救治自然灾害时的错误指导思想导致灾害复发在明代表现最明显的就是在治理黄河问题上。明代河患相当频繁，前面已有论述，特别是下游地区，黄河、淮河、运河交织在一起，情况十分复杂，如果不能采用正确的治河战略思想，就不能彻底根治这个问题。而明代在治理黄河问题上恰恰是采取了错误的思想，这个思想总结起来有两个方面，即“挽黄保运”和保护皇陵。
关于“挽黄保运”思想，是因为明代黄、淮、运交织在一起，运河是明代实施南粮北运的经济大动脉，事关京都食粮、朝廷财赋供应和政权巩固的国计。为了保运，在黄河治理上实行抑河南行的方针。这个方针，早在明前期朝廷就有明确规定，明孝宗弘治六年（1493年），刘大夏奉诏治河，孝宗皇帝在诏书中说，“古人治河，只是除民之害。今日治河，乃恐妨运道，致误国计。其所关系，益非细故……然事有缓急，而施行之际，必以当急为先。今已春暮，运艘将至……今年漕船往来，有无阻滞。多方设法，必使粮运通行，不至过期，以失岁额。粮运既通，方可溯流寻源，按视地势，商度工用，以施疏塞之方，以为经久之计……”。这就指出了，保证漕运是治河的最迫切任务，是“国计”。
明代要保住运河的畅通，一怕黄河改道北去，这样从徐州到清河一段的黄运合一的河道就会得不到黄水的接济，而造成漕运中断。二怕黄河北决，冲淤山东境内的会通河和昭阳湖运道。如正德、嘉靖年间的王軏指出：“圣朝建都于西北，而转漕于东南。运道自南而达北，黄河自西而趋东。非假黄河之支流，则运道浅涩而难行，但冲决过甚，则运道反被淤塞。利运道者莫大于黄河，害运道者亦莫大于黄河”。而黄河南行，在淮河以北地区多支分流，不仅不会冲击运道，反而黄水还可以资助运河，虽对淮河流域民生有害，但对保运有利。在统治者的眼中漕运的分量要远远大于所谓的民生，这样就必然极大地影响明王朝的治河策略。
明隆庆五年（1571年），潘季驯在第二次任治河患时，由于河工告成，请奖励治河的官员。穆宗质问说：“今岁漕运比常更迟，何为辄报工完？”令工部核复。工部尚书朱衡复道：“河道通塞，专以粮运迟速为验，非谓筑口导流便可塞责”。命潘季驯戴罪管事。而前面弘治年间，命刘大夏治河的命令，也是把通漕放在首位。这样，怎能不影响治河的方案呢？
潘季驯接受这个教训，在以后治河时，就很重视漕运。例如，在论及治河上策时说：“民可徙也，岁运国储四百万石，将安适乎？”又说：“然以治河之工，而收治漕之利：漕不可以一岁不通，则河不可以一岁不治。一举两得，乃所以为善也。”实际上，他意思是治河沾了治漕的光。所以接着说：“故元宋以前，黄河或北或南，曾无宁岁。我朝河不北徙者二百余年，此兼漕之利也”。就是说，如若不是为了漕运，黄河就不会引起封建统治者的重视，而早已改道了。可见，明统治者完全是把治理漕运看得高于治理河患，把维护其封建统治看得高于关爱民生，这样完全是本末倒置了。
此外，由于黄河善淤多决，对于黄河应走哪一条道，是有很多议论的。这也是一个大问题。而明统治者选择的标准，则仍以运河利害为权衡。明李化龙说：“河自开（封）、归（德）而下，合运入海，其路有三：由兰阳、考城至李吉口，过坚城集，入陆座楼，出茶城，而向徐、邳，名浊河，为中路。由曹、单经丰、沛，出飞云桥，泛昭阳湖，入龙塘，出秦沟，而向徐、邳，名银河，为北路。由潘家口过司家道口，至何家堤，经符离，道睢宁，入宿迁，出小河口入运，名符离河，为南路。南路近陵，北路近运，惟中路既远于陵，亦济于运”。可见，在治河者的治河策略中，只考虑了漕运的安危，根本没有把涉及民生放到适当的位置。
保护皇陵是制约明代治河时的另一个思想。明王朝的奠基者出生在安徽凤阳，祖在淮泗，因此明皇陵在凤阳，祖陵在泗州。由于在明代绝大部分时间里，黄河借淮入海，故处于淮泗之间的泗州祖陵及淮泗以南的凤阳皇陵就常处于黄河频繁水害的威胁下。但是，在明前半期（洪武至弘治时期）因河患大多发生在河南开封附近，河患对归德、徐州以南的淮泗地区威胁不是很大，故在正德、嘉靖以前罕有提及保护陵寝事者。弘治年间，黄河在河南境内的北岸、南岸堤防相继修成，加之黄河由颍入淮的河道又于嘉靖初逐渐淤塞，黄河河患发生于河南的已较少，而多移至山东和南直隶境内，黄河在归德以下、徐州以上多道分流，屡多决溢，淮泗之地逐渐成河患威胁重灾区。这样，自正德、嘉靖始保护徐州以南淮泗之地的泗州祖陵、寿春王陵、凤阳皇陵不受河患洪水冲溢就成为明代中后期治河的重大政治问题，这严重制约着明代后期的治河政策。明代后期的徐光启曾对前人所面临的治河困境感慨道：“夫漕之用河，河之梗漕，百年之前无有也。河稍南而遽以为伤地脉，虞祖陵，数十年以前无有也。”这就造成“今者绝河之中道，则河穷；又使之北避运，则河又穷；又使之南而远避祖陵，则河又益穷。河所由者，舍徐邳间三道安往哉？水穷则溢，何得不累岁决也？”
