正当前线将士浴血奋战，斗志正旺，逐法虏出越南指日可待之际，朝廷发出了停战诏书。实在让人惊愕万分！
张之洞接到电旨，气愤不已，立即电奏总署：“条约未定，万万不可撤兵……关外兵机方利，法人大震。中法用兵年余，未有如今日之得势者。我撤敌进，徒中狡谋，悔不可追！”又借故雷雨电讯中断，上谕难达前线，请求展限停战日期，并令法人先撤基隆、澎湖，再看北宁能否攻克再定。
正发电时，张之洞接到了冯子材来电，说准备亲率本部并王孝祺军袭郎甲，绕袭北宁。张之洞便再次电奏总署，请求展限十日或半月，待攻克北宁之后再停战。张之洞一面进言力争，一面致电鼓励前线将领冯子材、王孝祺、唐景崧等迅速进击，扩大战果。
原来，清廷被迫宣战后，仍念念不忘苟和。前方打仗，后方议和。镇南关刚刚获胜，便于二月十五日发出停战诏书，二月十九日（1885年4月4日），又匆匆签订了停战协议。二月二十二日，朝廷向前线各军发出停战撤兵命令，规定：越南宣光以东，三月一日（4月15日）停战，三月十一日撤军，三月二十一日齐抵广西边界；宣光以西，三月十一日停战，三月二十一日撤军，四月二十日齐抵云南边界；台湾于三月一日停战。真是形同儿戏！
前线将士惊闻停战撤兵，无不扼腕痛惜。正在进军北宁的冯子材，在接到停战撤兵命令的当天深夜十二点，立即致电张之洞，请他上奏力阻，说：“我胜法败，乘胜可平北宁、河内两省。材已布置，不久可复。西贡40万内应已约定。若以饷绌，再一年谅无虑。材权事一年左右可得手。勿坠奸谋，失此机会。去岁，上谕议和者诛，请上折诛议和之人，士气可奋，法可除，越可复，后患可免，祈早图之。”同时，冯子材还主张废除中法天津条约，必须让法国还地越南，方可撤兵。
无奈张之洞七次电奏力争，彭玉麟也电请统兵诸将仍驻扎原处，暂缓撤兵，朝廷严旨不准，令如期停战，撤回边界，违者严惩。对张之洞严词切责：“务当恪守严谕，饬令防军如期停战，撤回边界。倘有贻误，朝廷固必严惩，该督返而自思，谅亦不敢出此，懔之！慎之！”
彭玉麟和张之洞奉到严旨，相对默然。虽气冲牛斗，却再无计可施。想到将士浴血抛头换来的胜利果实，竟被投降佞臣断送，招致无穷祸患，痛心疾首，愤恨满腔。
张之洞愤慨地指斥议和大臣李鸿章，致电质问：“前奉电传上谕：法人无理，已饬决战，嗣后如有以和进者，定即军法从事。此次进和议者为谁？”
李鸿章捏词抵赖，把议和的责任推到赫德身上：“查进和议者二赤，我不过随同画押而已。”李鸿章对张之洞声称电讯中断、停战上谕不能遍传前敌的“声明”感到焦灼不安，深恐张之洞支持各军乘胜进攻，又急忙发电旨威胁张之洞：“冯、王若不乘胜即收，不惟全局败坏，且恐孤军深入，战事益无把握……着该督遵旨亟电各营，如电信不到之处，即发急递！飞达！如期停战撤兵。倘有延误，致生他变，惟该提督是问。”
严旨不准缓期撤兵，张之洞未敢违延，但仍不甘休，又先后十多次发电，苦争条约。无奈，李鸿章等投降派把持朝政，慈禧太后在后面撑着腰，对张之洞的电争，先是冷拒竣绝，后来干脆置之不理。
张之洞与冯子材等将领攻取北宁的计划成了画饼，使他痛愤不已。他给冯子材回电，说明了自己的心情：“……事权不一，洞能请之；需饷需械，洞能筹之。班师迫促，尽弃前功；已得越疆，仍还法虏。事机可惜，边患何穷？麾下忠愤填膺，自不待言。洞屡次电奏，力争不得。近日苦争条约，大处终恐难挽。既念中国为狡虏所愚，又愧无以对此吞敌之将士，助顺之越民，肝逆头眩，心血已枯，事定后，亦将乞罢矣！”
