牛顿是自造币厂建立以来最出色、最有能力的厂长，他总是认真地对待自己的工作。
虽然人们为科学界从此失去一个重量级人物而叹息，但牛顿却以实际行动驳斥了“数学家缺乏实际头脑”的愚蠢说法。
升任造币厂厂长后，牛顿已经没有精力继续从事在剑桥大学的研究和教学工作，他决定不再干下去了。
可是，这个讲座由谁来接替他主持下去呢？当年，牛顿的老师巴罗教授主动将位子让给牛顿，可谓慧眼识英才，现在，牛顿也想退位了，他必须找一个信得过，又有真才实学的人。
他首先想到了自己的一个忠实的追随者，此人名叫慧斯顿。
“慧斯顿，我找你来想和你商量个事儿。”
牛顿把慧斯顿叫到家中，和他面对面谈起来。
“先生，什么事？您说吧。”
“你知道，我刚刚升任了造币厂厂长，这个职务虽高，但责任也大，要办的事比以前多得多。我也渐渐老了，体力、精力都有限，剑桥这边的事恐怕就没有精力再支撑下去。叫你来，就是想推荐你接替我在剑桥的职位，继任卢卡斯数学讲座教授。”
“什么？卢卡斯数学讲座教授？”
慧斯顿简直不敢相信自己的耳朵。
“让我接替？”
卢卡斯讲座的成立源自剑桥大学卢卡斯教授，他在临终时的遗嘱里设立了这个教席，并且规定，卢卡斯讲座必须由三一学院最出色的教授执教，教授每年可以从卢卡斯的遗产中获得100英镑的津贴。荣获这一殊荣的第一位教授便是巴罗，而牛顿则是第二位。
对于任何科学家而言，这个职位无疑都是充满诱惑性的，它意味着荣誉和地位。
牛顿那坚决的语气，使慧斯顿增强了信心。在片刻的考虑过后，慧斯顿爽快地答应下来。
“好好干吧，年轻人，我相信你一定能做得出色，衷心祝福你。”
两个人紧紧地握了握手，就这样达成了默契。
1701年12月10日，牛顿正式辞去卢卡斯教授一职，由慧斯顿接替。
虽然退出了剑桥大学，但牛顿并没有退出整个学术界，他还有许多事要做。
1703年，牛顿的老对手胡克去世了，这为牛顿当选皇家学会会长清除了障碍，11月30日圣安德鲁节这一天，他顺利当选为皇家学会会长。
1704年2月16日，牛顿以皇家学会会长的身份，给学会带来了他的第二部巨著，即《光学》。
英国皇家学会成立于1660年，它完全由一流的学者组成，是世界上最早的科学团体之一，它为当时的英国，乃至世界的科技发展起到了推动作用。
英国皇家学会可以称得上是英国科学的心脏。在当时复杂的政治状况下，牛顿深知，要干好这个会长绝不是件容易的事。
牛顿当选为会长后，学会在12月8日召开了第一次会议，可当时牛顿并没有参加。直到12月15日，他才出现在会场上，之后他即刻执掌了帅印。
牛顿把在造币厂所表现的品质以及管理才能带到了皇家学会，同时本能地感到他无法将自己同意承担的义务弃之不理。在皇家学会历来的管理上，亨里·来普斯爵士特别强调，学会的一切事务应该由既有能力又有胆识的领导全局策划，统一指挥。
由于皇家学会的前几任会长都是因其政治影响力而当选，所以，在经历了会长多年来并不露面的情况之后，学会会员们惊异地看到牛顿全身心地牢牢掌握着学会前进的航向，使其朝着既定的目标乘风破浪，不断前进。牛顿自己也决意要把学会的理事会管理好，于是，几乎每次理事会他都出席。
在学会里，他仍旧保持着一贯的风格：谨慎、沉默。尽管他从不滔滔不绝、口若悬河，但是他却总是带着威严端坐在会议桌的中间，那样子就像是家长坐在一群孩子中间。
“各位先生们，我非常感谢你们推选我为皇家学会会长，以接替不幸去世的胡克先生。”
牛顿的声音在会议室里回荡着，缓慢又低沉。
“皇家学会自创办以来，一直是大不列颠乃至整个欧洲科技研究的核心机构，我们当中的每个人都对它的健康成长有不可推卸的责任和义务，这一点每个会员都应该牢记。”
说到这，牛顿停了一下，清了清嗓子，故意提高了声音继续说：“也请大家记住，我们这里不是议院，我们欢迎的是多做事少说闲话的人。”
有几位平时比较活跃又不务实的会员听到这，不约而同地低下了头，他们知道，牛顿这话是说给他们听的。
