李瑞清的教育思想，缺少系统性著述，散见于《上端陶斋尚书书》、《与留美预备学堂诸生书》、《诸生课卷批》、《两江优级师范学堂同学录序》、《与张季直书》、《与伍仲文书》及《与某君书》中。
教育是救中国惟一可行之途径
清朝末年，国势岌岌，有识之士纷纷奋起护国，先后有维新运动、立宪运动及革命运动产生。李瑞清是精忠爱国之士，但其见解与出洋之游学士有点不同，他对封建的君主制度还抱有希望，政治思想偏向保守。这自然与他自小受儒家思想的熏陶、其家族又数代为官宦有关，但无论如何，他那种大公无私，以保国安民为已任的精神是值得钦敬的，只是大家所选择的救国途径有所不同。
李瑞清不赞成“中国游学之士，自海外归者，不问其宜与俗，以燕间之馀时，革数千年之国政，以为壹法欧西，便可致富，成太平矣”，认为这样必导致天下纷乱，不但不能致富，反使民不聊生，国亦随亡。他赞成立宪，其老师赵仲弢昔年居两江总督魏光焘幕中时曾倡言立宪，他赞之日：“远识如此！”（当时魏公未敢上奏）。但直至1910年岁梢．当清廷因各省谘议局代表发动三次大型请愿活动，而被迫将立宪日期由九年缩为五年时，他仍深信清室真的有诚意变法，把权力下放民间。他认为“国朝政治，三代后莫之与京也！官人议于吏部矣；军政议于兵部矣；财政议于户部矣。刑人罚人，议于刑部而后定；建造兴作，议于工部而后定：大政内议于五大臣六部九卿，外议于各直省督抚司道，又立御史以达民情，病民之奏朝上，而停止之旨夕颁。且宫廷之内，起居有规，饮食有制，黜陟之事，天子不能以一喜而官人，不能以一怒而杀人，有以专制忧中国者，皆皮相者也。”、“大约专制与立宪异者：民智未开之日，一二人豪喆，度众人之情以立法，遂由一二人自荷其责任，谓之专制；民智大开之日，则由众人共议，以达其情而立法，谓之立宪，为时不同，则事变也。若教育未遍之时，慕立宪之美名，放弃其责任，与无学识、无经验之人共图立宪，势必掳掠劫夺，陷于无政府之惨状，其祸更甚于专制”，故下结论，“今日之患，不在宪之不立，而在民智之未开，上有谋公益之心，下无议政法之识，是则可忧也。”他以为要使中国富强进步，必先以统一安定的政局为前提。再以教育为手段，只要教育办得成功，便可达致富强。尝言：“自古以来，未有无学而国不亡，有学而国不兴者，故师重焉”；“中国前途，除办学外，更无第二条生路”；“送一人，即将来救中国多一人之力”，视教育为惟一救国之锁钥，其观念如此，故其办学之态度热切而诚挚，积极投入，达到舍己忘我之阶段。自1905年至1911年辛亥革命爆发、学堂停办这六年间，改革校务，刷新校政，更自资兴学，成绩誉满东南。
办教育是神圣的任务
李瑞清认为办教育是匹夫有责的事，不能只仰赖执政者。教育能办好，整个社会的风尚便好，可以弥补执政者在政治上的缺失，故教育事业即是保国安民的事业，投身教育的人，必须认清这一点，要以爱国爱民之心作出发点，不应错误地把教育视为一种个人的职业，与社会、国家之关系割断，而处处计较个人的利益。惟有动机明确，理想伟大，才能把教育事业彻底办好，故云：“救社会，舍教育外更无他法，惟一二英杰投身教育，不但不可有富贵思想，即名誉思想亦不可有，当如老牧师，除救世外无他思想。政治之良否，须仰望于政府诸公；而教育则匹夫皆能胜其任。现今现象，往往学校之力量不及社会，而其故，实在一二办学者虽无富贵心，不能不有要求时誉心，故不能不有所牵就，须知社会既坏，不能不望吾辈转移，时誉不足欣，即时便消灭也。吾辈果能舍身教育中，牺牲富贵名誉无论，国不亡，便可致富强，即使亡，亦有翻身之一日，不能尽铲除吾人之爱国心也。如无教育，便无人，安有国？吾教育诸公。人人皆有此责，愿以此贡之！”