不久，法兵进踞谅山等地，背信弃义，荼毒义民，连婴儿也剖腹残害，残酷至极，令张之洞及全国忠义之士皆发指眦裂，痛哭流涕，苦争苦谏，而无回天之力。
四月底，中法详约既定、行将画押之时，张之洞得知法兵又在澎湖毁民船民房，建造兵营炮台，同时又接到左宗棠电录的孤拔在台湾所出的告示，言称基隆、澎湖由法兵驻守，清军所得越南之地，由华兵暂驻，待详约定再撤。他顿时大骇，才知道法人并没有要求中方先撤兵，而是赫德助法，胁清廷先撤兵，致遭种种失算，令人气愤欲死。
张之洞立即电奏岑毓英部暂缓抵界，刘永福黑旗军暂留越南待命，并提出废除“李福条约”，重议平等条约。电奏上达，却杳如黄鹤，一去无音。
张之洞百计俱穷，只好再向左宗棠求助：“闻详约数十条，数日内即画押，无非利法害华之事。洞请发沿海疆臣筹议不报。洞前后电奏二十二次矣，三争撤兵，余争条约、地界、商务、刘军、义民。初则切责，后则不理。人微言轻，无术挽救。若再草画押，后悔莫追。公有回天之力，幸速图之。”但议和之事由全权大臣李鸿章把持，左宗棠也无法挽回。
四月二十七日（1885年6月9日），李鸿章和法国公使巴德诺在天津签订了《中法会订越南条约》共十款。主要内容：一、清政府承认法国与越南订立的条约；二、在中越边界保胜以南和谅山以北指定两处为通商地点，允许法国商人在此居住并设领事；三、降低中国云南、广西同越南边界的进出口税率；四、日后中国修筑铁路应向法国商办；五、法国退出台湾、澎湖。
张之洞看罢条约，对利法害华各款不胜愤懑。中国不败而败，贸然撤军，前功尽弃，他愤恨欲死。朝廷为人挟制，如此软弱，怯懦，又使他心灰意冷，戚然有乞罢归里之意。
但是，刘永福仍在保胜羁留未撤，法国人要挟：刘永福不退保胜，则法国不退澎湖。朝廷严命张之洞速召刘永福回国。此事谈何容易！张之洞又不胜焦虑和惶恐。
一直主持对法议和的李鸿章，把镇南关——谅山之战的胜利作为议和的条件和资本，而推行的却是投降卖国路线。胜利传出后，他即开始为淮军争功，打算把胜利的功绩，记在他淮军的功劳簿上。同时，李鸿章等人的另一企图，是利用议和之机迫害抗法将领刘永福。张之洞察其阴谋，愤而抵制。
镇南关大捷后，李鸿章拟电稿向朝廷陈奏时，把苏元春列在功首，而对冯子材的功劳却“不专下一语”，不做切实的评价，冯子材见到奏报，很不服气。
张之洞给李秉衡去电，辨明事实真相。又参考了各路电报禀函，重新写了奏报，较为公正地评价了冯子材、苏元春、王孝祺、王德榜、唐景崧各军的功劳，最后说：“诸将皆有功，而尤以冯子材为功首。”
据此，朝廷明发上谕，首先表彰了冯子材谅山大捷的功劳，粉碎了李鸿章等人的图谋。而张之洞作为中法战争的主帅，总揽全局，指挥部署，调军筹饷，也是功不可没，朝廷用奏耆功、赏戴花翎。
刘永福虽然在中法战争中起了巨大作用，但他是李鸿章等投降派的一颗眼中钉，非欲拔之而后快。黑旗军不离开保胜，法国以此作为要挟，也不交还澎湖，使得李鸿章不能立奏和局之功。他勾结法国侵略者，打算共同消灭黑旗军。《中法新约》的第一款就写明：“越南诸省与中国边界毗连者，其境内法国约明自行弭乱安抚……倘有‘匪党’在中国境内会合，意图往扰法国所保护之民者，亦由中国设法解散。”李鸿章等人的目的是扑灭黑旗军，整死刘永福。
张之洞对这一点看得十分清楚，他说：“法恶刘、总署恶刘、北洋恶刘、岑帅恶刘。法恶之而甚畏之，故条约以此为首，黑旗不去，法虏不安。”