作为会长的牛顿对于皇家学会的贡献主要在于他管理有方，而非其学术水平。在牛顿担任会长、执掌学会各项事务期间，学会的经济状况也开始好转。
在管理方面也涉及了学术问题。这点牛顿是很清楚的，学会当时的问题在于会议议题缺乏严肃的内容。于是，他就任会长后，便本着解决这一问题的原则，制定了一项“皇家学会建设规划”。该规划声称：“自然哲学的目的在于发现自然界的结构和作用，并尽可能地将其归结为一些普遍的法则和定律，用观察和实验来建立这些法则，从而导出事物的原因和结果。”
有了这一目标，学会中就有了擅长哲学学科的专家，他们也会积极参加学会召开的例会。
接着，牛顿又确定了自然哲学的五门主要学科，为每门学科任命一名指导员，并给以一定的资助。这五门学科是：数学与力学；天文学与光学；动物学、解剖学与生理学；植物学；以及化学。他还明确指出，学会只任命那些在各门学科中享有盛名的学者。
在实际操作中，牛顿建议保留实验员的职位，这样在例会上就会有实实在在的内容。过去，牛顿的老对手胡克曾在这个职位上非常出色地做过许多年，而且，在会员们漫无目的地夸夸其谈使会议陷入庸俗的情况下，正是由于他的努力，学会才得以延续至今。胡克去世后，牛顿要做的第一件事是要找一个人来代替胡克。
牛顿很快付诸行动，让弗朗西斯·霍克斯尔接替胡克。1703年，牛顿主持第一次会议时，弗朗西斯·霍克斯尔首次在皇家学会亮相，尽管他当时并不是学会会员，但他却在会上展示了自己新近改进的一台空气泵。之后，他接连出席学会召开的会议。就这样，整整十年，他一直为学会服务，为其召开的会议提供了大量具有科学性的内容。
1707年，牛顿又找了一个指导员，让他暂时协助弗朗西斯·霍克斯尔在学会会议方面的工作。就这样，詹姆斯·道格拉斯博士经常在会上进行解剖讲解。
在牛顿的努力下，学会例会的质量在稳步提高。学会会员从17世纪90年代的最低点开始不断地增长，在牛顿执掌政务期间，会员人数翻了一番多。学会的振兴当然是由许多因素促成的，但是牛顿极力倡导提高各种会议的水平，无疑是这些因素中最重要的原因。
牛顿在致力于处理各种繁杂管理琐事的同时，还尽可能以有效的方式提醒皇家学会会员们时刻不要忘记学会的基本宗旨。
牛顿当上皇家学会会长之后，与以前的老友弗兰姆特斯开始了不愉快的交往。牛顿刚刚当选后几个月，也就是在1704年4月12日那一天，他去了格林威治，了解弗兰姆特斯的观察进展情况。但看过结果后，建议把资料送给乔治亲王过目，以便获得一些资助。
随后，牛顿和这位老友展开了争论，弗兰姆特斯难免要承担一些责任。弗兰姆特斯是一名皇家学会会员，但牛顿从未将他纳入待出版的著作委员中。后来，弗兰姆特斯去世，由他的两位助手根据计划完成了《天体史》一书，该书后来被知名学者称为天文学史上的一大里程碑。
1705年12月21日，戴维·哥蕾果利进行了一场深入的探讨。
在1710年之后的几年中，牛顿在学会中的地位逐步稳固。会议的水平不断提高。皇家学会渐渐形成一种帝国的气氛。弗朗西斯·霍克斯尔经常在会上向会员们展示他的有关电或毛细作用或光的折射等实验。弗朗西斯·霍克斯尔于1713年去世，1714年年初牛顿找到德萨古列尔接替他的位置。由于有了德萨古列尔这一骨干力量以及其他一些年轻的牛顿崇拜者，学会的会议在几年内得以迅速发展。
牛顿在皇家学会取得了各种成功，但有一次失败却让他久久不安，也就是那次关于出版弗兰姆特斯的书。《天体史》的出版不仅让人们了解了他的为人，而且也清楚地知道了他和英国科学界的关系。对于牛顿而言，他无法忍受不同意见。
不管怎么说，皇家学会在牛顿的英明领导下，出现了生机勃勃的景象，科学开展得相当兴旺。
牛顿自从当上了皇家学会会长后，就再没有离开过，他年年续任，一直到他去世为止，大约长达25年之久，他成为英国皇家学会历史上任期最长的会长，同时，他也是人们公认的最负责任、最优秀的会长。
