9月27日，日本外相大畏重信致电驻华代理公使林权助，就张荫桓以及中国新政未来趋势等问题发布指示，建议林权助在必要时可以朋友的身份劝告中国政府，不要对那些政治上的反对派做得太过分，要注意清政府在国际上的形象，要适当实行比较温和的政策。日本外相还建议林权助，如果这些建议不被清政府所接受，可以考虑多找几个盟国一起向清政府提出，目标就是使清政府的政治改革不致完全中断，像张荫桓这样的大臣不应该不经审判而被处死。
根据大畏重信的指示，林权助向中国政府提出严正交涉，清政府很快就答应了日本和英国的要求，明确表示不会对张荫桓施以最严厉的惩处。
林权助“朋友式劝告”、窦纳乐“宽厚人道”的提示，不仅拯救了张荫桓的性命，而且实在说来，深刻启发了中国政府处理这项危机的思路，促使政治高层在处理这一突发事件时不可能非理性地任意妄为，必须充分考虑中国的国际形象和未来前途。
从清政府内部说，即便李鸿章与张荫桓是政治上的死对头，那么也不是所有现存的高官都站在李鸿章一边，都是张荫桓的政治对手。事实上，在地方大员中，如湖广总督张之洞、两江总督刘坤一等，在政治立场和一些重大问题上，可能更多地与张荫桓比较接近，反而对李鸿章的主张，特别是其亲俄外交政策不以为然。至于荣禄与张荫桓也没有根本冲突，所以当他奉调中央负责处理此次政治危机时，自然不会落井下石，况且张荫桓即便有罪有错，也确实罪不致死。他是提携帮助了康有为，但康有为所做的那些阴谋，特别是诛杀荣禄、围园弑后等，实事求是地说，张荫桓确实一点都不知道。
对张荫桓的处理，事关中国的国际形象，关系到列强对中国政治的信心和未来想象。这一点盛宣怀就看得非常清楚。当事变刚刚发生后，他迅速致电湖广总督张之洞，建议由张之洞出面请求朝廷对这次政治危机及时止损，不要深究，不要扩大处理范围，以免在东西洋各国引起连锁反应。盛宣怀指出，既然康有为已经被英国人保护起来了，那么中英之间在未来一段时间一定会有相当困难，如果中国政府此时大开杀戒，处死张荫桓这样的亲英派，那么在英国看来，肯定会影响英国在华利益，以为中国政府完全倒向了俄国，这样英国政府总要寻找借口干预中国内政，中国的外交困境就更难化解。
盛宣怀是当时中国消息最灵通的人，他大约最早知道朝廷将调荣禄去中央主持日常事务，所以在荣禄离开天津前发去一封电报，明白表达自己对时局的看法和忧虑，为荣禄为朝廷出谋划策。盛宣怀认为，东西洋各国现在对中国政治有许多不好的评论，普遍对中国政治前景感到担心，担心新政从此终止，担心中国政局失控，担心他们的在华利益因此受损，据说各国可能会考虑在必要时出手干预。在这种情形下，朝廷的举动务必不可操之过急，千万不能剑走偏锋，务必不能扩大化，一定不能为各国的干预留下口实、留下机会。对于康有为等涉案人员，盛宣怀建议尽量从宽处理，务必不能让各国因此对中国政治前景失去信心。朝廷在尽量缩小处理涉案人员范围的同时，要公开向海内外宣示一切新政持平办理，并不会因为剔除康有为等人的影响而中止，反而会因为剔除他们的影响而适度加快。
根据盛宣怀的建议，朝廷对张荫桓、徐致靖以及康有为以下诸人尽量从宽处理，其目的并不单纯为了这些人求情，而是关涉中国在国际社会的影响和形象，期望中国不要因为康有为等人的阴谋而放弃或者中断已经进行的新政。新政中的问题可以调整，但新政的大方向不应改变，至少要让国际社会觉得中国政府不会因此改变。在盛宣怀看来，这一点非常重要，因为在过去几年，中国已经深深卷入了国际化进程，外国资本已经在中国经济构成中占有非常重要的分量，已经成为列强切身利益，中国如果处理不慎，势必引起列强的干预。
