大流士执政以后，仍面临着波斯各地叛乱的威胁。大流士研究国内形势，发现叛乱虽多，但叛军之间各自为政，互不牵连。大流士立即发现有利战机，他决定采取各个击破的战术。首先，他兵发埃兰，旋即俘虏这个南部地区的叛军统帅。紧接着，他亲率大军包围巴比伦城。
巴比伦人早有准备，在巴比伦王尼晋图·贝尔的带领下，城内军民储存了大量食物，把城墙加高加厚，在大流士军队的进攻下，这座城池愈发显得固若金汤。巴比伦城久攻不下，转眼已是围城的第20个月了。一天，美伽帕佐斯之子佐匹罗斯突然满面鲜血地来见大流士。大流士一见之下，大惊失色。只见眼前爱将的耳朵和鼻子都没有了，鲜血流了一脸，头发也被剃光了。大流士忙问凶手是谁，佐匹罗斯就将自己的苦肉计策说与了国王。他告诉大流士，他将带伤进入巴比伦城，第十日时，请国王派1000名士兵埋伏在赛弥勒米斯门；过七天后，另遣2000名士兵来到尼尼微门外；再过20天后，调4000人马等在伽勒迪门外。如此这般之后，等到他进城第57天时，请国王迅速全线攻城，因为到时候他会打开城门，接应波斯大军进城。
佐匹罗斯带伤逃往巴比伦城，他向所有碰到的巴比伦人控诉大流士给他带来的身体上和名誉上的伤害。看着这位波斯人中的佼佼者落得如此下场，所有巴比伦人都替他鸣不平；巴比伦王尼晋图·贝尔更是配给了他一支军队。到了佐匹罗斯进城的第10天，他率领自己的军队杀向赛弥勒米斯门，全歼那里的1000名波斯士兵。到了第17天，他又在尼尼微门外大获全胜。同样，第37天时，他率兵消灭了伽勒迪门外的4000波斯人马。三度出击，三次完胜，佐匹罗斯带兵的能力在巴比伦人间有口皆碑。巴比伦王大喜之下，委任佐匹罗斯统帅全军，并将巴比伦城的城门钥匙交给了他。
正如佐匹罗斯事先所言，大流士定期攻城，佐匹罗斯大开城门引波斯军进入巴比伦城。巴比伦人做梦也没有想到，他们自视坚不可摧的城池就这样被波斯人占领了。就这样，大流士用了一年的时间，先后作战19次，剿灭了各地叛乱，生擒叛军头目9名。波斯帝国幸免于分裂大难，大流士可谓劳苦功高。当他巡行帝国各地，面对大好河山重归一统时，不由生出许多感慨来。于是，他决定将自己力挽狂澜的平叛功绩永垂青史。公元前520年9月，当大流士巡行至刻耳曼沙以东30千米处的贝希斯敦时，他发现此地正处于巴比伦与艾克巴塔纳之间的贸易交通要道，扎格洛斯山脉绵延至此，于村头伸出峭壁来。大流士见状，命人在峭壁上凿刻浮雕；而且，他还命人用波斯文、埃兰文和巴比伦文刻记铭文，来记载他如何取得王位以及自继位以来的文治武功，这就是闻名于世的《贝希斯敦铭文》。浮雕位于铭文上方，其中，大流士脚踩高莫达，左手挽弓，右手指向立于闪耀圣光的太阳圆盘中的光明与幸福之神阿胡拉·玛兹达，眼睛朝向前方的9名胳膊被反绑的叛首，仿佛在训斥他们有悖尊神的信条，同时也昭示了自己作为尊神代言人的身份地位。大流士此举，向世人宣布了他继承王位乃尊神所授，上承天意；而他铲平内乱，安定四方，下顺民心。
