不管太宗如何在文治武功上谋求超越太祖的地位，但终太宗一朝，却始终无法摆脱太祖的阴影。太宗继位之后，面对的一个头疼问题就是如何对待此后的皇位继承。按照“金匮之盟”的约定，廷美是皇位第一继承人，并由廷美传回太祖之子德昭。这是太宗所不愿意看到的。自古帝王传承多为父死子继，太宗也不例外。为此，太宗绞尽脑汁，力图排除传子过程中的障碍，走过了一段充满风波曲折的历程。
所谓的金匮之盟可能是太宗、赵普捏造出来的，虽然一时能掩人耳目，但最终限制了太宗传子的愿望。这还得靠太宗和赵普自己解开这道难题。在此过程中，太宗逼死弟弟和侄儿，逼疯长子，其间的无奈、痛苦也许他再也不愿重受一遍。
赵普在太宗定储一事中扮演了极为特殊的角色。
从宋太祖取得政权开始，到平定南方，赵普是主要的谋士，立了不少大功。宋太祖拜赵普为宰相，事无大小，都跟赵普商量。
赵普出身小吏，比起一般文臣来，他的学问差得多。他当上宰相以后，宋太祖劝他读点书。赵普每次回家，就关起房门，从书箱里取书，认真诵读。第二天上朝处理政事，总是十分敏快。后来，家里人发现，他的书箱里藏的不过是一部《论语》。于是人们就流传一种说法，说赵普是靠"半部《论语》治天下"的。
太宗继位后，赵普的地位已远远不及太祖时代，颇受压抑和冷漠。太宗要维护自己的权力，对赵普这样的太祖旧臣自然心存猜忌，何况两人还曾是政敌呢。然而，赵普是开国元勋，太宗要安抚人心，自然需要利用这样的元老重臣装点门面，所以对赵普在表面上还是客客气气。赵普沉浮宦海几十年，深知一朝天子一朝臣的道理，在身家性命随时有危险的情况下，政治态度自然会发生一些变化。于是，当太宗向他询问传任廷美之事时，赵普心知太宗心意，便说：“自古帝王传位乃是父传子，当年太祖已误，陛下今日还要再错吗？”这句话大获太宗赏识，坚定了太宗传子的信心。此后，赵普在太宗传位的过程中扮演了极其重要的角色。
太祖去世后，还留有两个儿子德昭和德芳。太宗继位之初，德昭封为节度使和郡王。太宗征辽时，德昭从征幽州。高梁河之战，宋军惨败，太宗只身逃脱，不知所踪。这时有人商议立德昭为帝。后来，太宗生还，此事便作罢。班师回京后，太宗以此次北伐不利，便很久不行此前平定北汉之赏，将士们不免议论纷纷。德昭便为将士们请赏，认为即使与辽作战失败了，还是应该赏赐平北汉有功的将领。太宗听后很不高兴，就说：“待你做了皇帝再赏赐也不迟。”此言一出，德昭惶恐万分，低头垂泪，默然而出。
德昭所处地位本就微妙，而叔父那番话分明又是怀疑他有夺位之心，日后难全其身，又思及父母早亡，兄弟二人不得保，满腹心事竟无处诉说，顿生短念，回来后便自刎身亡。据记载，太宗得知此事后又惊又悔，赶过来抱尸痛哭：“痴儿何至此邪！”下令厚葬，追封魏王。德昭死时年仅29岁。两年以后，德芳又不明不白地死去，年仅23岁。于是，太宗皇位继承的两大“隐患”被消除了。
德昭兄弟死后，对皇位能构成威胁的就只剩下秦王廷美了。太宗虽然不敢明目张胆地对廷美下手，但只有除掉其弟，才能保证将皇位传给自己的子孙。太宗此次又想到了赵普。赵普曾提醒太宗不可“一误再误”而深受太宗信任，自然知道在这种情形下该怎么做。
过了几年，太宗为晋王时的旧僚揭发秦王廷美阴谋造反。太宗将信将疑，就问赵普的看法。
没多久，赵普就查到了卢多逊私遣堂吏交通廷美之事。赵普毫不客气地捅给皇帝，说卢多逊盼太宗早日晏驾，就好尽力侍奉廷美，廷美表示满意，还送卢多逊弓箭等物。太宗大怒，借题发挥，严惩卢多逊及其同党。大臣王溥等74人联名上奏卢多逊及廷美怨望诅咒，大逆不道，宜正刑章。卢多逊被削夺官爵，其同党不少被处死；廷美勒归私第，其儿女不再称皇子皇女。
赵普借卢多逊交通秦王案，既打击了政敌卢多逊，又讨好了太宗，一箭双雕。但廷美的悲惨命运还没到头。赵普更进一步，他挑唆开封知府李符落井下石，上言说廷美不思改过，反多怨望。于是，廷美被降为涪陵县公，安置到房州。太宗命人严加监管。廷美气愤难平，两年后便死在房州，年仅38岁。
廷美死后，太宗对外称廷美乃是乳母陈国夫人耿氏的儿子，并非杜太后所生，这样就彻底地将廷美排除在皇位继承系统之外。当时，杜太后早已去世，太宗兄弟也只剩下他一人，太宗所言无人能够反驳。因此，廷美到底是谁的儿子，恐怕也只有太宗自己最清楚了。
