首次归入中央政权
郑成功在1661年进入台湾，建立政权；1683年，他的孙子郑克塽投降清政府，郑氏治台前后二十余年。那一段时期，进入台湾的汉人，如上一讲所说，大约十万人。当时全台原住民的人口数量，没有明确的数字，估计也不过十余万人。郑氏政权集中在南部，以今天台南为中心，南到屏东恒春，北面没有超过嘉义。这个台南平原上，原住民平埔人（平埔人是对居住在台湾平野地区各南岛语系原住民族群的泛称。这些族群在清代和日本统治台湾时期，被称为“平埔番”、“熟番”等。至20世纪中叶，他们多已丧失族群意识，且不被官方认定为原住民族。后来台湾族群研究兴起，这些平地原住民族群的历史才开始受到主流社会的关注。）的人口，大概不会超过五六万。相当于原住民两三倍的汉人，进行有组织的军事屯垦，分布在南台湾的各处，加上通婚与汉化，原住民和汉人当然很容易就融合成一体了。有一些平埔族撤向北面，或者撤向山地。二十多年下来，台湾南部地区的原住民和汉人总人口，应当在二十余万。
清朝统治台湾以后，汉人屯垦才有大规模的进展。到了1895年，台湾被割让给日本以后，两百年间，台湾人口从二十余万增加到三百万左右，增加了不止十倍。田亩的开辟由南到北，再由海岸线和港口，由点及面向内陆推展，开垦的土地面积也不止十倍。因此，台湾的整体开发，大部分是在清代治理台湾的时期逐步展开的。
在这两百年间，清朝治理台湾，在南边设有台湾府，以及府下的南部三个县；在中部、北部也都设立州县；最后，台东也设立州治，台湾才有一个整体的发展。这两百多年内，大陆的福建、广东两省大量居民移入台湾。但是，移入的过程，并不十分顺畅，因为清政府对台湾的官方政策，是防止台湾威胁大陆海岸甚于开发台湾。清康熙时代，清政府对于移民台湾就有所控制，不经申请许可，一般平民不许擅自进入台湾。整个两百年的前半段，清政府对移民台湾的政策，有时禁止，有时局部性开放。嘉庆以后，清政府才改变政策，准许大规模地移民入台。亚太地区移民潮中的台湾开发
这个时期，全世界都出现了非常活跃的移民潮。欧洲的居民一批一批地进入新大陆、澳洲和新西兰，开发肥沃土地。在东方，列强在太平洋各岛的殖民运动，已经远远超过了过去海盗和贸易的阶段，转变为开发当地的资源。也正是在这两百年间，中国大量向东南亚和美洲西部移民。移民台湾应当是这个大潮流的一部分。
不过，因为清政府对台湾的管束比较严厉，在整个亚太地区的移民潮中，移民台湾的现象反而不如移往东南亚的现象显著。举例说，18世纪时，整个东南亚列强的殖民地，都有华人大批移入。菲律宾、马来西亚、婆罗洲和印度尼西亚都是移民的重点。移民的来源，也是以广东、福建两省为主。早在郑成功的时代，集中在今天马尼拉四周的，不少于六万之众。在今天的印度尼西亚、荷兰从前的殖民地巴达维亚附近，也有大量的华工。马来西亚的尖端马六甲，是一个非常繁荣的华人港口。在印度尼西亚的华工，甚至曾经组织一个自治的团体，称为兰芳公司（18世纪中叶，华侨在西婆罗洲建立的一个生产和自卫组织。1777年,华侨罗芳伯集合当时在东方律、坤甸、南巴哇、山口洋等地向土侯租赁山地开发金矿的一些小公司，以扩大“兰芳公司”，并称之为“兰芳大统制”，其首领称“大唐客长”。目的是发展生产，同时抵制荷兰殖民者的掠夺。），由三十余万华工形成相当独立的政权，最终被殖民当局用武力解散了。1886年为荷兰殖民者所灭。
这些现象都说明，华工移至各处是世界移民现象的一部分，他们在亚太地区以及美洲的西岸开垦土地、挖掘矿产。开垦田园，种植许多经济作物，例如甘蔗、香蕉、烟叶；开发矿产，例如马来西亚的铜矿、美洲西岸的金矿。华人劳力扩散到整个太平洋地区，在发展近代世界经济网的过程中，担起了最辛苦的一部分工作。
