经过一番了解，康有为、梁启超等人自以为找到了问题症结，他按照新旧思维的固定范式将皇上不能自下明诏的责任完全推到他们所认为的那些“守旧礼臣”的身上。根据他们了解，当6月17日早朝时，皇上收到以宋伯鲁的名义呈递的要求废八股的奏折后，即命枢臣拟旨，而协办大学士兼兵部尚书刚毅则建议将此事交给负责这方面事务的礼部去讨论并提出方案，皇上突然想起康有为的忠告，明确告诉刚毅：“若下礼部，彼等必驳我矣。”而刚毅则认为，科举制度的存废，此事重大，这一制度行之数百年，不可遂废，请上细思。刚毅的固执激怒了皇上，皇上闻言厉声斥责：“汝欲阻挠我耶？”刚毅乃言不敢。及退朝，刚毅仍提醒皇上此事重大，最好请示皇太后后再作决定。
刚毅的建议似乎也是一种审慎选择，本身并没有什么过错。所以皇上心里尽管不高兴，但也只好接受。然而不知什么原因，皇上命枢臣拟旨的消息很快传了出来，京师哗然，人人争传废八股改科举，喜色动人。这实际上为后来的重大决策留下了隐患，只是康、梁等人当时不自觉而已。
刚毅只是一种程序上的反对，作为军机大臣和总理衙门大臣，他劝皇上对这重大制度进行改革时取审慎态度，似乎也没有大错。但是，当时的康有为出于焦躁的心情当然无法理解刚毅等人的言行，他们认为刚毅对废科举的阻挠就是对新政的阻挠。当然，他们也不敢直接攻击刚毅，于是找到了与刚毅关系比较密切，且对废八股这一重大举措也持异议的礼部尚书许应骙作为攻击的目标，以期通过攻击许应骙而达到攻击刚毅的目的。
6月20日，康有为利用言官特权，以山东道监察御史宋伯鲁及杨深秀名义上了一份举报奏折，点名弹劾礼部尚书兼总理衙门大臣许应骙守旧迂谬，阻挠新政，攻击许应骙品行平常，见识庸谬，妄自尊大，刚愎自用，贻笑邻使。刻意强调许应骙身为掌管教育的礼部尚书，却对皇上准备进行的教育制度改革心怀不满，腹诽朝旨，公开批评清廷设立经济特科为无益之举，扬言会利用礼部职权裁减特科名额。
康有为起草的这份奏折还指责许应骙思想落伍，见解陈旧，凡见诏书有关开新弃旧者，便多方阻挠；其接见门生后辈，辄痛诋西学；遇有通达时务之士，则嫉之如仇。奏折强调，皇上日患经济之才少而思所以养之，而许应骙日患经济之才多而思所以遏之。这显然与其职守很不相符。
至于许应骙在外事方面的失误，奏折更是耸人听闻地编排，笑话百出，不胜枚举。奏折建议皇上将许应骙就地免职，既为守旧误国者诫，且内可以去新政之壅蔽，外可以免友邦之笑柄。
许应骙的人品、见识是否如此低劣，我们不必全信康有为的指控，因为朝廷内部决策环节决不可能像康有为所想象的那样简单。不过，皇上收到这份弹劾奏折后极为愤怒，因为事实确乎验证了康有为的判断：不要将废八股的决定交给礼部讨论，否则礼部大臣就会利用特权提出驳议。于是皇上在奏折上批道：既然御史宋伯鲁、杨深秀奏礼部尚书许应骙守旧迂谬、阻挠新政，那么就让许应骙针对所参各节明白回奏，把问题说说清楚。
弹劾奏折中所涉及问题为两类，一是康有为指控许应骙在礼部办公会议上曾反对废八股，二是许应骙在外事活动中贻笑邻使。后者带有捕风捉影性质，军机处在上报这个奏折时似乎就不太相信，作了技术性处理，在副录本对这一指控作了删节，大概已不相信这个指控是事实。
关于前者，许应骙确实在礼部公开场合表示过对废八股还是废科举的不同意见。如果从言论责任上说，许应骙在政府决策过程中而不是决定之后当然有权表示对一项重大决策的看法，或同意或反对都是他的权力。但是当皇上真的动怒，要求他对这些事情说说清楚时，许应骙也就毫无办法。于是他想到了军机大臣刚毅，因为刚毅也曾对废八股表示过不同意见，他希望刚毅能够在皇上那里美言几句以减轻责任，至少希望刚毅能够出出主意，帮他渡过这一难关。
刚毅对废八股确实有自己的看法，也曾当面建议皇上慎重考虑，他对许应骙的请求并不感到意外，在力所能及的条件下，他也曾向皇上为许应骙说过好话。不过，得知弹劾许应骙的奏折出于康有为之手，他就明确建议许应骙不要被动挨打，而应反攻为守，不要急于辩白，更要敢于揭露康有为。刚毅似乎对康有为始终没有好印象。这便在事实上回应了康有为的指控，似乎清廷内部真的始终存在一个守旧派别，他们专以新政为敌。戊戌年间的新旧党争于此拉开序幕，由此注定了康、梁等人的结局。
