林则徐禁烟的消息传到伦敦印度事务所。印度英商和逃离中国的鸦片贩子也把这一消息传到伦敦。义律从澳门写给帕麦斯顿的报告和林则徐谕令各国商人缴烟的文件，也送达英国外交部。在鸦片诱人的利润召唤下，那些和鸦片贸易有关的下院议员、银行家、进出口商人、鸦片走私船船长等等，以伦敦“印度和中国协会”为据点，串联起来并且致函英国外交部，要求谒见外交大臣帕麦斯顿。帕麦斯顿在接见他们时暗示：政府将要采取强硬行动，派出足量的海军，教中国感觉到英国强大海军的威胁。
帕麦斯顿对义律提出的用赔款的一部分换取在广州、宁波、厦门和南京十年通商权利的建议大感兴趣，整段画上了注意符号。与此同时，鸦片贩子们更在加紧幕后活动；那些在英国—印度—中国三角贸易体系中扮演主要角色的纺织工业资本家集团，也在为发动侵华战争进行着隐蔽而紧张的活动。曼彻斯特与对华贸易有关的工业资本家和商人39家也上书帕麦斯顿，请求英国政府对于中国方面，应予以迅速的，强有力的，明确的对策，利用这个机会，以将对华贸易置于安全的、巩固的、永久的基础之上。伦敦商人98家亦于同一天上书，要求政府表明意图，早日决定政策，还提醒说：“若加拖延，深恐这项贸易落人别国商人之手”。10月1日，英国内阁会议做出决定：对三分之一的人类的主人作战……派遣一支舰队到中国海去，并训令印度总督对于他们兵船的司令所采取的任何必要行动予以合作。
帕麦斯顿根据鸦片贩子们描述的作战计划，发出第十五号训令，正式把英国政府发动侵华战争的决定通知义律，并说明了作战计划的纲要，即：远征军在1840年3月到达中国海面，立刻封锁广州与白河或北京诸河，封锁广州与白河之间认为适当的若干处所，占领舟山群岛中的一个岛，或厦门，或任何其他岛屿；立即开始捕捉并扣押能够弄到手的一切中国船只；海军司令应该进到白河河口，向北京政府送一封信，提出英国政府的要求，并把战争行动继续到清朝派遣全权官吏，答应英国的一切要求时为止……末了，强调说：“和对华贸易有关的商人和制造家一致要求两件事情：第一，对中国人实行强有力的行动；第二，这样的行动延至本季商务结束的时候开始，那就是说延至明年3月。”11月4日，帕麦斯顿将1840年4月间发动侵华战争的计划通知了海军部，并发出第十号训令，指示义律尽量搜集军事情报，等待远征军的到来，必要时可以“先揍它（指清朝政府）一顿，然后再作解释”。16日，帕麦斯顿将向义律发出的第十五号秘密训令抄送内阁各大臣，并将查顿来信抄送给海军大臣。
11月3日中午，已于10月29日遵式具结的英国商船“皇家萨克逊”号，在中国引水的导航下，驶至穿鼻洋面，准备报关入口。士密等以武力横加阻挡，迫令折回。关天培正欲派员前往究查，士密竟下令“窝拉疑”号出其不意地炮击师船，炸毁火船一只。提标左营二号米艇，适被炮火击中火药舱，登时燃起，烧毙兵丁六名。关天培亲身挺立桅前，自拔腰刀，亟令本船弁兵开炮回击，并回令后船协力进攻。这时，“海阿新”号绕到“窝拉疑”号后边，猛烈炮击，集中围攻关天培乘坐的师船。炮弹飞过桅边，剥落桅木一片，从关天培手面擦过，皮破见红。关天培奋不顾身，仍复持刀屹立，指挥战斗。师船炮火击中“窝拉疑”号船头，将其头鼻打断，英兵纷纷滚跌入海。奏升水师提标左营游击麦廷章，又指挥弁兵，连轰两炮，击破“窝拉疑”号后楼。“窝拉疑”号一个英国侵略军军官描述说：“水师提督的战船和其余几只船，据着原地，猛力对我方进攻，实在出乎我们的意料之外。从距离看来，中国的炮和火药是很好的，只不能自由地上升下降，炮弹太高，多无效果，只有少数落于船桅和索具之上。‘窝拉疑’号船帆上中了几弹，‘海阿新’号的船桅和索具，也中了炮弹。一个十二磅的炮弹，击中了‘海阿新’号的船桅，又一弹击中了主要横帆，”双方激战一时许后，“窝拉疑”号帆斜旗落，且御且逃，“海阿新”号也跟着遁去。中国水师突遭偷袭，兵丁除烧毙六人外，还被英舰炮火击毙九人，师船下旁灰路多被炮火击开，内有三船渐见进水，官兵多有负伤。但由于官兵敌忾同仇，奋勇作战，克服了武器装备上的劣势，取得了战斗的最后胜利。
关天培返航回抵沙角后，立即把战况飞报林则徐。
接到穿鼻洋战报后，林则徐立即明白：“此次士密等前来寻衅，固因前在九龙被击，意图报复，而实则由于义律与图卖鸦片之奸夷暗中指使”，“无非恃其船坚炮利，以悍济贪。”他预感到英国侵略者还会再来逞凶，立即传令严加防范。虽然此时，他接到道光帝批回的报告九龙海战情形的奏折，指示他“既有此番举动，若再示以柔弱，则大不可，朕不虑卿等孟浪，但诫卿等不可畏葸”云云，他冷静地分析中英双方力量对比，承认英军船利炮坚，而中国师船木料不坚，未便穷追远蹑，从而确定以守为战、积极防御的抗英战略，“坚垒固军，静以待之”，“扼其要害，务使可守可攻”。他特别指示驻防尖沙咀以北官涌山守军，固垒深沟，严密监视敌人的行动，准备相机剿办。
4日早饭后，林则徐从镇口亲临沙角，向关天培了解战斗经过，并查看被敌炮击损的船只，酌商修整；亲自看望慰问了受伤的弁兵。
“窝拉疑”号和“海阿新”号从穿鼻洋逃出后，驶回尖沙咀，停桡修理。英船脊背之上，官涌山守军，也在修筑工事。英国侵略者发现官涌山上形迹可疑，害怕遭受俯攻，屡次放出舢板，偷偷驶近山边，从沙滩上爬上坡来窥探虚实。驻扎该处的增城营参将等，派兵截拿，打伤英兵二人，夺枪一杆，余众滚崖逃走。
当天夜里，尖沙咀英国武装商船一字列开，向官涌山营盘猛烈炮击。我军扎营得势，敌炮不能横穿，未受损失。官兵居高临下，发炮反击，把英船击退。四天后的8日，英船又发动进攻，大船一只从下面开炮，小船从旁乘潮扑岸，有百余人抢上山冈，开枪击伤兵丁两名。增城营把总刘明辉率兵下山截击，用大刀、木棍打伤敌人数十名，把他们赶下海去。9日，英船又想夺下官涌末的胡椒角，刚发炮试探，便被陆路提标后营游击德连指挥的守军用大炮、抬炮击退。
林则徐得知英国侵略者窥伺官涌的消息，和邓廷桢、关天培一起研究决定：添调官兵二百名，由马辰、周国英、黄者华带往增援；由关天培挑拨得力大炮六门，以资致远攻坚。又派余保纯等人驰往，会同新安县知县梁星源，管带乡勇前后策应。
经过四天的紧张调度，各路官兵齐集官涌，各将领认定山头，分兵五路扼守。新调来的六门大炮，也在官涌营盘安装起来。这天傍晚，英船发现官涌营盘安炮，当即赶装炮弹。到起更时，英船先下手为强，放炮攻击。我军五路大炮重叠发击，遥闻撞破船舱之声，不绝于耳。一两时后，英船灯火一时熄灭，弃阵逃命。第二天清晨，尖沙咀英船已逃走过半，留下的十余只也逃到远处抛锚，船上篷扇、桅樯、绳缆、杠具，狼藉不堪。海中还有一只双桅帆船，半浮半沉，摇摇欲坠。
曾在九龙寻衅的“剑桥”号和在尖沙咀村逞凶的“多利”号等十余只英国武装商船，于13日傍晚时分驶近官涌，伺机偷袭。我军发现后，即分起赶赴五路山梁，等到英船驶入射程之内，一齐开火。“多利”号连中两炮，仓皇遁去，其在旁探水的划船一只被击翻。其余英船见势不妙，争先撤退。
英船六次进攻官涌山均告失败。从此，只得各奔前程，四散在龙鼓、筲洲、长沙湾、赤沥角等处外洋寄泊。
林则徐接连收到官涌山反击战胜利的捷报，兴奋异常，在日记上先后写道：“知初六夜官涌大获胜仗”。“知初八夜又大获胜仗”……
艰辛的斗争终于取得了胜利的成果，他的喜悦溢于言表，对关天培说：英船“始则抗违，继且猖獗，是驱逐由其自取，并非衅自我开。”并分析说：“此次剿办之余，于澳门既不能陆居，于尖沙又不能水处，苟知悔悟，尽许回头。若义律以士密等尚以报复为心，则坚垒固军，静以待之，亦自确有把握”。
紧接着，林则徐又向外国商人重申“以生死甘结为断……奉法者来之，抗法者去之”的区别对待方针，表示：“即英国货船，亦不因其抗拒于前，而并阻其自新于后”。并立即传令：慰问遵式具结停泊黄埔的英国商船“担麻士葛”号人员，保护安全并倍加优待，又饬属查明被义律用武力截走的“皇家萨克逊”号的下落，保护和带往黄埔贸易。
林则徐准备尽速地把穿鼻、官涌战役的捷报和今后处置中外贸易办法的奏折写好之后，19日夜里接到的谕旨，不能不又令他心怀顿时悒郁。
道光帝的谕旨是批复的。在这道谕旨中，道光帝虽然同意了林则徐和邓廷桢驱逐英人出澳的奏报，但在此一赞许之中又藏有诸多责备之意。盲目自大的道光帝，于外情的虚实毫无了解，于对敌斗争的艰辛毫无体会，原以为林则徐一到广州，收缴了鸦片，便可大功告成，一劳永逸。几个月前，林则徐和邓廷桢表示要“雇募沿海之善泅者，多驾拖船，满载草薪，备带火器，分为数队，占住上风，漏夜乘流纵放”，火攻英国鸦片走私船只的奏报，曾经触痛了他的“恐夷”心理，而下过“务使奸夷闻风慑服，亦不至骤开边衅，方为妥善”的谕旨。接到九龙战报后，他为这一小胜大感扬眉吐气，竟忘乎所以，一反深恐启衅而持的容忍态度，在林则徐的奏报上批道：“既有此番举动，若再示以柔弱，则大不可。朕不虑卿等孟浪，但诫卿等不可畏葸，先威后德，控制之良法也。相机悉心筹度，勉之！慎之”！又下谕旨说：“我兵先后奋勇，大挫其锋，该夷等自必畏慑投诚，吁求免死。惟当此得势之后，断不可稍行畏葸，示以柔弱……着林则徐等相度机宜，悉心筹画，如果该夷等畏罪输诚，不妨先威后德。倘仍形桀骜，或佯为畏惧，而暗布戈矛，是该夷自外生成，有心寻衅，既已大张挞伐，何难再示兵威？林则徐等经朕谆谕，谅必计出万全，一劳永逸，断不致轻率偾事，亦不致畏葸无能也。”他想象即使开衅，也不过对付几只兵船，所以决计大张挞伐，再示兵威。没想到林、邓奏报与英人反复谈判不果，始驱逐英商出澳，近于畏葸了，故不耐烦地说：“林则徐已放两江总督，现虽专办此事，岂能常川在粤？即邓廷桢统辖两省，公务繁多，亦不免顾此失彼”！还训示方略说：“日后再有反复，即当示以兵威，断绝大黄茶叶，永远不准贸易。”