而张之洞却深深同情刘永福，感激他在抗法斗争中做出了艰苦卓绝的斗争、并取得了举世瞩目的胜利。现在刘永福处于危难之时，张之洞与李鸿章的“设法解散”针锋相对，上奏保护刘永福，说：“刘永福法虏必不容，然不可不庇。”并说：“洞敬其为数千年中华之吐气，故竭力护持之。”
同时，许多爱国人士也强烈呼吁，保护刘永福，揭露李鸿章的阴谋。比如贵州道监察御史刘恩溥就揭露说：
“李鸿章20余年办理海防，靡费数千万，曾杀过鬼子1名否？一味献媚洋人，以为固宠地步。今并不思保刘军，直谓‘我中国之刘永福，从此不必过问’，且痛恨刘永福之阻碍和局，使他不能保全令名。是其天良丧尽，毫无人心，已可概见。”
张之洞为刘永福屡调不至焦虑不安，深恐朝廷加以违抗之罪，发兵讨之。他怀着“于边事大局已无补救，不过欲保全一义勇奇男子”的心情，再三函催，并派出专员孙鸿勋，前去规劝刘永福速撤入关。
张之洞以诚相待，对刘永福提出的条件逐一批答，阐明利害，深深地感动了刘永福，打消了疑虑。他又想起抗法之时，张之洞对他心无嫌隙，屡次举荐，李鸿章、岑毓英拒绝接济黑旗军饷械，而资助刘永福的40万两饷银和大量枪支，全是张之洞由广东拨出，更是信赖之至，便答应启程回国。
为了使刘永福免遭迫害，张之洞奏准把刘永福安置在广东。事先花5000两在广州买了套豪华宽大的住宅，让他住在广州。准他带两千人回国。队伍到龙舟时，给银2万两，安置部众家属。部队到达南宁，张之洞又拨银4万两兑到南宁，用为队伍入关口粮银，还事先在广州建造了营房，供刘永福部众使用。
刘永福率5000余人回到祖国，一部分资银遣还家乡，余部随同刘永福到达广州。
张之洞奏请让刘永福率黑旗军驻守海南岛，朝廷未准；再奏请让他任两粤总兵，驻扎广州，仍未获准；直到第二年，朝廷才授他为南澳镇总兵。但南澳是悬于粤、闽交界海面的孤岛，荒凉贫瘠，人烟罕至，无异于流放囚禁。他的黑旗军，也被裁得只剩800人。刘永福犹如猛虎坠入陷阱，回首往事，面对沧海，唯有伤心慨叹而已。
战争结束了，张之洞没有享受到胜利的欢欣和喜悦，反而郁积了满腔的愤怒和怅恨。而且，张之洞为各军筹借的款项，政府原已批准由各省协拨筹还，战后，户部却奏准由广东一省筹还。
张之洞先后向英国汇丰银行借了700万两，为参战各军助饷，拨给滇军200万两、桂军200万两、粤军200万两、刘永福和唐景崧军40万两、台湾40万两，另用于筑堤塞港、修筑炮台堡垒、运送粮械等20万两。再加上前任张树声已借洋款200万两，总计借洋款900万两。广东的财政收支，原已十分困难，一下子又增加了900万两的洋债，就更如雪上加霜，压得喘不过气来。张之洞战后遇到的第一个难题，就是如何筹还这一大笔债务。
张之洞刚到广州时，即为筹集战费而大伤脑筋，整顿税厂、补抽厘金、缉查走私，也在这时便已开始，同时又载汰冗员，在自己身上节省，家丁只剩何安、长庆2人，门卫、执帖、用印、内外跟班、看签押房，全由他俩包了。并把下属孝敬他的各项陋规银，悉数交公。
张之洞刚到广州莅任时，粤海关监督在袖筒里揣着红封来见。张之洞接过红封看时，里面有一张3000两的银票。
“这是怎么回事？”之洞惊讶地问。
监督说：“循例每月孝敬总督大人3000两。”
他想想说：“既然循例，那么你备下公文。”
海关监督只好又写好公文送来，张之洞便将这笔款子，按月发往善后局充公，专款储用。各州府春秋办贡，照例有呈敬总督的一份，叫做贡余，张之洞干脆不受，要各属用于兴学办教育。
