梁启超认为，学堂学生所读书目分为两种，一种是专精，一种是涉猎。专精之书由总教习或分教习进行讲授，循序渐进，仔细体会，认真研读。专精之书研读时间约占每天学习时间的十分之六。涉猎之书主要是为了扩大学生的阅读范围和视野，由教习指导略加浏览，约占全部学习时间的十分之四。不论是专精之书还是涉猎之书，梁启超都要求学生将研读心得随时札记。每天都要将读过的书名、篇名、大致内容详细记录，并写出自己的阅读心得。梁启超要求学生每隔三五天要上交一次读书札记，由总教习或分教习批阅评定。
陈宝箴、熊希龄等湖南方面的朋友此时正高度信任梁启超，因而自然全盘接受梁启超的教学理念和教学方法，同意梁启超享有总教习的高度自主权，同意他以总教习的身份聘请韩文举、叶觉迈、欧榘甲三人为中文分教习。
韩文举、叶觉迈、欧榘甲三位都是康有为的门人，他们与梁启超一起前往长沙，是梁启超在湖南时务学堂的基本队伍。
韩文举，字树园，号孔庵，笔名扪虱子谈虎客，广东番禺人。一说生于1855年，一说生于1864年。韩文举自万木草堂时代就开始师从康有为，为万木草堂学长，也是康有为长兴里十大弟子之一，曾协助康有为编著《新学伪经考》《孔子改制考》等，是康有为学说坚定信仰者和捍卫者。来长沙之前，曾为《时务报》撰述。
叶觉迈即叶湘南，字觉迈，号仲远，广东东莞人，为万木草堂后期康有为弟子，此次在湖南时务学堂主要担负孟子及《公羊》学的讲授，主旨大约是宣扬乃师康有为的那些变法思想。
欧榘甲字云高、云樵，广东归善人，生于1870年，康有为弟子，此前追随梁启超在《时务报》担任撰述。
尽管梁启超带着李维格、韩文举、叶湘南、欧榘甲等基本队伍前来任职，但湖南政界、知识界大约习惯于此种风气，并不为怪。1897年11月14日，梁启超抵达长沙当天，湖南巡抚陈宝箴的公子陈三立、湖南学政江标、湖南按察使黄遵宪、时务学堂代总教习皮锡瑞以及湖南官绅、社会名流邹代钧、熊希龄、唐才常等前往迎接。由于时务学堂已经开学，全体师生齐集学堂门前燃放鞭炮。第二天，湖南知识界又在北门内左文襄公祠堂设宴为梁启超一行洗尘。在此后几天，梁启超的住处每天都是宾客盈门，就连后来非常反对梁启超的王先谦此时也是非常高兴，真诚欢迎梁启超的到来，以至尊长者的身份对年轻的梁启超尊礼有加，专门张宴唱戏，以示欢迎。也就是说，当梁启超初到湖南时，湖南各界普遍欢迎，真诚期待梁启超给湖南带来新思想、新文化，诸人倾服，自是实事，并没有人故意为难，更没有人起来反对梁启超。
湖南政界及知识界对于梁启超的到来是真诚欢迎的，这一点不应该有任何怀疑。不过，湖南知识界甚至政界在后来对梁启超的反对也是真诚的、坚决的，也不必怀疑。问题的关键，不是湖南知识界出尔反尔，而是梁启超变得太快。他来到湖南不是像知识界期待的那样传播新知识、新文化、新思想，而是利用合法讲坛，贩卖了康有为的一些思想异端，这让相对保守、正统的湖南知识界非常恼火。于是群起而攻之，必欲驱逐而后快。这是湖南知识界与梁启超发生冲突的根本原因。
康有为的那些思想异端深深吸引了梁启超，使他觉得康有为的这些学说才是真学问、真知识。他在主持《时务报》时，就有意宣传康有为的那些学说，也就是新学伪经和孔子改制。只是由于《时务报》毕竟不是梁启超个人的刊物，既要受制于重要赞助人张之洞的态度，又有汪康年、黄遵宪等重要创办人的约束，所以梁启超在《时务报》时相对比较谨慎和克制，并没有用康有为那些足以引起轰动的异义可怪之论去吸引读者。
到了长沙则不然。梁启超是湖南时务学堂的总教习，在学堂内享有教学管理的全部权力，而且熊希龄、唐才常、谭嗣同等人也对梁启超高度信仰和崇拜，梁启超无论说什么，只会引起他们的兴趣，而不会引起反感。最重要的是，学堂毕竟只是一个封闭的天地，梁启超的宣讲对象，只是那些学生，无关社会，无关大众。所以，梁启超在这儿有机会、有兴致放言高论，无所顾忌。