林则徐被道光帝的这一道谕旨搞得左右为难。他不愿意放弃反对鸦片贸易同时发展正当的中英贸易的主张，但不能不服从道光帝的谕旨。经过反复的思索并与邓廷桢商议之后，林则徐提出一种两全的办法：即一面按照预先安排，于20日拜发奏折，对折上和谕旨相抵触的那些话不做相应的改动，用意是冀望道光帝批阅后能够对“永远不准贸易”的决断重加考虑；一面又写信与豫坤商议，先作出停止英国贸易的安排，用意是表白已经顺着旨意行事了。
林则徐会同邓廷桢、豫坤等于26日正式出示，宣布从12月6日起，停止英国贸易。在停止之前，英商将货物转卖给别国商人者，其英货仍允许具结进口，不追既往；英船“皇家萨克逊”号已经具结，日后若求入口，可以区别对待，允许进黄埔贸易。
林则徐的做法和道光帝的谕旨根本不同。道光帝的旨意是取消中英贸易，闭关自守，但在世界已经进入资本主义时代，想以此一劳永逸地排除外国侵略的威胁，已经仅仅是一个愚蠢的幻想了。林则徐停止英国贸易的做法，是在承认中国有必要发展对外贸易的前提下采取的一种斗争手段。林则徐说：“贸易一事，该国之国计民生皆系于此，断不肯决然舍去”，“而义律之勾结士密等，虚张矫饰，玩法营私，该国以七万里之遥，其主若臣，未必周知情状，令他国通商如旧，而英国独停，若该国察查情由，系因图卖鸦片，抗违天朝新例，则内而自知理曲，外而颜面何存，彼亦不肯容义律等之诡计奸谋，以自坏二百年来之生计也。”
因此，他对在“奉法者来之，拒法者去之”的原则下恢复中英贸易仍抱有希望，在做法上也留有余地。
1839年12月6日。停止英国贸易的决定开始实施。继续驻扎虎门已经没有必要了，林则徐和邓廷桢遂于10日登舟返回广州。
为了适应停止英国贸易以后的新形势，林则徐倍加注意了解外情。他秘密派遣彭凤池到澳门探察，又派余保纯到长沙湾等处查视。澳门《新闻纸》译稿，他一向认真阅看，西方新出的有关书籍，他也注意购买，并组织翻译。1836年伦敦出版的慕瑞著《世界地理大全》，就是经他手下的译员全文翻译出来的，这是近代中国第一部系统介绍西方各国地理知识的《四洲志》。《华事夷言》摘译自1836年伦敦出版的德庇时著《中国人》，《在中国做鸦片贸易罪过论》摘译自1839年伦敦出版的地尔洼著《在中国做鸦片贸易罪过论》。
在注意了解西方情况的同时，林则徐还完善了停止英国贸易的具体措施。他认为停止英国贸易的关键，在于防止他国代运代销。这一弊窦不塞，等于漏卮依旧。澳门系外商总汇之区，是塞漏的重点。以往设立澳门同知一员，是香山县属吏，且驻扎距澳门十五里的前山寨，显然不能适应新形势的需要了。他决定派遣高廉道易中孚暂行驻扎澳门内粤海关监督行署，专门负责“稽察澳夷额船，断绝英夷冒混，缉拿汉奸接济”，并节制前山内河水师，遇有缓急，可以随时调遣。12月27日，他还和邓廷桢、怡良、豫坤以及易中孚等，一起商定了澳门贸易章程。
林则徐知道停止英国贸易之后，英国烟贩售私牟利之心肯定不死，必将潜赴东西两路希冀私销。为了堵塞私销之路，他一面密派文武，跟踪侦察，严饬沿海各营，认真防范，并饬沿海镇、协、营、寨，并力巡查，州县文员严防口岸，以杜偷运；一面广缉接济英国侵略者的汉奸，镇压里通外国的奸徒。离开虎门的前夕，他和邓廷桢会审了出洋潜买鸦片的烟贩钟亚二，判处死刑，立即执行，尔后，他又派员审理香山、新安、归善等县拿获的通敌奸徒十余名，分别判处发近边或远边充军等徒刑。自从五月底义律宣布禁止英船进口贸易，到12月初林则徐停止英国贸易，整整半年过去了。这块义律拿在手上，气势汹汹地威吓中国的大石头，终于砸到自己的脚上。他一手造成了英国纺织工业资本家集团和鸦片贩子集团深为焦虑的结果：除“担麻士葛”号外，33只英船不得进口，卖不出货物，买不进茶叶。贸易的利益全被美国等国商人占去了。在这半年中，各国具结进口的商船有56只，停止英国贸易后十天内，又有6只具结进口。其中美国商船达45只，超过以往全年之数。相反，中国的对外贸易非但未被损害，而且从白银外流转成内溢，各船商人带来了二百万元的银币。据稍后一点的统计，本年外船输入的洋银，已经查验的有2732900余元，其未验的尚不在此数之内。此时外来洋银，实见旺盛，而广东省城市上纹银价值，每两较前少兑大钱百余文至二百文。这种情况，不仅义律大为沮丧，英商们也大为不满。《广州周报》刊载英商的怨言说：“现今封港之事，害英国人之利，比害中国人之利更多。”
12月16日夜里，林则徐接到关天培派人送来的义律“求通贸易”的信件。在这封信里，义律表示“欲仍作正经贸易，凡事钦遵大清律例而不违本国制度”，企图在不具结、不交凶的情况下，含含糊糊地恢复贸易，使英商们得以重返澳门喘息。
林则徐一眼看穿义律的诡计：“此次具禀恳求，仍不过八月（旧历）间伪作输诚伎俩”。他当即批复，揭露义律口谈“欲求承平”，大干侵略中国主权的罪恶勾当，严正指出：“不许尔国交易，此皆由于尔之自取，并非天朝无故绝人”。“须知尔国制度，亦不能出天朝律例之外……若违天朝律例，则永远不许贸易”。但是，他仍然实践诺言，让已具结的英船“皇家萨克逊”号于29日驶进黄埔贸易。
林则徐的策略是正确的。然而，它已经不可能继续执行了。1840年1月2日晚上，林则徐接到道光帝披阅穿鼻、官涌战役奏报之后下达的谕旨：
英吉利国夷人自议禁烟以后，反复无常，前次胆敢先放火炮，旋经剀谕，伪作恭顺，仍勾结兵船，潜图报复，彼时虽加惩创，未即绝其贸易，已不足以示威。……即使此次具出甘结，亦难保无反复情事，若屡次抗拒，仍准通商，殊属不成事体，至区区税银，何足计论！……着林则徐等酌量情形，即将英吉利国贸易停止。所有该国夷船，尽行驱逐出口，不必取具甘结。其殴毙华民凶犯，亦不值令其交出。当啷（即“皇家萨克逊”号）一船，无庸查明下落。并着出示晓谕各国，列其罪状，宣布各夷。
道光帝一道圣旨，就把林则徐具结、惩凶的正义的，也是十分正确的对英措施，明令废止了。
林则徐几个月以来为挽救民族危难的努力遭到了无情的否定。
更使他心酸的是，道光帝在回折上恶狠狠的批斥，使他婉言进谏所抱的一切希望，也都统统化为乌有。
林则徐在奏折中所奏：“此次剿办之余，于澳门既不能陆居，于尖沙又不能水处，苟知悔悟，尽许回头。”
道光朱批：“不应如此，恐失体制。”
林则徐奏：“若义律与士密尚以腹为心，则坚垒固军，静以待之，亦自确有把握。”
道光朱批：“虽有把握，究非经久之谋。”
林则徐奏：“奉法者来之，抗法者去之，实至公无私之义。”
道光朱批：“所见甚是，而所办未免自相矛盾矣。”
林则徐奏：“英国弯喇之船，已在口内……臣等谕令地方印委各员，谆切开导，以伊独知遵式具结，查明并无鸦片，洵属良夷，不惟保护安全，且必倍加优待……该夷感激涕零。惟当啷一船，被士密吓唬之后，尚未知避往何处，臣等饬属查明下落，护带进埔。”
道光朱批：“恭顺抗臣，情节虽属不同，究系一国之人，不应若是办理。”
受到皇上如此强词夺理的严厉批斥，这还是林则徐走上仕途以来所遭遇的第一次。在坷坎不平的官场，他虽然有过失足，但大体上是受道光帝宠信的。奉命使粤，赐以钦差大臣的大权，是受宠的顶峰。在禁烟斗争的每个回合，他都能隐约体会到道光帝已经逐渐变心，自己也做好“事定吾当归田畴”的打算。但可以得到某种安慰的是，在此之前，道光帝毕竟还是实践了“联断不遥制”的诺言，禁烟功业还有希望。可是这道谕旨和上述的朱批，不由使他生起禁烟斗争大势将去之感。
对于道光帝的翻脸，林则徐抱着事君不贰的信念，没有也不敢再行顶撞，何况顶撞也是根本无用的了。1月5日，他遵旨出示，宣布正式封港，断绝英国贸易。但他心里十分明白，贸易既断之后，英国侵略者肯定不会甘休。停止贸易至今已经有二十多天了，所有的英国巡船、货船一直还都停泊在长沙湾等处，外洋虽风浪靡常，他们却仍是迁延不去；由此可见，虽然广东省时刻严防，他们自知不可能再在广东海面贩卖鸦片，必然会向江苏、浙江、直隶、山东等省进行售烟和滋扰活动。他针对道光帝的虚骄心理，于7日上奏说：
该国货船停泊外洋，本未进口，兹闻天威震怒，自当警懔回帆。惟奸夷之夹私者，固仍冀售私，即良夷之载货者，亦未肯弃货，徘徊观望，势所必然，谅非空言所能谕遣……
他认为单凭天朝的声威是吓不退侵略者的，婉转地提出用武力驱逐胆敢窜犯走私和挑衅的英国鸦片走私船的问题。要做到这一点，仅仅粤省严防是不够的，提出：
“其沿海各省，以福建为最近，浙江、江苏次之，应请敕下各直省督抚，一体严行防堵，以绝去路。
道光帝对抗英斗争的指导，是完全谬妄的。英国侵略的隐患决不会因为中国永远不准其贸易而从此一劳永逸地消除。战争的阴云早已密布伦敦，开战只是时间问题，道光帝的盲目乐观距离现实是多么遥远！
林则徐对抗英斗争的艰辛多少有所估计，对自己的前途未卜也多少有所隐忧。然而，他并不因抗敌会“启衅”，受到难以设想的打击，而放弃为民族争命的责任。他亲自处理英商犯境事件，本来想以记里布属初次来粤，还没有真正的违抗之心，拟予从轻处理，让“皇家萨克逊”号船主当啷来省领回。接到义律、士密陈舰穿鼻洋示威的消息后，林则徐改变主意，决定暂缓几天执行。他答复义律说：“此时若将记里布交回，尔必以为得以挟制，益致肆无忌惮……假使稍迟释放，试问尔欲何为？”