张之洞更让人瞠目结舌的举动，则是奏准了广东闱姓驰禁，大开赌场。闱姓驰禁，赌风大炽，科考舞弊严重，吏治败坏，社会风气恶化。但张之洞需要钱，没钱不能还债，没钱也不能兴办各项事业。为了弄到钱，也顾不得其他后果了，也顾不得别人的非议了。他自己曾解释说：“我取之于赌，但用之于公，又涓滴不如私囊，问心无愧。”
光绪十一年（1885）春，惠州科考发生了赌局与考差通同作弊的案件。学政叶大焯的幕僚们为了舞弊，串通了厨人在汤内暗下巴豆，以至考官们腹泻不能临场组织考试和阅卷，舞弊者肆行不法，使得钟、廖、王三个大姓的考生一人也不予录取，而田、文、彭三个僻姓的全部录取，赌场大赚赌注，舞弊者也塞满了腰包。榜发之后，群情激愤，士子们哗然群起，拆毁署门，几至闹出人命。参本也纷纷而上，朝廷旨饬张之洞、彭玉麟等确查具奏。张之洞将此案拖了半年，又有邓承修、黄煦、梁耀枢等言官连连参劾。他不得已于年底具奏，革掉了两位阅卷官员，学政大臣叶大焯也被革职。而此案查结，一下没收了赌局彩银十几万两。
张之洞接到一份咨札，说广东候补知县汤化龙在香港持总督印札，向港澳华商募捐，已得银十几万两，咨询真伪。张之洞愕然，但未作声张，回复确有此事。同时，派赴港兵轮管带黄立本持札，召汤化龙来见，叮嘱黄立本，不得使汤化龙逸去。
汤化龙以为有缺委任，急急来见。张之洞命人将他引至一间空房，锁闭门窗。汤化龙自知事泄，恐被砍掉脑袋，想投环自裁。无奈看守在窗外盯着，想死又死不了。
夜半三更，张之洞来了，一言不发，冷峻的目光盯视着汤化龙。汤化龙叩头请罪，跪地不起，浑身被惊汗湿透。
良久，张之洞厉声喝斥：“你胆大至此，还要脑袋么？”
汤化龙哀求饶命，涕泪涟涟。
良久，张之洞才说：“我今天放了你，要你为我尽力！”
汤化龙惶恐地说：“愿尽力。”
“好！你起来。”张之洞又让他坐下，训教一番。
张之洞没收他的募款，另给他一纸书札，令他到南洋诸岛募捐。数月之后，汤化龙回来了，又募集了十几万两，交至藩库。
为筹款还债，张之洞可谓百计俱施，无法不用。
早在他到任之初，即有人参奏肇庆、潮州税厂，年收税10余万两，只报3万两，并以黑钱名目刻剥商人，侵蚀正税，谕命查明复奏。张之洞趁机派出得力干员，清查税厂账目和隐弊。
他把查案班子分作两路，一路专管查账，将账目查清上报，说明两广所出，除明缴税额外，余数不多，用为该厂缉私饷银、巡丁经费、科场费、书院经费、平水火耗等项，尚收不敷支，广东省既未私吞，也未欠解，搪塞了朝廷的追款。另一路则专查隐弊，这才是张之洞要查的重点。各层官员私吞之钱，在账目上是查不出来的，漏洞全在隐弊之中。
果然，查出税厂隐弊很多，什么黑钱、入柜钱、办用钱、官厘头、船头钱、充规、节礼、堂礼、厂费、火烛、墟艇等十几种，都是在正税之外，偷税漏税，走私分肥，流入税厂书吏、巡查、役夫和上司各官的私人腰包。由各项隐弊私分的钱财，要超过正税的一倍甚至几倍。羊毛出在羊身上，私分的多了，商人偷税漏税也占些便宜，当然正税就少了。
查完肇庆、潮州两税厂，张之洞从书隶等人收缴私吞款项12万两，另罚款4万两，充入了粤省官库。正额税收也每年增加5万两。这新增部分，是超过上缴户部的额外收入，张之洞提储作为海防之用，修筑了新式炮台，购买了新式大炮。
战争结束，张之洞有了时间和精力，督饬查税班子，将粤省黄江、梧关等税厂一一清查，查出问题更多。然后，他来了个统一整顿，撤掉了一批不法贪婪的税官，明令革除一切私税规礼。于是，每年正税增加了上百万两，同时减轻了商民的负担。