盛宣怀是当时中国少数通晓国际事务的重要人物，与政治高层有着非常密切的关系。他曾是李鸿章的部下，有一段时间，他的意见就是李鸿章的意见，或者说李鸿章的意见，就是盛宣怀的意见，也是可以的。最重要的是，盛宣怀并没有停留在李鸿章部下这个身份上，他与张之洞、刘坤一、荣禄，以及清廷中央政府层面的庆亲王、王文韶等，也都建立了非同一般的关系。这是当时许多人羡慕而又根本做不到的事。因此，盛宣怀的建议一定会引起政治高层的注意。清廷尽管接到高燮曾等言官速斩速决张荫桓等人的建议，也对这些建议非常有兴趣，但是最后还是不得不接受盛宣怀这样的建议，于9月26日宣布张荫桓虽犯有相当错误甚至罪行，但毕竟不是康党，与康党有着差别，因此决定区别处理，将张荫桓暂时交给刑部看管，听候进一步的处分。
清政府的决定当然是对英日两国公使建议的善意回应，也是朝廷内部所能够达成的基本共识。他们终于将张荫桓从康有为谋反叛逆的案件中摘了出来，张荫桓的性命暂时保住了，看管条件也随之改善。根据张荫桓的回忆，狱卒在那一天获知这一消息后纷纷前来叩喜，大约是为了要点赏钱。很快，张荫桓被从条件比较恶劣的监所带出来，送到一个条件稍好的地方监视居住。这个地方西屋三间，有吃有喝，只是没有自由。不过，张荫桓在那里平静地度过了两天，并没有人来审讯或谈话。
诛杀六君子
没有人审讯或谈话，当然不能意味着没有事情，更不意味着就此结案。事实上，在那几天，朝廷围绕着张荫桓以及其他一些被抓捕者的命运依然有新的争吵和争论。
9月25日（八月初十日），朝廷调荣禄即刻来京，同时责成袁世凯暂时代理直隶总督兼北洋大臣职务。这表明，皇太后出园训政后的中央政府将进行改组，政策也会相应调整，其目标当然以稳定大局为首选。
荣禄的到来为清廷此后的政治发展注入了新因素。过去的研究几乎完全听信康有为一派的宣传，以为荣禄是皇太后的死党，对皇上有着这样那样的看法，是戊戌年间政治上的守旧派，也是残害维新势力的主要凶手，所谓九月天津阅兵诛杀皇上变乱朝政等等，大约都是康有为等人基于政治斗争而编造的谎言，或许是康有为等人囿于历史局限而孤陋寡闻，只知其一不知其二。
其实，平心静气探讨荣禄的政治作为及其政治态度，我们可以看到，清廷自恭亲王去世后，一直没有找到一个能够在满洲贵族统治集团中充当领袖角色的重量级人物，庆亲王虽然在某些方面替代了恭亲王的功能，但其政治素养与涵养甚至其内在心情，似乎都与恭亲王相差甚远。在恭亲王的心目中，能够接替他担当满洲贵族统治集团领袖角色的大约只有荣禄，或者说只有荣禄是恭亲王心中的首选。
荣禄是满洲贵族统治集团中公认的领袖，但他并没有在恭亲王之后留在中央政府任职，相反却下放到地方，出任直隶总督兼北洋大臣，与汉大臣王文韶对调。当时选择这个方案，有各种各样的说法，主要的不外乎两点，一是多年来形成的满汉双首长制传统不应该被无端打破，庆亲王既然继续在总理衙门任职，那么荣禄就应该回避；二是直隶总督兼北洋大臣在当时政治格局中实在太重要，不仅扼住了北京的门户，其政治、经济方面的影响力也不可低估，决不亚于总理衙门大臣甚至军机大臣的责任。
在直隶总督兼北洋大臣的位置上，荣禄的时间并不太长，也就是短短三个月的时间，与新政相始终。在这段时间里，天津虽然并没有摆脱北京政界人士的影响，但总体上说，荣禄还是踏踏实实在自己的职权范围内行事，并没有什么出格的事情发生。
荣禄命运的转折是袁世凯从北京回来之后。袁世凯向他报告了谭嗣同夜访时谈到的武装计划，似乎也明白说到谭嗣同等人诛杀荣禄的计划，不过袁世凯在述说这个故事时反复强调，根据他的观察，谭嗣同、康有为等人的这个计划，只是他们的一厢情愿，不仅没有获得皇上的支持，甚至皇上根本就不知道。袁世凯之所以这样强调，当然是担心荣禄怀疑是皇上背后指使康有为、谭嗣同等人这样做，因为谭嗣同毕竟是皇上的近臣，受到皇上的恩宠。假如事情真的是这样，那么谁能保证荣禄能够继续对皇上忠诚？
袁世凯的介绍与述说，肯定深深刺激了荣禄。不过，荣禄的关注点不在康有为、谭嗣同这件计划是否有皇上指使或支持，而是舆论中对他荣禄人格及政治动机的怀疑，假如舆论都这样认为他荣禄有犯上之心，或将对皇上不利，那么他荣禄的人格人品必将受到人们的蔑视。在君主专制体制下，忠君是一切政治家必备的基本素质，假如连这个都做不到，那就不配谈其他事情。所以当荣禄听到这些消息后，他并没有对皇上，对什么人产生莫名的仇恨与愤怒，而是大惊失色，大呼冤枉，信誓旦旦表示，假如我荣禄有丝毫犯上之心，天必诛我。
