此时的鼬仍然以为自己可以安排佐助的命运，但他快就发现自己错了，佐助见过鼬后，原本快要被友情压抑的复仇之火重燃，为了尽快获得力量，他竟然离开村子，投奔了大蛇丸。
三年后，晓组织正在抽取一尾人柱力的尾兽时，发现木叶和砂隐的忍者找到了他们的据点。听说来者中有鸣人，鼬主动申请去拦截他们，一方面他担心鸣人这个木叶的柱力落入晓的其他人手中，另一方面，他想看看鸣人这几年的成长，是否能承受自己的托付。
自从上次见面后，鸣人一直在自来也的指导下修行，进步神速，看到鸣人使出大玉螺旋丸，鼬知道鸣人有足够的潜力。但他不确定鸣人对佐助的感情有多坚定，所以没有立即把重任托付给他。
此时佐助在大蛇丸的指导下，掌握了天之咒印的力量，开发了S级忍术麒麟，之后更是吞噬了大蛇丸。虽然尚未开启万花筒，但佐助仍然以为自己的实力足以杀死鼬了，于是他组建了一支小队，开始寻找鼬。而木叶村在经过支援砂忍和飞段角都的事件后，终于腾出手来，鸣人、卡卡西、大和等人组建了精锐小队，开始了第二次佐助夺回行动。
但鸣人还没找到佐助，就再次遇到了鼬。鼬已经做好了去见佐助最后一面的准备，在此之前，他有个东西要交给鸣人。鼬问鸣人：“你为什么对我的弟弟这么执着？那家伙是叛忍吧。”鸣人说道：“与你相比，我更把他当做兄弟。”听到这样的回答，鼬笑了，这应该是他离开村子后第一次笑得如此欣慰，看到世界上还有人爱着佐助，他很高兴。
鼬把止水托付给他的眼睛交给了鸣人，并设置成了一旦见到自己的万花筒，就会自动施展别天神。为了让佐助和木叶紧紧联系在一起，他做了多重保险，这是最后的一重，如果最终佐助与木叶为敌，将他视为兄弟的鸣人一定会去阻止，彼时能够改写他人意志的幻术别天神，就会迫使佐助“守护木叶”。只是鼬没有想到，最终中了这个术的人是他自己。完成这个布置后，鼬用分身告诉了佐助自己的位置，在宇智波家族的据点，静待着自己的最后一场戏。
佐助的队友被鬼鲛拦下，独自赴约。他回想着记忆中幸福的家庭，直到那个血腥的夜晚，宇智波一族的仇、父母的仇，终于到了清算的时刻。此时的鼬因为长期使用万花筒快要失明，但他还是强撑着陪佐助战斗。佐助再次问他为什么要灭族，他不信鼬做这种事会没有理由。为了让佐助把仇恨集中在自己身上，鼬编造了一个“真相”。
鼬：“你知道万花筒写轮眼的秘密吗？”佐助不解，鼬继续半真半假的编着：“万花筒写轮眼自开启的那一刻，便走向黑暗，使用越多封印就越严重，直到失去光明。只有移植亲兄弟的万花筒写轮眼才能恢复，并获得永恒的力量。当年之所灭族且不杀你，就是为了刺激你开启万花筒，然后夺取你的眼睛！兄弟相残本就是宇智波一族的宿命佐助，你就是我的配件！而我将开启永恒万花筒，达到宇智波真正的巅峰！”
鼬的这段戏演到了极致，让佐助信以为真。“全部都是为了这个么？”，佐助再没有疑虑，两人正式交手。
在手里剑和体术的较量中，他们不分胜负。但在幻术较量中，佐助中了月读，在幻术世界中被鼬挖去了眼睛。但佐助凭借咒印的力量和心中的憎恨，竟然破解了月读。形式看似逆转，鼬由于月读的消耗元气大伤，佐助趁机使出影手里剑之术，并用钢丝操控手里剑的机关，第一次击伤了鼬。两人从屋内打到房顶，开始了忍术较量。
