根据稍后传言，说皇太后此次回宫是为了就近观察皇上是怎样接待伊藤博文的，甚至还有人绘声绘色说皇太后在皇上接见伊藤时，在接见大厅的帘子后面监视，以防止皇上当面聘请伊藤为大清王朝的政治顾问。这种说法真的太过荒唐和不堪，完全是没有任何政治经验的猜测。
皇太后回宫在当时并不是什么机密，林旭在当天就获悉了这个消息，并很快转告康有为。根据林旭的分析，皇太后此次突然回宫一定与英俄两国军事调动异常有关，尽管他先前已经赞同杨锐的主张，劝说康有为迅速离开北京，但是到了这时，林旭似乎突然认为，在外患日趋严重的状况下，朝廷大约还不会对康有为动手或不利，因而他似乎倾向于康有为此时不必离开北京。对于林旭的说法，康有为似乎表示认同，认为在外患日急情形下，朝廷大概真的不至于仍然揪着他不放，不一定要把他赶出北京。然而，大约在林旭离开后，康有为和他的弟子们似乎又很快改变了看法，因为林旭与荣禄的关系太特殊了，林旭来说的这番话，谁能保证不是他林旭为荣禄当说客，为荣禄将对康有为不利而施展的烟雾呢？经过这样的分析，康有为反而加快了离开北京的步伐，毫不迟疑迅速离开北京。
康有为和他的门徒分析是对的，皇太后此次回宫主要是因为英俄两国的军事调动所引发的外交危机，同时也有杨崇伊奏折的因素。杨崇伊这份奏折，对于康有为来说，或许就是那棵压垮他的稻草。很久以来，朝廷内外官绅两界似乎都对康有为和他的同党有很多不满，各种各样的举报、小报告，也像雪片一样飞往朝廷，飞往颐和园。仅根据清廷官方记载粗略统计，7月8日，御史文悌上奏折弹劾康有为及宋伯鲁、杨深秀，指责康有为在京城任意妄为，遍结言官，把持国事。以为康有为之为人，讲学如明之李贽，干进如明之陈启新，尤属胆大妄为、不安本分。9月12日，都察院代递湖南举人曾廉上书，请求清政府诛杀康有为、梁启超。9月18日，杨崇伊密奏皇太后训政，为康有为不知何缘，引入内廷，两月以来变更成法，斥逐老成，借口言路之开，以位置党羽。这几条大概可以为逮捕康有为的上谕提供若干证据。如果康有为不逃离北京，就这样束手就擒，那么这些罪名无论如何不会致康有为于死地。康有为被革职治罪，不外乎大清帝国官僚阶层屡见不鲜的派系斗争而已，并没有什么了不起。这就是压倒康有为的最后一根稻草，康有为终于成为清廷内部派系斗争的牺牲品。
大约也就在皇太后回宫的当天晚上，在皇上向皇太后问安之后，他们两人应该对最近一天所发生的事情交换了看法，皇太后大约也向皇上当面交代怎样处理后续事项，这其中大约就有必须将康有为逮捕的要求，而这个要求在皇上感觉可能执行起来有点为难，因为那些弹劾奏折说的都是空口无凭、捕风捉影，况且康有为毕竟是新政发动的倡导者、推行者，现在突然宣布将其逮捕问罪总有点不够意思。皇上对皇太后的这个建议或者说要求不能不稍有抵触。然而皇太后毕竟拥有大清王朝政策的最后否决权、选择权，皇太后的政策建议不是一般的建议，不是让你去考虑，而是必须执行。这也大概就是皇上第二天早上召见袁世凯心灰意懒、接见伊藤博文而心不在焉的根本原因，他脑子里一定还在想，康有为究竟能有什么错呢，何至于被人这样步步紧逼？
对皇上来说，皇太后的话就是圣旨，不容怀疑，于是皇上在召见袁世凯、接见伊藤博文的前后，发布了一道逮捕康有为兄弟的命令：
谕军机大臣等。工部候补主事康有为结党营私，诱言乱政，屡经被人参奏，著革职，并其弟康广仁，均著步军统领衙门拿交刑部按律治罪。
很显然，9月21日（八月初六日）发布的这份上谕，并不知道康有为等人诛杀荣禄、派兵包围颐和园、劫制皇太后的计划，给康有为定下的罪名也只是“结党营私，诱言乱政”八个字，其理由则是“屡经被人参奏”。至于其弟康广仁，显然只是因为他是康有为的弟弟，受其牵连而已。
“多余的话”：康广仁究竟说了什么