以办好中国的教育为己任，以保国安民为目的，在这一点上，他的态度十分诚恳，执行起来也十分认真。他无时不替中国的教育事业忧心。在委身教育工作期间，他目睹有关的政府官员未能对教育事业予以重视，感到愤懑不安。当两江总督端方在1909年移督直隶时，他陈述了自己对当时教育形势的看法：“清官江南，有类食康，上见压于度支，下见迫于谘议。吾国诚贫穷，乃省及教育经费，此环球所未有也！譬彼困乏子弟失学，望其家之兴，盖亦难矣！谘政闭院，五老当来，力小任重，深惧颠陨也！今以汉皋入都，谨陈若怀，不敢繁词。”
教育制度及教科书之意见
李瑞清在《与某君书》中，陈述了他对编辑教科书及教育制度的一点意见，反映了他对教育的实际经验与认识。此书写于1915年，有关内容如下：初等教科书，所谓国民教育，现止定四年，此四年中，所有国民知识，皆须完全付予。七岁入小学，七、八两岁，案儿童心理，皆须于游戏中输入，不能正言告之也。又当斟酌此四年中，应识若干字，方能够用何种知识，当于何种书中输入，皆须先为筹划也。鄙意以为京师高等师范，当由学部聘大教育家主持之，更立一编辑教科书局，先审各国初等教科书，视其用何法输与人民知识，讨论其每课之意与中国合否，其教科书必经多少教育家讨论经验而成，而后共讨论而编辑之。编成后，即于师范附属小学中试用之，不合者则更改之，故日本文部省以高等师范为试验场也。高等师范，经验有何教育须改良之需，报告文部省，文部省遂因之而更革全国教育，故其命令皆由经验而出之，非理想摹仿而出之。文部省本教育行政机关，不得不倚高等师范为研究所；中国向来则以学部理想摹仿命令，反以改革高等师范，此何说也？故教科书非但一二有学问之人所能编也。贫道前在江南学司任内，见学部所颁简易识字学堂教科书，偶阅一课，即见其不合用，今不复忆其何课上有‘果腹’二字，明明‘饱’字，上通经书、下可通俗而不用，而‘果腹’二字，与儿童言之，恐二三十分钟犹不能瞭然也！而外间学堂通用，则多商务书馆，今又有中国图书公司，皆为射利起见，以中国孩提幼童之教育，皆付之一般书贾，诚足痛心！彼二局之书，未尝读之，不知其如何，未敢妄说。去年在江西，于友人案夹见商务印书馆之《文字源流》一书，曾经贵部鉴定，又著之功令，中学通用者，其中荒谬百出。尤陋者，则有石鼓文及诅楚文，此本二石，非二种文字也，况诅楚文为伪物乎！公何妨取阅，大可下酒也！今贵部长发此宏愿，此诚为救中国第一要策，然非贫道所能胜任，急聘中国宿儒、大教育家研究讨论之。中国即亡，或有更生之一日。
中国教育发展及各国教育家之概观
李瑞清曰：古无师有君，若相而已；其时天下未平，教民求饮食、谋栖处而已，无学也！余稽之载籍，多阙，不可得而详。至于帝舜，使契为司徒，敷五品之教，于是，始有教民之官，命夔典乐，教稚子，小学从此兴焉！虞有米禀，夏有序，殷有瞽宗。司徒者，司土也，职兼教养，故教于米禀、瞽宗，盖乐师云。学制至周而大备，周立三代之学，小学在公，宫南之左；大学在郊，立之师氏以教德，立之保氏以教道，立之司徒施十有二教焉。五家为比，比有长；五比为闾，闾有胥；四闾为族，族有师；五族为党，党有正；五党为州，州有长；五州为乡，乡有师、有大夫，皆师也，属于司徒。小学则掌之乐师，有师职，无师学，师学之兴自孔子，孔子门人盖三千，受业身通者七十有七人焉。孔子既没，七十子之徒，各处四方授学。子路居卫，子张居陈，澹台子羽居楚，子贡终于齐，子夏教于西河，最称老师。孔子师学无专书，其说往往散见于《论语》，其后，学者颇采摭其轶言，为《学记》，是为中国教育学焉。当是时，身毒有释迦牟尼，雅典有苏格拉底、柏拉图、亚里士多德，皆教育大家，或并孔子世，或后孔子。后世言欧洲学术者，莫不诵言希腊，苏伦言法学，毕达哥拉言天算，诺芬尼言名学，额拉吉来图言天演学，自时厥后，中国当秦时，燔诗书，坑术士，以吏为师，民学从此阙，而希腊学术，亦稍凌迟衰微矣！迄汉，朝廷尚黄老，政沿秦法，学立儒家，政学遂分。俗儒不察，往往缘饰诗书，附会时政，以希苟合，所谓利禄之徒也。当时学者董仲舒、贾谊、司马迁、刘向、扬雄、郑康成、许慎最著。