早在康熙十七年(1678),噶尔丹以和硕特是卫拉特蒙古一部,理应归他统辖为理由,即准备进军青海。但康熙得知消息后,马上命甘肃提督张勇等整敕军队严加防范,同时敕谕噶尔丹,要他“坚立信誓,不许骚扰人民”。那时,噶尔丹的实力有限,不敢贸然出兵。噶尔丹从清廷的强烈反应中清楚看到,青海和硕特与清政府关系相当密切,甚至在很大程度上存在着依附关系,清廷决不会坐视青海落入噶尔丹之手。噶尔丹被迫放弃了进军青海的计划。
康熙二十六年(1687),噶尔丹率军3万越过杭爱山,攻占喀尔喀蒙古札萨克图部。由于噶尔丹派遣的千余名喇嘛作内应,土谢图汗仓促迎战,初战即失利,噶尔丹的骑兵乘势击溃车臣汗和扎萨克图汗两部,大肆掠夺土谢图汗和哲布尊丹巴·呼图克图的牧地,致使喀尔喀蒙古诸部蒙受空前浩劫,举部内迁,“溃卒布满山谷,行五昼夜不绝”。此时的康熙仍然希望通过调停,和平解决,他提出在清官方主持下,邀请达赖喇嘛的代表参加,使噶尔丹与喀尔喀蒙古和谈,土谢图汗谢罪,噶尔丹撤兵,归还喀尔喀蒙古土地人民。
然而这一切努力均无效果,噶尔丹一意孤行,继续南犯,于鄂罗会诺尔击溃了土谢图汗主力。土谢图汗与喀尔喀蒙古宗教领袖哲布尊丹巴,率残余人众内附清廷,请求保护。康熙当即谕令优纳,并于康熙二十八年敕谕噶尔丹:“今喀尔喀为尔所败,其汗等率举国之人前来归朕。朕统御天下,来归之人朕不收抚,谁收抚?朕已妥为安插,赈之米粮,复其汗位爵号等。朕兴灭继绝之念不光对于喀尔喀蒙古,诸国有穷迫来归者,朕一体抚养。战争并非美事,辗转报复,将无穷尽,仇敌愈多,宁保其常胜乎?是以朕欲尔等尽释前仇,互市交易,安居辑睦,永息战争。”
然而噶尔丹非但不听劝,气焰反而愈益嚣张,康熙二十九年(1690),噶尔丹倚仗沙俄的支援,借口追击喀尔喀蒙古,举兵南下,深入内蒙,大肆杀戮劫掠人畜物资。清朝理藩院尚书阿喇尼激愤之下违令请战,在乌尔会河失利,其兵锋甚至逼近乌兰布通,距北京仅700里。城内人心摇动,米价暴涨至三两余银。
面对这样的局面,皇城中的康熙帝,刚刚完成了收复雅克萨、签订《尼布楚条约》的工作,此时三藩已定,台湾亦已统一,37岁的康熙帝经过几场内外战争与常年政治斗争的历练,已经成为了一位非常老练的政治家与战略家,他接连做出了一系列决定,开始准备解决准噶尔部问题。
康熙帝非常清楚,噶尔丹之所以敢于屡屡出兵,与沙俄的支持有着莫大的干系,如果要解决噶尔丹问题,就必须要稳住沙俄。于是,康熙派遣使者到俄国,积极与沙俄交涉,避免沙俄干涉此战,由于此前几年,中俄之间多次交战,沙俄清楚清朝的实力不可小觑,况且这时沙俄在西伯利亚的力量也极其有限。所以,在中方进行交涉后,有所顾虑的俄方果然始终没有向噶尔丹方面提供任何兵力上的援助,武器和财物的援助也极为有限,其中最重要的是沙俄临时取消了原定向噶尔丹出售3000支滑膛枪的决定,这极大影响了后面的战事。
成功断绝了沙俄对噶尔丹的援助之后,康熙寻找一切机会削弱噶尔丹势力,康熙通过一系列措施,成功策反了随军出征的噶的尔丹侄子策妄阿拉布坦,策氏趁噶尔丹在乌兰布通大战时,独自带领五千人返回了准噶尔部根据地伊犁河流域,并击败了噶尔丹派来的追兵,“尽收噶尔丹之妻子人民而去”,使噶尔丹自此失去了大部分后勤补给来源,从而给予噶尔丹极大的打击。
另一方面,康熙迅速调兵遣将,力图平叛噶尔丹。康熙任命和硕裕亲王福全为抚远大将军,皇子胤褆为副将,率军出古北口;和硕恭亲王常宁为安远大将军,以和硕简亲王雅布、多罗信郡王鄂礼为副将,出喜峰口。康熙自统中路,下诏亲政。但因突发感冒,高烧一夜,不得已“暂且回銮”,停驻于波罗和屯指挥各路大军。
噶尔丹自恃有沙俄做靠山,十分狂妄,根本不把清军放在眼中。他“觅山林深处,倚险结营”,让数万骑兵列阵山下,用千匹骆驼构筑工事,“缚骆驼四足,使之卧地,背加箱垛,上蒙湿毡,环列如栅,士兵于垛隙射箭放枪,兼施矛,可攻可守,”号曰“驼城”,自以为非常坚固,必胜无疑。
清军在河对面布阵,营盘有四十座,连绵六十余里,“首尾联络,屹如山立。”兵力约十万人。
决战那天,清军以炮火营为前锋,对着敌军阵地,齐发炮火猛攻,声震天地,战斗从下午一直延续到晚上。一个目击此役的外国传教士记载:“大战以大炮火枪互轰开始,继而两军士卒肉搏。炮声隆隆,声震天地。河崖泥淖,山坡荒径,两军胶着在刀劈剑砍、矢穿弹洞、血喷肉碎之中。”噶尔丹的驼城被一截为二,清军步骑乘势发动猛攻。佟国纲之弟佟国维指挥的左翼军在炮火掩护下,绕过沼泽地,从侧面横击,斩杀敌人甚众,大败噶尔丹。天近黄昏,清军撤出战斗。八月初二,清军又出击,“见噶尔丹兵旋奔高山顶,向清军发枪弹,誓死据险固守”。另外,纷传噶尔丹已亡阵中,所以清军未急于进剿。
据史料记载,噶尔丹后以计谋拖延清军追击,夜渡西拉木伦河逃走。但因为赶上少有的歉年和瘟疫,噶尔丹在逃回科布多时,人畜损失了三分之二,仅剩几千人。此战,清军也同样损失惨重,康熙的舅舅一等公、镶黄旗都统、领侍卫内大臣佟国纲中枪身死。
此役噶尔丹和清廷都损失严重,康熙回京后,认为如果没有充足的物力、财力,便不能彻底解决噶尔丹问题,所以他一面进行经济上的准备,一面仍对噶尔丹剿抚并用。