袁世凯在用兵南方时期，对于他所称的国民党暴徒如黄兴、陈其美、李烈钧、柏文蔚等人，表示深恶痛绝，而对于脚踩两边船的程德全、欧阳武、谭延闿、孙道仁之流，则又认为情有可原，只要他们取消独立或者能够立功自赎，可以不究既往。但这不过是一时权宜之计，当他的力量扩大到能够控制全局的时候，这些话就被一笔勾销了。
袁战胜国民党后，先后任命倪嗣冲为安徽都督，郑汝成为上海镇守使，龙济光为广东都督，张勋为江苏都督，李纯为江西都督。从此北洋军的势力达到长江流域，甚至远及广东也在其控制之下。
袁在用兵南方之前，曾以江苏地盘许给冯国璋，湖北地盘许给段芝贵。冯在上年攻克汉阳后，调任禁卫军军统，不久又调任直隶都督。他与江苏第八师师长陈之骥有翁婿关系，因此袁派他为进攻南京的第二路主将。他的直属部队并未南下作战，而张勋的辫子兵首先攻入南京城，根据“先人关者王之”的成例，袁不得不改派张勋为江苏都督。
张勋在清朝末年一度护理两江总督。此番卷土重来，他就把清朝的官制、官场仪节和一切排场整套儿都恢复起来。他禁止军民悬挂民国的五色国旗，当然他还不敢明目张胆地悬挂清朝的黄龙旗，于是别出心裁地在都督府的辕门内升起了一面写着斗大“张”字的大红旗。军中也不许悬挂民国的军旗，代之以红色白边的蜈蚣旗。军官要穿清朝的蓝色制服，兵士一律脑后垂辫，没有辫子不得入伍。军中传达命令，用的是清朝的龙头令箭。对于文职人员，他最恨洋装革履之士，喜的是跟他一模一样的打扮，因此打轿子上衙门的几乎清一色都是拖着一条大辫子的旧官僚，而蓄长发和扎假辫子的风气也在南京城盛行。他绝对禁止在公文上和口头上用“前清”两个字，似乎在他的统治下仍是大清朝的天下，他做的是两江总督而不是江苏都督。他把总督衙门原有的吹鼓手和炮手都找了回来，每天开吹三次，开炮三次。都督府的大柱子和上梁都重加装修，一律涂上了原有的朱红色。他又恢复了清朝的官制如厘捐总办、督销总办、道台、知府、知县等，而且一律都用札委。知县衙门恢复了刑名老夫子和捕快人员，县太爷坐堂审案恢复了藤条、小鞭等刑具。大小官员上院参谒要先递手本，见了大帅要行跪拜大礼，自称“卑职”，只许坐半边屁股。他认为南京城的警察都是附乱分子，把他们全部解散，换了从北方招来的北洋警察。总之，自他开府金陵以来，中华民国的影子在南京就从地平线上消失了，而大清帝国这具僵尸又从棺材里爬出来了。
袁的耳目最灵通，完全知道这一切事情。他所顾虑的倒不是民国的影子看得见看不见的问题，而是这个大怪物一心一意不忘故主，对他的统治权将起何种影响的问题。他已成竹在心，只等时机一到，就可照计而行。
辫子军攻入南京城的时候，到处杀人放火，一时杀红了眼睛，有三个日本人被他们误杀身死。消息传到东京，日本军国主义分子顿时沸腾起来，哇啦哇啦乱叫，纷纷请愿出兵中国。日本驻华公使山座向袁政府提出了最强烈的抗议，要求惩办张勋，袁正想借刀杀人，先派张勋的江西老乡李盛铎到南京观察动静。张勋对本国人民狠如狼虎，对帝国主义却又懦若犬羊，他和日本驻宁总领事船津直接谈判，表示低头服罪。9月11日，日方撤回了罢斥张勋的要求，改提六个条件：（1）对于犯罪兵士及其直接指挥官，处以死刑或严加惩罚，由南京领事馆馆员观刑；（2）对于江苏都督及其直属长官，严加戒饬；（3）江苏都督亲赴领事馆道歉；（4）对于日本侨民的死伤或损害，必须照日方所提条件如数抚恤赔偿；（5）犯罪联队须至领事馆门前捧枪谢罪；（6）中国政府须向日本政府表明陈谢之意。这些无理条件，张勋怎敢不依，9月28日他乖乖儿地亲到日本领事馆道歉谢罪，一场风波才告平息。
