在与日本人长期交往的过程中，沿海地区的富商大贾也认识到对外贸易的丰厚利润，“输中华之产，驰异域之邦，易方物，利可十倍”。不少沿海豪民建造巨型船舶，进行大规模的走私贸易，“法不能止”。同时，明代中叶，政治腐败，贿赂公行，土地兼并严重，不少生活困苦的贫民迫于生计，纷纷入海求生，一些宦途失意的士绅及穷困潦倒的秀才也混迹其中。时间一长，几种势力联合起来就形成了较为庞大的武装走私集团。这种走私集团必须以沿海的富商大姓为依托，帮助他们囤积及销售货物。市舶司存在之时，民间的私市相当盛行，走私货物得以较顺利地运销，彼此均有利可图。与“入贡”的日本人各行其道，这种武装走私集团并没有对沿海地区的安全构成多大的威胁。市舶司被严令全部罢撤后，中日贸易渠道严重受阻，这成为明中叶“倭患”的导火线。首先是携来货物的日本国人，他们只好将所带货物赊卖给当地的商人。但明朝本有禁止私人与番人交易的律令，市舶司撤消后，这种禁令更加严格。商人在无法迅速销售的情况下，只得拖欠货款不偿，“多者万金，少不下数千”，在日人催逼之时，只好避债而逃。日人在无可奈何之余，只得求助于当地的官绅之家，而官绅之家拖欠货款更甚于商家，日人为索钱款，久困于海岛之上，饥馑难耐，便登陆进行劫掠。
与日人境遇相仿，中国原来的民间走私集团也陷入了困境。《明实录》有一段记载，典型地说明了这一问题。据载，嘉靖二十八年（1549年），当时沿海走私集团最著名的头目为王直与徐海等，他们货物交易的中转站为余姚谢氏。明朝罢除市舶司后，谢氏借口“倭货”难于出手，随意贬抑货值，并拖欠了不少钱款。日积月累，王直、徐海等人逼索不已，谢氏又无力偿还，万般无奈之余，便恫吓道：“如再相逼，我将向官府告发。”王直等人自然不甘心财货两空，便伺机报复。他们纠合同伙，包括与其熟识的日人，趁深夜冲人谢宅，纵火焚烧，杀死男女数人，将其家私劫掠一空而去。地方官员闻讯后，为推诿罪责，向上司宣称倭贼入寇。王直、徐海等人也利用明朝官员及士民对倭寇的畏惧心理，所至之处，动辄以“倭寇”为旗号，其实内部真正的日本人寥寥无几。显然，这些“中国倭寇”的出现，使明代的“倭患”问题变得更加尖锐复杂，这同样也是明朝全面海禁带来的恶果。
上述几股势力联合起来，形成了声势惊人的“倭寇”集团。一时间，浙江、福建沿海地区遭受到前所未有的破坏，尤其是富商、权官与之里应外合，使原来从事走私贸易之人变成明火执仗的强盗。横遭攻掠的城邑不计其数，被掠公私财物更是难以估量。浙东、福建沿海严重的“倭患”惊动了明朝最高执政者，朱纨受命任浙江巡抚，兼摄福、兴、漳、泉诸州府军事。朱纨虽然是一位任劳任怨、恪尽职守的正直官员，但他对当时“倭患”起因的认识却很不全面。他片面地认为，沿海巨商权官的帮助与接应，是“倭寇”四处横行的症结所在，因而下令禁海，不仅严禁渔民下海，就是海边带有双桅之船也全部焚毁，违者处斩。他宣称：“去外盗易，去中国盗难。去中国群盗易，去中国衣冠盗难。”为此，朱纨采取了果断的措施，将抓获的通番奸细数十人斩首示众，同时上报了有通倭嫌疑的数位权官的姓名，请示上司予以惩戒。
朱纨的举措在沿海地区引起了极大的震动，也为自己招来了灾祸。当时，在有名的通商口岸如浙江宁波、定海，福建漳州等，为谋取厚利。权官之家大都参与走私贸易，因而均可称为“通番”的巢穴。他们对朱纨的揭露与严厉措施恨之入骨，自然不会束手待毙。这些人通过种种关系。令朝中人士弹劾朱纨等人擅权专杀。世宗偏听偏信，很快罢免了朱纨的官职，并派人进行审查。没想到，审查的结果竟与朝官的弹劾如出一辙，朱纨愤而自杀。“倭患”的出现使明朝官府内部相互倾轧的丑恶暴露无遗。