张之洞任两广总督五年半，不仅还清了900万两的洋债和其他积欠，还修建广州天字码头，试造浅水兵轮，治理江堤，举办广东缫丝局、广州制钱局、银元局、枪弹厂等一批洋务企业，都花钱不少。
按说，理财属于巡抚和布政使的职责，总督管理所辖省份的军务。而实际并没有严格界限，并且在品衔上，总督要高出一等，敕书中又有节制巡抚之文，所以在督抚同住一城的省份，往往一切大政归总督管辖，巡抚形同属员，听命于总督。而总督、巡抚都单开幕府，有独自的奏事权，遇有大事，亦需两相会商，联名奏请，加上双方的职责又多交叉重复，更易发生事端，督抚之间明争暗斗的不在少数。
张之洞办事认真，又最喜任事，与巡抚倪文蔚也不免生出龃龉。倪文蔚（1823～1890），字豹臣，安徽望江人，幼时家贫，常以野菜充饥，但天资聪颖，深受塾师喜爱。咸丰二年进士，光绪八年升任广西巡抚，光绪九年九月调广东巡抚。一生关心民苦，修堤守土，兴学重才，政声斐然。理财一项上，他俩分歧不大，但在任用官吏时，矛盾尖锐起来。事情是这样的：
潮州府出缺，张之洞拟一人交藩司游智开任用。因为藩司（布政使）负责全省财政和民政事务，道府以下官员的转免考核由藩司主管。而游智开已先许了巡抚倪文蔚所荐之人，遂压置张之洞所荐之人未用。
张之洞很生气，即日传见游智开，厉声责问：
“你竟敢藐视我而取媚抚院，也有所恃吧？”
游智开分辩说：“职司何恃之有！旧制兵事归总督，吏事归巡抚，职司在两个婆婆之间，难于当媳妇，不得不按制办理。”
张之洞怒气上升，说：“巡抚归总督节制，天下没有不知道的。你何得此言？找出来让我看看，我按你说的奏明朝廷，以便我脱却吏事，从此不再过问！”
游智开是湖北新化人，举人出身，由州县升至藩司，没有什么根基，平时小心翼翼，怕招惹是非。今天张之洞非要他拿出根据来不可，确实害怕了，回去后检索会典，却无从所得，心里更加恐惧。试想：无理顶撞总督大人，以后有好果子吃吗？游智开忧虑成疾，竟至肝火焦盛，呕血病倒，无奈以病辞官，开缺回籍。
这以后，张之洞与倪文蔚的矛盾越来越深。倪文蔚的脾气也很犟，轻易不肯让步。在奏请广东盗犯就地正法一事上，两人争得不可开交。
张之洞主张严办盗匪和拐卖人口出洋的犯罪分子，要奏请“就地正法”。但倪文蔚不同意，认为量刑太重。两人苦争三月，张之洞终于争过倪文蔚并经刑部议准，在广东施行。而他俩的矛盾也愈加不可调和。
一天，倪文蔚有事到督院谒见张之洞，张之洞拒而不见。三谒三不见。倪文蔚便问长庆：“何时能见？”
长庆说：“大人明日再来吧！”
第二天，倪文蔚早早的又来了。等到下午，仍不被传见。倪文蔚便问长庆：“大人有客吗？”
长庆说：“没有。在签押房看书呢。”
文蔚又说：“长庆，你何不为我禀报一声？”
长庆说：“大人看书时，向不许回话打搅。”
倪文蔚的气憋不住了，大步闯入督署。长庆不敢强行拦阻，紧随着到了签押房门口，大声喊道：“巡抚大人到！”
倪文蔚到了门口，瞥见张之洞坐在屏风内的安乐椅上看书，好像没有听见一样。按礼仪，巡抚求见总督，总督要出来迎接，可张之洞偏不动身也不说话。怎么办？
倪文蔚气得满脸通红，愤然说：“督抚同为朝廷命官，我以公事来，何这样小瞧我！”说罢，拂袖而去。
倪文蔚闹着要辞官。老将军彭玉麟出面调和，要置酒释嫌，二人都答应得挺好。
