海妖养着五只本领高强的老鼠。它们擅长在海里游泳，也很擅长在船上打洞。海妖经常派它们执行偷袭船只的任务，它们悄悄地潜入船仓，很快便咬穿船底，使船沉入大海。五只老鼠只听从海妖的命令，不问是非。每一次执行任务，它们都干得十分漂亮，没有失过手。在这些葬身大海的船只中，有海盗的船，有商船，也有官船。
有一天，五只老鼠被海妖派往一艘商船执行偷袭任务。只见一艘商船装满了瓷器。有一位老船长掌舵，还有许多帮手。五只老鼠根本不把他们放在眼里。于是悄悄地潜入船底后，决定睡一觉再说。当它们睡醒之后，觉得饿极了。于是，它们找到船长的房间，准备进去偷些东西吃。刚好听见有人说话。
甲："报告船长，船上发现了五只老鼠，这对船十分危险，是不是消灭它们。"乙："不要，千万不要，我看它们是吉祥的老鼠。难道你没看到吗？咱们一路风平浪静，十分安稳。我想，大概是托了这五只老鼠的福了。快去，给我们的好邻居送一些粮食吃。"五只老鼠听完，感到十分惭愧。它们觉得船长实在是太善良了，他又是这样看得起自己。如果咬穿人家的船底，那就太不仗义了。于是，它们商量一下，决定放弃这次任务。它们愿意以这次失手，换取船长的安全。此时，老鼠们发现，自己原来也是那么善良的。可是，不知为什么，以前从未发现过。
商船顺利地到了码头。船主早已在那里等待他们。船主发现商船安然无恙，心想，真奇怪，莫非船长会魔法。因为他早已得到海神的口信，说他们得罪了海妖，五只不好对付的老鼠肯定会光顾这条船。连海神都拿它们没办法。所以，这条船凶多吉少。可是，船长用什么办法制服那五只老鼠的呢？太不可思议了。
船主了解了事情的经过，他恍然大悟。原来，可恶的老鼠也有一颗善良的心，只是被某种东西给蒙蔽了。船长用自己善良，唤醒了老鼠的善良。所以，他不动一兵一卒就把五只老鼠变成了吉祥的老鼠，保住了商船的平安。是善良帮了他的大忙呀。
据说，有一则寓言叫做《农夫与蛇》。船长与老鼠的故事传开以后，许多人对寓言《农夫与蛇》提出了质疑。他们建议用寓言《船长与老鼠》取代《农夫与蛇》，但遗憾的是，目前尚未达成一致的意见。