在火遁对轰中，佐助凭借肺活量再次占据优势，但鼬知道这种程度的战斗是无法让佐助满意的，于是使用了右眼的瞳术天照。天照很快吞噬了其他火焰，差点烧到了佐助，鼬赶紧关掉天照，待佐助反应过来开始躲避时，他又小心翼翼的用天照烧掉了佐助咒印化的翅膀。
佐助用大蛇丸流替身术蜕皮逃脱，“不愧是你，看来只能用那招了”，佐助信心满满的准备着绝招。
他用火龙弹之术射向天空，加上之前两人的火遁与天照的高温，天空形成了庞大的雷云，骤然间电闪雷鸣。佐助跳上高墙，高举右手，仿佛一根避雷针。他用千鸟引导雷电直接劈向鼬，这饱含大自然威能的一击，就是他自创的S级忍术麒麟。
只可惜在忍者世界里，大自然的威能不过尔尔，鼬也拿出全力，用须佐能乎挡下了这被佐助寄予全部希望的一击。这是须佐能乎在剧中的第一次亮相，佐助从未见过这近乎神话般的忍术。此时的他连控制身体的力量都没有了，而先前被他吞噬的大蛇丸乘机从咒印中挣脱，直接发动了禁术，八歧之术。
可惜八歧大蛇刚一登场，就遇到了神话中的克星，手持十拳剑的须佐之男。大蛇丸好不容易重见天日，还没来得及说完一句话，就和八岐大蛇一同被十拳剑封印了，佐助身上的咒印也随之消失了，鼬的另一个目的达成——将大蛇丸从佐助身上彻底祓除。
只剩下一件事要做了，他朝着佐助走去。佐助用起爆符做着无力的抵抗，看到鼬说着：“我的眼睛…”他吓得退缩到墙角，瑟瑟发抖，这样的恐惧，就像回到了那个灭族之夜。最后，鼬抬起手，放在佐助眼前。“原谅我，这是最后一次了”，他轻轻点了下佐助的额头。
深埋心底的记忆开始浮现，眼前的鼬，一如小时候那个温柔的哥哥。鼬的戏终于落幕，倒在了佐助面前。
他所看到的未来，是自己死后，佐助重归木叶，成为替家族报仇、替村子诛杀叛徒的英雄。他已经告诉了佐助永恒万花筒写轮眼的开启方法，佐助将会移植自己的眼睛，达到宇智波的巅峰，然后重建家族。
他知道佐助无法看穿真相，但世上还有几个知道真相的人存在，木叶的人不会引火烧身，唯一的风险就是那夜和自己一起灭族的带土。
为此，鼬把天照封印在佐助的左眼，设置成只要看见带土的写轮眼就会自动发动，出其不意之下，应该能干掉那人。如果最终佐助还是得知了真相，要与木叶为敌，那么就只能靠埋藏在鸣人体内的止水的眼睛了。
鼬的计划可谓万全，连失败的补救措施都想到了。但他万万没想到的是，在之后爆发的第四次忍界大战中，已经死去的自己竟然被秽土转生复活，更是先于佐助遇上了鸣人，于是原本为佐助准备的别天神用在了自己身上。听到鸣人说佐助已经加入晓，正在向木叶复仇，鼬知道自己彻底失败了。
好在别天神没有浪费，“守护木叶”的意志帮助鼬摆脱了秽土转生的控制，鼬还可以补救自己的错误。他和鸣人、奇拉比一起解决了秽土转生的长门。虽然长门的轮回眼凌驾于万花筒之上，但力量的强弱要看是谁在使用，控制秽土转生的兜明显经验不足，放出地爆天星后原地发呆，鼬和鸣人、奇拉比合力炸掉了地爆天星，在烟雾的掩护下用十拳剑封印了长门。
鼬很清楚秽土转生的危害以及对战局的影响，立刻前去阻止药师兜。在路上，他冷不丁的遇到了弟弟佐助，看佐助这一副活见鬼的表情还挺喜感。此时的他已经知道了鼬灭族的真相，多年来自己一直恨错了对象，但他仍然无法对鼬欺骗他的行为释怀。
