄的主意，他的祖父即是北齐名相颜之推，父亲颜思鲁曾与房玄龄一起做过天策府记室参军。颜师古是著名学者和文学家，自幼博览群书，尤精训诂，善为文章，后有《颜氏家训》传世。当年薛道衡和颜之推两人诗词唱和，经常让颜师古指摘疵短，故而文学馆开设之初，房玄龄便介绍他为学士。这次颜师古又由中书舍人迁中书侍郎，是中书省的副长官。
封德彝是老臣，安排他只是个权宜之计，主要是考虑到李世民对他信任。此人奸猾世故，两面三刀，没少给李世民献计，也没少替李建成出力，这些事房玄龄一清二楚。第一榜草拟方案上不见封德彝的名字，李世民有些生气，问房玄龄和杜如晦：“你们不要看他原是中书令，他还曾是我秦王府的司马呢？”于是不由分说定了他为右仆射。
人选之事终归还是李世民说了算，房玄龄此时表现出辅臣的灵活性，虽有不同意见，也只能服从大局了。而且在封德彝和裴寂之间比较起来，房、杜还是倾向于封德彝的，至少在李建成死后的今天，他还不至于跟李世民作对。封德彝死后，其“潜持两端，阴附建成”的事终于大白天下，李世民这才懊悔不迭，遂削除了他的赠官和食封，将原先谥他的“明”也改为“缪”，一个字把他的一生都给恶化了。
还有一个裴寂。李世民最恨的就是这个裴寂。当初李渊太原起兵时，裴寂是当地的大地主，在参与密谋过程中还以粮米布帛助军，所以被高祖称为“佐命之勋”。此人是个小肚鸡肠的阴谋家，尤其是他诬毁李世民的好友刘文静，导致刘文静被杀，实令李世民耿耿于怀。若依李世民的意见，这等奸佞小人只可杀，不可再仕，房玄龄却劝说：“殿下不可意气用事啊？裴寂毕竟是当朝首席宰相，位望既崇，深信于圣上，不能轻易摇动。禅位之时，诏书还得他来宣读呢。”于是让裴寂与萧瑀同任左仆射，以分其权。
被罢相的只有一个杨恭仁。他是个平庸之辈，原任吏部尚书兼中书令，但却是齐王李元吉的姻亲。
这些人事安排，哪件都不是简单事，房玄龄等辅臣们可是为此动了一番脑筋。为了广泛地团结地主阶级在自己的周围，高祖李渊网罗了各地区的贵族和士族，让他们参加到上层统治集团里来，在他先后任用的十二位宰相当中，除了皇子、妻族和太原起兵的元勋以外，其他六人是：北周宗室的宇文士及，隋朝宗室的杨恭仁，梁朝皇族萧瑀，陈朝皇族陈叔达，关东士族封德彝，关中士族裴寂。高祖的这种用人政策，对于协调各地区的上层关系是起作用的。但现在形势不同了，这些贵族和士族思想保守，有的人甚至对农民抱有极端仇视的态度，这对于新一代皇帝立志文治天下、发展经济、稳定社会的新思维来说，显然是不适应的。况且，这些人在武德时期虽然也有支持过李世民的，但像裴寂这样的人，毕竟不能让人放心。
另外，从李世民本人的角度考虑，又不能完全依靠原先秦王府的旧僚来执政。这些人是李世民的铁杆支持者，但他们很容易依仗其功勋和与李世民的亲密关系，把新皇帝包围起来，进而垄断大权把持朝政。对此，房玄龄心里也是很清楚的。
新老两厢的比重也要有所顾及。谁擅长治人，谁擅长格物，须知人善任。是否忠诚是基本条件之一，才学能力也是必不可少。还有一条至关重要：必须是年富力强精力旺盛。新任命的臣子中最年长的萧瑀五十二岁，高士廉五十一岁，杜如晦四十一岁，长孙无忌与李世民同庚，只有二十七岁。这些人既富有经验，又富于进取心，一扫高祖朝元老们那种沉闷暮气，个个朝气蓬勃，奋发有为。
李世民继太子位不到两个月，朝中便按律走完了禅位的一应程序。八月初，高祖正式下诏给裴寂等人，表示尽快将皇位让给李世民。
房玄龄得到这一消息，即与李世民商量，把登基大典定于八月初九。一日，并州一位官员来找王珪，说那里有些投机取巧的人，纷纷以告发捕缉李元吉余党来邀功请赏。房玄龄对杜如晦说：“此风不可长，恐为太子树敌。”二人便请王珪一起向李世民禀报。李世民说：“我自做太子至今，还没有向地方上发布一道旨令，正考虑即皇位之前如何亮相呢。”
房玄龄说：“太子可按律颁发大赦令，武德九年八月初九黎明以前，不论罪行轻重，亦不论已经发现或尚未发现的罪犯，以及羁押狱中的囚徒，全都免罪释放。”
李世民遂让王珪拟旨。赦令曰：
“举凡六月初四以前与隐太子及齐王有牵连的人和事，不许追究和告发，违者一律治罪。逃亡山泽挟藏军器者应自首，不自首者将依旧治罪，告发者以告发之罪论处。武德元年以来流放配军的罪人，皆行释放还家……”
赦令中还宣布了一些亲民措施，比如给关中地区和蒲、芮、虞、秦、陕、鼎等六州百姓免两年租调，全国百姓皆免一年徭役。八十岁以上的老人赐米二石、绵帛五段；百岁以上老人赐米四石、绵帛十段，并按例赐给名义官职，以示尊敬。对鳏寡孤独实行特殊救济，举荐和表彰孝廉，州府推选上报义士节妇名单并在其门上挂光荣匾，推荐天下有声望学识之人、敢于批评社会不良现象和向朝廷提出建议者，持州府推荐状入朝候选等等。考虑到玄武门之变以后有逆党分子逃匿，朝廷限期命令那些人自首来归。
大赦令体现了新太子的宽厚仁爱，普天之下无不沐浴皇恩，因而一片赞誉，翘首切盼新皇帝登基。