接着，西方帝国主义也向袁政府提出“劝告”，认为把张勋这样一个胡作乱为的老粗摆在江苏都督的位子上，西方侨民的生命财产也是得不到保障的；而且张勋禁止悬挂国旗，岂非咄咄怪事。他们把这番话说成是对中国政府的善意建言。由于洋大人有此表示，袁不能置之不理，照话转告张勋。9月17日，南京城才有五色国旗出现。10月上旬，袁又派张勋的老朋友阮忠枢到南京，把外国人的意见告诉张勋，劝他自动辞职，否则外交压力加强，就很难保全他的面子了。
张勋听了这番话，马上跳脚发火说：“我这个印把子是拿自己的性命拼出来的，袁宫保要摆布我，何必劳动你老哥的大驾，又何必用外国人的牌头来吓唬我！”阮把张勋发火的话如实上报，袁又大起恐慌，接连派李盛铎、刘恩源、钱能训、段芝贵等大员走马灯似的到南京抚慰张勋。段芝贵解释说：“绍帅莫误会，不是袁宫保有意见，外国人是惹不起的呀！”他又伶牙俐齿地谈起袁打算改任张勋为长江巡阅使，“巡阅使比都督大，都督只管一省的军事，巡阅使管好几省的军事。”
其实，张勋不是不怕外国人，此时他也不敢公然对袁造反。在袁与外国人的双重压力下，他提出了三个调职条件：（1）督府开支六十五万元，准其报销了案；（2）中央再拨发军队开拔费五十万元；（3）长江巡阅使须节制湖南、湖北、江西、安徽、江苏五省水上警察。袁同意了这些条件，12月16日下令改任张勋为长江巡阅使，调冯国璋为江苏都督，而以赵秉钧递补直隶都督。
袁调走了非嫡系的张勋，代之以嫡系的冯国璋，总算如愿以偿。江苏有了冯国璋，上海又有了郑汝成，他对长江下游的控制力大大加强了。他对长江巡阅使这个官职，本来也像屯垦使、筹边使之类的官儿一样，当作一顶空无所有的大帽子，只因张勋手里有兵，后来巡阅使发展为位在都督之上的一种超级大官，造成了大军阀割据数省的特殊地位，却是他始料所不及的。
前面说过，袁在对南用兵时期，对于独立后而又宣布取消独立的各省都督，一律表示不究既往。但他取得全面胜利后，就违反了自己的诺言，把那些风吹两边倒的投机者一个个地逐出了政治舞台。江苏都督程德全始终没敢回任，袁总算宽大为怀，没有给以处分。自称为代理安徽都督的胡万泰，因为驱逐柏文蔚有功，也算将功折罪，袁给他一个空头衔，叫他交出兵权滚蛋。8月14日，袁任命刘冠雄为南洋巡阅使，11月叫他率领北洋军第四师第七旅旅长李厚基的部队由海道开往福州，以编造军队为名，解散了福建都督孙道仁所带的湘军，随后又在藩台衙门放了一把火，把孙道仁吓跑，11月29日任李厚基为福建镇守使，12月5日又命刘冠雄兼领福建都督。对于湖南问题，处理比较困难，因为湖南都督谭延闿，事前曾向黎元洪请示，用假独立的姿态来稳定湖南的局势，独立后又未出兵援助江西，确实情有可原。但湖南既是西南各省的门户，又是国民党势力比较深入的地区，袁不能置之度外。8月9日，他任命赵春廷为湘南镇守使，王正雅为常澧镇守使，田应诏为湘西镇守使，用以安定湖南非国民党军人。9月17日，他教汤芗铭以“湖南查办使”的名义率领楚有等舰开抵岳州，查办湖南有哪些军政人员曾经参加二次革命，以便依法处理。同时，任命北洋军第三十九混成旅长伍祥祯在岳州镇守使，摆进一着棋子，且看反应如何。接着，他又一次用借刀杀人和调虎离山之计，电请黎元洪兼领湖南都督。黎心中不免暗笑，老袁弹来弹去都是这种旧调，昨天叫我足跨江西，今天又叫我插手湖南，于是又一次“敬谢不敏”。袁就假惺惺地请他荐贤自代。黎知道汤芗铭既是国民党的叛徒，又是汤化龙的兄弟，目前正走红运，乐得送个顺水人情保荐他为湖南都督。10月18日，袁发表命令任命汤芗铭为湖南都督，并令谭延闿入京待罪。