英国侵略者的反应是可以想见得到的。1月8日，士密宣布：应义律的请求，英舰自1月15日起封锁广州口岸与珠江口。
与此同时，在北京的反禁烟派官僚也加紧了破坏禁烟抗英斗争的活动。首席军机大臣穆彰阿利用道光帝急于禁烟收场的心理，奏请调邓廷桢为两江总督，以去林则徐的左臂。1月5日，道光帝准穆彰阿所奏，放邓廷桢为两江总督，21日又改任云贵总督，26日再调任闽浙总督，而让林则徐移任两广总督，并明白示谕：
“林则徐已实授两广总督，文武皆所统属，责无旁贷。倘查拿不能净绝根株，唯林是问。”
第二天道光帝又下旨：务当趁此警动之机，为一劳永逸之策，至于区区关税之盈绌，朕所不计也。
在接到上述谕旨之前，1月19日，林则徐从江苏友人来书中得悉署两江总督陈銮病逝的消息，就预感到自己已经不可能和禁烟事业相始终了。他在致怡良书中说：“大抵徐年内当行……盐、漕两端如何着手？盐务奏销应在二日，尤为局促万分耳”。
26日，他却接到调任两广总督的谕旨。
29日，邓廷桢接到吏部调任两江总督的部文。
虽然出乎意外，调走的是邓廷桢，但林则徐忧怀国事的情绪并没有稍为有减。在合作共事的最后一段时刻，林则徐和邓廷桢合力倾心地把禁烟公事反复商讨，又一起保奏一批禁烟有功的广东员弁和追随林则徐赴粤、屡立功勋的已革游击马辰、汉阳县拯彭凤池，审拟并奏报对包庇贿纵鸦片走私的水师官弁蒋大彪、伦朝光、王振高、梁恩升、保安泰和广州永靖营兵曾日恩、曾连茂等的处理。
2月3日，即旧历庚子年的正月初一，林则徐接受邓廷桢送来的关防、印信，正式就任两广总督。几天以后，邓廷桢离开广州北上。
腊月新春，这是中国人民的传统佳节。可是对林则徐和邓廷桢来说，这是他们忧怀国事、关切故人、痛伤分别、心碎思绝的日子。后来邓廷桢在赴闽的中途，写了一首《酷相思·寄怀少穆》的词，倾吐他的愁绪：
百五佳节过也未。但笳吹，催千骑，看珠海盈盈分两地。君往也，缘何意？侬去也，缘何意？
如缓征和医并至。眼下病，肩头事，怕愁重如春担不起。侬去也，心应碎！君往也，心应碎！
林则徐又何尝不为禁烟、抗英大业这“肩头事”，和反禁烟派的掣肘打击、朝廷的瞎指挥这“眼下病”而忧愁、而激愤！
尽管腐朽、卖国的反禁烟派官僚们无情地打击林则徐和邓廷桢，蓄意拆散他们的合作，中国人民决不会忘记，历史也没有泯灭他们合作禁烟抗英的伟大功绩。他们以为国为民剪除巨患的决心，没收和销毁了英、美等国走私的鸦片2376254斤；在一年的时间内，据不完全的统计，破获烟案数百起，拿获人犯2200名，收缴鸦片711040两，烟枪75726杆，烟锅726口，暂时遏止了鸦片流毒的恶性蔓延，扭转了白银外流的趋势，表达了中国人民禁毒的坚强意志。他们为维护祖国的独立主权，坚持了以具结惩凶为中心内容的外交斗争，并以武力击退了英国侵略者在九龙、穿鼻、官涌的武装挑衅，举起了抗英斗争的旗帜——这些功业，是任何千方百计要击倒他们的反禁烟派官僚们想要抹杀也抹杀不了的。
1840年开春，随着西南季风季节的迫近，英国发动侵华战争的准备已日趋表面化了。1月16日，英国女王维多利亚在国会发表演说，恬不知耻地叫嚷：中国的禁烟使英商蒙受损失，触犯了英王的尊严，我已经并将继续对此深为影响我国臣民利益和我的荣誉尊严的事件，予以最严重的注意……2月20日，英国政府正式任命海军少将乔治·懿律和驻华商务监督查理·义律为侵华的正副全权公使。同一天，帕麦斯顿向懿律和义律发出第一号秘密训令，提出向中国勒索权利的条约草案，并附上海军大臣发给远征军海军司令的训令和他写的致清朝皇帝钦命宰相书的副本。在致清朝皇帝钦命宰相书中，帕麦斯顿颠倒黑白、混淆是非，胡说中国官宪“迫害”英国侨民，“亵渎”英国女王，所以女王陛下才决定派海陆军前往中国沿海，要求“赔偿损失”和“昭雪冤枉”。他还污蔑林则徐对“安分守己”的英国商民“横施强暴”，“污辱”赋有英王代表身份的商务监督义律；攻击禁烟是专门对付所谓“被诱犯罪”的外国人，对于徇私受贿、包纵烟贩的中国官员则“置而不问”。他提出赔偿烟价、尊重英国来华官员、割让岛屿给英国等三点无理要求，并且恫吓说：“英国政府决定用武力”作为这些要求的后盾。在训令中，帕麦斯顿详列了侵华的具体步骤：第一步封锁珠江，第二步占领舟山群岛，并封锁甬江口、长江口、黄河口；第三步径趋北直隶湾（天津海口），封锁白河口，每处均递交致清朝皇帝钦命宰相书及中文译本各一份，迫使清廷出面谈判，接受要求。如果清朝政府不能及时答复，就应当采取更为剧烈的军事行动。并在训令中列出“对华条约草案”，其中包括割让岛屿、开放通商口岸、协定关税、领事裁判权等条文。而英国纺织工业资本家集团和鸦片贩子集团最关心的是确保推销纺织工业品、收买茶叶的稳固而“自由”的市场。莫克·维卡代表曼彻斯特纺织工业资本家致书帕麦斯顿，恳求在对华交涉中，“不仅注意到现在我们对华贸易的重要性，而且注意到将来可能扩张的程度”。建议勒索“一份良好的通商条约”，其中包括：一，“要有对广州以外其他口岸进行通商的特权，要享受比我们一向享受到的更加不受限制的和中国人来往的自由”；二，“把加在我们进口货和出口货上的海关税则调整到一个适中的水平上”，即“既不至阻止或妨碍货物的自由进口，又不至减低帝国政府的正当税收”；三，“特别要反对限制外人只和一个小团体（行商）交易的制度”；四，偿还积欠英商的债务，但“不可允许中国人用损害我们将来对华商务的办法去筹还这笔债务”；五，寄居广州的“办禁”情况“必须有很大的改变”，“禁止外国人携带妻室家属的野蛮法令应该更改”；六，“应该有足够的地皮好建造货栈”；七，“超乎一切的一桩紧要的事情是占有一处居留地，在那里，我们可以生活在不列颠法律的保护之下”；八，不能接受中国法律的统治……
从4月底开始，英国侵华远征军的舰艇陆续从好望角开普敦等地启程，开赴印度加尔各答集结，准备前往中国。
在广东，中英之间的武力对抗也转入一个新的阶段。广州封港后，狡诈百端的义律，趁岁暮深冬，中国人民忙于除旧迎新之际，再次秘密潜入澳门，冀图暗中买通葡萄牙当局，以澳门作为对抗中国的依托。可是这一行动，立即被易中孚侦悉，林则徐得报后，宣布要派兵入澳门围拿。2月4日，即旧历正月初二，义律不顾警告，悍然调遣“海阿新”号驶入澳门内港。林则徐也断然采取了调兵行动，只是由于葡萄牙当局的斡旋，“海阿新”号撤出澳门，才中止出兵的成命。接着，林则徐利用英葡之间的矛盾，谕令澳门葡萄牙当局限期内把义律和英商数名一起驱逐出境，否则，将采取暂停澳门贸易的行动。然而义律等死赖着不走，澳门葡萄牙当局借口“中立”，竟不加干预。2月20日，林则徐传谕澳门葡萄牙总督，申明澳门是天朝土地，其他外国人不得混行托足，更不容英国图占，决定刻日出兵入澳保卫。澳门葡萄牙总督以中国“恐受先行肇衅之名”加以阻拦，实际上是在偏袒义律。林则徐遂决定停止澳门贸易，公布了2月5日先行拟好的告示。
义律接到帕麦斯顿的第十五号和第十六号秘密训令。在此前后，在华外商开始传播英国准备进犯中国的消息。林则徐也及时地得到探报。他在给澳门葡萄牙总督的谕令中就提到：“现据该国夷人传说‘英夷祖家兵船十二只，孟买兵船十二只，不久可到’等语”，3月7日发出的奏折上还提到：“海上传闻，谣言不一，有谓英夷会集各埠兵船同来滋扰者；有谓来船一二只满载炮火，将逗留之货船尽扮兵船者；有谓该夷去秋求准通商，已将新烟载回夷埠，今贸易既断，转无顾忌，奸夷载去别货，仍将鸦片换来，设计诱人玩法者……”
为防英国对华侵略战争的突然爆发，林则徐积极地进行着战守的准备。针对双方军事力量的对比，林则徐提出了“以守为战”的方针。他承认英军船坚炮利，擅长海战，中国水师则战船不坚，炮火不利，“洪涛巨浪，风信靡常……而师船既经远涉，不能顷刻收回，设有一二疏虞，转为不值”。但又看到英军远离本土，奔波劳累，且“粮饷军火安能持久”，而中国在本土作战，地形地物熟悉，物资补给方便，处于“以逸待劳”的地位。因此，采取“以守为战”，可以“百无一失”。
林则徐强调“以守为战”的立足点是守，即避敌之长，不与英军海上交锋。为了实现有效的防守，林则徐致力于加强敌人人侵时必经的海口、内河和山梁各要隘的防御工事，“密购西洋大铜炮及他夷精制之生铁大炮”，装配虎门各炮台，加强远攻火力。又在尖沙咀山麓石脚和官涌偏南一山增筑“惩膺”、“临冲”两炮台，置炮56门。虎门海口，除木排铁链外，在横档、巩固两炮台之间江底钉插暗桩，防止英舰的闯入。在兵力部署上，也作了适当的调整。水师大鹏营管辖虎门东翼沙角至香港一路海面，是英军进犯必经之道，原仅一营兵力，力量单薄。林则徐和关天培再四筹商，决定把建制提升为协，拨置副将坐镇九龙指挥，兵力和战船亦加增调。
同时林则徐认为“以守为战”，还必须以战助守。他对准英军远来、供应困难的弱点，决定采取夜袭火攻战术，剪除出海接济英船的汉奸船只，使敌不战而自困。为了提高水师的海上作战能力，以便日后有可能与英军海上交锋，林则徐积极筹造战船。3月间，建造了一批“较旧日为坚强长大的炮艇”和“许多小帆船”，又“仿照越南制成轧船四只”。4月25日，又建成二三只双桅船。——这些船都是按欧洲船式修建的。在此前后，林则徐精心搜集了中外多种战船的资料，其中绘有图式的有八种：一，《广东水师营快蟹艇图》，该艇“计两桅，每面用桨二十枝”。二，《知沙碧船图》，该船“计三桅，有头鼻，与英夷船同，炮二层，三十四位，长十二丈”。三，《花旗船图》，该船“三桅，与英夷船同，炮二层，二十八位”。四，《安南国鱼船图》，该船“形如大西瓜扁式，两边安炮，兵在篷内打仗”；“头尾两边各设桨三四枝，或设车轮激水”。五，《安南国大师船图》，该船“凡两桅，桅凡两段，以笋接竖，式与英夷相同”。六，《安南布梭船图》，该船“形如夷船小三板式”。七，《安南大头三板图》。八，《车轮船图》，该船“前后各舱，装车轮两辆，每轮六齿”，踏轮“如车水一般。船身长一丈七尺五寸，船舱肚阔五尺”……