新旧党争的态势当然不是皇上所期待的，作为清廷最高领导人，他背后有皇太后支持，他期望所有臣僚能够与政府同舟共济，推动新政顺利进行。因此当他收到弹劾许应骙的奏折后，自然很反感。他一方面要求许应骙明白回奏，一方面考虑刚毅的建议，在当天（6月20日）就教育改革这一系列问题赴颐和园向皇太后征求意见。
废八股、改科举、兴学堂的舆论已有很多年了，以八股为主要内容的科举考试制度积久成弊也确实到了不改不行的时候了，乾隆年间就曾有人提出应该改变八股取士的体制，曾国藩也曾表示过对八股取士体制的不满，但是由于习惯势力的反对，也由于当时中国尚未面临后来这般极困难的局面，也就不了了之。最近若干年，特别是甲午战后，国内舆论界在反思中国之所以失败时，除了种种细节与原因外，也总是归结于科举考试制度扼杀了人才，是中国在甲午战争中失败的根本原因。李鸿章、张之洞也曾议论过科举改革的事情，以为改革科举体制已成为变法维新第一等要事。皇太后对这些议论当然知道，她先前同意派遣幼童出洋留学，同意各地试办新式学堂等，似乎也有意在适当时候对八股取士制度进行改革。在她的信条中，只要是有利于大清王朝长治久安的建议，她都不应该反对，因为她毕竟是大清王朝的最高领导人，从当时的法律观念说，大清王朝也只是她的私家物产，她理所当然比任何人都更爱护它。所以，当她听了皇上的建议之后并没有表示反对。
康有为等人或许知道皇上将赴颐和园请懿旨，但皇太后的态度并不为他们当时所获知，在康有为等人的固有观念中，他们总想象皇太后是守旧领袖，总是站在旧的方面，总是设法束缚皇上的手脚。基于这样的想象，康有为于6月22日再上一个奏折，以翰林院侍读学士徐致靖的名义表达看法，建议皇上立下明诏宣布废除八股取士制度。其用意显然是向清廷施压，希望皇上能够突破皇太后和那些守旧大臣的束缚。
废八股还是废科举的道理不必细说了，但是康有为在奏折中肆无忌惮地攻击所谓守旧礼官，实际上开启了戊戌年间新旧党争，将那些原本并不怎样坚决反对新政的官僚用力推向了对立面，无形中增加了新政难度。
事实上，当皇上6月11日宣布将要实行新政改革以来，改革已成为清政府内部的主流意识，即便有些官僚对某些改革措施可能存在一些看法，但他们在清政府必须通过改革获得新活力这一点上其实都已建立了共识。而康有为等人竭力渲染清廷内部的守旧力量，并通过各种方式向皇上不断灌输新旧不两立的意识，实际上是在自我设限，给自己树立一个或多个对立面。
6月22日，许应骙遵照皇上的指示回奏，对康有为先前代拟的弹劾奏折所提出的问题一个一个说清楚。
在回奏中，许应骙对所有指控一律否认，强调没有一件是事实，没有一件能够成立。
比如弹劾折指责许应骙腹诽朝旨，在礼部公开表示新设经济特科并没有什么用处，一定会利用礼部职权裁减其名额。许应骙辩解道，严修奏请创设经济特科是由总理衙门核议，而我许应骙就是总理衙门大臣之一，正是我与李鸿章等大臣认为严修的建议有助于延揽人才，转移风气，故上报奏准。如果我不赞成严修的意见，完全可以不在这份文件上签署意见，何至圣谕下发后忽生腹诽？再者说，诽存于腹，该奏折的作者何从获知？其任意捏造，已可概见。
许应骙的这个解释合乎逻辑，估计也是合乎事实的。按照这种解释，许应骙不仅不是经济特科的反对者，而且是最早、最有力的支持者。
至于康有为原奏中指责许应骙在与门生后辈谈话时肆意诋毁西学，遇有通达时务之士则嫉之如仇一节，许应骙也作了完全相反的解释。他强调他来自风气开化最早的广东沿海，对于西洋事物夙所习闻，数十年来讲究西法，物色通才，先后为朝廷物色了一大批熟悉洋务、精通西学的人才。作为礼部尚书，其基本职守就是为朝廷发现人才、选拔人才，方今中国时事艰难，需才孔亟，但凡有一技之长堪资实用者，作为礼部尚书我从来不愿失之交臂。至于平日里与门生后辈交谈，也无不虚衷咨访，以便从中发现人才，冀有所益。从来鼓励门生弟子务求实际，无尚虚华。至于痛诋西学、敌视通达时务之士，真不知从何说起？
