明代瘟疫发生的次数比较多，但在记载中大多没有明确瘟疫种类。但还是可以从病人的发病症状及其他一些特征上来辨别瘟疫的种类。明代瘟疫的种类总起来说有以下几种。
（一）鼠疫
鼠疫是一种传染极快的烈性病，它的潜伏期很短，腺型为2～8日，肺型为数小时至3日。两种鼠疫中，以腺型最为常见。腺鼠疫常发生于流行初期，急起寒战、高热、头痛、全身疼痛，偶有呕吐、淤斑、出血。发病间有淋巴组织肿大症状，其部位多在鼠蹊、颈部和腋下。如不及时治疗则淋巴结迅速化脓、破溃、病情加重，于3～5日内因心力衰竭或继发败血症或肺炎而死。病情轻缓者则腺肿逐渐消散或伤口愈合而恢复。肺型鼠疫可原发或继发于腺型，该病发展迅速，急起高热，伴有全身中毒症状，数小时后出现剧烈疼痛、咳嗽、咳痰，痰中含有大量泡沫血痰或鲜红色血痰。抢救不及时，大多于3日内因心力衰竭、休克而死亡。一般说来，腺鼠疫的病死率约为30～70%，肺鼠疫的病死率高达90%以上。此外，还有败血型鼠疫，病死率几达100%。关于明代后期鼠疫的流行研究是近年来的一个热点，出现了以曹树基的《鼠疫流行与华北社会的变迁（1580～1644年）》为代表的一大批成果。但这些成果仅是根据病人的发病症状推测而已，因为据当时的史料并没有某一次瘟疫明确记载为鼠疫的。
（二）天花
“天花”又名痘疮，是一种传染性较强的急性发疹性疾病。早在晋代时，著名药学家、道学家葛洪在《肘后备急方》中已有记载，他说：“比岁有病时行，仍发疮头面及身，须臾周匝，状如火疮，皆戴白浆，随决随生”，“剧者多死”。同时他对“天花”的起源进行了追溯。指出：此病起自东汉光武帝建武年间（公元23～26年）。这是我国也是世界上最早关于“天花”病的记载。书中还说：“永徽四年，此疮从西流东，遍及海中”。这是世界最早关于“天花”流行的记载。
天花，是世界上传染性最强的疾病之一，是由天花病毒引起的烈性传染病，这种病毒繁殖快，能在空气中以惊人的速度传播。天花病毒外观呈砖形，约200微米×300微米，抵抗力较强，能对抗干燥和低温，在痂皮、尘土和被服上，可生存数月至一年半之久。天花病毒有高度传染性，没有患过天花或没有接种过天花疫苗的人，不分男女老幼包括新生儿在内，均能感染天花。天花主要通过飞沫吸入或直接接触而传染，当人感染了天花病毒以后，大约有10天左右潜伏期，潜伏期过后，病人发病很急，多以头痛、背痛、发冷或寒战、高热等症状，开始体温可高达41℃以上。伴有恶心、呕吐、便秘、失眠等。小儿常有呕吐和惊厥。发病3～5天后，病人的额部、面颊、腕、臂、躯干和下肢出现皮疹。开始为红色斑疹，后变为丘疹，2～3天后丘疹变为疱疹，以后疱疹转为脓疱疹。脓疱疹形成后2～3天，逐渐干缩结成厚痂，大约1个月后痂皮开始脱落，遗留下疤痕，俗称“麻斑”。重型天花病人常伴并发症，如败血症、骨髓炎、脑炎、脑膜炎、肺炎、支气管炎、中耳炎、喉炎、失明、流产等，是天花致人死亡的主要原因。明代，天花也多次发生，并有明确的记载，如嘉靖九年（1530年），“庚寅年，痘灾盛行，死者过半”。嘉靖十三年（1534年），“甲午年，春，痘毒流行，死者十有八九”。
（三）霍乱
霍乱，又称触恶，是由霍乱弧菌所致的烈性肠道传染病，泛指突然剧烈吐泻，心腹绞痛的疾病。我国古代很早就有关于霍乱的记载，《巢氏诸病源候总论》中有：“霍乱者，由人温凉不调，阴阳清浊二气有相干乱之时，其乱在于肠胃之间者，因遇饮食而变发”。《灵枢经》中有：“清气在阴，浊气在阳，营气顺脉，卫气逆行，清浊相干，乱于胸中，是谓大悗……乱于肠胃，则为霍乱”。