鼬说：“我曾想用谎言和幻术改写路牌，引导你走上一条没有岔路的直道。但我失败了，到头来害得你离开村子，成为罪人。”佐助说：“让我独自一人，一无所知的走在那条直道上吗？我根本不想走那样的路。”?鼬：“你说得没错，该怎么走应该由自己来决定。”这次鼬不会再犯相同的错误了，而且自己的弟弟也不再是无知的少年。
两兄弟边走边聊，来到了兜的面前。鼬与佐助和兜的这战，在我上期的药师兜人物志中有详细介绍。鼬凭借无须通过视觉施加的幻术伊邪那美控制了兜，并用月读问出了秽土转生的解法。此时战局正是白热化，忍者联军难以应付秽土转生大军，五影也在秽土转生的斑面前命悬一线，鼬此时解开了秽土转生，一口气解决了除斑之外复活的全部敌人，上万亡者大军瞬间只剩斑一人，彻底逆转了战局。但因为鼬也是由秽土转生复活，所以也会一同消散。
在升天之前，鼬告诉了佐助他所不知道的一切真相，从宇智波计划叛乱，到止水托付给他眼睛，再到团藏以佐助为筹码的交易，以及他们父母死前的话语。鼬这次没有编造任何谎言，也没有逼佐助放弃复仇，他只是把早该告诉弟弟的真相，全都告诉了他。
鼬：“我总是对你说慌，把你推的远远的，说着原谅我，下次吧。这一次，我诉说了所有真相，再没有隐瞒。你永远不原谅我也关系，但记住，无论你做出什么选择，变成什么样子，我都一直深爱着你！”
三代火影曾评价鼬，“七岁时的他，已经拥有了火影式的思维”。但并非每个人都想像火影那样思考，鼬是理性的化身，而佐助是感性的化身，他不必安排弟弟的命运。
正如止水传承给鼬的忍道：“忍者，是在黑暗中支撑和平的无名者”。加入暗部，执行见不得光的任务；调和家族和村子的矛盾，最后背负两者的罪行；成为叛忍，加入晓监视敌人；打败敌方首领，逆转第四次忍界大战。鼬所做的一切知者甚少，但他却是岸本笔下，完美的忍者。
疾风看着面前的自来也，疾风觉得这一次的战斗最后自来也一定会赢，在疾风的眼中自来也就是火影前期自来也就是最强，鼬是一个非常聪明的人，如果鼬最后输了的话，那就证明现在的木叶还是非常的强大，
不是一般人能够招惹的这对于木叶来讲无疑不是一种非常重要的保障，不过看着现在正在被天照所控制下的自来也，志麻和深作，疾风相信自来也一定会有办法，就算没有，鼬一定会采取一些方法帮助自来也逃脱，疾风现在真的是想要知道的是自来也会不会运用仙术，鼬会不会召唤出须佐能乎，两人进行后期的那种毁天灭地的战斗。
疾风回过头看着身边的佐助和鸣人，两人都是异常的担忧自来也。疾风看着佐助：“佐助，你痛恨你哥哥么？”
佐助听了之后非常的不屑：“如果你的父母被杀了，你会怎么办？”
疾风听了之后点点头：“如果是我，我或许比你还痛恨，还憎恶，但是佐助现在我要告诉你一些事情，有些事情说不定不是眼见为实，也不一定是被人说是就是，有些东西我无法告诉你，因为这样会对你的成长不利，你现在要记住的你不是为了复仇而变得更加强大。”
佐助听了之后直接无视疾风得话，疾风看着佐助，觉得在这时候自己或许可以对面前的人进行适当的引导，或许会有不一样的结果。
“那么佐助我问你一个问题，如果你把鼬杀死了之后呢？鼬现在对于你来讲是高不可攀，但是仅仅是现在，未来的你呢？就一定比他弱，假使你报仇了，那么之后的事情呢？我觉得报仇并不是你生命的全部，你的生命应该会有更重要的事情需要做。”
佐助听疾风的话之后，也是陷入了沉思，不知道该怎么办了，佐助自己从来没有想过这些东西。