黎一面竭力劝谭到北京去，担保决无危险，一面又根据谭以前所讲的“服毒自尽”的一篇鬼话，打电报给袁，竭力为谭解释，说他独立出于被迫，“曾仰药以求解脱，元洪敢力保其无他”。谭通电否认曾仰药自尽，指出这是“黎副总统心存爱护，力为解免”的一种说法。同时表示，他“身为一省都督，应负一切责任”。从这个电报看来，这位大都督岂不是好样的吗？可是事实又非如此。当他“入京待罪”之前，每天拿着一张纸头，躲在房里背诵不停。他的卫队营营长唐生智看在眼里，不免暗暗纳闷：“现在科举制已经废除了，我们的都督却如此低吟默记，这究竟是什么一回事呀！”一天，他偷偷地看到了那张纸头，原来上面所写的都是一问一答之词，袁如何问，他就如何答，事前打好腹稿，背得滚瓜烂熟，以免临事张皇。
谭到北京后，不敢直接见袁，请他的科场中老前辈徐世昌带领求见。当袁走出来接见他的时候，他即背诵台词中的第一句：“延闿罪该万死。”正待继续背下去，袁即阻止说：“过去的事不用再提了！”接着，袁的面貌显得蔼然可亲，跟他有一搭没一搭地大谈其家常话来，问及“太夫人身体如何”以及家中的一切琐细事情。谭的父亲谭钟麟是前清的督抚大员，还是袁的老前辈。袁跟他娓娓谈世谊，谈得非常对劲，根本不提二次革命的事情。谭所预备的材料一句也没用上。谭走出公府的时候，揩去了头上冒出来的热汗，随即电告黎元洪一切经过情形。
后来，北京陆军部按军法判处谭以四等有期徒刑，黎元洪来电为之缓颊，袁即予以特赦。湘军旅长赵恒惕被槛送入京，也被判处三等有期徒刑。赵跟云南都督蔡锷是同学老友，蔡也来电说情，袁也予以特赦。
江西讨袁时曾被举为江西都督的欧阳武，在北洋军占领南昌的时候，逃往吉安青原山，披上袈裟，剃度为僧，法名止戈和尚。止戈二字是将他的大名“武”字拆开，以示从此永不用武之意。他满以为躲在深山老林之中，从此青灯古佛，了此残生，不料有人向江西水巡局长倪占魁告密，倪派队入山搜捕，把他捉回尘世来。他在狱中写信给南昌总商会，请其代向新任都督李纯乞情。信中告哀乞怜地说：“祖父九旬，老父七十，为武不肖，朝夕聚哭，求死不得，言之心酸。”李纯向袁请示，奉命解京处理。9月27日李纯把他起解进京。后来陆军部判以有期徒刑八年，由于乃兄欧阳成呈请保释，袁也下令予以特赦。
袁对于这些风吹两边倒的角色，本无深恶痛绝之心，为什么要作威作福，摆出两副面孔来呢？这是他用以立威的一套权术，要通过这些做工，使一切人们知道他是反不得的，而既反之后，如果能够及早投降，就可贷其一死。然而死罪已免，活罪难饶，一场虚惊是免不了的。
袁自战胜国民党后，即贯彻执行其“军民分治”的方案，先后派汪瑞闿回任江西民政长，韩国钧为江苏民政长，屈映光为浙江民政长，王瑚为湖南民政长，张鸣岐为广西民政长，饶汉祥为湖北民政长。