林则徐向道光帝奏道：“今春检查旧籍，捐资仿造两船，底用铜包，篷如洋式，虽能结实，而船身嫌小，尚须另筹办理”。
可见他汲取外国船式的优点仿造的战船，可能便是上述图式的第五种。“底用铜包，篷如洋式”，比原来的水师米艇先进。但林则徐认为“船身嫌小”，决心汲取外国技术制造可以和英国海军抗衡的坚固大船，“以壮水师声势”，由于经费困难，一时无法措办。
林则徐考虑到等候集资兴工造船，缓不济急，又积极募集民船，筹办火舟，补充和加强水上攻敌力量。与此同时，他积极招募民间壮勇，“借兵力而助军威”，丁壮协守陆路要隘，水勇则用以水上夜袭火攻。
在林则徐的号令下，广州内外，秣马厉兵，紧张练兵。林则徐盼望广东官兵能尽快剔除积习，练成劲旅，手书一副对联，悬挂在演武厅上：
小队出郊垌愿士卒功成净洗银河长不用，
偏师成壁垒看百蛮气慑烟消珠海有余清。
“净洗银河”，“烟消珠海”，这就是抗英战争的目的。
3月23日起，林则徐会同怡良，亲赴校场，连日检阅督标左、右、中、前、后五营，抚标左、右两营，广州协两营及水师一营官兵操练。
在虎门，关天培督促着水师官兵操练海上攻敌本领，并加意训练从渔民、枭徒中招募来的水勇，教以夜袭火攻之法。这批抗英群众，谙悉水性，视波涛如平地，热血满腔，对敌人衔恨刺骨。他们很快地掌握了杀敌本领，作为水上作战的突击力量……
我们不能不承认，林则徐在战争准备中，注重募集民船，征招乡勇和水勇，“借兵而助军威”，已经体现了一种发动和依靠人民群众，进行人民抗敌斗争的战略思想。
葡萄牙当局出于自己的利益，在林则徐暂停澳门贸易后，便又拒绝义律等寄居澳门的要求。义律多方抵赖，均不奏效，只得再次退出澳门。林则徐遂于三月初宣布恢复澳门贸易。
义律退出澳门后，英船继续散泊外洋，一面廉价拍卖货物、鸦片，一面高价收买食品，加意招徕汉奸……
林则徐立即意识到：“啖（给诱）以倍蓰（五倍）之利，则一蔬一薪，亦皆厚给其价，并以鸦片与之兑换，使之两获其利”，必有大批汉奸趋利而亡命助英。果然，在英国侵略者的引诱下，沿海一带的贪利亡命之徒，纷纷驾驶办艇，环集英船，甚至于荒屿或海中沙滩，搭盖篷寮，接济英船，走私鸦片。断绝中英贸易后出现的这一私弊，严重影响了林则徐以守为战、使敌自困的战略计划。
林则徐决定立即派出水勇，攻击焚烧汉奸船只，彻底断绝英国侵略者的接济来路。2月29日夜，在关天培的策划下，水勇分成四队，分别由马辰、卢大钺、黄琮、杨雄超带领，从东涌上下濠、屯门、后海青山和长沙湾出发，合趋长沙湾英船寄泊之处，出其不意，一齐发火，乘风抛掷喷筒、火罐，围歼运烟和接济食物的汉奸船只，一举烧毁了屠牛换烟土的大海船一只、买运鸦片的艚船一只、大买艇一只、大扒艇一只、虾笱办艇三只、杂货料仔艇一只、卖果子糕饼的扁艇十五只，共达二十三只，并烧毁海中沙滩篷寮六座。除烧毙、淹毙者不计其数外，还生擒汉奸十名。又把英船高头三板前后烧燃，被其发觉扑灭，仓皇逃遁。据梁廷楠《夷氛闻记》记载：在同一天里，“金星门亦以二舟师驱火船进逼，会风转，窝拉尼疑兵船遣三板拢拨火船近岸，延及岸旁小艇，与他国底威尔三板头桅，英国哥哇支麻里船，皇遽开避，胶浅幸免。夜再以火船出，亦缘风潮不顺而返”。
3月2日晚，马辰亲自到广州向林则徐禀报长沙湾夜袭战况，并带来关天培的一封信。林则徐十分高兴，认为：“此次烧毁办艇，甚为痛快，不独寒奸之心，亦已落顽夷之胆矣！”他嘱马辰明天早晨一定要将详细情况面禀怡良。
林则徐和怡良亲自参加了审讯这次夜袭所拿获的汉奸，判处卖牛兑换烟土的黄添幅死刑，接济犯陈水生等全部问拟遣远流放。
林则徐当即与怡良商定：“随时设法焚烧，认真查拿，以杜勾结而绝根株”。
此时，引水探报驶赴老万山黄茅洋的两只英船又折至九洲洋游弋，并传闻该国有大号兵船将次到粤。林则徐立即下令粤洋各要口加意防范。
3月24日，载炮四十四门的英舰“都鲁壹”号开抵澳门海面。
次日，林则徐接到探报，立即调遣兵力，加强澳门的防务。在写给怡良的信中，他特别提到这件事：“查此船即九月新闻纸内所说要来中国调停各事者。今既来此，只可严防。至所云尚带二三十只船之语，则皆虚张而已。易信庵（易中孚字）请派陆路兵，兄思别处调遣，未免需时，不如就近拨派，现拟委谒阳张令带其练勇三百余名前赴关闸，而佐以香山炮手百名”。
针对“都鲁壹”号“在外洋寄碇数旬，毫无动静”的情况，林则徐为了“制其反侧，绝其窥伺”，饬令加意守望，抓紧练兵。5月26日，林则徐检阅水师兵勇，其中包括两个二十五吨重的纵航式船，油漆为黄色，绘有黄龙；一个明轮推动的小船，许多沙船。
经过整顿后的广东水师，战斗力已有很大的加强。林则徐心里很清楚，广东水师和英国海军相比，还是很落后的，为了海疆长远之计，必须大加改造装备，他提出：“即如炮位一项，洋面师船所用，必须三四千斤以上，而制造又精巧者，以之抵御夷炮，方可得力；若炮台所安之炮，竟须七八千斤至万斤以上，方能致远。”而战船也须“倍加坚实”。但是，清朝政府历来不重视海防建设，就说这次钦命查办广东海口之事，本是一件关系国家民族安危的大事，朝廷并没有拨给专门经费，更谈不上制船造炮，筹划经远了。林则徐虽然奏请由十三行捐缴三年茶叶行用银两，支销防英费用，可是数量不多，还须撙节动支，一时难以顾上制造大型船炮，这不能不使他十分焦虑。
问题还远远不止于这些。全然不知英国虚实的道光帝和朝臣们，压根儿不把抵抗当作一回事。道光帝本是以为“控制之良法”在于“先威后德”，而英国一定会在用兵之前畏威“乞恩”的。他指示林则徐、邓廷桢的示威方略是“体察情形，相机筹办，务使奸夷闻风慑服，亦不至骤开边衅，方为妥善”。这完全是一种模棱两可之词。表面上是同意林、邓的备战，骨子里是如果海疆有事，林、邓该负不妥善的责任，给林、邓预留了未来可以加到头上的罪名。林则徐奏报传闻英国有大号兵船将次到粤的折片到京后，道光帝又于4月28日满不在乎地朱批道：“无论虚实，总当不事张皇，严密防范，以逸待劳，主客之势自判，彼何能为也”，说白了，就是名为防范，实际上不准做抵抗的动员准备。大理寺正卿曾望颜在1月15日上的条陈，更是公开主张“制夷要策”在于封关禁海，即“无论何国夷船概不准其互市”，内地“大小民船概不准其出海”，比道光帝的断绝中英贸易更要倒退十步。这种对策实在是不识实务，愚蠢到极点。汪洋大海阻隔各民族往来的时代早已经过去了，对于英国资本主义侵略者来说，更不是天然防线。即使是从策略上考虑，也是荒谬绝伦的。
林则徐在4月27日上的复折上奏：“今若忽立新章，将现在未犯法之各国夷船与英吉利一同拒绝，是抗违者摈之，恭顺者亦摈之，未免不分良莠，事出无名……若概与之绝，则觖（绝）望之后，转而联成一气，勾结私图”，岂不树所有外夷各国皆为己敌了吗？又何况，这一来，首先受到打击的是广东沿海人民的生计：“缘广东民人，以海面为生者，尤倍于陆地，故有‘渔七耕三’之说，又有‘三山六海’之谣，若一概不准其出洋，其势即不可以终日”。
林则徐反对这种谬妄的“制夷要策”，但他也明白，事到如今，无论他再怎样力奏坚持，道光帝和朝臣们对他的意见，也还只能是冷眼相待了。
临战前的局势是严峻的。中英贸易的断绝，查禁措施的实行，曾一度使义律和英商陷入不得不以布帆兜接雨水，几于不能救渴的窘境。然而由于奸民的接济食物，他们很快的恢复故态了。经过长沙湾被袭的教训，英船只在外洋往来游弋，此东彼西，总无定处。日则暗放三板，分运烟土，引诱奸民，零星贱卖；夜则抛锚寄碇，并招集小艇环护，值更瞭望，以防我兵火攻，行动更加诡秘了。
林则徐明白，要完全切断英船的淡水供应，必须控制沿海各山麓的泉水，但山峦叠错，守不胜守，难以办到。夜袭火攻虽因其防备甚周，不易下手，但这也说明英船“最畏焚烧”，所以仍当以“所畏者设法制之”。他饬令沿海兵勇，注意捕捉时机，积极开展这种朴素的海上游击作战。
5月间，新安县营弁在小濠海边烧毁奸民办艇四只，篷寮五间，抓获英船上的厨工梁亚次等六名。
22日，兵勇进袭英国鸦片走私船“希腊”号，击伤该船船长和二十五名船员。
6月8日，李贤、马辰、黄琮、卢大钺、林大光等，分带兵勇四百余名，暗伏磨刀洋岛屿。夜半月落时候，他们出其不意，占住上风，合力火攻聚泊在磨刀外洋的英船，焚毁英船二只，烧伤一只，延烧奸民办艇十一只，烧毁近岸篷寮九座，捕获逃亡中的罟船一只，毙英国侵略者四人，活捉汉奸十三名。
9日，载炮二十八门的英舰“谷巴士”号抵金星门海面，与“窝拉疑”号、“海阿新”号、“都鲁壹”号遥相呼应，分散游弋，等待英国侵华远征军的到来。
13日，林则徐又一次筹划袭击英船于金星门：“令火船十艘，每二艘连以铁索，乘潮盛攻之。夷船亦以舢板撑拒，我兵遂超过其特威尔船，杀水手，泅水而返”。这次行动虽然没有取得成功。仅焚毁其舢板小船两只，但它表现了林则徐不畏强暴、坚决抵抗的决心。