朱纨死后，浙江巡按御史董威等人请求放宽海禁，得到朝廷的批准，但这种措施并没有达到有效遏制“倭患”的目的，因为走私集团通过武力较量，看到了嘉靖朝野畏惧“倭寇”的心理，尝到了四处杀掠的甜头，进而演变成了专门从事掳掠的职业海盗。明朝海防工事年久失修，兵士缺乏训练，毫无斗志，遇敌则溃，这种情形更使“倭寇”得意忘形，无所顾忌。明朝虽派出重臣前往戡乱，但只是处于被动守御的状态，无力主动出击，而“倭寇”之船却联翩海上，四处流动作战，故而能避实就虚，出奇制胜，使官军防不胜防，疲于应付。明军四处追剿，结果导致“倭患”的四处蔓延。工部侍郎赵文华在倭寇猖獗的情况下，甚至荒谬地提出祷祀东海之神，以镇抑海患。这种自欺欺人的做法只能加重沿海官民的困扰，丝毫无助于问题的解决。于是，横行的倭寇又在杭州城外上演了“流血成川”的惨剧。
赋闲在家的杭州籍官员张濂在痛定之余，上言时事。他说：“下臣本是杭州人氏，在家闲居五年，颇知海寇始末。开始因为海禁特严，导致倭寇猖獗。而总督、巡抚等地方官因循苟且，玩忽职守，养虎贻患。”为此，他提出了三项对策：“一日重军法之严以振积弱之气；二日招民兵以收必胜之功；三曰复海市以散从贼之党。”张濂就第三项对策作了进一步的解释：“夫海市乃传统旧制，原非本朝创设，如果濒海之军卫坚固依旧，市舶司也无害民之处。只因武备日弛，难以应变，而海禁渐严，倭人乏食，这才是海寇猖獗的真正原因。如果军民训练有素，严阵以待，倭寇掳掠则有性命之忧，必转而从事货物交易。然后渐开海市，不仅可使倭党自行溃散，也可使濒海之贫民假此为生，不萌参与寇盗之意。”
张濂所言道出了明代中叶“倭患”猖獗的原因所在，提出的应对措施如在大力加强海防建设的同时，恢复海市以疏散从寇的平民等，也具有极其重要的参考价值。可惜，他的上书并没有引起当局的重视，单纯的武力镇压仍旧在进行，而由此引发了更为严重而复杂的混乱，其危害甚至超过了“倭患”本身。如赵文华奉命祷祀海神，并督察沿海军务。他到浙江后，与总督张经发生摩擦，于是暗中连疏弹劾。张经虽取得王江泾大捷，但仍被逮至京师，下诏狱处死。胡宗宪继任总督后，采取剿抚并举的策略，曾派人前往倭砦谈判。结果。“倭寇”方面提出“重开贡市”的要求，胡宗宪据实向朝廷反映，因遭到一些朝臣的反对而未果。
胡宗宪虽先后诱杀“倭寇”头目徐海、王直，但引起了其同党的疯狂报复。同时，明朝政府征调全国各省之兵参与平乱，江、浙、闽、广各省加派粮饷，当地士民苦不堪言。外省之兵往往临阵畏避，却勇劫民财。沿海居民怨声载道，不堪敲剥凌虐的百姓纷纷投入“倭寇”的行列。据载：“自后，闽、浙、江、粤之人，皆从倭奴（即日本国人），然大抵多华人，倭奴仅十一二。”而这些从倭的华人一般被称为“奸民”。福州长乐人谢杰在其所著《虔台倭纂》中对这种“奸民”的活动作过细致的描述，他说：倭寇对于闾阎人家的贫富和衙门府库的虚实，无所不知，无所不晓，必有内线为之耳目。倭寇进犯之时，“千人四布，无一人知，鸣号而起，须臾毕集”，声东击西，处处得手，定有窝藏指示之人，这些人无疑就是“我之奸民”。另据明人万表《海寇议前》记载，当时“倭寇”甚至受到一些平民百姓的热烈欢迎和支持。如“杭州城歇客的店家，明知是海贼，但贪图其厚利，任其堆货，且为打点护送。铜钱用以铸火铳，用铅制子弹，用硝造火药，用铁制刀枪。……大船护送，关津不查不问，明送资贼”。“近地人民或送鲜货 ；或馈酒米；或献子女，络绎不绝；边卫之官，有献红被玉带者，……（与）五峰（即王直）素有交情，相逢则拜伏叩头，甘心为其臣仆，为其送货，一呼即往，自以为荣，矜上挟下，顺逆不分，良恶莫辨。”
