当然，对于博格在大牛市期间对基金行业表现出来的愤慨，很多人并没有注意到。当时的股市可谓水涨船高，一片光明。在2000年互联网泡沫破裂之前，博格不合时宜的“暴跌”预言没有吸引人们的关注。但是，即便是这个信号也没能引起基金行业的警惕。随着第一批互联网赔钱公司的倒闭，如Boo.com、Startups.com和Pets.com，以及重大丑闻事件对大型企业（如安然和世通公司）、华尔街投资银行、投资公司协会高管和基金行业协会的冲击，这些企业或机构号称清白无瑕的管理一下子变得危机四伏。2003年5月，就在世通公司破产丑闻尘埃落定后不久，ICI（美国投资公司协会）总裁马修·芬克（MatthewFink）在一次全体会员大会上对台下的行业高管吹嘘道：“我们之所以成功，是因为基金管理者的利益和基金投资者的利益高度一致。”他的话得到了ICI董事会主席和主题发言人保罗·哈佳（Paul G.Haaga Jr.）的响应，哈佳对基金行业诽谤者进行了猛烈批评，其中也包括隐约提及的博格。他说：“证券交易委员会前主席、国会议员及其下属、学者、奥巴马幕僚、新闻记者、电视台主持人、竞争对手甚至连一位自称圣者的人，都加入到对我们莫须有罪名的讨伐队伍中…这让我不由得感到好奇，想知道如果我们真的犯了错，生活将会变成怎样？”5
哈佳的好奇很快就变成了事实。2003年9月3日，就在这次讲话几个月之后，纽约州总检察长埃利奥特·斯皮策（Eliot Spitzer）宣布，检察院已掌握几家共同基金公司“广泛存在非法交易行为”，导致股东损失数十亿美元的证据。6在斯皮策和证券交易委员会的调查中，最终受到牵连的基金公司有联盟资本、景顺基金、杰纳斯基金、斯壮基金和普南基金。当时广为流传的涉及择时操作（market-timing）（也称“后市交易”）丑闻的基金公司，允许某些机构投资者（如对冲基金）在美国股市下午4点收盘之后交易共同基金。由于和国际股市之间存在时差，美国股市收盘时其他一些国家的市场仍在经营，这些投资者便利用这个机会锁定国外基金的过时价格和销售数量。由于非常清楚国外股市价值的中间变动情况，这种方式可以让他们在牺牲其他股东的基础上保证自己获得巨大收益。
仿佛就在一夜之间，博格突然成了名人，人人都想和他探讨此事。其实，斯皮策早在进行调查之前就已经和博格就此谈过很长时间。他说：“我和博格认识还是通过沃伦·巴菲特介绍的，我给巴菲特打电话，想就我们的调查向他询问一些共同基金方面的问题，他说我应该和杰克·博格谈谈。于是我就给博格打电话，我们聊了聊共同基金和股东权益方面的事情，这些对我们的调查很有帮助。博格还到我的办公室来过几次，我们讨论如何才能帮助资本市场更有序地运行。由于观点相近，我们很快就成了朋友。其实，我也上过普林斯顿大学，这一点倒是没引起他的反感。”
对博格来说，其实他早就知道业界有非法利用国外股票基金赢利的事。
2002年7月，博格在《金融分析师杂志》上读到一篇由纽约大学四位金融教授发表的文章，这篇文章详细说明了如何利用时差通过交易国外基金的方式来钻法律空子，其中就提到了先锋基金。当时，先锋公司除了写信给编辑指责对方公开其投资策略之外并没有采取更多应对措施，这种逃避责任的做法让博格大为恼火。几个月后，先锋公司悄悄做出了改变，为防止过度频繁地交易国外基金专门设定了股份赎回费。