16日，英军武装汽船“马打牙士加”号抵达粤海。21日，英国侵华远征海军司令官伯麦乘载炮七十四门的旗舰“威里士厘”号抵澳门湾外，同来的还有炮位一层的军舰一艘。第二天，陆续又来兵船七只，均不甚大，炮位亦祗一层。又先后来有车轮船三只，以火焰激动机轴，驾驶较捷。英舰连樯而来，或泊九洲，或赴磨刀，或赴三角外洋，东停西窜……这一天，伯麦从“威里士厘”号上发出公告：“现奉英女王陛下政府命令，本司令特此公告：从本月二十八日起，对广州人口所有河道港口一律进行封锁”。
英国资产阶级蓄谋已久的鸦片战争，终于爆发了。
消息传来，林则徐饬令沿海官兵，森严壁垒，严阵以待。虎门内外炮台、战船，三千余名官兵磨刀擦枪，随时听候分拨。澳门一带，一千三百余名兵勇进入戒备状态。尖沙咀、官涌山附近，八百余名官兵扼守着山梁，严防敌军的进犯。此外，各小口及内河水陆要隘，亦皆添兵多名，协同防堵。林则徐在奏折中描述说：“声势已皆联络，布置并不张皇”，“且随处侦拿接济，严断汉奸，务令尽绝勾通，俾其坐困”。
与此同时，林则徐又将英军来犯的情报，火速咨传闽、浙、江苏、山东、直隶各省，饬属严查海口，协力筹防。
6月24日，林则徐会同怡良向道光帝奏报了英军来粤和备战待敌情形。25日，义律在澳门签发了给广东省沿海居民的通知，宣布英军对广州和珠江口的封锁。同时，伯麦的“公告”，由马礼逊按中文告示格式，编成汉字说帖，写在木牌上，插于尖沙咀一带的海滩上。
为了有效击退敌人的进犯，林则徐及时地颁发了《英夷鸱张安民告示》：
……英吉利夷人本多狡诈，且以鸦片害我民人性命，骗惑内地资财，当亦吾民所共仇共愤。本部堂今与汝等约：如英夷兵船一进内河，许以人人持刀痛杀。凡杀白头鬼一名，赏洋银一百元，杀死黑鬼子一名，赏洋银五十元……
林则徐在告示中还列有杀擒英军头目、汉奸和烧擒英舰、英船的不同赏格。
28日，英国侵华远征军总司令兼全权公使懿律乘坐的旗舰、载炮74门的“麦尔威厘”号和军舰、载炮44门的“布朗底”号、载炮20门的“卑拉底士”号，武装汽艇“进取”号，一起开抵澳门港外。至此，英军开赴中国海面的兵力，共有军舰16艘，载炮540门，武装汽艇一艘，运输船27艘，陆海军4000人。义律登上旗艘“麦尔威厘”号和懿律会合，英舰也于同一天开始封锁珠江口。英军本来打算在封锁珠江口后，破坏江面的防御工事，进犯虎门要塞。鉴于林则徐严密布置，各水陆要隘戒备森严，而帕麦斯顿在此前的第一号训令中又无此项指示，懿律决定放弃这一军事行动。至于帕麦斯顿在训令中所指示的：“一到达珠江口，便设法把我寄至中国宰相函一份，连同一份中文译本，一并送给广州总督……并且你应要求总督把这份包括原件和译本的公文送往北京，不得拖延”一事，也由于义律认为林则徐不好对付，坚持“不宜于让广州中国当局最先知道英国的要求是什么”，而放弃执行，改派“布朗底”号把信送往厦门。
30日，懿律和义律根据训令，开始第二步侵华军事行动，率军舰十三艘、武装汽船三艘、运兵船一艘、运输船二十七艘，离粤海北犯。只留军舰“都鲁壹”号、“拉茵”号、“海阿新”号、“哥伦拜恩”号和武装汽船“进取”号，以士密为粤海英舰司令官（兼“都鲁壹号”舰长），继续封锁珠江口。
7月1日，林则徐得引水禀报英舰离粤消息，又从英商转呈美商来禀中知道“听说英夷兵船系赴浙江、江苏，又有人说往天津等情”。第二天，他收到新安县抄送的伯麦汉字说帖全文，当即写信嘱令关天培：“如果该英夷胆敢拦阻行舟，即当示以兵威，不容滋扰”。
林则徐决定即速将上述敌情飞报道光帝，并同时交咨文浙江、江苏、直隶等省，一体防范。
在7月3日晨写给怡良的一封信中，林则徐说：“昨新安抄送之夷贴，知已呈览。鄙意即令该县用红白禀申送，以凭人告，否则众目先睹，转恐发自他人，无以自解于讳饰矣……刻下时势已归于拦阻货船一着，而此招最为毒手，以内地工作之人，略停数日即不能堪也。兄昨复滋圃（关天培字）信稿，顺呈台览……直隶信稿，谬拟一纸，未知妥否？如棣台大人一同列衔，亦属省事，统候示复遵办。”
怡良同意林则徐的意见，当天即会衔发出奏折和咨文。在奏折中，他们建议：如英舰果然驶赴天津求通贸易，倘听陈言词恭顺，可否敕下直隶督臣，查照办理阿美士德使用权案例，将其递词人由内河逐站护送至粤处理，“倘所递之词有涉及臣等之处，惟求钦派大臣来粤查办。”
林则徐发出奏折和咨文后，继续密切注视敌情的变化。这时，广州附近城乡人民，在林则徐告示的鼓舞下，抗英热情高涨，纷纷加入社学组织。当行商、盐商及潮州客民奉命出资招募五千水勇时，人们不约而同，从各处成千成万群涌而来。宾汉描述在商馆广场上招募水勇的情形说：
商馆前面的广场上搭起了棚房……广州知府以及其他高级官员都出席了，行商、盐商以及潮州商人陪侍。志在每月六元的人……大群大群的聚集在棚房一带。广州知府前面，由吏役保持出一大片空地。志愿参军的人被引到空地上。这时，为了证明他们入新军的资格，他们必须举起一个长约五英尺的双石轮，石轮两端各有一块圆形或轮形的花岗岩，总重量约有一百斤。他们要从地上双手把它拿起，举到头上，直到两臂伸直为止。有几个人达到这个姿势之后，只用一只手举石轮，保持原有姿势达数秒钟。
英军的主力北上后，陆续又有英舰驶入粤海，旋即北去。留在珠江口外的英舰，时常派一二船乘潮至相距虎门五十余里之校椅沙一带，遇见内地出入之盐船、商船，即潜遣舢板拢近，探询官兵消息；每日东飘西泊，行踪不定，深恐被我兵派出火船烧毁。林则徐考虑到南风盛发，不利水师出航，决定“一得可乘之隙，即当整队放出外洋，大张挞伐”。为了加强水师出洋海战能力，林则徐又从美国罗素洋行商人手中，购买了本年6月22日驶进黄埔贸易的商船“吉赛皮克”号，即该洋行收买的九百吨的英国轮船“甘米力治”号，并把它改装为军舰，配备英国制造的大炮34门。
整个7月，在广东没有发生战斗，双方军队在紧张对峙的气氛中谨慎地避开了正面冲突。英军的战略意图，是以封锁珠江牵制中国，等候大举北犯得逞的消息，然后相机而动。林则徐的战略意图，是打破封锁，但避免与敌海上作战。一方戒备森严，一方不敢冒轻人，这种相持的局面说明林则徐掌握着广东战场的主动权。英军的封锁实际上只限于外洋，后来，帕麦斯顿就曾根据从澳门到广州的内线未被封闭这一点，指责义律玩忽训令，封锁珠江不彻底，等于承认了封锁的失败。
8月3日，林则徐突然接到浙江巡抚乌尔恭额来咨二件，通报定海县失守！原来，英舰自粤连樯北上，除“布朗底”号赴厦门送信外，其余直趋浙江定海。“布朗底”号于7月2日午后窜入厦门内港，停泊屿仔尾，随即放下舢板小船一只，悬挂白旗，企图靠岸投书，被守军击退。第二天，英国侵略者三十余人又驶小船，试图强行登岸，并扬言不叫上岸，就要打仗。守军阻拦，守备陈光福放箭射中英国侵略者一名，兵丁连放鸟枪，把侵略者二人击落海中。“布朗底”号旋又派出十余人乘舢板前来挑衅，妄图直扑炮台，署参将陈胜元用长矛刺死强行登岸的英国侵略者一名，哨船及岸上兵丁，一齐向敌人射击，英船被迫驶回。英军恼羞成怒，从“布朗底”号上发炮轰击厦门，当场打死兵丁九人，妇女一人，打伤兵丁十四人，击坏民房一二十间。炮台奋力反击，又以数百水勇伪装商船前往偷袭，“坏其舵尾，掷火罐喷筒，歼其夷兵数十”。经过三个时辰的战斗，“布朗底”号放弃投递书信的尝试，狼狈窜遁。与此同时，英舰主力已经陆续集结浙洋。首先抵达的是伯麦率领的军舰“谷巴士”号，武装汽艇“马达牙士加”号、“阿打兰打”号和运输船二艘。8月3日，“马达牙士加”号和“阿打兰打”号窜入定海北港的头道街，测量港水深浅。4日早上，伯麦和英国侵华远征军陆军司令布尔利，率“威厘士”号、“康威”号、“谷巴士”号、“巡洋”号，驶入定海内港。定海毫无战守准备，英舰都驶入沈家门了，水师总兵张朝发竟还说：“夷船被风吹来，恒有之事，无足惊讶”。没多久，又得报告“来船益多，过于常时，官吏稍疑怪，既而冁然曰：‘是不得市于粤，故举集于此，此将成大码头，吾徒常例钱且日增矣’。”
敌人都已经兵阵家门了，贪官污吏们竟还以为是来做贸易的，并为从此可以从中得到“日增”的“常例钱”而弹冠相庆呢！
待到伯麦、布尔利向到“威里士厘”号上查问来意的定海知县姚怀祥下了限明日下午二时前献城的最后通牒，这才幡然醒悟到战争临头，但已经来不及了。姚怀祥决定闭城待援，但水师总兵张朝发以“城非吾责”，拒绝合作。于是改定各分守战，相约“在外者主战，战虽败不得人；在内者主守，守虽溃不得出”。5日下午二时，英军见定海守军毫无降意，遂发起攻击，水师一触即溃，张朝发受伤落水，退守镇海。英军长驱直入，登陆后占据关山（东岳山）炮台，连夜轰城。6日凌晨，英军自东门梯城而人，清军不战不守，纷纷溃散，各顾身家，定海遂失，知县姚怀祥、典史全福死亡。
定海的失守，是清朝的腐败政治所注定了的。
腐朽封建的半文明制度，与世隔绝的状态，早已养成清朝君臣不问世界大势，迷信“天朝声威”可以“慑服蛮夷”的愚昧心理，辽阔的海岸线上，长期武备不修，将不知兵，兵不知战。久享承平的虚幻景象，灯红酒绿、醉生梦死的糜烂生活，又铸成了他们对现实的麻木不仁，在英寇入侵的警报频传的时刻，毫无发奋振作的打算。道光帝的愚昧无知，是一个典型。两个月前，林则徐奏报传闻英国有大号兵船将次到粤等情，他深不以为然，蔑视地说：“主客之势自判，彼何能为也”。7月20日，他接到英军进犯定海的奏报，还是满不在乎地说：“此等丑类，不过小试其技，阻挠禁令，仍欲藉势售私，他何能为”！22日又说：“该夷等亦不过稍逞小技，恫疑虚喝，迨至计穷势蹙，自必返棹人洋，无所希冀”。这种轻敌麻痹的荒唐意旨，带来的自然是自坏长城的恶果。