黎元洪向有“和平天使”之称。但是，这次袁调兵遣将发动战争的时候，这位“和平天使”不但不再反对战争，还敞开大门让北洋军安全通过，甚至调动军队遥为声援。袁曾亲写“民国柱石”四个大字，制成横匾，送往武昌，以酬其“功”。袁战胜国民党后，颁布了“惩治乱党”条例，大肆搜杀国民党人和异己分子，这位“忠厚长者”也就收起了慈眉善目，露出了青面獠牙，执行袁政府的血腥屠杀政策。湖南国民党人较多，湖北靠近湖南，旅居湖北的湖南人也比旅居其他各省的为多。战争结束后，湖南国民党前辈谭人凤有一封信质问黎，说他“专以仇杀湖南人为能事，而其被杀之人，不审罪状，不问姓名，概以乱党二字加之，立予枪毙……武昌旅馆禁湖南人居住，旅鄂（湘籍）在公人役多数命令撤差。居住自由权、行动自由权皆被剥夺”。从这封信看来，黎元洪对待国民党人和湖南人的态度，与辫子军大帅张勋，堪称无独有偶。
战争结束后，袁又亲写“中华民国副总统府”八个大字，制成长匾，派人送往武昌挂在湖北都督府的大门外。至此，黎对袁的某些疑云逐渐被和风暖流吹散了，觉得这个人虽然惯于使权用诈，但毕竟还是有“人情味”的，因而也是可以“同甘共苦”的。8月5日，各省军阀联名电请国会先选举总统，后制定宪法，黎在这个电报上列名为首。这还可以说他以副总统而兼湖北都督，因而被动列名。但是十月间，他有一个私人电报请“奖叙袁克定翊赞共和之功”。袁克定不是袁的大儿子吗，他对共和有何贡献，值得加以奖叙！这个电报显然出于主动。请看，献媚献到下一代，无耻到了何等地步！这样一个捧臀舐痔的建议，无人不嗤之以鼻，所以，即使是家天下的独裁者，也不能不报之以婉谢。
尽管黎元洪对袁极尽奴颜婢膝之能事，但是，一切独裁者除了对自己钟爱的儿子以外，对任何人都不会有什么“人情味”的。黎既非北洋派，而又有“开国元勋”之名，手中握有兵权，又有大好地盘，岂能等闲视之。所以袁处心积虑地想把他调到北京来，解除其都督职权，像清朝皇帝调他为军机大臣而免去其直隶总督一样。早在他接任临时总统的时候，就曾请黎做参谋总长，想用这个有名无实的大官儿交换他的湖北都督。对南用兵时期，一会儿请他兼领江西都督，一会儿又请他兼领湖南都督，也无非想把他先调出湖北，然后另行摆布。可是黎也知道军队和地盘都是他的命根子，万万离开不得，始终不肯钻进袁的圈套来。当时军事尚在进行，袁也未便相强。
前文提过，袁在用兵南方之初，早已内定以他的干儿子段芝贵为湖北都督。国民党失败后，袁的江山坐稳了，于是又打黎的主意，一再去电邀请，说他“渴慕已久”，希望“拜识荆州”，只因职守所羁，本人不能离开北京，最好请台驾来北京一游。这些甜言蜜语当然也是“请君入瓮”，但黎仍然非常警惕，借故不肯动身。
这一年12月8日，袁的第一号大将段祺瑞突然光临汉口，事前并未通知。段与黎见面时，只寒暄了几句，就单刀直入地说明他是代表大总统前来接驾的，请副总统即日命驾北行，商谈军国大事。黎知道这是“霸王请客”，此番非去不可，因此召集心腹幕僚秘密研究，决定派参谋长金永炎代理都督的职务，本人只见袁一面，马上动身回来。黎还没有决定行期，第二天段就替黎预备好一列专车，催他立即登车。这种咄咄逼人的态度，使黎深感不安，但又不敢反对，只得让人牵着鼻子走。走到半路上，北京突然发表命令，派段祺瑞权代湖北都督，派周自齐代理陆军总长。这样一来，黎派自己的幕僚代理都督的计划落空了。
