安排了生母后事，宋仁宗表面上并未过分追究刘后及其亲属，这大概只是一时权宜之计。事实上，早在太后生前，仁宗与太后之间就已存在极大的冲突，尤其是在自己的婚姻大事上，仁宗明显地感到太后的专横。仁宗最初看上了并非官宦却富有钱财的王蒙正的女儿，曾向刘太后提起过此事，但武断的太后根本不予理会，借口这个王姓女子“妖艳太甚，恐不理少主”，硬是将这个少女许配给了刘美的儿子刘从德。刘美就是之前的银匠龚美，他在刘氏册封皇太后之前就去世了，只留下了两个儿子，刘从德便是他的长子，太后这么做无疑是有报答龚美的意味。然而，这一许配却极大地伤害了少年皇帝宋仁宗。
在仁宗皇帝15岁时，刘太后准备尽快为其完婚，选了几个有身份的少女进宫，作为皇后候选人，其中有已故中书令郭崇的孙女郭氏，已故骁骑卫上将军张美的曾孙女张氏。当时仁宗一眼就相中了张姓女孩。本来皇帝选中谁就可以立为皇后，但仁宗的意愿再次遭到太后的阻挠。原来，经过太后审视，认为张姓女子不如郭姓女子，在未与仁宗商量的情况下，便自作主张以张氏为才人，而册立郭氏为皇后。这一决定又一次使少年仁宗遭受到了沉重的打击，进而造成此后长时间内皇帝对正宫的冷漠，也直接导致了废后风波。
郭皇后有刘太后作靠山，她既不懂得谦让和宽容，更是逐渐养成了骄横自恣的性格。太后死后，她依然旧习不改，仍沿用太后时的规矩，垄断后宫。而仁宗亲政，却力图要摆脱太后的影响，其中一项重要变化，就是后宫嫔妃纷纷得宠。当时最受仁宗宠爱的两个美人是尚氏和杨氏。尚美人的父亲封官受赐，恩宠倾动京城，引起郭后的嫉恨，几番与尚氏发生冲突，尚氏自然也少不了在仁宗面前诋毁皇后。
一次，尚氏当着仁宗的面讥讽郭后，郭后怒不可遏，上前要抽尚氏耳光，仁宗跑过来劝架，偏巧一巴掌落在皇帝的脖颈上。仁宗大怒，令宦官阎文应传来宰相吕夷简，让他“验视”伤痕，其实是为其废后寻求支持。随后，仁宗下诏，称皇后无子，愿意当道姑，特封净妃、玉京冲妙仙师，易名净悟，别居长宁宫。此诏一出，朝廷大哗，甚至引发了台谏官员在皇帝寝宫门前集体进谏这一前所未有的事件。郭后被废，名义上是她长时间未能生育皇子，实际上是仁宗发泄对已故太后的不满。
郭皇后被废后，仁宗让宋绶草拟废后诏书，其中有“当求德门，以正内治”的话，意思是从有教养的家庭中选取秀女。刘太后虽已不在人世，仁宗也已亲政，但在选后的问题上他却一直未能如愿。当时，左右领来一个姓陈的女子进宫，颇得仁宗欢心。陈氏是寿州茶商之女，父亲靠捐纳谋得一个小官，不具高贵的门第。宋绶说：“陛下若以贱者正位中宫，不就与前日诏书所言背道而驰了吗？”宰相吕夷简、枢密副使蔡齐等人也纷纷劝说，负责给皇上供药的太监阎士良颇得仁宗信任，他也劝谏仁宗不要娶陈氏。这样，在众人的反复劝说下，仁宗不得不另立中宫，勉强将宋初名将曹彬的孙女选为皇后。
正因为如此，仁宗对这次婚姻似乎也不是很满意。进入中年以后，仁宗最宠爱的女人是张美人。张美人后进封贵妃，虽然她在死后才被追册为皇后，但其生前的威势，并不亚于正宫曹皇后。张贵妃是洛阳人，祖先是吴人，吴越王归宋，其家迁到河南定居。不幸的是其父张尧封进士及第不久就去世了，母亲在齐国大长公主府上作歌舞女，将女儿带在身边。大长公主见这个小女孩灵巧可爱，便召入宫中作乐女，那时她才8岁，由宫人贾氏代养。一次宫中宴饮，被仁宗看中得宠。庆历八年（1048年）十月十七日成为贵妃。张氏在短短几年内，就由末等嫔妃的才人直升至最高等级的贵妃，距离皇后仅一步之遥，可知仁宗对她特别宠爱。
皇祐六年（1054年）正月初八，31岁的张贵妃暴病身亡。仁宗感念张贵妃生前的柔情与善良，悲痛无比地对左右说，当年颜秀等人发动宫廷叛乱时，张贵妃不顾自身安危，挺身出来保护自己。天下大旱，为了替他分忧，又是张贵妃，在宫中刺臂出血，书写祈雨的祷辞。在左右宦官的支持下，仁宗最后决定用皇后之礼为张贵妃发丧。一生都梦想着登上皇后之位的张贵妃，终于在死后穿上皇后的殓服，享受到宗室、大臣们的参拜告奠。由于担心朝野的反对，仁宗干脆在治丧的第四天宣布追册贵妃张氏为皇后，赐谥温成。正宫曹皇后在世，却另追册贵妃为后，于是出现了一生一死两位皇后，如此逾礼之事，旷古未闻。台谏连续上奏反对，仁宗置之不理。为了自己心爱的女人，仁宗下令“禁乐一月”，京师惟一的活动便是为温成皇后举丧。
仁宗为了自己一生中最重要的两个女人——生母和爱妃，不顾朝野内外的巨大非议，毅然进行了两次追册活动，这种感情是真挚的。同样，知人善任的仁宗对自己看中的臣子，无论是文臣，还是武将，都会给予相当的信任，这种信任也是坦诚的。但是，早年母后临朝的阴影和自己不幸的婚姻造就了他文弱、忧郁而又犹疑不定的性格，使得这种信任很难经得起世事沧桑的考验。
