牟文绶纵兵哗掠，建德、东流遂不守；方国安日攻击铜陵、南陵间，荼毒无艺。吴适严劾之，蔡奕琛拟票下适狱。张孙振言『适为东林嫡派，又复社魁，宜速诛之』。俄国亡，适得脱。
五月壬午朔，宏光帝不视朝；责马士英戴己：『今若此，将焉置我』！士英无一策，惟请召黔兵走贵阳。越数日，群臣集内阁议降，士英与焉（详前）。
庚寅，马士英以宏光帝去，亦尽室遁。以黔兵四百自卫，称奉太后；遇钱谦益，言『有母在，不获死』，遂遁之溧水。诸人掠其家及其子锡所，立尽。阮大铖亦被掠，姬妾星散。杨维垣遁，为怨家所杀。张捷闻王铎被殴状，惧而自缢。刘孔昭走入海，钱谦益、蔡奕琛、李沾以下则皆降；赵之龙尤首祸（见前）。
士英走至广德，知州赵景和曰：『彼不奉王而奉太后，诈也』。拒不纳。士英攻破之，杀景和，大掠而去。迂道吉安，浙江巡抚张秉贞询其状，知州黄翼圣以为真，乃备法驾迎太后，以总兵署为行宫，召籍诸臣。彭遇颽亦逃至，以为佥都御史，募兵两浙。俄而刘宗周、熊汝霖自浙至，痛责士英，无以应，惟日盼江上捷。居数日，阮大铖、方国安、杨文骢先后至，为言宏光帝已被执；士英秘之。
六月，黄道周言：『自五月十一迄今再旬矣，行在未知所适。首辅马士英拥兵自卫，士民诘问，则云上在黄得功军。士英知上在而轻离，则不臣；不知而讹言，则罔上苟生：神人所共愤也』。俄闻多铎兵进嘉、湖，士英走绍兴，至于杭州。原任九江佥事王思任疏：『南都之败，由主上宽仁，信用奸相马士英，尽天下大计付之。而士英公窃太阿，肆无忌惮，窥上之微有以中之：上嗜饮，则进囗〈酉灵〉醁；上悦色，则献妖淫；上喜音，则供优鲍；上好玩，则列珍奇。以为君逸臣劳，尽推疆事于史可法；而又忌之，事事掣肘。每一出朝，招集无赖，卖官鬻爵。四方狐狗愿出其门者，一望见费千金、一注籍费千金；乃至文选、职方乘机打劫，巡抚、总督现兑即题。其余编头修脚、服锦横行，又不足数。皆由士英独任朝纲，朝廷笃信之至于斯也。今事急矣！政本阁臣可走乎？兵部尚书可逃乎？不战、不守，身拥重兵，称护太后，岂圣驾不待护欤？一味欺蒙，此豪杰所以解体也。太后宜趣上照临，立斩士英之首，传示各省，以为误国欺君者戒』。复与士英书，责其『定策之后，政本自由，不知战守之事，祗知贪墨之谋；酒食逢君，门墙结党。兵叛则束手无谋，敌至则先期逃避；致令乘舆播越，宗社邱墟。即啄长三尺，何以自明？以思任上计，莫如明水一盂，自刎以谢天下。若但求首领，则当立解枢机。如或逍遥河上、潦倒烟霞，作贾似道故辙，千古笑齿已经冷绝；再不然，如伯嚭之渡江，则我越乃报仇雪耻之邦、非藏垢纳污之地，思任当先赴胥涛，乞白马素车以拒』。士英愧愤，不能答。刘宗周复言于分巡宁绍台道于颖曰：『不斩士英，无以收既溃之人心』。颖再请，不报。宗周欲颖即斩之，颖辞外臣不可杀宰相。张国纪曰：『亡天下者，必此人也！请诛之』。不报；太息而去。时共以太后为真云。
俄博托入浙江，士英、大铖走钱塘；满洲军击之，死数百。闻鲁王监国于绍兴，将入谒，群臣竞请杀之；郑遵谦虑其结方国安，请少迟。黄宗羲言：『孔子犹欲诛陈恒，诸君自不能杀之耳』。庄元宸言：『不斩士英，国事必不可为』。士英不敢往，依国安军；使乞和于降将张存仁，不许。大铖别执朱大典于金华，士民檄逐之，亦还；入国安军，掀髯谈兵，大为所爱。士英以大铖坏留都，己独受恶，颇与相左；然无如何。大铖复煽国安军与大典恶，宣言隆武帝将重科浙江粮；其实无之。
冬十一月，马士英部溃于余杭、国安溃于富春山。寻合兵渡钱塘，列阵江涘；珠喇玛等击之，士英走屯于东赭山朱桥范村，大肆劫掠，无复军状。