黎的专车到了北京，袁自己所乘的金漆朱轮马车早已迎候在车站上。黎到后，袁待以上宾之礼，三日一小宴，五日一大宴，其欢迎之热烈，不亚于上年欢迎孙、黄二公的盛况。袁规定副总统月俸一万元，每月办公费二万元，比起上年授孙中山为全国铁路督办，每月给以三万元薪津，一文不多，一文也不少。又指定以瀛台为副总统的行馆，而这个地方正是当年西太后软禁光绪皇帝的所在。这样一来，黎想一见面马上回湖北的计划又落空了。
这时，黎还不失为过渡时期一个很好的政治工具，袁觉得有必要采取拜把兄弟或结为儿女亲家的办法，把他们的关系拉得更紧。于是找黎的湖北老乡汤化龙做媒人，要娶黎的一个女儿做他的儿媳妇。黎不敢推辞，就把自己的亲生女儿许给袁家去做政治上的牺牲品。
最使人忍俊不禁的是，订婚手续尚未完成，袁就满口亲家长、亲家短地叫得十分亲热。一天请亲家吃饭，时值大雪纷飞，他披了浙江都督朱瑞花了七千五百元买来进贡的一件狐皮大氅走进来。黎说：“这件东西真名贵！”袁立刻解下来送给亲家，黎虽再三婉谢，袁却执意地要他非受不可。
黎到北京不久，就知道本人已经做了亲家的政治俘虏，无法逃出罗网。12月19日，他叫词章名手饶汉祥代拟呈文，呈请辞去湖北都督兼职。这道呈文满纸酸腐之气，说什么“元洪屡觐钧颜，仰承优遇，恩逾于骨肉，礼渥于上宾。推心则山雪皆融，握手则池冰为泮。驰惶靡措，诚服无涯”，等等。在批准辞职的指令中，袁也用酸腐回答，说道：“昕夕握谈，快倾心膈。褒鄂英姿，获瞻便座，逖琨同志，永矢毕生。每念在莒之艰，辄有微管之叹。”
日子一久，黎觉得做“安乐公”太不自由，想借题离开北京。当帝国主义各国承认中华民国的时候，他自请以“专使”的名义出洋答谢各国。袁怕他一去不返，就用拖延的办法，不作肯定回答。在这时期，湖北代理都督段祺瑞大刀阔斧地解散了湖北军，铲除了黎的基本力量，从此湖北便成了北洋军完全统治的地区。段是袁的第一号大将，不能长期放在外面。1914年2月1日，他被调回北京再任陆军总长，而以袁所预定的段芝贵继任湖北都督。
调走了张勋、黎元洪，并由汤芗铭、段芝贵、李纯、倪嗣中、冯国璋分任湖南、湖北、江西、安徽、江苏等省都督，从此长江中下游也都纳入了北洋军的势力范围。但是，北洋军的发展还是赶不上形势，云南、贵州、四川、广东、广西、浙江六省尚在非北洋派的地方军阀手中。这些军阀都不是国民党人。广东龙济光早已成为北洋派的附庸势力。四川胡景伊、广西陆荣廷也都表示效忠于袁。云南都督蔡锷在南北战争时期，曾派兵进入四川，袁认为有举兵响应国民党的重大嫌疑。浙江都督朱瑞在北洋军与国民党的战争中表示过保境息民，也引起袁的不满。
袁战胜国民党后，电召朱瑞到北京面商要政。朱瑞到了北京，按照疆吏入觐大总统的仪式，穿上一套军服，到总统府承启处等候召见。坐下不久，只见一位承启官满面春风地走进来说：“总统吩咐，朱都督是自己人，不要拘泥形迹，请换便衣来见。”朱打算回去换衣，那位承启官摇手阻止说：“这里有的是，不必徒劳往返。”他把朱导入一间屋子里，取出了一套狐皮袍子和狐皮马褂给他穿上。朱对着穿衣镜打量一下，端的是“增之一分则太长，减之一分则太短”，完全像按照他的身材缝制的一样。承启官又把他导入居仁堂。那里面有一个矮矮胖胖的半老头子，也穿了一套狐皮袍子和狐皮马褂，和朱所穿的一模一样，正在笑容可掬地等候着他。朱知道站在面前的这个矮胖子正是刚刚战胜国民党、威震全国的大总统，他紧张得话都说不出来。倒是那个老头子跟他像老熟人一样，摆手请他坐下，有一搭没一搭地跟他谈话，谈得海阔天空，朱的情绪才渐渐安定下来。