受河患影响的凤阳皇陵、泗州祖陵和寿春王陵中，因“孙家渡、涡河二支俱出怀远，会淮流至凤阳，经皇陵及寿春王陵至泗州，经祖陵。皇陵地高无虑，祖陵则三面距河，寿春王陵尤迫近”。实际上也是如此，祖陵、寿春王陵遭河患可能性大得多。“祖陵在泗州城东北相距一十三里，西北二面，土岗联属，水莫无虞，其南面山冈之外，即俯临沙湖，西有陡湖之水，亦汇于此沙。湖之南为淮河，自西而来，环绕东流。去祖陵一十三里，惟东面冈势止处，俯临平地，有汴河一道，远自东北而来，上有塔影、芦湖、龟山、韩家、柯家等湖及陵北冈后沱沟之水，俱入于汴河。但遇夏秋淮水泛涨，则西由黄冈口，东由直河口，弥漫浸溢，与前项湖河诸水通连会合，间若渰及冈足，及下马桥边”。正因泗州祖陵、寿春王陵所处的这种地理环境，故屡有受淹之虞，而明代治河之护陵原则实是护祖陵、王陵为主，至于“凤阳皇陵，则尤居高阜，地势悬绝，二百余年，未闻有议及者矣。（潘季）驯谓不必虑者如此”。
正德十二年（1517年），大水异常，涨至泗州祖陵陵门，“遂浸墀陛，则旷百年而一见也”。这次水冲祖陵引起最高统治者的高度重视，陵寝之危被当作事关社稷的根本大政，明代治河由此开始进入一个新的阶段：保护陵寝被当作治理河患的基本国策之一，并在此政策下，进行了一些大规模的水利工程建设。
嘉靖年间“将黄河于野鸡岗上流李景高等口开挑支河三道，借引水利，又卷埽筑坝一道，逼水东注以济二洪，以杀南奔之势。其泗州祖陵，再筑墙垣，凤阳白塔、寿春等王坟，重筑土堤，并填实李家沟，别引龙子河浅水入淮……于祖陵东面出水之地，筑堤为闸，因时启闭”；又于白塔王坟、寿春王坟“增筑石堤，补栽荆柳”等。
嘉靖二十一年（1542年），河决丰县、孟津、夏邑，“及野鸡岗之决地，凤阳沿淮州县多水患，乃议徙五河、蒙城避之。而临淮当祖陵形胜不可徙”。为解除对祖陵的威胁，乃“浚砀山河道，引入二洪，以杀南注之势”。然而，由于治河的策略只是得过且过，疲于应付，陵寝所受的危害不仅没有减轻，反而越来越严重了。
万历十九年（1591年）九月，“泗州大水，州治淹三尺，居民沉溺十九，没及祖陵”。万历二十年（1592年）三月，“水势横溃，徐、泗、淮、扬间无岁不受患，祖陵被水……泗城如水上浮盂，盂中之水复满，祖陵自神路至三桥、丹墀，无一不被水”。
万历二十二年（1594年）“河复大为患，决汶上，决鱼台，决济宁巨野，决邳州宿迁高邮，泛涨泗州几成鱼鳖之乡。祖陵松柏，槁于水过半……郁郁祖陵，蛟龙将驰”。为此万历帝赫然震怒，屡易河臣，“河臣刘公东星竟以忧殒，上复赫然震怒，切责大司空”。并连责河臣李顺、鲁如春抓紧治河保陵安全。
万历二十三年（1593年），总理河道的杨一魁与礼科给事中张企程共同提出“分杀黄流以纵淮，别疏海口以导黄”的建议，然后施工，“分泄黄水入海”，“分泄淮水东经里下河地区入海”。“于是，泗陵水患平，而淮、扬安矣”。“分黄导淮”的方案实施以后，暂时解除了对祖陵的威胁，但由于黄河泥沙没有从根本上解决，泗州祖陵受淹仍是不可避免的事。
万历二十九年（1601年）秋，河涨商丘赵家园，淤塞断流，决萧家口，全河奔溃入淮，势及陵寝。“帝以一魁不塞黄堌口，致冲祖陵，斥为民”。陵寝安危直到开运河新道，使运河不再完全借黄通运后才有好转。
万历三十三年（1605年），通过泇河的运河工程全部完工之后，不再完全借黄济运，治河受漕运制约较小，回旋余地增加不少，这就为治黄与治淮留下了空间，而泇河开后河水北流增加，减少了入淮水量，对陵寝安危具决定影响的淮泗之水害大为减轻。这样直到明亡，虽然水害频繁，陵寝没有受到直接冲毁。如崇祯十六年（1643年）五月，黄河决口，“伏水大涨，故道沙滩壅涸者刷深数丈，河之大势尽归于东，运道已通，陵园无恙”。
因此，当时口头上“祖陵当护”的呼声虽高，但实际上并没有什么办法。护陵虽然作为明统治者的一项国策，耗费了大量的人力、物力，最终却以失败告终。并大大束缚了治河者的手脚，由于洪泽湖的淤积日益严重，湖面日益扩大，明祖陵自然难保，终于在清初康熙二十二年（1683年）沦入洪泽湖了。
明代治河的治理黄河的“挽黄保运”和保护皇陵指导思想，虽然保证了京师供应，保护了皇陵，但其逆河之性来治河，给治河增加了难以克服的困难，也使治河工程仅局限于下游，给下游人民的生产和生活带来深重的苦难，这也提醒我们现在的救治自然灾害不能基于个人或集团的利益，应从维护中华民族的根本利益和全局利益出发。