在重印康有为《长兴学记》时，梁启超一改先前谨慎态度，有意鼓吹康有为创立新孔教的意义，竭力彰显康有为“推孔教以仁万国”的思想动机，其实是在推举康有为为新宗教的教主。这对湖南正统派学人看来，自然是大逆不道，犯上作乱。
作为康有为的大弟子，梁启超充分认同康有为的学说，他在《读西学书法》中鼓吹康有为的新学伪经说，以为读者和青年学子不仅应该知道孔子为儒教教主，而且应该知道儒家经典都是由孔子亲手改定，是孔子留给后世的精神遗产、典制制度，是后世中国治理天下国家的百科全书。对于东汉以来直至乾嘉汉学所张扬的所谓古文经学，梁启超在《读西学书法》中认同康有为的判断，以为决非儒家正宗，而是两汉之际刘歆的伪造，是儒学的变异与无聊。刘歆将儒学引上一个文字训诂的学术道路，是对儒家精神的大破坏，直至康有为揭露了刘歆的这个阴谋，才使儒家文明重现光明。康有为就是儒教的马丁·路德，儒家精神就是因为康有为才获得了新生命。梁启超对康有为的这种推崇，如果只是在康门弟子中说说，肯定不会有什么问题，也是人之常情，但是到处张扬，到处鼓吹，就不免令人生厌，毕竟康有为还活着，他的人品、学问，在许多学者眼里不过尔尔，哪有你梁启超说得这样好、这样高？这也是湖南正统知识界后来讨厌梁启超的一个原因。
为了指导学生阅读《春秋公羊传》和《孟子》，梁启超还在繁忙的教学之余写了《读春秋界说》和《读孟子界说》两篇文章，前者借用康有为的观点，强调《春秋》为孔子托古改制创作的，其思想主旨是后世制法。曾被斥为“断烂朝报”的《春秋》，在梁启超眼里就蕴涵有非常丰富的思想内容，为明义之书，非纪事之史。孔子在《春秋》中所阐释的三世之义，就是在论证古往今来天地万物不断递进的道理。
在《读孟子界说》中，梁启超将孟子誉为儒家正统，以为孟子所传大同之义，属于儒家思想最有价值也最具现实意义的东西。至于《孟子》中的民权思想，梁启超更是格外张扬，以为孟子的这个民权思想是中国文明的重要成果，也是中国文明、儒家精神中最重要的闪光点，与西方近代以来的民权思想相比较，其内涵、意义不相上下，值得挖掘和清理，更值得发扬光大。
从现代学术视角看，梁启超依据康有为的研究理路对儒家精神中国文明的张扬与解读，并没有什么不妥或不可理解的地方。中国学术也好，外国学术也罢，一个重要的学术路径就是通过对前人思想遗产的再发现、再解读，展示自己的思想和现代人的理想。梁启超对孟子人文主义的发现，对孔子进化论的解读，其实都是这个意思，都是基于当时特殊的社会感受，从传统中挖掘、发现现实中所需要的东西。
梁启超如果仅仅对全社会发言，这是他的权力，也许还可以说是他作为知识人的职责。问题是，湖南人请他到长沙来讲学，来传播新知识、新思想，他不仅向社会发言，而且在课堂上向年轻学子传播这些思想异端，这大概是湖南正统知识人无论如何不愿接受也不能接受的。
在时务学堂内，梁启超鼓励学生独立思考，鼓励他们大量阅读西方近代以来政治、法律、思想文化方面的书籍，注意将这些西方的东西对照比较中国的，注意从现实生活中发现问题，拓展思路。
时务学堂的学生，本来就接受过一些基本的启蒙教育，他们在听了梁启超的这些启发式论辩后，其思想中的异端化倾向更加明显。这些学生在每天的札记中记下无数的思想异端，言论异端，积沙成塔，学生们的思想观念在不知不觉中发生巨大的改变。他们倾向于相信西方的民权思想和民权理想，倾心于西方的议会制度和民主理念，甚至在梁启超的诱导下，这些学生倾向于维新变法，倾向于改朝换代。凡此，都超过了正统知识人的心理底线。
梁启超的异端言论和学生的思想动向，并没有很快被湖南知识界获悉，人们只是感觉学生在梁启超等人训练下有了很大的进步，不知道学生的思想在转变。在梁启超主持时务学堂的最初日子里，湖南各界对时务学堂很恭维，比较一致的看法认为时务学堂在梁启超费心思的操持下总算走上了正轨，教员比较卖力，学生也知道用功。
然而到了春节放假时，来自全省各地的学生回家过年，他们将那些具有异端思想的札记及教习们的批语散布出去，于是全湘大哗，湖南一片震动，正统的知识人突然发现被愚弄，原本请梁启超到湖南传播新知识、新文化，不料引狼入室，给湖南带来了那么多的思想异端，将那些好端端的孩子影响坏了，于是在湖南全省引起很大的反动，甚至为1898年的政治变动埋下了伏笔。