霍乱弧菌分为两个生物型，一个中古典生物型即霍乱的病原体，另一个是爱尔·托生物型即副霍乱的病原体。它的潜伏期数小时至6日，突然起病，100%的病人有腹泻，为无痛性，里急后重感，每日大便数次甚至难以计数，量多，每天2000～4000ml，严重者8000ml以上，初为黄样，不久转为米泔水水样便，少数患者有血性水样便或柏油样便，腹泻后出现喷射性和边疆性呕吐，初为胃内容物，继而水样，米泔样，由于剧烈泻吐，体内大量液体及电解质丢失而出现脱水表现，轻者口渴，眼窝稍陷，唇舌干燥，重者烦躁不安，眼窝下陷，两颊深凹，精神呆滞，皮肤干而皱缩，失去弹性，嘶哑，四肢冰凉，体温下降，体液浓缩，脉搏细弱，心率低下，血压下降，如不及时抢救则危及生命，病人脱水及时得到纠正后，大多数症状消失，逐渐恢复正常，部分病人出现发热反应，一般38～39℃，持续1～3天自行消退，目前霍乱大多症状较轻，类似肠类。按脱水程度，血压、脉搏及尿量多少分为四型：①轻型，仅有短期腹泻，无典型米泔水样便，无明显脱水表现，血压脉搏正常，量略少。②中型，有典型症状体及典型大便，脱水明显，脉搏细速，血压下降，尿量甚少，一日500ml以下。③重型，患者极度软弱或神志不清，严重脱水及休克，脉搏细速或者不能触及，血压下降或测不出，尿极少或无尿，可发生典型症状后数小时死亡。④暴发型，称干性霍乱，起病急骤，不等典型的泻吐症状出现，即因循环衰竭而死亡。
（四）伤寒
伤寒是由伤寒杆菌引起的急性肠道传染病。我国古代关于伤寒的记载始见于《黄帝 素问》，其记载为：“今夫热病者，皆伤寒之类也”。继后，《难经》明确指出，“伤寒有五，有中风，有伤寒，有湿温，有热病，有温病”。汉代张仲景“勤求古训，博采众方”，以六经证治为纲要，撰写了《伤寒论》一书，使中医学理法方药得到和谐统一，从而奠定了辨证论治的基础，无论对外感热病和其他系统疾病，都有重要的指导意义。伤寒的致病因素包括外因、内因。广义伤寒各种疾病的外因为风、寒、暑、湿、燥、火六淫之邪；狭义伤寒由冬令感受风寒所致。伤寒发病的内因为正气虚亏，如果素体虚弱，或劳倦饥饿，起居失常，寒温不适，房事不节，均可导致正气虚亏，易被外邪侵犯成病。
现代医学认为伤寒是由伤寒杆菌引起的，伤寒杆菌的潜伏期一般为7～14天。多数起病缓慢，体温逐渐上升，至5～7天上升至39～40℃，且持续不退，除发热外，患者精神萎靡、食欲不振，表情淡漠、头痛、全身不适、腹胀、便秘或腹泻、肝脾肿大，相对缓脉，即脉搏跳动与体温上升不相称。在腹部和胸部可见淡红色皮疹，称为玫瑰疹，但少见。约半数患儿有咳嗽，咽部充血等呼吸道感染症状。
（五）疟疾
疟疾是由疟原虫引起的传染性寄生虫病，俗称“打摆子”。中医称“正疟”、温疟。疟疾是一很古老的疾病，早在数千年前《黄帝内经素问》中即有《疟论篇》和《刺论篇》等专篇论述疟疾的病因、症状和疗法，并从发作规律上分为“日作”、“间日作”与“三日作”。典型的疟疾多呈周期性发作，表现为间歇性寒热发作。一般在发作时先有明显的寒战，全身发抖，面色苍白，口唇发绀，寒战持续约10分钟至2小时，接着体温迅速上升，常达40℃或更高，面色潮红，皮肤干热，烦躁不安，高热持续约2～6小时后，全身大汗淋漓，大汗后体温降至正常或正常以下。经过一段间歇期后，又开始重复上述间歇性定时寒战、高热发作。非典型发作者体温可达42℃，以致昏迷，恶性发作者剧烈头疼，恶心呕吐，烦躁不安，精神错乱，腹痛腹泻，抽搐昏迷，偏瘫失语。寒冷型者有出汗、体温和血压下降等特征，如不及时抢救则死亡率较高。
“疟疾”一词在拉丁语中的含义是“坏的空气”，中国古代文献中记载的“瘴疠”实际上就是恶性疟疾。疟疾在我国除青藏高原外，遍及全国。北纬60°至南纬30°之间，海拔2771米高至海平面以下396米广大区域均有疟疾发生。一般北纬32°以北（长江以北）为低疟区；北纬25°～32°间（长江以南，台北、桂林、昆明连线以北）为中疟区；北纬25°以南为高疟区。但实际北方也有高疟区，南方也有低疟区。
明代，我国疟疾的分布情况，根据《明清时期中国瘴病分布与变迁》一文，云南与广西是当时瘴病流行严重区；贵州与广东是当时瘴病流行区；湖广、四川、福建、江西等地是当时瘴病局部及零星分布地；西北地区因气温变化大，天气严寒，当时亦有所谓寒瘴，分布于今甘肃、宁夏、青海等地。
总之，明代的瘟疫主要类型就是以上几种，虽然有些如霍乱、伤寒等在明代的记载中没有十分明确的记载，但这些是比较古老的疾疫，我国古代中医学对它们的研究一直没有中断，因此在明代肯定是有分布的。