但袁世凯相信荣禄不可能不怨恨康有为等人，难免也对皇上有怨愤之意。待荣禄接到朝廷召其入京主持朝政的命令后，袁世凯依然担心荣禄会对皇上有看法，会在某些问题上刁难皇上，所以他在荣禄临行前郑重其事地表示自己将誓死保全皇上，言下之意，假如你荣禄真的对皇上不利的话，就不要怪我袁世凯不讲义气了。袁世凯说，昔赵灵公为朝臣赵穿所杀，而史官董狐将责任记载在赵穿的叔父当朝大臣赵盾的头上。赵盾辩解，董狐不听，以为赵盾为正卿，既未逃亡躲避，又不出兵讨贼，赵灵公之死，你赵盾当然负有不可推卸的责任。现在你荣中堂身居要津，万一皇上有个三长两短，你就是跳到黄河也洗不清，天下后世一定会痛骂你荣中堂。至于我袁世凯世受国恩，假如皇上真的在未来有什么不测或不安，那么也不要怪我袁世凯不讲情面，我一定会以死相报。
袁世凯的话语深深刺激了荣禄。他正色道，你这是说的什么话。此事怎样处理，端的在我与庆亲王，不过我荣禄可以向你保证，无论如何处理，都不会累及皇上，你完全不必多虑。现在的朝廷格局，皇太后犹如祖母，皇上犹如父亲，他们之间即便有点矛盾和误会，我们做大臣的，处祖母、父亲之间为子孙者，唯一的选择是出死力以调和，决不敢偏袒一方，扩大矛盾；两宫决裂，非国家之福，对我们这些臣子来说，更是大祸临头，没有任何好处。
应该说，荣禄的这个分析和表态，合乎其身份，合乎情理和逻辑。正是带着这样一种信念，入主枢廷的荣禄在这突发事件的善后中起到了非常重要的作用，及早化解了朝廷中的误会，有效缩小了打击面。
两宫误解是一个客观事实，当康有为事件突然爆发后，特别是当康有为派兵包围颐和园、劫制皇太后的计划暴露之后，皇太后心里肯定不是滋味，因为她此时并不知道皇上究竟是否知道这个阴谋，不知道皇上内心究竟怎样想。皇太后内心一定一度懊悔，一定在想，假如皇上是自己的亲生儿子，他会这样对待自己吗？说到底，这毕竟不是自己的亲生子，因此在外人的挑拨下生出这样的歹毒计谋。
其实，正如我们知道的那样，皇上并没有介入康有为的这些阴谋，他请杨锐出主意想办法，也只是要继续推动改革，同时又能兼顾政治大佬的利益，特别是皇太后的态度，他发自内心敬重亲爸爸，对亲爸爸几十年的养育之恩一直念念不忘，他始终尊重皇太后，一切重大事情，无不首先想到请皇太后做主，所以皇上内心并不存在皇太后想的那些问题。所以当皇太后在这个事件爆发后，一再指责皇上时，皇上内心也不免有点委屈，有点不理解。于是我们看到，他除了恭请皇太后出山再度训政，收拾旧河山外，也真的别无办法，因为不论自己多么委屈，毕竟在过去一百天没有看清人，没有识破康有为这些政治小人的诡计，所以自己还是很幼稚、很不成熟，只好继续当学生，继续训练。况且经过这几个月的折腾和紧张，皇上的身体也真的出了点状况，又在这几天如此紧张如此惊心动魄的刺激下，皇上的精神和体力大约真的垮了下来。9月25日，也就是宣布调荣禄入京的同一天，皇上发布了一道上谕，详述自己的病情：
朕躬自四月以来，屡有不适，调治日久，尚无大效。京外如有精通医理之人，即著内外臣工切实保荐候旨。其现在外省者，即日驰送来京，勿稍延缓。
皇上病情因这几天的紧张有所加剧，也是可以理解的。至于皇上所说，自四月以来就屡有不适，也不是不可能。我们知道，皇上的旧疾尿毒症已有好多年了，在过去一百多天没日没夜的辛勤工作中，导致这个痼疾复发完全有可能。此后一年多，中国政治风波一个接着一个，有人确实建议废黜皇上，再立新帝，也有人坚决反对这个做法，朝廷最后采取了立大阿哥的折中办法，其实都是基于皇上身体状况日趋恶化的事实。过去，我们在康有为、梁启超超级话语影响下，始终不信皇上有病，始终以为是皇太后在对皇上进行迫害。其实，这个说法也只是一种恶的历史观，从人性的层面，从善的立场，我们应该相信作为一个合法政府，清廷实在没有任何必要向中外各界散布谎言，何况这些谎言并不难被揭穿呢？