从到粤查禁鸦片以来，林则徐一直是在反禁烟派的肘掣下孤军奋战的。
战争爆发前，除了福建由于邓廷桢的到来，作了抵抗的准备，其余沿海各省在反禁烟派腐败官吏的把持下，都对林则徐建议“严加防范”的多次咨文置若罔闻，或者饰词应付。浙江巡抚乌尔恭额，本属反禁烟派，在鸦片论战中，曾极力反对黄爵滋的严禁主张。广东抗英形势日益紧迫，他多次接到林则徐来咨和道光帝饬令严防的谕旨，表面上也曾慷慨激昂地奏上“防夷条款”，但是行动上却形同木偶，丝毫没有进行战争的动员和准备。定海守军在英舰连樯犯境的情况下，全然不知英军的意图，那是毫不奇怪了。
英舰北上浙江、江苏，林则徐原先以为“该二省已叠接粤省咨文，自皆有备，不致疏虞”。接到乌尔恭额来咨，不胜震惊。他为英军的妄逞鸱张而“闻之发指”，为乌尔恭额的“徒托空言”，“任其占取”定海而愤懑非常。他当即把乌尔恭额来咨寄送怡良，并嘱咐：“祈阅后密之，明日拟造商一切”。他很快从震惊中苏醒过来，预料到反禁烟派势必利用这一事件嫁祸于他。在当晚写给怡良的第二封信中，他感慨万千地说：“敝处折差大约数日亦可回来，当有续信，区区惟待罪而已！”
林则徐和怡良于8月4日共同研究了定海失陷后的局势，当天起草了密陈恢复定海机宜的折片，并拟照奏折的原意又书一信，寄给乌尔恭额。在7日发出的这一折片中，林则徐指出：英舰“乃敢聚于定海，妄逞鸱张，明因该处孤悬海中，希图据为巢穴，是必豫相纠约，早蓄逆谋”。虽然他没有掌握任何英国蓄谋侵略中国的具体事实，但这种从义律、士密的违抗行径合理的联想、推论出来的判断，却是正确的。这使他更加明确坚决抵抗的必要。根据广东抗英的经验，他认为英船登岸，群众一定会“协力齐心，歼除非种”，“乡井平民，亦尽足以制其死命”。所以，他建议道光帝允许并鼓励村民诛杀英军，敌忾同仇，收复定海：
此时定海县城甫被占据，城中人户仓促逃亡，而该县周围二百余里，各村居民总不下十余万众，夷匪既在岸上，要令人人得而诛之，不论军民人等，能杀夷人者，均按所献首级，给予极重赏格。似此风声一树，可使靡有孑遗……
随着英军攻占定海的消息传来，留在广东的英军也渐形猖獗。连日来，他们先后在珠江口外掳去海运盐船十四只，甚至枪杀民船舵工盛全福，打伤水手杜亚发。英军的暴行，广东军民看在眼里，恨在心头，磨拳擦掌，愤切同仇。6日清晨，澳门群众指引弁兵，在卡思兰湾活捉了非法潜居澳门的英国人温特森·士担顿，把他押解到虎门，往广州。在此前后，沿海渔民也活捉了两名印度水兵，解官究办。
士密得知士担顿被俘的消息，立即乘“进取”号赶到澳门，向行商抗议，叫嚷将要采取最强硬的步骤。英国驻华副商务监督参逊也写信给澳门葡萄牙当局，要求释放士担顿，“并称如不允准，即欲行澳滋扰”。易中孚从澳门返回广州，向林则徐转呈澳门葡萄牙当局请求释放士担顿的禀件。
林则徐认为这是虚张挟制，“虽所获英夷无足轻重，然此时若徇所请，则损威示弱，转无以戢叵测之心”，断然拒绝释放士担顿，并添调督抚两标官兵，连前共合二千人，进入澳门防堵。为了痛剿寻衅的英军，他又陆续调集各营大号米艇20只，并雇募红单船20只，拖风船26只，配备炮火器械，拨出一部分兵丁和新招募的水勇千余名，先在内洋逐日操练技艺。又前后购备火船二十余只，发交关天培分派水师随带应用。
14日，林则徐接到乌尔恭额来咨，通告浙省已奏请饬调广东舟师二千赴浙会剿。林则徐认为广东战事一触即发，不宜分散兵力，不同意分调赴浙。此时，他又得到探报，觅抄定海英军书信一件，译出中文，知道定海民众坚壁清野，反抗英军，“现英逆甚望定海居民回至该处与之同住，而民人屡招不至，所出章程亦无人肯信，沿海渔船悉皆避去。各夷船本系随带鸦片，售作资粮，今已伙食无多，转瞬风色将转，均甚愁急”。他认为“是正有可乘之机”，可以“诱擒于陆地”。16日，他密奏道光帝，再次建议：“或将兵勇扮作乡民，或将乡民练为壮勇，陆续回至该处，诈为见招而返，愿与久居，一经聚有多人，约期动手，杀之将如鸡狗”。还将这一建议写成密函，飞致乌尔恭额斟酌办理。
17日，林则徐登舟离广州，赴狮子洋校阅兵勇操练技艺。这次大规模的军事演习，本来定于16日开始举行，因为几天来天气似在酿雨，才改为从19日开始。同一天，易中孚也从广州返抵澳门，向葡萄牙当局宣布林则徐不同意立即释放士担顿和增调兵力进入澳门防堵的决定，并申明派兵的目的，是“澳门系天朝疆土”，“不使他族得以占居”，要求葡萄牙当局严格遵守中立，免得“并受其害”。葡萄牙当局立即将林则徐的上述决定转告士密。
早已蓄谋进犯的士密，立即采取所谓最强硬的步骤，派“进取”号到急水门，调“都鲁壹”号进犯澳门。18日，英舰“都鲁壹”号、“进取”号和满载英兵的运输船“拿萨勒·收”号窜至澳门港外。当晚，中国水师师船和运兵小船奉命纷纷驶进澳门内港，准备严加防堵。
19日中午，英兵在士密指挥下，乘“进取”号等出其不意地偷袭关闸炮台，首先从舰上齐放飞炮，蓄意轰毁炮台。我炮台守军即时开炮迎击，闸内闸外官兵也一齐赶来支援，以地峡为掩护，用许多旧锈的旋迥扣和火绳枪，尽武器的能力还击。但是，由于武器低劣，我兵回击的炮火大都射程不够。激战一小时后，英军乘势把炮台火力压倒，380名英军分乘舢板登岸，占领关闸炮台，又将官兵安在关闸之炮倒回炮口点放，攻打关闸，并攻打新庙。中国官兵在敌强我弱的情况下，进行了顽强的抵抗，损失较大。督抚参将波启善、守备陈宏光额部受伤，前山一带香山协师船八只，在接仗中损漏三只。惠州协师船在隔岸也同时连发数炮，但被英军炮火击中，船上兵勇纷纷逃避。英军占领炮台，轰毁关闸界墙后，又钉塞炮台大炮的火门，放火焚毁棚房和帐棚，并撤走大炮数尊，趁潮退立即驶去。
同一天，水师官兵和水勇在狮子洋上开始大规模的联合演习，演放大小炮位，抛掷火球火罐，撒放火箭喷筒，以及爬桅跳船各种技能。以“甘米力治”号改装配备的军舰也参加了这次演习。整整两天，林则徐逐一亲加校阅，对兵勇们练兵的高昂士气大为满意。在20日写给怡良的信中，他写道：“每日皆阅两操，若以纪律绳之，未必尽合，然争先向往之慨，似亦足张我军。且由桅上过船，较之缒而登者，奚啻霄壤。毕竟澎海人习于帆樯之技，或可使英贼胆寒也。”
校阅期间，林则徐重新规定烧擒英船、杀擒英军的赏格，又颁布了《剿夷兵勇约法七章》。这一约法，主要是规定火攻敌船的原则和做法，其中特别强调“破敌首重胆气，胆大气盛者必胜兵船虽长若干丈，尔等不必看得他长；虽有大炮若干门，尔等不必畏他炮多而大”，掌握了避敌之长、击敌之短的打法，完全可以做到以小胜大、以弱胜强。这种打法是：
一，选占上风，避敌船两侧炮火，专攻头尾；
二，以十二只十六只船攻击敌船一只，分左右两翼四角斜向扑拢其头尾。前队如不得手，可搞通下调换后队进攻；
三，扑拢敌船后，要抛掷火罐喷筒放火，然后乘胜爬桅过船，首尾两旁同时敲钉火船（把火船固定到敌船上）焚烧，使其三层受敌，抵当此一层，不暇兼顾彼一层。
演习结束后，林则徐移舟虎门，与关天培就近筹商战守。
二十一日凌晨四鼓，林则徐在虎门接到香山县令吴恩树专差送来关闸开战、急求发兵接济的禀报。虽然此时关闸实在情形怎样，问来差，也说并不知道，他仍决定调遣马辰和揭阳令张熙宇带领现在虎门、派在红单船准备随水师出洋剿敌的揭阳壮勇，立即驰往香山，从旱路赶赴增援。上午，他又接吴恩树派人驰来请求调拨数千斤重大炮和南海、番禺两县协济人夫往援的禀报，从来人口中得悉关闸开战失利的情形，明白“看此事势，大非了局，不得不多集重兵”，立即拨出师船八只、拖船二十五只、火船二十只、巡哨等船二十余只，由海道驰往救护。同时飞檄调南韶兵五百，三江协兵三百，拟由马辰、陈连升指挥抗敌。
关闸之战的失利，大出林则徐的意料。他对守军未能力战、失陷炮台又气又恼，在一封信中，他愤慨地说：“细查前山寨内，现在各文武聚集一处，兵数实逾二千，并非短少。所可恨者，披坚执锐之人，无非豫存弃甲曳兵之想。此间恶习，陷溺已深……今若骤加峻法，奈罚不及众何！”
他一面札令易中孚等人，严厉执法，对溃逃的官兵，“必得斩一二人以徇于军”，以煞住恶习，稳定军心；一面亲自殷切地鼓励出援关闸的将领“激发天良”，“振作胆力”，为国立功。他相信这支经过严格训练的兵勇，一定不同于其他军队，能早日带来胜利的捷报。
关闸战后，英军放出谣言说什么时候要攻前山，又说什么时候要攻香山，甚至说马上就要攻击虎门了。不少县、营官弁惊魂未定，纷纷请求增派兵力，关天培也主张调回师船，防守虎门。
林则徐冷静地分析了局势，对关天培说：“此乃借题于虎门，实以挑战于关闸也。鸱张至此，岂尚可以姑容？”
关天培说：“如此，则更应于各关口拥兵严防之。”
林则徐却坚决反对在敌人长驱突入、气焰嚣张的情况下，株守待攻，他对关天培说：“于此时，守固为重要，然主动出击，捕机交锋，以挫敌之锋芒，乱敌之布阵，亦是必行之战法也。”
关天培经过冷静地思考之后，立即领悟了林则徐的战术想法，很痛快地说道：“此即以攻为守之术耳！”
两人很快达成统一，即刻将师船派出，寻敌攻击。恰在此时，林则徐接到怡良来信，获悉道光帝下了一道“仍当示以镇静，不事张皇”的谕旨，由军机处廷寄到粤，这也没有使他改变主意，在答复怡良的信中，他坚定地说：“承准廷寄，仍重在镇静一层，然我欲静而彼不静，则亦势难坐镇！”他异常焦灼地等候水师出击的捷报。
