宋神宗即位时二十岁，年轻而富有朝气，想干一番大事业。
1068年四月，宋神宗召王安石入对，商讨政事，王安石力陈富国强兵之术，提出变法理财的主张，而这主张正与宋神宗愿望相同。于是君臣决定实行变法。
王安石变法，从一开始，就受到保守派的猛烈攻击和反对。参知政事唐介为变法一事数与王安石争辩，宋神宗支持王安石，使唐介不胜其愤，竟背上长疮而死去。御史吕诲上书弹劾王安石，宋神宗不听，出吕诲知邓州；青苗法刚一颁布，宰相富弼即称病辞职，出判毫州翰林学士司马光公开出来反对青苗法，与吕惠卿在宋神宗面前辩论；开封府推官苏轼上七千余言的长篇奏疏，激烈反对变法；翰林学士范镇，右正言李常、孙觉等也上书职责青苗法；旧相韩琦出判大名府，上书全面攻击青苗法，曾公亮、陈升之等人也都附和，宋神宗动摇了，说：“琦真忠臣，虽在外不忘王室。朕始谓（青苗法）可以利民，不意乃害民如此！”王安石据理反驳，并称病不出，奏请罢职。王安石请退，司马光又乘机进攻，在王安石与司马光的激烈斗争中，宋神宗一度动摇后，仍不能不用王安石，以贯彻他变法的主张，王安石继续执政，更加坚决地推行新法。
以王安石为首的变法派和司马光为首的保守派的斗争，不仅在于新法的内容和实施，更重要的还在于政治、思想方面。司马光等对王安石的主要指责，是“背儒崇法”。王安石旗帜鲜明地作出回答。一方面是对儒家经典作出新解，说明变法有据，主要是依托《周礼》（相传为周公所作）。另一方面是引述法家学说，公然申明承袭商鞅。保守派又攻击王安石不守“祖宗法度”，王安石开始执政，就对宋神宗说：“变风俗，立法度，今之所急。”保守派的攻击恰好从反面说明了王安石的勇于革新的精神。司马光写信给王安石，攻击王安石变法是“侵官、生事、征利、拒谏”，致使“天下怨谤”。王安石写了《答司马谏议书》，逐条批驳司马光诬加的四大罪状。并进一步明确指出：”至于怨诽之多，早在事前我就知道会如此，人们习于苟且不是一天了，士大夫多以不恤国事，同于流俗，自媚于众算好。皇帝要想改变这些，我就不管敌手的多少，要出力来抵抗，世俗之众哪能不气势汹汹地毁谤呢？“王安石还公开发表他的”天变不足畏，祖宗不足法，人言不足恤“的大无畏的论点，表明了他变法的决心。
1070年，宋神宗任命王安石为宰相，王安石掌握了政府的大权。保守派官僚被击败，相继离开朝廷，司马光出知永兴军，次年又辞官回洛阳，苏轼出任杭州通判，后又转知密、徐、湖三州。苏轼弟苏辙曾任条理司检详文字，后与王安石、吕惠卿不合，变成保守派，也出为河南府推官。此外，保守派官员郑獬、王拱辰、钱公辅、范纯仁、范镇、吕公著、赵抃、程颢、张戬、李常、吕公弼、刘庠、曾公亮、陈升之等都遭到贬黜。
王安石战胜保守派，变法形成高潮。但是，保守派的进攻始终没有停止。当时，曹皇太后、高太后和向后都是新法的反对派，直接影响着宋神宗的政治立场。朝廷中，枢密使文彦博是保守派的政治代表。司马光虽然退居洛阳，写作《资治通鉴》一书，并说绝口不论政事。但是，他并没有停止政治活动，保守派官员往来其间，程颢、程颐兄弟更是以洛阳为基地，大肆讲授和传播他们的理学。在理论上反对变法运动。保守派对王安石的攻击，无所不用其极。华州山崩，他们归咎于新法的实行。王安石反驳说：“华山山崩，不知天意为何，天意不可知。人们所为，也不必合天意。”天上出现彗星，又成为保守派攻击新法的一个借口。王安石反驳说：“天文之变无穷，人事之变不止，上下傅会，岂能没有偶合，此其所以不足信。”变法以后的几年中，连年大旱不雨，受灾地区的农民被迫流亡。保守派又以此为借口，纷纷指责变法触动了天怒。王安石反驳说：”旱由安石所致，去安石，十日不雨，即乞斩臣宣德门外，以正欺君之罪。”宋神宗动摇了。
神宗的政治目标是希望通过变法富国强兵的，但他一怕得罪两宫太后，二怕出乱子。当“人情咨怨”、朝议汹汹，变法碰到较大阻力时，他就退却了。他要调整政策，相对平衡地对待要求变法的新党和主张守旧的旧党两股势力。这样做，一方面可以给自己留有余地；一方面则仍然体现了自宋太祖起就有的“异论相搅”的传统家法。其实，在神宗全力支持王安石变法的时候，就注意抚慰旧党中罢退的元老重臣，以示恩眷。韩琦罢退河北，上疏反对青苗法，神宗虽然最终没有接受，但一开始仍夸奖曰：“琦真忠臣，虽在外，不忘王室。”熙宁七年八月，则特遣宦官李宪往相州赐韩琦诏书和汤药。熙宁六年（1073年）文彦博罢枢密使，便诏与其子孙推恩，特表恩宠。元丰三年（1080年）文彦博朝觐，神宗“赐宴琼林苑，两遣中谒者遗诗祖道，当世荣之”。王安石第二次罢相后，神宗任用貌似“中立无与”，实际上则为守旧势力的吴充为相。又先后重新起用曾被罢退降职的旧派人物吕公著、冯京、孙固等，以平衡新派、旧派的力量。
在政治上神宗还是勉力维持新政局面的。在王安石第一次罢相后，守旧势力以为时事将有大变。神宗却明确下诏说明新法“间有未安，考察修完，期底至当。士大夫其务奉承之，以称朕意。无或狃于故常，以戾吾法。敢有弗率，必罚而不赦”。王安石第二次罢相后，终神宗朝，除方田法罢废及部分新法条文被稍作调整外，新法基本上得以贯彻执行。神宗对在外地任职的王安石也多有关照，如熙宁十年（1077年）以王安石为集禧观使；元丰元年（1078年）以王安石为尚书左仆射、舒国公、集禧观使；元丰三年改制，则以王安石为特进，改封荆国公。