朝廷虽然在9月21日宣布逮捕康有为兄弟，但是朝廷肯定对康有为的罪名并没有往很深很严重的层面想，更不会想到这是一个惊天大案，会牵涉那么人。朝廷大概以为那些言官不断弹劾康有为，不过是康有为树大招风、木秀于林风必摧之的结果，不过是帝国政治中从来不鲜见的党同伐异派系之争而已。这些争论使帝国内部保持了必要的张力，是君主专制的必要条件。在君主专制条件下，如果没有了派系冲突和党同伐异，那不就意味着皇权与官权处于紧张状态了吗？所以，君主专制下适度的派系冲突并不可怕，君主大约就靠着这样的冲突驾驭臣子，平衡权力。所以，在清廷宣布这一决定前后，根本没有涉及正在进行中的新政，根本没有从新政层面去考虑问题。9月19日（八月初四日），监察御史杨深秀依然按照康有为离开北京前的安排，向朝廷上了一个奏折，要求朝廷调袁世凯军队入京勤王，并聘请李提摩太和伊藤博文为新政顾问。
杨深秀在这份奏折中说，甲午战后这些年大事小事连年不断，劲敌环伺，皇上变法自强之计虽如救火追亡，但恐怕还是远水救不了近火，而士大夫抱残守缺、守旧梦者，竟然怀疑朝廷是故甚其辞，以耸听闻，不相信中国真的处在非常危险的境地。这几天事情终于有了一个结果，沙皇尼古拉二世既绘瓜分中国示意图，又向列强发出共同瓜分说。对于这样明显的政治危机，守旧者依然不是那么相信，竟然有人污蔑说这个瓜分图是康有为等人所伪造。这真是国之将亡的征兆。很显然，杨深秀这个奏折，就是拿李提摩太提交的那张列强瓜分中国示意图说事，以此证明政治危机的现实性、迫切性。
在康有为、杨深秀等人看来，中国的政治危机日趋严重，而之所以造成这种状况，除了各种复杂原因外，主要还是因为中国人的守旧意识太过严重。杨深秀在奏折中说，德、法诸国都说中国守旧者阻力过大，积成痿痹，商之不理，嚇之不动，只宜武断从事，谋定而发，这就是西方人在胶州湾事件时一意孤行、为所欲为的根源和背景。西方诸国从这个视角观察中国寻求共识，悍然不顾中国的利益和主权，在俄国首都圣彼得堡相商宰割天下碎裂中原之大计。据说他们的基本方案是，俄分我燕、晋、秦、陇，法分我闽、广、滇、黔，德分我山东、河南。英国虽然不愿与这几个后起的强国同流合污，丧失自己的既得利益，但鉴于新兴诸国的强势，英国也不得不要求瓜分吴、越、荆、益，以求抵制。
圣彼得堡瓜分中国会议的真实性虽然值得怀疑，但这个消息确实是引起当日政治变动的一个动因。除此之外，还有一个最直接也是中国人能够感受到的情形是，英国人为了抵制俄国人对其利益的蚕食，已经派遣七艘军舰开往大沽口。英国的军事行动必将引起各国的高度关注，各国势必在随后的行动中相互模仿，以求均衡和均势。
列强瓜分中国的说法由来已久，几年前中国的报章杂志也曾大肆渲染，通国皆知，中国的维新运动也就是在这样的背景下开始。然而，中国人的习性是，当危机爆发时会觉醒、会奋发，一旦克服了危机，或者危机开始化解后，依然重新沉沦，不思进取，致使近代中国的政治变革反反复复，前进不能、后退不得，长期陷入新旧胶着、新旧并存的僵局中。
基于对国际政治形势和中国所处国际地位的分析，杨深秀在这份奏折中引出刑部主事洪汝冲迁都、借才两项建议，以为对当前中国最重要的莫过于与新兴强国建立政治同盟乃至军事同盟，以为不如此，中国就很容易像波兰等国那样成为这些新兴强国的鱼肉。中国必须寻求强国的保护，必须放弃对沙俄的幻想，与英、日这样国家结盟。
从与英日强国结盟，又引申出“借箸之筹”，也就是当时北京官场广为流传的聘请李提摩太、伊藤博文等为客卿的建议。杨深秀指出，长时期生活在中国的李提摩太对我大清有着非同一般的感情，为我大清遍筹胜算，以为今日中国之危局，非联合英、美、日本别无图存之策。
李提摩太确实向中国知识界不断鼓吹过这个结盟的建议，只是这个建议并不被英、美、日诸国政府所认同，杨深秀大约不知道这些真相，只是以为李提摩太为欧洲名士，著述甚多，实能深明大略，洞见本原，既对中国怀有深厚感情，就一定会为中国谋划。
至于伊藤博文，正在北京，其人为日本一代名相，其出于亚洲战略的考量，对于中国的未来格外关心，必深愿联结中国，共求自保。这也是日本在获取一定成功之后的基本国策，所以不必怀疑日本人特别是伊藤博文对中国的感情，所以杨深秀请求朝廷早定大计，聘请伊藤，固结英、美、日三国，甚至可以考虑与这几个国家“合邦”，共建一个超主权的国家联盟。
