哈密瓜属于甜瓜的一种，现在世界上把甜瓜分为两大类：东方甜瓜（薄皮甜瓜）和西方甜瓜（厚皮甜瓜）。哈密瓜属于西方甜瓜，同时属于这一类的还有我国甘肃的白兰瓜、内蒙古的河套蜜瓜等。
自17世纪以来，人们先后在亚非等地发现了野生甜瓜。1981年，我国植物学专家王贵臣发表了关于产在我国鲁南、皖北、苏北，俗称“马包”的野生甜瓜的论文；同年9月，哈密地区哈密县南湖农民阿不都·热依木，在当地驻军农场的田间杂草中发现了野生甜瓜，土名“狗瓜”。根据所发现的这些野生甜瓜特征和性质分析，都近似于东方甜瓜。所以专家推论，东方甜瓜起源于野生甜瓜；而西方甜瓜则可能是野生甜瓜在一定的历史与自然环境中，发生变异所产生的变种。
专家从发现野生甜瓜的地区范围推断认为，印度、巴基斯坦、近东、北非和中非为东方甜瓜的第一原产中心，我国黄河流域为第二原产中心，中东（包括我国新疆）为西方甜瓜的原产中心。
在埃及的寺院壁画和金字塔内的石墙上，至今保存着甜瓜的图案，古阿拉伯人把甜瓜看作与粮食同样重要，把它作为天堂的圣果来供奉，盛典假日无不顶礼膜拜。在古希腊和古罗马的文献中，也有关于甜瓜的记载。
产生于公元前500—1000年的我国古代文献《诗经》中就有瓜的记载，在《大雅》《小雅》《豳风》中，有“七月食瓜”和“绵绵瓜瓞”的描述。《汉书》记载得就更详细了——《地理志》记：“古瓜州地生美瓜，长者狐入瓜中食之，首尾不出。”《广志》记：“瓜之所出，以辽东、庐江、敦煌之种为美。瓜州之瓜大如斛。”
1972年在长沙马王堆一号汉墓发掘出一具西汉女尸，解剖后从胃中发现了一些甜瓜子，经分析，此瓜子属西方甜瓜品种。说明远在公元前2世纪以前，西域少数民族就已培育出甜瓜优良品种，并作为贡品进献汉朝宫廷。据考证，此贵夫人为西汉轶侯之妻，她酷爱西域甜瓜，每顿必食瓜，连临死前也没有忘记吃瓜，因吃得太快，连瓜子也咽到肚子里去了。
据北宋李昉撰写的《太平广记》记述：“汉明帝阳贵人，梦食瓜，甚美，帝使求诸方国。时敦煌献异瓜种，名‘穹隆’。”“穹隆”，突厥语，甜瓜的意思，现在维吾尔族仍把甜瓜叫“库洪”。“穹隆”与“库洪”，是一种语音的不同译法。说明此瓜原产于西域少数民族地区。
唐代新疆种植甜瓜已相当普遍。据成书于唐光启元年（885年）的《沙州伊州地志》记载，唐代西域园艺业发达，像葡萄、甜瓜、桃、李、梨、杏等到处皆是。唐代著名诗人骆宾王在他的《晚度天山有怀京邑》一诗中有“忽上天山路，归期未及瓜”的诗句，说明了他上天山前正是瓜果成熟季节，脆甜甘美的西域甜瓜给他留下了深刻的印象，本想回来后再享口福，可惜瓜期已过，深感遗憾。1973年新疆考古队在吐鲁番阿斯塔那唐代古墓中发现有干缩的甜瓜皮和甜瓜子，也说明了唐朝时新疆甜瓜的种植已相当普遍。
元朝学者耶律楚材西游，留下了许多涉及西域甜瓜的诗句，如“留得晚瓜过腊半，藏来秋果到春残”“自愧不才还有幸，午风凉处剖新瓜”。著名道学者长春真人在《西游记》中写道：“甘瓜如枕许，其香味盖中国之未有也。”公元13世纪中国出口的丝绸图案中也有多种甜瓜图案。
清朝时期，新疆甜瓜种植达到鼎盛时期。自康熙年间哈密王把甜瓜作为贡品进献康熙皇帝得到高度赞赏后，新疆的甜瓜从此以哈密瓜之名蜚声中原。“圣世安边开万里，年年瓜贡渡卢沟。”除了鲜瓜，年年进贡和销售到内地的还有大量哈密瓜干。随着进贡和销售的需要，新疆的哈密瓜生产迅速发展，曾普及到“衡门半种瓜”，发展到“瓜田万顷期瓜代”的规模。哈密还开辟了贡瓜地，专门种植进贡用的优质瓜。
当时哈密瓜种植规模很大，品种很多，品质优良。“午梦初回微渴后，嚼来真似水晶寒”“玉浆和冷嚼冰凇，崖蜜分甘流齿牙”“色明黄如缎，味甘如蜜，爽脆如哀家梨”。这些清代诗人咏哈密瓜的诗句，充分说明了当时新疆哈密瓜品质的优良。
新中国成立前，广大农民在封建地主的压迫剥削下，生产力低下，农民为活命糊口疲于奔命，对哈密瓜生产不讲究科学性，一些传统优良品种退化、失传，种植面积很小，产量也很低。新中国成立后，特别是十一届三中全会以后，党中央放宽了农村经济政策，实行了生产承包责任制，提倡科学种瓜，开放了市场，打开了销售渠道，调动了农民种瓜的积极性，哈密瓜生产达到了任何历史时代所未有的空前规模，不但品种多，品质好，产量还高。
新疆有大面积种植哈密瓜的特定自然环境，这是有利条件，只要成本低，质量高，品质好，仍然可以在国内和国际市场上竞争。今后必须在科学种植、品种改良和培育富有新疆特色的新品种上着眼，在哈密瓜深加工上着手，才能确保传统特产哈密瓜的声誉，使哈密瓜永远成为瓜果市场上的佼佼者。