事后想想，一向比较谨慎比较稳重的梁启超之所以在时务学堂，在湖南出现激进主义情绪，肯定与当时国内外大势特别是中国政治局势的急剧变化有着密切的因果关联，并不是梁启超思想中一以贯之的东西，更不是他的一贯作风。
梁启超是1897年11月14日率领李维格等人抵达长沙的，而之前不到半个月，11月1日，在山东曹州府巨野县发生了一起凶杀案，两名德国传教士被当地大刀会杀死。
梁启超一行抵达长沙的当天，德国军队借口巨野教案占领胶州湾。刚刚舒缓的中国民族危机骤然再度紧张，民族主义情绪再度突然高涨。谭嗣同等湖南维新志士不知为什么觉得这次危机比甲午战败还要严重，因此他们在胶州湾事件刺激下，开始考虑所谓“亡后之图”，计划以湖南独立为中国未来换取发展空间，以湖南作为中国民族复兴、民族再生的基地。谭嗣同等人认为，湖南的独立并不能仰赖于任何空言，必须诉诸行动，必须使人民习于政术，能够养成一种自治的习惯。正是基于这样一种考虑，谭嗣同等人向湖南巡抚陈宝箴提出创建一个南学会，以为他日之基，以便将地方自治向中国南方各省推广，一旦中国他日真的被列强所瓜分，那么南部中国数省就可以以此躲过浩劫，就可以不亡。
很显然，南学会并不是一般意义上的学会，或者说就不是学会。在谭嗣同等人心目中，他们规划的南学会只是一个政治组织，是地方自治的机关，是中国在民族危机日趋严重的历史关头的一个试验，其目的只是期望在大局不保情况下，以地方自治、地方独立去换取中国民族的部分生存空间，以空间换时间，为民族复兴民族重振奠定一个基础，准备一些条件。
胶州湾外交危机迟迟得不到化解，北方的《国闻报》等重要刊物又不断煽情，不断呼吁，政治高层由此也开始考虑借助胶州湾危机进行政治变革，于是谭嗣同等人筹建南学会的申请自然不难被陈宝箴批准，陈宝箴甚至同意以湖南巡抚的身份为南学会遴选省内开明官绅十人出任南学会会长。这标志着南学会的筹备正式启动。
1897年12月14日，也就是梁启超来到长沙仅仅一个月，他应约为南学会的成立撰写了一个专论。在这篇《南学会叙》的文章中，梁启超刻意强调湖南在中国未来政治格局中可能担负着特殊作用或功能，希望湖南在民族危机全面爆发之前抓住机会，努力发展，能够像日本幕府末期的萨摩、长州、土佐、肥前四大雄藩那样，在政治变革的关键时期充当关键角色，成为推动中国政治发展的重要力量，成为民族复兴民族重建的重要基地。
梁启超指出，中国地域辽阔，南北东西发展很不平衡，分久必合，合久必分，统一的中国有助于发展，但统一的中国也给发展带来许多问题，区域间的不平衡扩大了各地发展之间的差距，所以任何统一的政策在南方或许有用，但到了北方就有可能是弊政。因此，中国的未来或许在于各地因地制宜，利用各自的区域优势谋求进步，在一个中国大家共享共有的前提下获取进步和发展，这样可能要比生硬地捆绑在一起要灵活和方便。
从中国历史发展实际看，统一的中国是中国人的心灵寄托，但中国的真正发展优势并不在于彻底的大一统，而是各地自由自在、因地制宜、因时制宜的发展。传统中国始终实行的是一种分税政治，中央政府的收入始终没有超出其行政的实际支出部分，中央始终尊重地方的发展与选择，并不对地方的发展进行过多干预。中央政府始终像周王室那样是各个小邦国的共主，只是在各个邦国发生冲突时，以老大的身份进行干预和调解。从这个意义上说，地方自治是中国政治发展的一般形态，只有地方发展了，地方实力增强了，才有国家和民族的富强，而不是相反。梁启超认为，中国的国情决定了发展在区域上的不平衡，所以中国未来的真正希望，就是一些省份能够利用地域上的优势、特点先走一步，先富起来，并率先进行政治架构的创新与重建，然后再由这局部的试验和成功，去推动相邻各省的联合和进步。最后再由这些联合起来的强省共同推动全国的进步与发展。