那天，倪文蔚先到了。可张之洞到了中午还没到。彭玉麟又派人去请，好不容易强请来了。张之洞不待彭玉麟、倪文蔚相让，径直坐在了上座。彭玉麟先为张之洞斟了一杯酒，张之洞站起来喝了。彭玉麟又为倪文蔚斟了一杯。倪文蔚刚要起身端杯，却被张之洞端过去又喝了。
倪文蔚一气之下，推案而起，取下官帽往桌上一拍，转身回了抚院。从此称病疏请开缺，不干了！
朝廷得知二人情况，于光绪十二年五月，把倪文蔚调进京师，改授他职。
且说光绪十一年（1885）底，朝廷发来了一份上谕：“有人奏：广东频遭水患，皆由土豪占筑围坝牟利所致。现闻德顺县人胡玉林即胡传盛，串通劣绅罗家言，贿赂香山县知县萧炳堃，领批圈筑大南沙田数百顷。迨各业户赴沙踏勘，胡玉林胆敢率众放枪，几酿巨案。请饬查办等语……着张之洞按所参各节彻底查办，据实复奏。速速！”
张之洞接到上谕，立即派人招来广州知府万方辉，问道：“最近有什么大案告到贵府吗？”
万方辉吃一惊，说：“没有。”
“顺德县、香山县方面也没有递状子吗？”
“没有。卑职前几日刚去过德顺，未闻那里发生什么大案。”万方辉疑惑不解。
“有关沙田方面呢？”
“沙田？没有哇……”
顺德、香山地处珠江三角洲，这里雨量丰富，尤其在每年的五六月份常发大水。大水来临，把大量淤泥冲至低洼的沼泽，大水过后，沼泽洼地便成为大块肥沃的土地。人们争着筑堤修围，建成田园，称作沙田，常有纠纷，但万方辉并未听说有何大案。
“你自己看看吧！”张之洞将上谕递给他。
万方辉接手一看，吓得大汗直淌，连说：“卑职失职，卑职失职！”
“我看也是！都惊动了朝廷，你还蒙在鼓里。快回去查明，三日内向我回报。”
第三天，万方辉来了，战战兢兢地说：“大人，卑职回衙立即传讯胡玉林、罗家言。可是两人均未到案。胡玉林重病在床，奄奄一息；罗家言前时进京，家人说已在回乡途中，不清楚何时能到家。请大人宽恕时日，让卑职慢慢查办。”
“一波未平，一波又起。你再看看这个。”张之洞把一份状子递给万知府。
万方辉接过一看，是德顺县89人联名的状子，为首的是在籍户部主事罗家勤、翰林院偏修黄玉堂。控告御史何崇光的子侄何祖荣等，依仗何崇光的势力，督领匪徒强占田围，殴辱乡民。万方辉深感为难，一头是新任给事中的何崇光，另一头是玉堂金马的红翰林，全是在朝中能说上话的言官，自己一个小小知府，能管得了这案子吗？万方辉头上沁满汗珠，为难地说：“大人，这案子……”
“这案子交你一并查办！”张之洞说。
“大人，卑职我官小职微，不堪此任，请大人……”
张之洞打断了他的话：“你可知道上谕的‘有人奏’，系指何人？”
“卑职不知。”
“即是新任给事中何崇光，这里面大有名堂。我派你会同臬司、藩司、粮道、顺德知县诸大人，速速查明回报。”张之洞知道这案子涉及朝中官员，案情复杂，一个知府是办不了的，便做了这样的安排。
很快，由按察使于荫霖、布政使高崇基、广东粮道阎锡范、知府万方辉、顺德知县魏传熙等人组成的专案组，回来向张之洞汇报。情况是这样的：
香山县举人黄玉书倡修大南沙田围，倡禀事先报经香山县知县萧炳堃批准，并无贿情。倡禀内议明，筑此田围，凡围内有沙田者，每亩交围底银二两六五。皆为田户共同协定，而且田围久有成例，并非创始。既援例议修，就不必行贿；既共同议定，则无强修之行。并有议定书三份，上有89户画押为凭，且有香山县衙批件为证。