水师出洋之后，接连四日，未见敌人踪迹。师船集结于金星门，而英舰则已经窜往磨刀洋。25日，林则徐接到探报：“九洲夷船、火轮又络绎至磨刀洋聚泊”。他估计：“想系汉奸送信，以此间有船往磨刀之敌。”这时，他又接到大鹏营报告：东路发现英舰三只。为了保证首战告捷，他决定先打不备之敌，下令将水师暂时撤回虎门待命，另派师船五只、红单船十只东去会合平海、大鹏两营水师，迎头探击在东路游弋的三只英舰，以寄希望于先一举歼灭这一小股敌舰。
由于水师的出洋，近日以来，英船在澳门、前山等处再无出入动静，取得了“稍压夷氛”的效果，使林则徐与敌海战的决心更为坚定。28日，调回水师驶入沙角待命，只差赴援前山的拖船二十五只尚未赶到。根据英舰聚结磨刀洋的情况，林则徐和关天培制订了水师合剿英军于磨刀洋的方案。这一天，他们来到沙角海口，进行战前动员，鼓励各船兵勇整队出洋，探踪迎击敌舰。水师官兵和各路水勇，斗志昂扬，专等拖船一回，立即连夜乘潮东去。
林则徐对这一军事行动寄以很大希望，他写信对怡良说：“察看此去情形，似有慷慨激昂之气，得手与否，惟视此一举矣！……总求磨刀一捷，始可稍开抑塞之胸耳”。
31日卯刻，出洋水师在冷水角瞭见英军火轮船一只驶入龙鼓海面，当即派出兵勇乘坐快艇和拖风船，跟踪追击，英军火轮船腰部被我炮火击中，即刻逃去。不久，接到探报，龙穴西南海面发现英舰一艘，其东又有英舰四艘，舢板船五只，水师遂转舵直趋龙穴。申刻，水师追至矾石洋上，与英舰遭遇，双方展开炮战。马辰指挥的师船，首先拢近英船“架历”号，连开三千斤铜炮二门，将其头鼻打坏，英军纷纷喊嚷，滚跌落海。“架历”号炮弹用尽，仅放空炮。水师官兵正欲向前将该舰夺获，其余英舰慌忙拼死赶来救援，师船只好舍去“架历”号，翻身回击。战斗到天黑，“架历”号乘师船回击他舰之隙，随潮南窜。
这次海战，英军受创较重，仅渔船捞获的，就有油缆三节，长二丈余，帆杠一根，长九尺余，还有起碇推舵所有的转轴二个。英军被击毙的有数十人，据引水探报，在磨刀山根埋葬的尸体，便有大副一名，炮手三名，水兵十一名。
9月1日，把总黄者华亲自从矾石洋赶回广州，向林则徐报捷。林则徐深感水师和水勇联合演习后的第一次战斗，“众船会攻一船；既得胜仗而不能将船夺获，殊为可惜”！正是由于这一点，他认为此役“祗系小挫其锋，尚未大获胜仗”，没有立即由驿驰奏，到9日才和关闸接仗情形一起奏报。
关闸和矾石之战，是鸦片战争爆发以来广东战场上的两次主要战斗。中国官兵和武装的抗英群众——乡勇、水勇，虽然没有取得赫赫战功，但它雄辩地说明：中国尽管在定海战场上败北，但在抵抗派指挥、有广大群众支持和密切配合的广东战场上，能够，也已经抗击了凶暴的英军，为捍卫祖国的独立作出了贡献。如果定海官吏能够像林则徐已经做到的那样，利用广大人民群众的抗英积极性，认真备战，不断的改进军队素质和军事技术，数量不多的英军就会牢牢地被牵制和分割在各个战场上，绝不可能横冲直撞，为所欲为。
可是，战争的发展并非如此。林则徐没有料到，懿律也没有想到，定海的一场小战竟使英国轻易地获得了廉价的“胜利”！
英军窜犯定海的消息，是在7月20日传到北京的。当天，道光帝下令福建提督余步云带兵驰援。24日，定海失陷的奏报到京，道光帝当即下令革除乌尔恭额和浙江提督祝廷彪的职务，暂留本任，戴罪图功；又令邓廷桢派福建舟师赴浙会剿英军。8月3日，谕令琦善：英舰倘至天津求通贸易，断不能据情转奏，并备战相机剿办。6日，派两江总督伊里布为钦差大臣，办理浙江事务，以刘韵珂为浙江巡抚。
道光帝慌忙调兵遣将，心中对战事的成败，却已毫无把握。他严厉斥责浙江地方官吏“张皇失措”、“形同木偶”，“事前既无准备，临事复觉张皇”等，实际上是自身惊慌失态的写照。
反禁烟派本来对林则徐的使粤禁烟，早就抱着站在岸上看翻船的态度，这时更是站在高枝上说风凉话，造谣说：
“夷兵之来，系由禁烟而起。”
“上年广东缴烟，（林则徐）先许买价，而后负约，以致激变。”
“林则徐为急着邀功，上年于缴烟时强以囚禁英人，英人故而生怒，时图雪耻而来矣。”……
道光帝对林则徐的信任发生了动摇，在派伊里布赴浙查办时，还特别指示他要密行查访“招致英寇来犯根由”和“启衅实情”。
浙江以北沿海各省官僚，对林则徐关于英军进犯的咨告和道光帝的谕令，本来都是阳奉阴违，迁延塞责，有关海疆修备事宜，诸多持权负命的大吏将员们，竟然没有一个人商议过，甚至连想都没想过！这些地方毫无战备准备的情形和定海的情况一样。据官方的奏报，江苏军队“从未闻有讲求训练一语”，水师“额数既少，兵技尤疏”，“其寡弱更甚于浙江”。山东“水路弁兵，于数千斤大炮尚未练习，仓猝试放，多不应手”。直隶沿海炮台失修，旧存铁炮，“大半刷膛锈损，多不堪用”。天津是京师的门户，城内守兵约止六百余名，海口防兵亦止二百余名；山海关“本无存炮”，废弃炮位中有几尊勉强可以蒸洗备用，尚系前明之物。奉天（今辽宁）海防也极为空虚，旅顺仅有兵丁六百名，水手一百名，“即调到各城官兵，止能守岸”，“至旅顺迤东，卡伦兵数无多”，几乎就等于没有设防……
定海失陷的消息传来，沿海督抚害怕失事受斥，群起攻击林则徐的“肇衅”，合声高唱起“议和”的论调。
道光帝害怕战火蔓延天津，于8月9日下令驰往天津“筹防”的直隶总督琦善：“如该夷船驶至海口，果无桀骜情形，不必遽行开枪开炮。倘有投递禀帖情事，无论夷字汉字，即将原禀进呈”。
11日，懿律、义律、伯麦等率英舰进泊大沽口拦江以外，派武装汽船“马打牙士加”号驶近口岸投书，并要求购买食物。琦善即派督标后营游击罗应鳌登船，收取咨会（内容系要求派官员来船接受转递照会公文）和帕麦斯顿照会中国宰相书印刷副本一件。琦善答应“俟奉谕旨后，再行遵办”，约定于17日前回信，并将懿律来件驰送北京，听候道光帝训令。
琦善生怕得罪英军，藉词滋衅，立即满口答应为英军代买所需的一切食物。
13日，道光帝谕令琦善“委员查问接收”。琦善奉旨后，即于15日派守备白含章前往英舰“威里士厘”号，懿律交付给帕麦斯顿致中国宰相书原函和汉文译本，并要求清廷即派钦差大臣赴英舰或沿海便当港口面会定议。白含章是琦善的一个心腹，竭尽卑躬屈膝之能事，通过翻译努力地把总督琦善对英人的好感、琦善亟切希望和平解决的愿望向英国侵略者头目懿律做了表白，并答应琦善完全可以代表朝廷议定，于十天内就送回答复的“善意”。懿律见琦善的态度与福建、浙江所遇到的显有不同，当即欣然接受琦善的请求，表示要驶离五六日，再回来收取复文。
17日，琦善将英国公文上奏进呈。在附片中，他根据白含章登上英舰“威里士厘”号的见闻，夸大张扬英军的船坚炮利，说什么：英舰至大者，“舱中分设三层，逐层有炮百余位”，“其每层前后，又各设有大炮，约重七八千斤”。在另片中，他报告英舰欲驶离大沽口“觅地纳凉”，“其意非欲诱臣撤防，即图另觅码头，不可不益加防范”。琦善的用意虽未明言，但很清楚地可以看出有两层意思：一为天津一旦失防预留下推卸战败责任的余地；二是促使不谙外情的道光帝下定议和的决心，避免自己卷人战争的漩涡，保住高官厚禄。
琦善奏片递到北京，道光帝果然大为震惊。他想象这批一船就有炮三四百门的“英夷”，果真在銮辇脚下占了码头，“天朝上国”的尊威将何堪设想？前些时候听到的谗言使他大为心动，深恨林则徐禁烟“启衅”，惹出“激变”，不待伊里布查访“启衅实情”的奏章到来，便完全采纳主和派的意见。
道光帝决定用重治林则徐以求得换取英军退兵的交涉方针，下旨琦善明白晓谕懿律：
上年林则徐等查禁烟土，未能仰体大公至正之意，以致受人欺蒙，措置失当。兹所求昭雪之冤，大皇帝早有所闻，必当逐细明查，重治其罪。现已派钦差大臣驰至广东，秉公查办，定能代申冤抑。该统率懿律等，着即返棹南返，听候办理可也。
道光同时还向懿律明确表示：“至将来钦差至广东查办，即派琦善前往。”
21日，林则徐、怡良上报续获鸦片人犯、烟土烟具实数的奏折到京，道光帝在折上大加批斥：“外而断绝通商，并未断绝；内而查拿犯法，亦不能净，无非空言搪塞，不但终无实济，返生出许多波澜，思之曷胜愤懑！看汝以何词对朕也！”
接着，道光帝又连降两旨，谕令琦善：“随机应变，上不可以失国体，下不可以开边衅”；“详细开导，总须折服其心，办理方为得手”。
琦善对道光帝的两道谕旨立即心领神会，马上就不遗余力紧急施行起妥协政策。英军在等候清廷答复期间，乘舰分头窜往奉天长兴岛、直隶涧河、山东砣矶岛等处，抢劫和购买食物、淡水，至27日，方再次齐集于大沽口外。
28日，琦善派白含章前往英舰递次照会，请义律登岸会谈。
第二天，又派人送去二十头牛、二百只羊和许多鸡鸭，犒劳英军。
与此同时，义律和马礼逊来到大沽口南岸，与琦善和白含章在事先特设的帐篷里会谈。在两天的会谈中，义律以开仗相威胁，逼琦善全盘接受英国提出的条款。
琦善口口声声答应：“定以重治林则徐，以代英人申白冤抑。”
会谈结束于8月30日，琦善当即就把奉命请英军南返，在广州会谈，一定“秉公查办”林则徐的意旨写成照会，由义律带交给懿律决定。9月1日，懿律、义律复照琦善，坚持英国提出的各项勒索条件。琦善立即答应马上就奏闻请旨后回复。4日，道光帝下旨琦善，要他随机应变，用许其通商作为取消赔偿烟价等的交换条件，设法劝说英军退兵。琦善派白含章携带照会前往英舰，向懿律等表示：如同意南返粤东，则中国钦派大臣到粤会谈，“必能使贵统帅有以登复贵国王，即所称贵统领事前被屈抑之处，于此亦可昭雪”。
