提倡科学技术教育
马君武在日本、德国留学期间，亲眼目睹资本主义国家的政治、经济、文化都较中国先进，究其原因，他认为“西方以科学强国强种，吾国以无科学亡国亡种”、“科学智识是20世纪的灵魂”、“图强之真原因，为智识进步，科学文明”。因此，马君武集“德先生”和“赛先生”于一身，十分重视对学生进行科学教育，培养学生的科学精神。他勉励学生要“求得科学的知识和为生活而工作的技能，以从事生产”、“要生产就要具备科学的知识和懂得更新的生产力方法。他还要求学生“随时随地都有我们钻研的好机会，不仅在开学期间，即使在假期，也要充分利用时光，努力学习”。
同样，马君武也大力提倡在当时的中国加强应用技术教育。他主张，办教育的宗旨是“立足于复兴民族之基础，以实用教育为方针”，培养学生具有实用的科学知识和基本技能。教育的根本意义在于改造国民，培养现代性的国民。在当时的历史条件下，他分析认为，发展科学尤其是发展理工科最为迫切。
他本人在广西大学第一届新生开学典礼上阐明：“广西是经济贫困、文化教育落后的省份，首先办实用科学，所以设立理、工、农三个学院，今年先招收理学院的学生，明年起招收工科和农科的学生，以培养广西建设的必需人才。”马君武自兼工学院院长，亲自授课。
在科学与应用技术教育关系的处理上，马君武主张两者有机结合，“学校要养成科学的智识，工作的技能和战斗的本领。……现在已不是纯粹于原理的研究，更注重于实践。读死书的时代已经过去，今后的我们要能工作，为生活而工作，用新的方法改良我们的生产。”因此，他非常重视学生理论联系实践和管理能力的培养，他在大夏大学任校长期间，就给学生讲授经济管理方面的课程；在西大期间，他常组织学生到工厂实习，不仅学习工艺操作，还学习车间管理、工厂技术管理、企业管理。
为促进科学技术的发展，马君武十分重视图书馆和实验室的建设。他认为没有充足的图书资料和完善的仪器设备，就办不好理工科大学。在广西大学筹建之初，他就开始为图书馆的建设亲自选址，划拨专款，派人四处采购图书，其中购得康有为藏书两万余册。1928年，他赴德为广西大学采购实验仪器。1934年去欧洲考察时，花费巨资购回一批德国生产的化学仪器。当时的西大，理工农科的仪器不仅先进，而且十分齐全，他还建立规章制度，配备专职的图书和实验人员。1935年，马君武建立了植物研究所，它成为大规模采集和系统开发广西植物研究的开端，后又在柳州建立了广西农业试验场。这两大机构的建立，为科学研究、培养人才创造了良好环境与条件。
革新传统办学模式
作为马君武留学地的德国是现代高等教育的发祥地。19世纪初期威廉·冯·洪堡在世界上第一次提出科学研究也是高等学校主要任务的观点，倡导在大学中教学与科研相结合的原则。洪堡通过自己创办的柏林大学极力实践他的学说，在随后不长的时间内柏林大学迅速成为了欧洲教学水平和科学研究成果两方面都遥遥领先的学校，成为世界各地包括巴黎大学、剑桥大学、哈佛大学、东京大学等高校学习的楷模，它以拥有29位诺贝尔奖获得者被公认为现代大学的最杰出代表。马君武先后两次到德国学习，时间长达6年之久，并且留学点就是洪堡原则的提出地——柏林，同时他本人先后留学的两所学校柏林工业大学和柏林农业大学也是推行洪堡教学与科研相结合原则的先锋，这些客观因素使得马君武比别人更有条件接触学习、深刻领会洪堡原则的精髓。从后来马君武在广西大学和北京工业大学任校长期间制定的办学方针来看，马君武确实和北京大学校长蔡元培一样，在中国充当了推行洪堡思想的旗手。