谈了老大一会儿，袁才转入本题谈到讨伐南方国民党的问题。他出其不意地问道：“介人，你若是反对我，就该宣布独立；若是反对乱党，就该出兵讨伐。你保持中立是什么意思呢？”
朱战战兢兢地回答不出话来。
袁看出他的窘态，马上用别的话岔开，而且脸上老是那样和颜悦色，似乎对这个问题满不在乎。谈到末了，他站起身来说：“你应该早点回浙江去。地方治安要紧。”
隔了几天，朱仍旧穿了那套狐皮袍子和狐皮马褂到总统府请训、辞行。这天的情形可就完全换了个样子了，总统府内三步一岗，五步一哨，戒备非常严密，像在举行什么国家大典的一样。走进了居仁堂，那里站满了全身披挂的武装兵士，又像走到了气象森严的阎罗殿。抬起头来一看，一个穿了一套金光闪闪的大元帅制服的活阎罗高高地坐在上面。没有等待朱开口，那位活阎罗面罩严霜，鼓起铜铃般大眼，说了一连串的话，什么“军人必须遵守纪律”啦，“服从命令为军人之天职”哪，口气非常严峻，吓得朱大气也不敢出，头也不敢抬起来，浑身淌着大汗，所穿的狐皮袍和马褂又不敢随意地脱下来。
袁召见朱瑞，为什么要唱这两场截然不同的折子戏呢？这就是历代帝王驾驭群雄的权术，既要畏之以威，又要怀之以德，双管齐下，“从此南人不敢复反矣”。他虽放走了朱瑞，但还放心不下，叫北洋军第四师师长杨善德率部移驻松江，任为松江镇守使，以扼浙江之咽喉。
同一时期，蔡锷也接到袁的密电，叫他到北京西山来养疴。蔡锷多年患有肺病，身体非常单瘦。但是，疗养肺病在四季常春的昆明不是很好吗？为什么要到气候寒冷的北方来，此中当然另有文章。袁事前准备好一份材料，这是一件无中生有的假情报，据说蔡锷野心很大，打算割据川滇黔三省，脱离中国版图，另建“大汉”国而自立为王。袁在这个假情报上亲批“应查”两个字，纳入人事档案之中。如果蔡锷抗命不肯北来，袁就可以根据这个假情报加以叛国之罪，然后派兵讨伐。
蔡锷尚未动身，袁即于9月25日下令着其来京调养，准给病假3个月。28日又调唐继尧署理云南都督，以刘显世为贵州护军使而不另派贵州都督。事情摆得十分清楚，给假养病是假，调虎离山是真。
蔡派滇军军长谢汝翼代管都督事务，于10月10日启程北上。他路过上海的时候，被人行刺未中，但他秘而不宣。
蔡锷到了北京，袁像对待朱瑞一样，仍旧把那两场截然不同的老戏重演一番。不料蔡锷处之泰然，丝毫不动声色，袁就觉得这个瘦小子大非朱瑞可比，便不肯放虎归山，12月28日下令解除其云南都督的职务。
以上这些，都是袁排斥非嫡系军人的一系列措施。同一时期，他对异己文人也不例外。他最重视章太炎。章在上海结婚时，仍与国民党领袖往来，他就觉得此人终非好相识。这一年8月，章又到北京来观光，下榻共和党总部，袁命北京警备副司令陆建章派兵监视，不许离开北京。11月，章写信要求陆撤退监守兵士，让他到青岛避寒。他在信中大发牢骚，自称是中华民国的创始人，此番来到北京，乃是观察当前形势，现在亲眼看见这个民国已经被糟踏得不成样子了，他也独木难支，打算闭门读书，从此不跟外界人士往来。陆拿了这封信向袁请示，袁说：“不要理睬这个疯子！”过了七天，章没有得到回信，又直接写信给袁说，“陆副司令不给我回信，这是什么道理呢？如果让我离开北京，我发誓一辈子不反对你好了。”