当围工将竣之日，恰是何崇光擢升给事中之时，其父何泰英喝完祝贺酒后，更觉得势大胆壮，遂以田内有自家田20亩、亲戚陈言群田60亩为由，去找黄玉书、胡玉林闹事。而实际上，何陈两家的80亩田已经议定给了银子1700两为补偿。何泰英仍要大加勒索，要求分得200亩沙田。89户人家自然不肯答应。何泰英又鼓励胡尚豪、胡延荣等人闹事，让胡家控告黄玉书霸筑田围，括入胡氏家族沙田400亩，要求拆出。这无异于把全围拆毁，黄玉书等田户当然不干。
于是，何泰英雇佣数十名打手，强行挖围，筑堤人众阻不让挖，从而发生了殴斗。双方都有受伤，但并无放枪之情。
何泰英自知理亏，但要先发制人，指使其子何崇光，弹劾编修黄玉堂之弟黄玉书、户部候补主事罗家勒之弟罗家言等，想借皇帝的谕旨将对手压倒。黄玉堂、罗家言也闻风而动，89家联名上控。
“仗势欺人，本部堂岂能容他！”张之洞明白案情后，极为气愤，与于荫霖等办案官员协商，作出了判决：已筑田围不许挖毁，围内各沙田户主各安其业，不许闹事；何泰英、陈言群、胡延荣三家在田围之内也不许拆出，勒索的1700两白银，令德顺县追回充公；黄玉书等修田围户，因筑田围新得沙田466亩，除去修田围用银，尚有大笔余利。因发生诉案，罚黄玉书等业户利银1.3万两。
判决较为公正，各打五十大板，不偏不倚。黄玉书一方具结遵从，而何泰英有恃无恐，拒不服判，既不交出勒索的银两，也不承认闹事的错误。
“这何家真乃茅厕里的石头——又臭又硬！不给他点厉害，不知我张之洞何许人也！”张之洞的火气上来了。何泰英不遵从判决，明明是依仗京中有人，没有把他这位总督放在眼里。这还了得？
张之洞正要修折参奏，又发生了何氏挖牡蛎、伤田堤、庇犯禁、殴绅士一案。事情是这样的：何崇光的侄子何祖康、何祖安、何祖荣等，督率船只数十艘，各带工具，到禁挖牡蛎的田围、江堤、海岸上挖捕牡蛎。巡查兵丁前往制止时，何氏兄弟狂横呼叫：“我何家所干之事，都要干成，哪个敢管？”兵丁人少不敌，只好回衙报信。在籍绅士、前任江西上饶知县区作霖劝阻，竟当场被乱拳打伤。
张之洞闻讯，立即饬命于荫霖派出武役，将何祖荣等人捕来审问。何氏兄弟交代说，何家平日包匪挖蠔，年收陋规上千两。
正在审问期间，何家派人给臬司于荫霖送来了“何太史府第”的函封，内夹何崇光新任给事中的红单。当时官僚们有个习惯，遇到了官司往往送此类函件，有两种意思，一是求情，一是以官位来压制办案官员。
但何家此时给臬台送来函件，却失去了它的意义：说是求情吧，已经晚了；说是压制吧，他何家还不够级别。臬台官居正三品，给事中才不过是个正五品。更何况，何家不知好歹，闹挖田围一案不遵判决，张之洞正在气头上，要上折参奏呢。于荫霖将函封及红单转示张之洞。
“真不知天高地厚，可恶至极！”张之洞往桌上一拍，将函呈摔得老远，“长庆，把藩台大人也请来，我要把何家的老底翻一翻！”
按照张之洞的吩咐，于荫霖、高崇基带人去彻底清查，看何家是如何横行乡里的。何家久有积罪在案，过去碍着何崇光的面子，无人敢查，现在总督要办，一查便清楚了。一件是，何崇光的四弟何崇贤强霸田地，被寡妇梁胡氏控到县衙了，案子悬而未决；一件是，何崇光的侄子何桂芳抢占沙田，被贞妇潘吴氏指控，也未结案；一件是，何崇光的七弟何崇烜，结伙抢占围田、抢割庄稼，被周殿枢等人控告……其细事尚有不少。
案情彻底明白了，张之洞写出一份长达6000字的复奏，把何家的老底都抖落给朝廷：