这些沿海居民对所谓“海贼”的支持与欢迎，在于交结“海贼”可获厚利。由此可见，这些所谓“倭寇”在与明朝官军武力对抗之时，依然从事着贸易活动，并非一味烧杀抢掠。只是在明朝严格的海禁政策下，这种贸易属于非法的范畴，原来的商人便转化为官军围剿的“海盗”或“倭寇”，显然，这种“商”与“盗”之间的转化，其关键就在于明朝政府是否实行海禁。当时有识之士明确指出：“寇与商同是人，市通则寇转化为商，市禁则商转化为盗。”这些所谓的“海盗”打出“倭寇”的旗号，正是为了与明朝官府进行对抗，以保护自己的贸易活动，即“商人转化为强盗，只有成为强盗才能继续经商”。
明朝历代皇帝对海禁的态度虽不尽相同，但从其执法的主要依据——《大明律》的条文来看，大明王朝全面实行海禁的立场是非常明确的。《大明律》明确规定：“凡将牛、马、军需、铁货、铜钱、缎匹、绸绢、丝棉出外境货卖及下海者杖一百”，“若将人口、军器出境及下海者绞”。另外，《大明律》禁止私人制造具有二桅以上的大船，而没有这种船只，是不可能出海的，私自携带违禁物下海，及与外番交易者一律处斩，并枭首示众。甚至帮助与交结这种违禁海商的平民也要充军发配。也就是说，根据《大明律》的规定，沿海居民下海也是违法的，更不用说与外番交易了。而那些私自下海与倭人交易者是冒着极大的风险的，他们都是明朝官军可以逮捕法办的重罪犯。为了继续自己的贸易活动，他们只有铤而走险，武力抵抗。
然而客观贸易需求是无法遏制的，丰厚的交易利润充满了无限的诱惑，严峻的海禁更使中外贸易有利可图。当时人形象地描述道：“片板不许入海，艨艟巨舰反蔽江而来；寸货不许入番，子女玉帛恒满载而去。”如嘉靖问曾任福建巡抚的谭纶指出：“海上之国，方圆千里以上者多至不知其数。无中国绫锦丝棉之物则不可以为国。海禁愈严，中国货物价值愈厚，而奔趋贸易者愈众。私通不行，则伴以攘夺。”可见，这些海盗抢掠之物也并非仅为自己享用。而是有着明确的商业目的，这恐怕是与一般强盗大不相同之处。据郑晓所著《吾学编》的记载，当时所谓“倭寇”成分相当复杂：“凶徒、逸囚、罢吏、黠僧，及衣冠失职、书生不得志、群不逞者”等等，其中不乏落魄的文士书生，因而能即兴留下采九德看到的那样的精彩诗篇，由此可见，明代所谓“倭寇”大都为中国沿海的武装走私集团，真正的日本人只占其中的很小一部分。
我们发现，沿海“倭患”在明朝官府的镇压下，在很长的一段时间里，非但没有偃旗息鼓，销声匿迹，反而风起云涌，一浪高过一浪。据谢杰所云：“向之互市，今则向导；向之交通，今则勾引，于是海滨人人皆贼，有诛之不可胜诛者，是则闽、浙及广之所同也。”也就是说，原来从事贸易的平民，今天成为海盗的向导：原来与海商往来的百姓，今天成为接应的奸细，在全面海禁的情况下，沿海居民似乎都变为强盗了，福建、浙江、广东等地都普遍存在着这样的情况。明人王世贞还毫不夸张地讲道：“自节帅而有司，一身之外皆寇也。”这种“全民皆寇”现象的出现，自然不能归咎于沿海居民，我们还可以从以下两方面看出问题的症结所在。