紧接着，许应骙接受刚毅的建议反攻为守，谈锋一转，称原奏指责他仇视通达时务之士也不能说毫无依据，因为他确实对康有为冒充西学大师招摇撞骗非常不满，多有指责。
许应骙解释道，他和康有为是广东小同乡，早就知道康少年时代无行乡里，名声极坏。康有为获得功名后，更是屡次横行乡里，频现劣迹，为众论所不容。康有为中进士后开始在北京活动，为了获取晋升捷径，康有为不甘寂寞，上蹿下跳，终日联络各方官僚，攀缘附会，吹嘘自己西学素养如何深厚，其实他的那点西学不过皮毛，绝无心得，不过是借端牟利，借径牟名，具有非常明显的投机色彩。许应骙说，康有为到北京之初也没有少来找他，只是他很早就看透了康有为的本质，不屑其为人，当然也就不愿与其往来，并告诫自己的门生弟子对康有为的言行保持警惕。许应骙在奏折中猜测，这大概就是弹劾奏折中所说的仇视通达时务之士的例证了。
绝地反击当然具有相当的杀伤力，这比反复唠叨辩解有效得多。许应骙接着揭发道，康有为检举他许应骙也不能说毫无原因，可能还与今年春天的保国会有关。当时康有为在广东会馆私自立会，聚众至200余人，作为礼部大臣恐其滋事，复为禁止，这既是礼部的职责所在，也是我许应骙修怨于康有为之所由来。
按照许应骙的解释，他与康有为之间的矛盾有公有私，有人品问题，也有政治问题。他还指责康有为是政治小人，狂妄至极，揭露康有为当获知朝廷召他奏对时，康即夸下海口，以大用自负，甚至向许多同乡扬言，他康有为即将奉旨充任要职，在中国政治发展中发挥重大作用。及至任命下达，康有为和他的门徒非常失望，不断抱怨。
很显然，许应骙的这些揭露如果属实，那可真是中国官场最忌讳的事情。许应骙还说，现在康有为可不得了，在京城纵横捭阖，结交三教九流，广通声气，袭西人报章之陈说，轻我朝典章与制度，以改革的名义胡说八道，其建言既不可行，其居心尤不可测。如果不将康有为免职，任其久居总理衙门，势必刺探机密，漏言生事。其常住北京，也必将勾结朋党，结党营私，败坏风气，扰乱政治，快意排挤，搖惑人心，势必会造成更大问题。
康有为当然并非像许应骙说的那样邪恶，皇上也没有认同许应骙的指责，立即对康有为采取组织处理措施。不过，许应骙的自我辩护特别是对康有为的揭露，确实使皇上不再追究那封举报信对许应骙的揭露，而更重要的是，皇上也没有像处理那封举报信一样，让康有为回奏说说清楚。显然，皇上对许应骙的这些说法表示默认，恭亲王的告诫、那些老政治家不断吹风，似乎都在影响着皇上的判断。而且，大清王朝的政治毕竟是稳定高于一切，像康有为这样的政治边缘人急切从事，似乎也不太合乎政治常态。康有为出局只是一个时间问题，尽管他并没有真正入局。他的另类思维和另类行事，在在与官场规则相悖。
一个可以适可而止的新科举方案
原本只是程序性的争议引起了无谓的党争，党争的直接后果是将科举制度改革方案尽最大限度地进行调和，以便各方都能接受。
6月23日，改革科举制度的上谕发表，宣布废除八股取士制度，要求乡会试及生童岁科各试中过去一直使用的四书文一律改试策论。为了妥善过渡，以免使正在准备考试的人受损，上谕还宣布这一改革将在三年后正式施行。至于如何分场、命题、考试等一切详细章程，上谕宣布将由相关部门具体拟定，进行改革。
显然，这个上谕照顾到了各方面的利益和面子，推动了教育制度实质性的改革，如果按照这个既定原则小步快走，其实要不了几年，中国的教育制度一定会向西方靠拢，向现代靠拢，而且不会因此引起剧烈反弹和大规模的反对，毕竟选择的是缓进办法。
然而，康有为太好胜了，太不知道适可而止了，从而使这场本可结束的争论不仅没有结束，反而有激化扩大的趋势。
康有为不认为上谕的发表是科举制度改革获得了进展，反而认为是皇上在守旧大臣的干扰束缚下向后退缩，特别是将改革的实行定在三年后，具体定章仍将由那些守旧大臣去制定，这都使康有为有一种挫折感，因为他总觉得三年时间太不确定了，变数太大了。