在访谈中，博格是这样回忆当时先锋公司的丑闻以及他和斯皮策的见面情况的：“首先，每个人都早已注意到国际共同基金销售方面有猫腻，理由是他们每年的股份赎回率竟然高达80%。也就是说，有80%的投资者卖出股份，然后再重新进入市场投资。在我管理先锋公司时，整个基金行业的股份赎回率仅为7%～8%，相比之下80%的确是个非常惊人的比重。但是，我没想到这些交易会引起总检察长斯皮策的注意。他请我到纽约的办公室面谈，我们讨论了很多问题。我可以保证的是，当时他并没有告诉我正在进行立案调查，不过我们主要讨论的是择时操作问题、共同基金投机问题以及当时基金行业普遍存在的其他一些问题。后来，我还是在报纸上了解到他正在立案调查。虽然他没有向我透露事情的原委，不过读到消息之后我并不觉得很惊讶。”
很快，2003年11月3日，博格受邀到国会就基金行业行为不当问题作证。在美国参议员政府事务部金融管理、预算和国际安全附属委员会举行的一次听证会上，痛斥了当时能想到的基金行业的各种违法行为，其中最重要的当然是基金管理公司控制基金董事会、牺牲股东利益实现利润最大化的丑恶行径：毫不奇怪，共同基金行业也未能逃过华尔街和美国知名企业面对的相同丑闻。没有任何一个行业的所有者资本主义和管理者资本主义之间的矛盾像共同基金行业一样高度制度化，因此成为一种非常普遍的现象。尽管基金公司的这种特殊管理结构已经违背了对普通投资者做出的服务承诺，但整个行业似乎注定要将完全控制基金股东的权力交到管理者手中。7
博格特别提到的共同基金行业的四大罪状包括：和基金表现成反比的高额管理费用，过度资产积累导致基金价格虚高，高风险专业基金不负责任的虚假宣传和择时操作。他还点名批评ICI总裁马修·芬克所说的行业利益和股东利益高度一致的自夸言论，甚至含蓄批判了先锋公司不积极解决问题，而是等《金融分析师杂志》发文披露后市交易漏洞之后才决定对国际基金设定股份赎回费的：但是，对于该事件（指《金融分析师杂志》对后市交易的披露）唯一的公开反应，是文中所提基金公司的发言人所写的一封令人乏味的回信。该发言人指责杂志社称：“在一个面向金融行业专业人士的出版物中发表这样的内容，在当前投资者信心受企业贪婪行为的影响而摇摇欲坠的情况下，不但是极端错误，而且是令人憎恶的行为…”但是，直到整整9个月之后，这家公司才终于决定对其国际基金设定2%的股份赎回费，真可谓应对神速！8
基本上来说，由于先锋公司没有牵扯到犯罪行为，而且经常被博格作为基金行业正面典型进行宣传，可以说在择时操作丑闻事件的调查期间，先锋公司管理层和博格都站到了清白的一方。实际上，先锋公司最后甚至成了股票熊市和这次丑闻事件的极大受益者，它的低成本、保守式和简约化投资服务策略吸引了大量希望为自己的辛苦钱寻找安全港湾的投资者。
尽管如此，但正如博格在国会证词中所说的那样，先锋公司管理层偶尔也会出现一些“犯规动作”。博格在发言中表示，增加信息公开和强化董事会监督职能可以解决共同基金行业存在的利益冲突痼疾：要想真正改革共同基金行业，我们必须修改1940年颁布的《投资公司法》，设立独立董事会主席（目前这一职位通常由基金管理公司下属的董事担任）；我们必须把基金管理公司在董事会中的席位限制为一个；我们必须确保董事会保留内部职员独立可观地披露企业信息的权利。此外，我们必须公布所有管理者的薪酬，包括在支付给企业高管和证券经理的公司利润中每个人的分成比例。同时，国会早就应该对共同基金行业展开经济调查，确定管理公司的收入来源和成本开销的用途。如果管理部门和投资者想认真解决我提到的共同基金行业的利益冲突问题，就必须从所有资金的来龙去脉下手。9
出人意料的是，先锋公司对设立独立董事主席的建议表示反对，不愿放弃对董事会的控制权。显然，如果这样做，那将意味着布里南必须像博格一样辞去董事会主席职务。这个结果实在颇具讽刺意味，先锋公司的作为真可谓搬起石头砸自己的脚。最终，证券交易委员会接受博格的建议通过了一项规定，要求各基金设立独立的董事主席。2004年年初，这项规定进入公开评论期，共同基金行业的企业和投资者都可以对这项规定发表意见，对其表示支持或反对。