懿律考虑到“季节已经太晚，湾中不能进行有充分而有适当效果的攻势，加上岸上部队和舰中水手间流行的病疫，在春季之前，采取任何积极的敌对行动，是不聪明的。因此，他改变了策略，于15日复文琦善，同意返回广州谈判，并向白含章表示：英舰先赴定海，后回广东，“如沿海各处不开枪炮”，“决不滋生事端”。又称：“所求各条，未奉允准明文，既须俟回粤听候查办，则定海各处兵船未能即撤。”白含章对懿律的条件一一点头答应。懿律于是满意地率英舰起碇南下。
道光帝接到琦善关于英军南返的奏报，顿感“朕心嘉悦之至”，当即降旨，派琦善为钦差大臣，迅速来京请训，驰驿前赴广东查办事件，并飞谕沿海各省督抚，英船经过，不必开放枪炮。18日，林则徐关于择日出洋剿办英军的奏报到京，道光帝下旨严切指责林则徐“恐以粤东办理不善，归咎于该督，故作此举，先占地步。所谓欲盖弥彰，可称偾（败）兵也”。
道光帝态度陡然转变，主和派在朝廷中完全得势。为了替赴粤议和活动打开坦途，琦善在20日上奏道光帝，放肆吹嘘英军的船坚炮利，中国断难决胜，造谣攻击闽、粤等省军民击破的英船，“本非兵船”，英军之所以不攻广东，是“广东商民与该夷通气者多，固不欲肆其扰害，未必尽畏该省之防范”，千方百计地诬陷林则徐、邓廷桢。在另片中，他奏请将“颇能曲合事机”的白含章，以守备尽先升用，带赴广东，作为他的帮手。道光帝对琦善所陈当然完全相信，对其所请无不依从。28日，道光帝下旨，谴责林则徐禁烟抗英，“内而奸民犯法，不能净尽，外而兴贩来源，并未断绝”，“办理终无实绩，转致别生事端，误国病民，莫此为甚”，将林则徐、邓廷桢交部严加议处，林则徐即行来京听候部议，两广总督由琦善署理，琦善未到任以前，由怡良暂行护理。29日，下令沿海各省将军督抚，将前调防守各官兵，分别应留应撤，妥为办理。琦善自天津赶回北京听训后，于10月3日离京赴粤。同一天，道光帝以“误国病民，办理不善”的“罪名”，下旨将林则徐、邓廷桢革职，并命林则徐折回，邓廷桢从福建前赴广东，以备查问原委。
林则徐在军事上没有被英军的炮舰所打败，却实实在在地在政治上被主和派的谗言打倒了。
9月14日夜，林则徐接阅抚辕折差刚刚自京带回的邸抄和京中友人来信，知道英舰“至天津递呈，琦善奏入，奉旨准其呈诉，并将公文等件进呈”。他心情十分沉重，担忧时局“若以一着之差，致成满盘之错，如何维挽耶？”在第二天写给怡良的信中，他满怀感慨地写道：
……此事措置之方，实关大局。贱子于一身荣辱祸福，早不敢计，只求无伤国体，可儆后来，微躯顶踵捐縻，亦所不惜！至船炮乃不可不造之件，今读邸报，更切心寒。贱性不识时宜，恐不免续上辞官表以陈此一节耳……
朝廷允准英军“呈诉”，不准筹计制船造炮，其用心十分显然，林则徐怎能不心寒呢？但他没有斤斤计较个人的荣辱祸福，他打定主意，在不得不上表辞官的同时，也要“不识时宜”地力陈制船造炮的抗敌主张。18日夜，林则徐接到8月21日道光帝“以何词对朕”的批折。他当即致书怡良说：“此次仰蒙严谕，本在意中，然实专为徐一人而发，恐此后更有重于此者。林不敢不懔天威，亦不敢认罪戾，惟事之本来，诚不得不明白上陈耳”。
他预感抗战局面已经严重恶化，个人的政治生命将被主和派葬送，他不敢不服从道光帝的处置，但也不甘心默认禁烟抗英是“罪戾”，不愿削弱眼前的抗英斗争。
这时，他觉得“似又不得不从速矣”。也在同一天，有人抄得“夷呈”（疑即帕麦斯顿致中国宰相书）一纸送给他，林则徐第一次了解到英方攻击他的大体内容。20日，“又觅得一折稿”，虽然“抄写之脱漏讹舛，不可枚举”，他总算第一次了解到琦善是怎样和英国侵略者一唱一和，在禁烟问题上强加给他一些什么莫须有的“罪名”。
林则徐用了两个晚上的时间写作折稿。他一面自请处分，“从重治罪，以儆无能”，一面写了密陈夷务不能歇手的附片，大胆地陈述自己的抗英主张。他针对主和派对禁烟运动的诬蔑和攻击，尖锐地指出：
“鸦片之为害，甚于洪水猛兽，即尧舜在今日，亦不能不为驱除。圣人执法惩奸，实为天下万世计，而天下万世之人亦断无以鸦片为不必禁之理！他在奏折中驳斥了所谓“夷兵之来，系由禁烟而起”的谬论，理直气壮地说：
彼（英国）之以鸦片入内地者，早已包藏祸心，鸦片来则以渐而致寇，原属意计中事”！对待英军的进犯，“自当以威服叛”，“设法羁縻”（即议和妥协）的做法是危险的，“万一毒邪内伏，诚恐患在养痈。
作为抵御外国侵略的长久之计，他建议：
“以通夷之银量为防夷之用”，从粤海关收入的税银中抽出一部分来制船造炮，改变军事技术和装备远远落后于英国的状况。“从此制炮必求极利，造船必求极坚”，藉以保卫海防，“裨益实非浅鲜矣”。
他还含义深远地警告说：
“抑知夷性无厌，得一步又进一步，若使威不能克，即恐患无巳时，且他国效尤，更不可不虑”。
林则徐以“苟有裨国家，虽顶踵捐糜，亦不敢自惜”的爱国激情，呕心沥血写下的这个附片，是他领导广东禁烟抗英运动的经验结晶。从这里，我们可以清楚地看出，“为天下万世计”，即维护中华民族的长远利益，是林则徐优先考虑和孜孜不倦地为之奋斗的目标。他横眉冷对主和派的责难和打击，始终对外国侵略者充满旺盛的斗志，保持着警惕。他盼望祖国独立富强，有一支强大的国防力量。在中华民族面临陷入殖民地、半殖民地黑暗深渊的危难关头，林则徐的抗英思想和行动，是中国社会民族矛盾上升为社会主要矛盾的反映，是中华民族反抗外国侵略的意志的体现。正因为林则徐代表了正义，代表了进步，主和派的诬陷之词，道光帝强加的所谓“误国病民”的“罪名”，在这个附片里被驳斥得淋漓尽致，入木三分，谁是谁非，昭然若揭！
奏折和附片于24日拜发后，林则徐仍专心一意地加强广东的防务。他在日记中记述着：29日，“午后赴箭道校射”。30日，“清晨出往小北门永康炮台演放炮位”。同日，他还决定拨调海珠炮台四五千斤大炮于次日运往虎门，加强虎门炮台的火力。10月1日，林则徐从廷寄中得知“英逆前赴天津递呈，经直隶总督琦善代为转奏，已准其赴粤叩关，并奉旨以琦善为钦差大臣来粤查办事件。”
林则徐以非常冷静的心情对待这一事态发展，为了不致让坏人利用这个消息破坏抗英的防务，稳定局势和军心，在将廷寄送怡良阅看时，特地嘱咐说：“适才奉到之件，竟不可宣露。缘官兵无不意存私心，闻此恰中下怀，而包藏祸心者，更难保其不乘虚思逞，所关甚巨”。
7日，林则徐在病中接到道光帝“欲盖弥彰，可称偾兵”的指责，并要他迅速驰奏水师出洋后接仗情形。他烦愤异常：“此时欲奏，则无可奏，不奏，又不敢恝然置之”。
他强忍住心头的郁愤，于当晚开始提笔作复折，详细说明广东抗英战略从“以守为战”向“出洋剿办”转变的理由，指出：在英国发动侵略战争以前，英国侵略者“不过迁延不去，尚无猖獗情形”，“臣以师船若远出驱逐，恐外洋或有疏虞，不如以守为战、以逸待劳，为计之得”，“因而奏请不与海上交锋，欲令穷而自返”。但英军挑起战火，攻陷定海之后，情况大不相同，“是逆情显著，凡有血气，靡不愤切同仇”。而且这时，广东水师经过整顿，军事素质有所提高，而“所添雇之拖风、红单等船，炮械、军火适已备齐，而所团练之水勇，技艺亦熟于前，冀足以助舟师声势”，所以才决定水师出洋剿办。这份奏折，以摆事实的方式，婉转地反驳了道光帝“前后自相矛盾”的谴责。
然而，道光帝以重治林则徐、邓廷桢来换取英军退兵的议和方针早已决定，林则徐的申辩只是枉然的。就在这份奏折拜发后两天，即13日，林则徐从怡良口中得知两广总督之缺已有更动，因为怡良刚刚接到9月29日道光帝谕令沿海督抚分别留撤防兵的廷寄，“外封写‘护两广总督怡开拆’字样”。但在吏部正式公文到达之前，他仍坚持职守。17日，林则徐与豫坤、怡良等同往黄埔察看夷船情况。18日，与专程从虎门返省的关天培商议战守。19日，武乡试开考，早晨到校场监考骑马与射击。
20日，林则徐接到吏部公文：“奉谕旨交部严加议处，来京听候部议，以直督琦署广督，其未到之前，以巡抚怡暂行护理”。
当天，林则徐交卸总督、盐政两篆，移送怡良。
林则徐被黜，“宦局旋更”，“夷务改换局面”。抵抗派和人民群众联合抗英的形势被彻底破坏了。消息传开，爱国官兵、士绅和抗英群众都极为震惊和愤慨。林则徐交卸督篆后，凡抚军以下之文员武将都来看望他，并在抚督为他举行了“公饯”。爱国士绅、商人和群众，纷纷赶置靴、伞、香炉、明镜和颂牌，为林则徐送行，以致多日之中来钦差行辕看望的铺户居民们都堵塞了街衢巷道。人们在五十二面颂牌上写下“民沾其惠，夷畏其威”、“勋留东粤，泽遍南天”、“公忠体国”、“清正宜民”、“烟销瘴海”、“风靖炎州”、“德敷五岭”、“威慑重洋”的赞词，表示他们对林则徐领导禁烟抗英斗争的拥护、支持和对他无理被黜的同情、惋惜……
快要离开广州了。紧张激烈的禁烟抗英斗争，把林则徐的心身和广州的名字紧紧地联结在一起，他是多么的留恋啊！蒙受不白之冤，林则徐感到莫大的耻辱，他抱着忠君的观念坐受惩罚，在行动上没有反抗，也不能反抗。
但是，他对主和派误国的憎恨和不满仅仅是深藏心底，而没有被消磨泯灭。当时，人们非议他不识时务，固执己见，引火烧身，落个被黜的结果。在写给房师沈维矫的一封信中，林则徐胸襟坦荡地说：
“则徐行一切事，从不敢固执己见！”
林则徐并没有因为国家民族争斗遭致无过被黜而后悔。林则徐高尚的民族气节，也不会因被诬罢黜而受到丝毫毁损！他用一腔爱国的赤诚之血，在中华民族近代史册上，第一次写下了一行血红的大字：中国人民是不可欺侮的！