司马迁为史学大宗。孔子微言，得董仲舒而传。拾残补阙，古学不至坠地者，郑康成功也。许慎盖比於欧洲之达泰云，而耶稣基督以此时兴於犹太，犹太人恶之，遂杀基督，耶教於是大行欧洲，教育家颇因其说有所损益焉。基督既没四百七十余年，而罗马亡，千余年间，而欧洲教育亦寝衰，赖僧徒骑士不沦於亡而已，西人所谓之晦霾时代是也，是时正当中国齐梁之际，缙绅先生好清谈，放恣自喜，滑稽乱俗，往往称老子，而佛学遂乘隙入中国，世并称佛老云。至于唐时，海内既平，太宗喟然叹，兴于学建，首善京师，立二馆六学，由内及外，郡县分三等，各视其地以立学，崇化修理，以广贤才焉。然其取士也以诗赋，四方之士靡然争骛於文章矣。韩愈悼大道之郁滞，而嫉世人营於佛学，信因果，於是辟佛，作《原道》，述唐虞三代之意，以自比於孟子，当世莫知也。其后宋有程灏、程颐、朱熹、陆九渊之属，朱陆为宋儒大宗，朱学尚穷理，陆学尚明心，其学成不同，要皆探综佛学。因发明以亭孔子之指意，而中国身毒上学术合矣，东学遂通，然往往为世诟病，学者颇自讳，岂以孟子拒杨墨、韩愈辟佛故耶？孔子问礼於老聃，学乐於苌宏。达巷党人七岁而为孔子师，孔子不以为耻，夫子焉不学，石垒成山，水衍成海，学集成圣，盖贵通也。至於元，尚武功，务在强兵并敌，无暇教育，学术后衰。及明王守仁创良知之说，颇近陆九渊，陆学复大明。世之言王学者，则绌朱言；朱学者，则绌王。是时意有麦志埃、威里伯鲁那，德有哥白尼、加士亚格腊巴，法有门的伊尼，丹有泰哥伯里，英有培根，自此以来，欧西科学蒸蒸日兴焉。至明之季。利玛窦以耶教来中国，徐光启颇从之，言天算，此西学入中国之始。清兴，承明之令，朝廷推崇朱学，背朱者至以背道论，著为功令，六艺皆折衷焉。其试士亦遵朱注，其有异解及新说者，有司不得荐，辄罢之。乾嘉以来，天下承平久，士大夫好治经，言训诂，号为汉学，江淮之间最盛，学者多称郑康成，朱学少衰矣！自常州二庄子刘逢禄习《公羊春秋》，喜言微言大义，黜东汉古文，自号为今文家，盖即西汉博士学也。邵阳魏子颇采刘逢禄之术以纪文，而世之言今文者由此盛。湖南罗泽南与曾国藩、刘蓉讲朱学於湘中，洪杨之乱卒赖以平。蒋益澧、杨昌濬、李续宾、李续宜皆泽南弟子，其后均为名臣，此非其效耶？故自来言学术者，未有盛於本朝者也！显皇帝时，海禁大开，与欧西互市，于是西学遂东入中国。其时士大夫颇易之，以为殊方小道不足学。甲午以来，国势日蹙，有志之士莫不人人奋袂，言西学，留学英、日、德、法、美一辈，大者数千百人，少者亦数十人。中国率一岁之中，相望於道，颇苦烦费，于是于京师设大学，各省皆立高等或中学。南皮张相国于江南建两江师范学校，中国师范学校之立，以两江为最早，聘日本教师十一人，综合中西，其学科颇采取日本，称完美焉。日本教育初师中国，实近隋唐，其后尤喜王守仁。明治变法，则壹法欧西，王学益重，南虏琉球，西败强俄，遂为环球强国，侔于英、德矣。由此观之，有教育若此，无教育若彼，强弱之原，存亡之机，讵不重耶？顷者欧美日盛，有并吞东亚，囊括全球之势，非以其有教育耶？然欧美教育之兴，实始於培根、笛卡儿；统系之定，目廓美纽司；澡垢曙昏，乃由陆克谦谟、非希，最为教育大家，近世学者，又多折衷威尔孟教育之学，数百年中，经名人数十辈，积思参究，盖其成立若斯之难也！两江本江南、江西地，本朝以来，名儒硕彦，飙起云兴，江宁程廷祚，扬州阮元、汪中，金坛段玉裁，高邮王念孙，常州孙星衍、洪亮吉、庄存与、刘逢禄，长洲宋翔凤，徽歙之间则有汪绂、江永、戴震、凌廷堪、程瑶田、金榜之属，宣城有梅文鼎，方苞、姚鼐起於桐城，江西则有魏禧诸子、王源、刘继庄、谢秋水、朱轼、李绂、裘曰修，或显或晦，皆笃学异能之士也。故中国之言文学者，必数东南，今学校肄业士，非诸先生子弟，即乡里后学，愿毋忘其先。溺於旧闻，壹志力学，为中国之培根、笛卡儿耶？廓美纽司耶？陆克谦谟耶？非希、威尔孟耶？国且赖之矣！