很显然，杨深秀的这个密折，其思想大要都来自康有为，即便其文字，也带有很强的康有为特色。奏折的要点就是建议朝廷聘请李提摩太和伊藤博文为顾问，放弃李鸿章主导的亲俄外交路线，亲近英、美、日三国，并争取与三国合邦结盟。
在这奏折之后，杨深秀还有一附片。这个附片建议朝廷开掘颐和园中一个秘密金库。宣称自己对先前数年颐和园藏有大量黄金纹银的传闻详加考究，逐步弄清这个金窖的准确位置。现在国家建设在在需要资金，列祖遗留也就是让子孙后代在确实需要时以缓急需。因此杨深秀在这个附片中建议皇上准募300人，于9月23日（八月初八日）正式发掘。
这个建议表面上很无厘头，弄不清他的真实用意，其实如果结合康有为调袁世凯数百精兵包围颐和园、劫制皇太后的计划，就可以理解这个建议到底是什么用途了。当然，康有为和杨深秀的这些计划并没有明白告诉皇上，皇上如果真的知道这些计划而默许，其后果当然也就不是已经发生的那样简单了。
孤立地看，杨深秀的这些建议真的不明不白，所以这些建议提出后并没有受到朝廷的批评和指责，更没有问罪。然而到了皇上恭请皇太后出园三度训政的御旨发布后，人们方才醒悟杨深秀这个建议的深层涵义。
同样是根据康有为临行前的安排，多找一些志同道合者向朝廷上书施压，争取朝廷下令调袁世凯军队进京勤王，争取聘请伊藤博文和李提摩太为顾问。御史宋伯鲁在9月21日（八月初六日）也向朝廷上了一个奏折，几乎完全在重复杨深秀奏折的主张，但其结果却不妙，成为朝廷第一个惩处对象。
宋伯鲁这个奏折也是根据英俄两国海军在大沽口外异常调动、沙皇尼古拉二世在圣彼得堡召集瓜分中国会议的传闻而发议，其根据也与杨深秀的奏折一样，来自李提摩太传出的列强瓜分中国示意图，强调列强对中国已由先前虎视眈眈演变为实际行动，危急存亡，变在顷刻。中国如果不急筹善法，一旦列强先动手，悔将何及？基于同样的理由和判断，宋伯鲁在这份奏折中建议朝廷联结日、英、美以抵制强俄，并请朝廷命重臣如李鸿章者往见李提摩太及伊藤博文，与之商议，并以康有为为参赞。这个奏折如果在两天之前递交朝廷，或许没有什么问题，而现在不同了，康有为已悄然消失人间蒸发，于是龙颜大怒，以滥保匪人，声名恶劣，下令即刻罢黜宋伯鲁监察御史等一切官方职务，永不叙用，并下令通缉，捉拿归案，进一步追究其罪责。在朝廷命令下达前，宋伯鲁得到同乡好友，也同为关学会创办人李岳瑞的密报，他们二人相率逃往意大利公使馆避难。后在外国公使干预下，他们二人都免遭杀身之祸，但都受到严厉处分，永不叙用。
宋伯鲁之所以受到严厉处罚，是因为他在上书中继续推荐康有为，而就在他作这个推荐的时候，康有为却人间蒸发不辞而别，这当然使朝廷震怒、皇上尴尬。
拘捕康有为兄弟的密旨是9月21日（八月初六日）下发给步军统领衙门的，该衙门立即派遣缇骑300人于上午10时许包围南海会馆。然而正如我们已经知道的那样，康有为已于一天前悄然离开北京，其真实去向并没有告诉更多的人。步军统领衙门在南海会馆只抓到了康有为的弟弟康广仁，还有康有为的门人程式谷、钱维骥，以及家丁王升、王贵、田叔等五人，并查获康有为临行前没有来得及销毁的往来信件百余封，还有来客登记簿一本等相关文件。
在包围南海会馆的同时，步军统领衙门还派员包围了康有为经常留宿的张荫桓官邸，然而在那里也没有找到康有为。
康有为的出走从后来事态演变看当然是一个重大事件，但在当天似乎并没有显得多么严重，既然已经下令捉拿他了，那么只好扩大范围继续搜捕就是了，相信他也跑不了太远，一定会被缉拿归案。基于这样一种判断，皇太后在21日清晨似乎并没有因为康有为的事情影响自己的行程，她按照计划优哉游哉在早餐后返回颐和园，其行程与来时大致相同，水陆交替。由此可见，在皇太后的心目中，一场危机似乎已经化解，太阳还是照常升起。
