明太祖在位期间，对佛教实行既整顿限制、又保护提倡的政策。这一宗教政策的实施，使得明初佛教迅速恢复和发展，促进了佛教诸宗的融通，奠定了后来僧寺分立制度。
明太祖朱元璋曾出家为僧，他对佛教也的确有感情，他建立明朝后，对佛教采取了保护措施，在朝廷设僧录司官，统领全国佛教，促进了佛教的发展。
传奇皇帝朱元璋
在中国帝王中，明太祖朱元璋是唯一的、最正宗的、和尚出身的皇帝。
朱元璋出生也是充满传奇，母亲怀他时，是神受丹而孕。生下时红光满室，邻居还以为朱家失火了呢。《明史？太祖》（本纪第一）记载：“母陈氏，方娠，梦神授药一丸，置掌中有光。吞之，寤，口余香气。及产，红光满室。自是夜数有光起。邻里望见，惊以为火，辄奔救，至则无有。”传说隋文帝杨坚有帝王相貌，朱元璋更不简单，“比长，姿貌雄杰，奇骨贯顶。意志廓然。人莫能测。”
因为贫寒，朱元璋17岁便出家皇觉寺。但不多久，因为灾荒没吃的，寺内也呆不下去了，只好出去化缘。在化缘的路上，朱元璋得了一场大病，险些死了，幸好得到仙人的指点帮助，才免去灾难。对于朱元璋的这段经历，《明史》记载：“逾月，游食合肥。道病，二紫衣人与俱，护视甚至。病已；失所在。凡历光、固、汝、额诸州三年，复还寺。”从《明史》中可以看出，对自己出家当僧人的历史，朱元璋并不觉得丢人，但他神化了这段历史，虚构出“二紫衣人”出来。
大兴佛教助王政
明太祖朱元璋以皇觉寺僧而成帝业，对佛教不仅崇信，而且有着特殊的感情。他登基伊始，就在南京天界寺设立善世院，建立僧官制度，下令免除憎人的度牒费，并召集东南名僧到南京数建法会、校刻藏经。
朱元璋深知佛教有导愚化顽辅助王政的作用，对佛教实行了扶植、保护、利用的政策。因此他于立国不久，就制定了严格、完善的宗教政策，推行了严格选任寺庙主持，对僧人进行业务考试，建立度牒，僧籍制度，控制寺院数量等一系列整顿措施。不久，又颁布了《申明佛教榜册》，要求僧人各归本宗，各事其职，并专门成立了主管佛教的政府机构——僧录司，把佛教活动严格控制在政策管制范围内，从而形成明代寺庙建设的突出特点：大寺统中寺，中寺统小寺的行政管理系统。在这个系统下兴建了数量众多的寺庙，仅南京一地就有大小寺庙300余所，呈现出一片繁荣景象。
朱元璋并御撰《集注金刚经》及《释道论》、《三教论》、《习唐太宗圣教论》、《明施论》《心经序》等有关佛教的文章，并通令全国僧尼讲《心经》、《金刚经》、《楞迦经》三经，分寺院僧为禅、讲、教三类。
由于明太祖及帝后的带头崇信，熏陶感染，其后诸帝无不奉佛。成祖、宜宗、英宗、宪宗、孝宗、神宗及慈圣李太后等，都特别崇奉佛教，大力提倡佛教，兴建寺院，广做佛事。
明成祖为了纪念生母，下令在南京建报恩寺，前后历时19年，花费白银3000万两。报恩寺富丽堂皇，俨若王宫，且拥有田地塘荡上万亩，经济实力十分可观。诸王大臣也争做护法敬僧、祈福延祚、弘法布道的善事。
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朱元璋与童谣
据《元史·五行志》记载：朱元璋是安徽濠州（凤阳）人，家境贫寒。至正四年，在濠州钟离乡的皇觉寺里当了和尚。此后他随郭子兴起义，一步步成为该军统帅，终于于公元1368年攻克了大都，推翻了元朝，建立了大名政权。其实早在元顺帝至正十五年，就流传着一首童谣：“一阵黄风一阵沙，千里万里无人家。回头雪消不堪看，三眼和尚弄瞎马。”三眼和尚，指朱元璋，三眼寓意为超常；瞎马指遍体鳞伤的元朝，因蒙古人被称为马上民族。