俗话说：“靠山吃山，靠海吃海。”这反映了相当精辟的经济思想，区域经济的发展特点要与当地自然条件相吻合。明朝时就有这样一种说法：“海者，闽人之田”，即福建沿海居民将大海视为衣食之源。这其实带有相当大的代表性，“滨海一带，田尽斥卤，耕者无以望岁，只有视渊若陵，久成习惯。”沿海地区的土壤土质不适合农业生产，百姓只有向海洋进军，靠海洋图生存。海洋不仅有通往四方的航路，更拥有各种资源。明朝官府的海禁政策完全不顾沿海人民的死活，断绝了当地居民的生路，无怪乎人们纷纷向“倭寇”靠拢。如谭纶所指出的那样：“闽人滨海而居，非往来海中则不得食。自通番禁严，而附近海洋渔贩，一切不通，故民贫而盗愈起。”同样，沉重的赋役负担与贪暴的官吏压迫也是使沿海居民“从倭”的推动力。有识之士指出：“海滨之民。疲弊甚矣！官司之所困，征役之所穷，富豪之所侵，债负之所折，怨入骨髓。”种种因素都把大批平民推到了“下海”的这条路上。
另一方面，东南沿海地区又是当时中国商品经济最为发达的区域之一，商品经济的发展不仅提供了大量可供交易的商品，也极大地培养了当地人民的商品意识。王直、徐海等著名的“倭寇”头目都是商人出身，他们都是看到海上贸易有利可图，才转而从事违禁交易的，从这一点上讲，明代“倭寇”属于较典型的商人型强盗。
明朝中期的沿海“倭寇”在戚继光、俞大猷等名将的围追堵截下，逐渐平息下来。与此同时，在一些官员的倡议下，明朝不得不放宽海禁，这种明智的措施使长期军事行动难以压制的局面迅速稳定下来，这甚至使一些官员也感到吃惊，从而更明确地认识到“市通则寇转化为商”的道理。海防力量的增强以及海禁的放宽，是从根本上解决“倭患”问题的两个必要条件，两者不应相互抵触，而是相辅相成的关系。国家强大的海防力量是保证自身安全及发展对外贸易的保障，而畅通的对外贸易又会成为国家经济发展的重要驱动力。遗憾的是，封建王朝的统治者往往出于狭隘的皇权意识，并没有清醒地认识到这一点。
中国古代社会同样存在着大力发展海外贸易以及开发丰富海洋资源的现实需要与可能性，而官僚统治集团不仅不给予积极支持，反而拼命镇压，视之为洪水猛兽。造成这种局面的因素是相当复杂的，封建统治者往往将自己地位的巩固看做是最重要之事，而不会设身处地地为普通百姓的生存着想，他们只要求天下士民百依百顺地接受管制，而绝不会着眼于区域经济的发展与人民生活的改善，因而，在很大程度上，封建专制制度是阻碍中国古代海外贸易发展以及海洋资源开发的最主要的绊脚石。
长期以来，中央王朝的统治者习惯认为中国为天下四海之中心，周围“四夷”不过是不堪人居的蛮荒之地，根本不存在平等贸易的基础。中国作为“天朝大国”，无奇不有，无所不包，也就不存在开展中外贸易的必要。无所不有的“天朝”根本不需要与外国通商贸易，只是为了让外国人有日用必需品，才特开“皇恩”。这种妄自尊大其实就是一种对世界时势毫无所知的愚昧，而正是这种自上而下的闭塞与愚昧，将中国隔绝于世界市场之外，从而丧失了发展机遇。直到携带洋枪洋炮的西方近代殖民者毫不客气地砸开中国的大门，衰弱落伍的“老大帝国”只好接受任人宰割的命运。中国近代史的惨痛与屈辱，恐怕远非明代“倭患”所能比拟，而两者之间的内在联系却是无法忽视的。