在创办广西大学时，马君武首先设立了理、工、农三个学院。对这些学院的运行，他一方面强调：老师要好好教，学生要好好学，认真做好教学工作；同时要求教师要进行科学研究，通过科研充实教学内容。他身体力行，为学生、教师参与科学研究创造条件和提供机会，经常带领学生、教师到工厂（包括他领导的两广硫酸厂）进行研究实习；组织生物系、林学系、农学系师生到十万大山、花坪林区等地收集植物标本，研究森林群落。为了给师生创造科研场所，他在担任校长的广西大学和北京工业大学都设立了实验工厂，以利于课堂理论知识通过科学实验得以检验和更新。在他的倡导下，广西大学的办学任务自始至终遵循教学科研两条主线，两条主线的并驾齐驱，不但使得广西大学的教学工作如活源之水，与时更新，同时科研成果的实用也为广西地方经济与技术的发展作出了贡献。正如蔡元培对北京大学的传统办学模式的改革在北方大学中声名鹤起一样，马君武推行洪堡原则主持的广西大学在中国南方则享有极高知名度。在其后的几十年中，和世界上其他国家一样，洪堡原则在中国的其他大学逐渐被接受采纳，推广实行。今天回顾总结这段历史，如果只把蔡元培认做中国西风东渐的旗手，而忽视马君武的历史贡献，显然是有失公允的。
运用现代理念治校
马君武始终认为，教师是学校教学科研工作的主体，是办学的根本。因此，他重视教师的选聘，不拘一格地礼聘学术观点虽有不同，但学有专长的学者、教授到校主持院系工作，讲授主要课程，同时实行严格筛选考核和奖优惩劣的制度。他本人亲身经历了西方学术自由之风的熏陶，体会到了兼容并包对学术和学校发展的重要性，因此，他在办学中，便极力推进广纳贤才，容汇多家学说的用人策略。他在中国公学时，宁冒被撤职的危险也不肯辞退学术精湛、思想进步的教授，当时一大批国内外出名的学者，如何炳松、朱经农、刘湛恩、郭沫若、田汉等曾在该校授课。在广西大学任校长时，他更是多方网罗人才，为其所用，1935年广西大学成立植物研究所，为聘请时任国际植物学会副主席的中山大学著名教授陈焕镛任所长，马君武曾“五顾茅庐”并特地为他建了一所别墅。除陈焕镛外，竺可桢、陈望道、千里驹、李四光、费孝通、薛暮桥、王力、李达等都曾是该校的教授或兼职教授。广西大学在马君武任校长期间达到发展顶峰，其良好学术空气和名师云集的师资队伍水平都在全国大学中享有较高声誉。
马君武认为，大学教师不应仅局限于阅读译本来获取西方的知识，必须有更多的青年到国外接受教育，把西方的科学知识直接接受过来。他借鉴自己早年留学的经历体会，在缺乏留学专项基金的情况下，首创了有计划、有步骤地采取保留原薪、贷款留洋的措施：留学人员先向学校预借费用，回国任教后再逐步归还，归还积累款项再资助后人留学之用。通过这种理念超前的留学基金的运作，马君武扶持了一批中青年教师出国深造，这些教师归国后都成为了广西大学教学和科研的骨干，这对广西大学的发展从师资培养和学科建设方面都产生了积极的促进作用。
马君武借鉴利用欧洲现代教育管理理念，运用经济学理论经营大学的例子还很多，如1930年任中国公学校长时，为建校并扩大在校生规模，主动向上海聚兴银行贷款6万元，很快使在校学生达到一千多人。为了资助出身贫苦而又刻苦读书的学生，马君武通过各种途经募集资金，在广西大学设立苦学基金，专门资助贫苦学生学习。另外在大学中设立工读生，对他们采用弹性学制，规定工读生半工半读，以工助学。很多广西大学学生都是得益于这两项当时中国其他大学没有的政策而完成学业的。