1月7日，先锋公司首席独立托管董事劳伦斯·威尔逊给证券交易委员会主席威廉·唐纳森（William Donaldson）写了一封信，信中称强迫基金董事会设立独立主席的做法不妥，会消除某些独立董事选择自己认为合适的主席的权力。10
3月10日，证券交易委员会又收到了两封来信，一封是带有先锋公司六名独立董事签名的信件，另一封是先锋公司首席执行官布里南的来信。先锋公司独立董事在信中称：“我们强烈质疑这项规定的意义，因为它限制了独立董事会对重要管理事宜进行判断的能力。我们强烈认为，委员会在确保了基金董事会的独立性之后，就应当把决策权交给独立董事，让他们根据自己的经验、技能和判断自行解决问题…鉴于上述情况，我们强烈认为在独立董事完全可以控制董事会的情况下，无须以行政规定的形式为所有基金董事会指定独立主席。”11
布里南的来信要简单很多，内容也不够具体，主要是对先锋公司董事会在信中的内容表示支持：鉴于先锋公司独立董事的以上评论，我们强烈敦促委员会允许独立董事会自行确定能够为基金股东利益提供最佳服务的管理方式。12尽管整个基金行业都很清楚布里南反对独立董事主席的规定，但他也知道这个问题很难处理，博格的支持让它变得更加棘手，因此才拉公司董事会出面替自己求情（博格称对先锋董事会和布里南的来信毫不知情，因此这次并非两人的针锋相对，只是对董事会的组织结构存在理解上的差异）。
其实，先锋想要表达的意思是，强迫董事会设立独立的董事主席反而会限制董事会的独立性—这个观点实在是非常滑稽。要想真正打破把基金捆绑在管理公司身上的怪圈，董事会就必须实现100%的独立，而不是证券交易委员会最后要求的75%的独立。当时，博格没有给证券交易委员会写信，而是寄去了一份2004年5月所做的关于建议管理改革的演讲复印件。在这份演讲复印件中，他分析并驳斥了富达公司委托进行的一项调查，该调查诡称由独立董事主席管理的基金表现要比其他基金差，博格讥讽道：“如果你们不加辨别地接受这种观点，那可真是蠢到家了。”13最终，证券交易委员会通过了这项规定，但后来又被美国商务部在联邦法庭上废除。实际上，商务部在这起案件中所使用的证据，正是被博格批驳得体无完肤的富达公司的调查结果。鉴于此事一直未能尘埃落定，博格后来在2006年给证券交易委员会写了一封信，建议共同基金公司董事会成员必须实现100%独立。回顾过去的经历，虽然博格以前坚信自己是正确的，但他后来也承认自己对此问题有不同的想法。现在，博格已经不再是基金公司的董事会主席，他终于可以随心所欲地表达自己的看法了。博格坦言：“人的观点是会发生改变的。我曾经是个很自信的首席执行官，我当然想身兼董事会主席、集团总裁和首席执行官三大职务。我们是白手起家创办企业，必须要有统一的决策，而且我想自己知道要做怎样的决策。我是个很强势的领导，甚至可以说是过于强势。可是突然有一天，整个世界都变了，我觉得先锋公司应该有来自外部的董事主席。换做十年前我肯定不会这样说，我也不知道自己为什么会发生这种改变，但作为一个大型金融机构，先锋已经走过了个人拍板的时代，现在它要适应的是集 体领导时代，通过权力制约让股东利益得到更多的保护。”
有意思的是，直到今天先锋公司仍然反对设立独立董事主席的观点。先锋公司首席执行官兼董事会主席比尔·麦克纳布表示：“没有任何证据表明这种方式可以实现更好的公司管理。实际上，你有没有独立的董事会，有没有强势的首席董事，对我来说这些才是更重要的原则。我认为最重要的问题是，你有没有正确的企业文化？如果不管到什么时候你对这些问题的回答都是肯定的，我倒觉得任命独立董事主席对企业来说反而弊大于利，因为在这样的企业中，根本没有任何问题需要独立董事主席插手。”