顺治三年（隆武二年）春正月，马士英请朝于闽。隆武帝以士英罪大，敕守关将拒之。士英七疏自理，终不许。章正宸言：『不杀士英，何以立国』！有李遽者，士英私人也；与隆武帝有旧，密称其有兵材，宜使过。郑芝龙、方国安更力荐，诏以为事官，居国安军。阮大铖忿监国不之用，说国安并擅诸饷，破坏义兵；于是孙嘉绩、熊汝霖诸军多不得食，遂为亡浙之本。
二月，隆武帝使御史陆清源以白金十万犒浙军，马士英、阮大铖蹴方国安纵掠之；执清源幽之军，使赵体元杀之（详「殉节」）。大铖又使国安檄隆武帝十大罪；监国鲁王大学士张国维叹曰：『自我戕毒，祸不远矣』！大铖复构朱大典于国安，言其多财，索饷四万；不从，以兵击之。屡战不已，闽、浙道梗。
夏四月，博托次钱塘，方国安遁（详「浙海遗兵」）。马士英从至枫桥，断之以拒追者。有石书「方马止于此」；心动，共谋执监国鲁王降。遣其心腹将守之；其人忽病，监国得脱。国安及方逢年降，阮大铖亦与谢三宾等降。士英独自新昌间道走太湖，依吴易；大铖为博托招之书，致厚爵；士英不答。大铖、国安、逢年从博托攻金华，朱大典誓守；大铖思泄忿，见城南隅新筑，导博洛炮轰之，屠之南。
时大铖、逢年、国安阴疏于隆武帝，乞反正为内间；及努山追隆武帝于顺昌，获御舟得大铖等疏，博托使杀之。大铖方以老健夸诸降者，闻之，坠崖死。逢年、国安斩于市，亦戮大铖尸。士英寻被执，送汉岱斩于苏州；妻子给兵士（或曰：士英之兵久而尽溃，为僧台州；被执，斩于杭）。
马士英奸回之质，挟主而升；阮大铖狐狗之徒，脂梯而躐。阮无马或幸废，马无阮或罪轻。马之扱阮，同气也，亦刺于助金；阮之结马，假手也，而未及反噬。而一为司徒之铜臭，一隶斐豹于丹书。其密也，则****不足喻其融；其丑也，则厕溷不能喻其臭。天祸卫国，其以此夫？宏光帝德其奉翼、益以荒淫，铁券誓书，封譬亭散；燕子笺剧，国乃平章。宜其班坐绝席，门生天子耶！夫福王大仇未复，共主旋殉；鼎折祚迁，势合家国。此即召对连日，旰食宵衣抚此偏疆，恐不复物；况于闭目拱手乎？于是冰山发焰，宦海横流；其始也，逆党用人，中旨授职。因之甫、杞在位，逢、咸挂冠；朝尽私徒，坐无佳士。继乃东林诏狱，将闾呼天；传檄滣江，推毂朝右：宵小势迫，朝廷不可问矣。姜曰广、高宏图、张慎言、徐石麒虽复正色师表一时，史可法、袁继咸、陈潜夫、凌駉虽复竭忠化碧千古，以及勋裔有常延龄、布衣若何光显，追忠折槛、流痛鼎湖，而宦官、强藩表里钩接，衔沙射影、伎俩纵横：秦桧甚忌三将、唐宗任宠八关，小人覆餗，斯其巨也！钱塘历岁，枫桥叛将既送南朝，更烬于越。南山之急追唐帝、青州之计款隋文，岂惟附逆之辈，遗祸明世；抑亦枭獍之类，厥恶贯盈矣。延平、新昌有似忠义，而泰山、鸿毛其实敻别。盖已作渊首，复效殷顽；势直两穷，性归反复。岂谓纳我者无二心、滔天者罪可贳欤？总之，马士英奸庸无状、阮大铖狡横绝伦；至于群徒生嗟阉党、耄弗改图，燃冀死灰、计求昼锦，彪虎全翻、元黄立涣。恭王母子终始亡国，魏、崔权祸流浸南都；惠卿为安石护法、方成谓祸水灭火，遥溯萌孽，不为刻说焉！予尤慨亡明之臣，并起甲科，负材隽异，升沉计迫，面目全非。既已挫跌，徼幸窟穴，率德改行，纵或无望，而急则相依、惧乃自计，郑国亡而子亦不利，刘禅降而皓已伏诛，剥床解衣，释怨固圉，泥塑虽讥，刃顿弗顾乎？卒乃南山罄竹、姑孰烧粮，兵势一交，立身无所。虽决计奔降，幸不死左。然而奔黔、走皖，两人固不相谋；入浙、趋闽，萍合而颇自悔。公孙之倒行逆施，阮乃老且益悖；黎侯之流离琐尾，马真穷无所之。小人之才，可以徼乱而不能临事；小人之计，祗于目睫而保不死亡。盱衡此辈，昭然发蒙矣。至于多宝建阁、道学钳名，巨罗匿金、盲人惮入：似道之丑正黩货、祖珽之忘耻覆国；俯仰前事，颇若同符。即仆射文学之称、悦生清供之致，亦天毒其躬，才不可恃尔。若夫张捷、维垣，实死奔亡，与祸俱毙。乃有大书深刻以为忠徇，岂党恶议降而矢音抗节乎！置棺入隧，诬世猎名，其若遗臣之说何！