当然，袁也是不会给他回信的，于是他不管三七二十一地跑到东车站，想买车票南下。这当然是办不到的，在车站上被宪兵像老鹰抓小雀子一样把他抓了回来。他气极了，便又佩戴袁所授予的勋章，堂而皇之地跑到总统府，要见袁当面评理。袁不肯接见他，他就赖在那里不走。等了老大一会儿，始终没有人理他，他霍地站起身来，把台子上摆设的花瓶、茶具使劲地摔在地下，以泄心头之忿。这时，便有几名彪形大汉跑进来，把他拉出去，强塞在一辆破旧的马车里，送往军事学校废址幽禁起来，不久又移往龙泉寺，这且按下不提。
对于南方各省的所谓民意机关和参加二次革命的国民党国会议员，袁的态度就更加凶狠了。8月间，他以附逆从乱的罪名，先后下令解散江西、广东、湖南三省省议会。又根据黎元洪的呈请，以在鄂谋乱的罪名，下令通缉湖北籍国会议员居正、胡秉柯、杨时杰、田桐、白逾桓、刘英六人。8月22日，枪决众议院议员谢汉持。27日，逮捕参议院议员丁象谦、赵世钰、张我华、高荫藻、朱念祖，众议院议员常恒芳、褚辅成、刘恩格等八人。9月1日，枪决众议院议员徐秀钧。11月12日，对于各省省议会的国民党籍议员，袁下令一律予以除名。至于各省省议员被明枪暗箭杀害的，就更加擢发难数了。
袁对待自己的走狗，当其需要他们奔走效劳的时候，往往不惜千金之赏，或者给以高官厚禄；而当时过境迁，却又往往毫不留情地把他们送入枉死城中。他战胜国民党后，首先把刺死宋教仁的主犯应桂馨暗杀掉。原来，应桂馨于1913年7月25日，乘上海局势混乱之际，越狱逃往青岛。这个流氓公然一再发表通电，说什么宋教仁是内乱中的罪魁祸首，武士英奉命讨贼，有为民除害之功，而他本人也因此案弄得家破人亡，应请政府明令“平反冤狱”。10月20日，这个流氓公然出现于北京，写信请袁实践其“毁宋酬勋”的诺言，给以勋二位和奖金五十万元。袁派人示意打发他一笔钱，叫他快快离开北京，以后也不许在外面惹是生非。不料这个流氓竟敢在老虎头上捉跳蚤，向来人大讲斤头说：“老头子有言在先，难道今天想赖掉不成！老子说一是一，说二是二，两个条件少一个不成？”有人提醒他说：“老头子是不好惹的！”应指着自己的鼻尖大声咆哮说：“嘿，我应某人又岂是好惹的！”
应的旧相识胡翡云早已搬到北京来，在胭脂胡同松翠班搭班。应到北京后，经常在那里过夜。1914年1月18日深夜，突然有四个彪形大汉越墙而入，大呼搜查烟土，恰好这一夜应不住在那里，那些人扑了一场空，就呼啸一声，扬长而去。应桂馨这才知道大流氓敌不过大总统，吓得屁滚尿流，次日乘京津火车逃出北京。当天他在车中被人暗杀身死。后来发现，这个凶手不是别人，正是军政执法处的侦探长郝占一，随后他也死于非命。宋案的教唆犯洪述祖，长期避居青岛，后来也不免于一死。只有诬告黄兴为“血光团团长”的周予儆，领了一笔赏金到东京，逢人自夸为“大总统特派的留学生”。她是宋案中唯一能够保全性命的人。
应桂馨不过是一名小走狗，还有大走狗赵秉钧，1913年12月16日继冯国璋之后任直隶都督。应桂馨被杀一事，他完全不知底细，还通令悬赏缉拿凶手。后来知道这件事情就是老头子自己干的，他打了一个长途电话埋怨袁说：“应桂馨落得如此下场，以后谁敢替总统办事？”哪知不到一个月（1914年2月17日），这位追随袁宫保多年，替袁干过不知多少伤天害理的事情的大特务，突然食物中毒，七窍流血而死，其死状与林述庆一模一样。自此以后，北洋诸将一提到老头子，就无人不战栗失色，无论人前人后都不敢道他的半句短长了。