经过上述种种手段，太宗终于清除了将皇位传给儿子的障碍。不过，太宗对皇位继承人的挑选却并非一帆风顺，也颇多曲折。
太宗长子元佐自幼聪明机警，长得又像太宗，太宗很喜欢他。元佐有武艺，善骑射，还曾经随太宗出征过太原、幽蓟。太宗迫害廷美时，元佐颇为不满，力加营救，请免其罪，但未能成功。后廷美死于房州，元佐得知此事，悲愤成疾，竟然发狂。左右仆从若有小错，元佐即以刀棒伤人。太宗命太医治理，才稍有好转。
然而，雍熙二年（985）重阳节，太宗召集几个儿子在宫苑中设宴饮酒作乐，因元佐病未痊愈，就没有派人请他。散宴后，陈王元佑去看望元佐。元佐得知设宴一事，说：“汝等与至尊宴射，而我不预焉，是为君父所弃也。”忿气难平，一个劲的喝酒。到了半夜，索性一把火烧了宫院。一时间，殿阁亭台，烟雾滚滚，火光冲天。太宗得知后，猜想可能是元佐所为，便命人查问，元佐具实以对。太宗怒不可遏，欲绝父子之情。众人营救不得，元佐被废为庶人。
在元佐焚宫这件事中，有一特殊人物，即陈王元佑。宴会后，元佑去元佐府中，不知说了什么竟惹得元佐纵火焚宫，而后太宗认为元佐宫中起火并非偶然，决意废元佐为庶人，元佑是否对太宗说过什么，也难以查明。雍熙三年七月，元佑改名元僖，并封开封尹兼侍中，成了准皇储。
同年，雍熙北伐失利。赵普上《谏雍熙北伐》奏疏，颇得太宗嘉赏。后来，元僖也上疏论及伐辽之事，为太宗采纳。太宗、元僖和赵普在处理对辽事宜方面有了很多的共识。元僖见太宗优待赵普，便与赵普交好，更是上疏建议太宗重新任用赵普为相。端拱元年（988），赵普第三次为相，威权一时又振。竭力支持和拉拢赵普的陈王元僖也晋封许王，更加巩固了皇储地位。赵普罢相后，元僖又与另一位宰相吕蒙正关系密切。
然而，事不如人愿。淳化三年（992）十一月，元僖早朝回府，便觉得身体不适，不久便去世了。太宗极为悲伤，罢朝五日，赠皇太子，并写下《思亡子诗》。元僖之死，据传是其侍妾张氏下毒所致。元僖不喜正妻李氏，宠爱张氏。张氏欲下毒毒杀李夫人，但误毒死元僖。张氏恃宠骄横，对奴婢稍不如意即予以重罚，甚至有棰死者，但元僖并不知情。张氏又逾越制度葬其父母。太宗后来探知其事，大怒，遣使按问。张氏自缢身亡，左右亲吏都被处罚，其父母坟墓亦被毁去。太宗又下诏停止元僖的追赠仪式，降低其葬礼的规格。元僖本得太宗喜爱，又与宰相交好，朝中还有不少大臣建议立他为太子，本是春风得意之时，却死于非命，而死后又被太宗所厌，实是可叹。
元佐被废，元僖暴死，储位空缺，冯拯等人上疏请早立太子。这是个敏感问题，太宗正为此心烦，便将冯拯等人贬到岭南。自此以后没有人敢议论继承问题。不过，太宗本人被箭伤所扰，也知该早立储君，便就此私下询问寇准。在寇准的支持下，襄王元侃被立为太子，改名恒。
太宗册立太子，大赦天下，京师之人见到太子都欢呼道：“真社稷之主也！”太宗得知后很不高兴，马上召寇准说：“四海心属太子，欲置我何地也？”皇帝尚在世，太子如此深得人心，自然为皇帝所忌，有哪个皇帝不想权力为自己所操控呢？况且早在安史之乱中，太子李亨遥拜唐玄宗为太上皇而自立为帝，尤其是五代以来，子侄逼宫之事更是史不绝书，因此，太宗心中自然不痛快。幸得寇准说：“陛下择所以付神器者，顾得社稷之主，乃万世之福也。”太宗听后才消气，请寇准喝酒，大醉方罢。
随着病情加重，太宗又开始设法保住太子皇位。在此情况下，大臣吕端被推到了风浪之颠。吕端为相时已61岁，担任宰相前，他在地方和中央都做过官。吕端为人稳重、镇静，又信奉黄老思想，这与太宗晚年所持清静无为的政治信仰相符合，因此，吕端颇得太宗赏识。据说在重用吕端之前，太宗曾写过《钓鱼诗》，诗云：“欲饵金钩深未达，磻溪须问钓鱼人。”这是太宗以周文王自诩，而将吕端比做姜太公。当时，曾有人反对用吕端为相，说他为人糊涂，太宗说：“吕端小事糊涂，大事不糊涂。”吕端果然不负所托。至道三年（997）三月，太宗驾崩，李皇后与宦官王继恩等人企图撇开太子赵恒，另立元佐为帝，幸得吕端处置得当，才得以保证赵恒登基为帝，便是后来的宋真宗。太宗的去世，标志着宋朝开创局面的结束，守成时代的到来。