“一家祖孙子侄，横行乡里，恫吓乡绅，致动阖县公愤。况正当委员查讯之际，公然以函封讼呈，并加给事中报单投送臬司衙门，是一味恃符妄为，罔知法度。于臬司衙门如此，其于该县可知，其于乡里更可知！现在顺德公愤沸腾，佥谓何泰英、何祖荣及陈言群等无足深责，实由给事中何崇光庇纵指使所致……”
这下可好，案子全翻了过来。何崇光的图谋适得其反，还把自己绕了进去。朝廷按照张之洞的复奏，颁发上谕：
“前据御史升任给事中何崇光奏，广东顺德县土豪占筑围坝，壅塞水道各节，谕令张之洞等彻底查办……言官条陈本省事件，但系秉公论奏，朝廷因见其闻较确，无不立予查办。岂容掩匿己私，饰词妄渎？何崇光之父兄弟侄，在籍倚势横行，欺官藐法，何崇光不得诿为不知。乃于自家先筑围坝及与大南沙围构衅之事，隐匿不言，反以土豪强筑清饬严办，并申禁嗣后私筑围坝之词，冀遂其专利营私之计。居心实属险诈。给事中何崇光，着吏部捉拿下狱，严加议处！”
张之洞派藩、臬两司对何泰英一干人犯速行审理，作出判决：何家所霸占的田产、房屋、财物，如数退还；何泰英、何老四、何老七等7人判刑入狱；其余人员具结释放。历时一年的顺德沙田案结束。
一时间，张之洞除恶霸的消息不胫而走，传遍两广。顺德、香山县民众扬眉吐气，兴高采烈。人们抬着一块“青天白日”大匾，锣鼓喧天，鞭炮齐鸣，由顺德送到广州总督府。
就在查办沙田案的这一年秋天，琼州发生了一场镇压黎、汉人民起义的战争，这也是张之洞督粤期间较有影响的一件大事。
琼州（今海南省）自太平天国起义后，黎、汉人民的起义连绵不断。太平天国失败后，一部分义军从广东转移到琼州，他们和近百年来移居到琼州的汉人，被统称为客民。光绪四年（1878）黎、汉人民发动了琼州起义，虽遭到清军镇压退入山区，但仍坚持着斗争。光绪十年（1884）以来，琼州连遭大旱，民不聊生，黄邹保、陈钟明、林开信等人，在琼州各地发动起义，参加者五六千人，烽火几乎遍及全岛。正值中法战争期间，官府无力镇压，起义的烈火越烧越旺。
光绪十二年七月，张之洞再次奏调冯子材督同总兵林长福、知府冯相华、候补道方长华率20营清军，于海南岛北端登陆，向起义军发起围剿。
张之洞极为关注进剿的情势，发电指授机宜。先给冯子材指明二策：一是雇夫开山，多募土团，资以军火，专令向导伐木开路，令其逢涧搭桥，寻地凿井。俟有可饮之水，可驻之地，再移营步步进扎；二是“购线歼匪”，即收买眼线，鼓励投降悬以重赏，令其自相残杀捆献，以黎攻黎。紧接着，他又给冯子材指示了抚黎的十二策，作为镇压所谓“客匪”之后，招抚黎族土著，进行全面治理的通盘计划。有开通道路，沟通全岛交通，设置黎族土司官员，开展民族自治，保护田产家业，鼓励垦田、开矿，设场交易，设义学，兴教化等内容。比起那些只知残酷镇压，肆行滥杀的地方官吏，要高明得多。体现了他为清政府治理地方，巩固封建统治的一贯思想。
冯子材依计而行，剿抚兼施，先后剿灭了十几股义军，捕杀了黄保、温可清、谭亚吉、吉文香等起义将领。第二年夏，起义烈火被扑灭了。
在剿抚黎、汉人民起义的同时，张之洞在我国开发海南岛的历史上，第一次在全岛修通了纵横通畅的12条大路，总长3600余里，皆互相连接交会于五指山下。又劝督各州县团绅，开通小路32条，与大路相连，并在冲要平坦处所，搭盖棚寮，设立墟市，以便商旅来往。
道路开通之后，张之洞又鼓励海南岛黎、汉各族商民，到开通的大路两边去开采森林，发给护照，免税免厘，并鼓励开垦荒地，给予保奏请奖。这些措施，对海南岛的开发，对增强黎族与大陆的经济、文化各方面的交流，有着重大的历史作用。