如果没有清政府的约束和禁止，台湾的开发，由于地理的近便，应当更为迅速和彻底。只是，如前所述，清政府也担心，台湾可能成为反对中央政府的基地。台湾几次大规模的民变，朱一贵（朱一贵（1690-1722）福建长泰人。康熙六十年（1721）夏率众起义，以反清复明为号召，人数发展到三十万，占领全台。后战败遇害。）、林爽文（林爽文（1757-1788）原籍福建平和，迁居台湾彰化。乾隆四十九年（1784）参加天地会，后为彰化天地会首领。）、戴潮春（戴潮春（？-I864）领导“戴潮春反清事件”，该事件为台湾清治时期三大民变之一，自1862年起事至1865年被平定，共历时四年。）三次乱事，使清政府十分警惕，很是防范台湾成为华南汉人反清复明的据点。于是，台湾的开拓脚步，居然还不如华工向亚太地区扩张得那么迅速、那么大规模。
即使在清政府的约束之下，台湾的开拓还是在民间的主导下，一步一步地推向北面，也推向内陆。最后一波开发是在19世纪，漳州人吴沙（（1731-1798）
清福建省漳州漳浦县人，是汉人全面拓垦兰阳平原的领导者。）进入了兰阳平原（就是今天的宜兰），将原住民驱赶到后山，即中央山脉山区内部。在那个时候，今天台湾的汉人居住地区的规模，基本上已经形成了。
开拓台湾的方式
汉人开拓台湾，基本上采取和移民东南亚相似的方式。华工移入东南亚和美洲，是有组织的。通常是由一个招募华工的团体，确定了劳力的需求，在闽、粤两省招雇劳力，集中运送到开拓的地区。开发台湾的劳力，也是遵循同样的模式进入台湾。在清朝政府约束移民的时候，这些活动是地下的。有一些和台湾有关系的人物，在闽南和闽粤交界的地区招收劳工，偷渡进入台湾。由于政府的取缔，这种偷渡工作，不能堂而皇之地在港口进行，而是常在退潮时间，步行登陆。如果时间不巧，海水回涨，这些劳工只有葬身鱼腹。到了台湾，当时棒莽未辟，丛林和沼泽正是热带疾病孕育的温床。初到的劳工，生活条件十分恶劣，往往大批死亡。这些悲惨的遭遇，深深地铭刻在台湾民间的历史记忆中。台湾民俗信仰王爷，有一部分是瘟疫之神，有一部分是海难的牺牲者。王爷信仰遍台湾，正是为纪念一批批在移民过程中牺牲的开拓者。
台湾逐步开放之后，有势力的人士就可以在福建或者广东，集股投资，招收劳工，在台湾开垦土地。例如，彰化地带的施家，由于是施琅的同族，有特殊的势力，便可以在尚未设立州县的地区，大规模地开发土地。民间传说，著名的施世榜就是开发彰化地区的重要人物。施家的八堡圳，是个大规模的水利系统，将早先还未开辟的彰化平原转变为渠道纵横的良田。
嘉庆以后，政府开放了移民活动，有力量的人士就可以向政府申请开垦的特权——即所谓“垦户”。得到了垦照，在官方特许的条件下，他们可驱迫原住民，甚至夺取原住民的土地，招纳大陆的“罗汉脚”（单身汉），大规模地开辟田园。在这些有势力的人士手上，台湾的土地制度发展为三级制：垦户是业主；第二级是从垦户手上分领土地的租户，他们领导劳工组成垦殖团体；在这些垦殖团体下面，才是劳动的佃户。垦户、租户、佃户三个阶级，分层拥有土地的所有权和使用权。那些垦首，领有垦照的势豪之家，可以拥有数万亩的土地，每年收的租税可以达到十几万石。这种土地制度，毋宁说是原始封建体制。那些大垦户俨然是一方诸侯，手下的人都是他的子民而已。
汉人与原住民的融合
汉人从原住民处取得土地，手段不一，有以武力强夺的，有以契约骗取的，有以廉价半哄半骗取得的，也有个别的例子，是经过婚姻关系取得继承权。当然，一些“番社”的头目，往往也会和汉人合作，自己成为一个业户，招领汉人劳工开发土地，成为所谓“番头家”。无论哪种途径，都不可避免会引起许多纠纷。今日在台湾各地，存有不少石碑，都是当年解决汉人与原住民纠纷的见证。在解决汉人与原住民纠纷的过程之中，毋庸讳言，吃亏的都是原住民。
另一方面，汉人同化了原住民。到今天，很多当年的原住民改了汉姓，甚至自认为是移民的后代，汉人和原住民，已经无法区分。只剩下一些小部落，保存了原来的风俗和语言。在早期平埔人同化为汉人的过程之中，因为来台的劳工大多数是单身汉，即所谓的“罗汉脚”，他们往往和平埔人的女子结合成立家庭，平埔人的血脉和汉人的血脉，合而为一。这种族群之间通婚的现象，其实是人类发展史上不断发生的现象，没有一个民族的血统是单纯的。先来后到，居住地点犬牙相错，彼此同化，婚姻不断地进行——族群之间的基因，也就不断地混合，也说不上是谁吸收了谁，谁消灭了谁。精耕农业被带入台湾。
