郑舜功《日本一鉴》书内，有关台湾、琉球及钓鱼屿的重要记载，见于此书第三部分《桴海图经》。《桴海图经》共分三卷，即《万里长歌》《沧海津镜》及卷三《天使纪程 ·夷海右道 ·夷海上道 ·夷川陆道》等有关日本国内交通状况的记载。
先从《沧海津镜》谈起。这一部分完全是图。郑舜功自称“参绘”，指参考了日本图籍绘成。《沧海津镜》开卷就绘的是台湾至琉球国间这一部分（见图 19）。图中下方右起第二岛注云：“小东岛，即小琉球，彼云大惠国。”文中“彼云”当然是指“他们日本人称为”而言，可见“小东”“大惠国”都是当时对小琉球即台湾的称呼。而迤北的鸡笼山、花瓶屿、彭佳山、钓鱼屿、黄麻屿（黄尾屿）、赤坎屿（赤尾屿）这些岛屿，都是中国历来沿用的名称，说明当时日本方面同样沿用这些岛名，并无其他琉语或日语的命名。
图 19 郑舜功所绘台湾至琉球间诸岛屿图
由于图 19是一幅航线的示意图，它本身并未直接反映出这些岛屿属于何国。然而，作为“移谕日本国王”、专为禁戢倭寇而出使的郑舜功，理所当然地注意诸如“岛屿都域之统属，水陆途次之程期，往泊经由之处所，莫不各究其指归”。这里虽然是就他到日本后所记而
《桴海图经》的第一部分，是用押韵的歌诀体写成广东至日本的航程指南，于每两句下用双行小字夹注（见图 20）。
图 20 《日本一鉴 ·桴海图经 ·万里长歌》载“钓鱼屿，小东小屿也”
郑舜功在“或自梅花东山麓，鸡笼上开钓鱼目”句下注云：“梅花，［千户］所名，去永宁［卫］八十里。自所东山外用乙辰缝针、或辰巽缝针，约至十更，取小东岛（即台湾）之鸡笼山；自山南风用卯乙缝针、西南风正卯针或正乙针，约至十更，取钓鱼屿……”以下注文，有两处特别值得注意：
其一，原注曰“自梅花渡澎湖之小东至琉球到日本”云云。方豪先生将句中标点为“渡澎湖之小东”，即“渡澎湖的台湾”。愚意以到日本”为妥，“之”在此作动词用，意为“前往”“去到”。这样，不仅与上下句中“渡”“至”“到”一气呵成，而且与前面“一自回头定小东”句下注文相呼应：
“按此海岛（指小东）自泉［州］永宁卫间抽一脉渡海，乃结澎湖等岛；再渡诸海，乃结小东之岛。 ”（亦即《穷河话海》卷六《地脉》所谓）“自闽泉［州］永宁间抽一脉去深沪［哨所］，东渡诸海，结彭湖等岛；再渡，结小东岛——一名小琉球，彼云大惠国”。
其二为：“钓鱼屿，小东小屿也。”郑舜功明确地指出，钓鱼屿属于小东，小东即台湾。若用现代汉语表述，即：“钓鱼屿是台湾的小岛。”上引注文称台湾为“小东”，表明当时日本方面也是承认钓鱼屿属于台湾这一事实。
奥原敏雄氏却不屑一顾地说：
［“钓鱼屿，小东小屿也”］这句话，除了理解当时钓鱼屿在地理上的情形外，什么意义也没有。再者，《日本一鉴》不是当时明朝的官方文书。郑舜功虽然曾经担任过密探任务，但当他汇编《日本一鉴》时，却和前任总督胡宗宪一起失足，在发配地过着灾难的生活，丧失了书写公文的地位。而且郑舜功在汇编《日本一鉴》时，显然是从在宁波设馆的许多日本人那里，获得了大部分的海上知识；他不过是从由此得到的知识中知道“钓鱼屿，小东小屿也”而已。奥原氏没有说明，如果钓鱼屿仅仅是因为“在地理上的情形”，何以能与西南 95海里的台湾联系起来，成了后者的附属岛屿？
决策的特殊使者身份，而把郑氏贬低为一个“密探”！另外，郑舜功返国后，由于派遣他出海的杨宜已经罢官，而杨的失势又是与受到胡宗宪的排挤密不可分。“城门失火，殃及池鱼。”所以郑舜功返国不久就丧失了自由，“数奇下狱，七载方伸”；他在宁波时实际已形同楚囚。而奥原氏偏偏强调郑氏的海上知识是从居住在宁波商馆的日本人那里得到的，无非是要掩盖郑氏所得海上知识，除了亲身考察之外，主要的部分系来自于日本丰后的官方人员，从而达到抹煞郑氏所著之为官文书的性质。
前已述及，郑舜功之受命使日，是在嘉靖帝批准礼部所议“移谕日本国王”的既定国策之后，郑氏“赴阙陈言”，“荷蒙圣明，遣使海外”，是由皇帝“特下兵部咨送总督军门，转咨浙、福军门，文移浙江司、道，议功使往日本”的，具有名副其实的外交特使身份。那么，郑舜功一行是否完成了肩负的重要使命呢？
郑舜功到达日本丰后岛之后，在短短的半年时间里，主要从事于以下三个方面的工作。
首先，是对丰后岛主源义镇等进行“开谕”：“以‘国客’之名，布忠信以宣文德，陈仁义以定奸偷，致使日本丰后君臣豁然开悟，后先归化”；从而“于丰后国察知奸宄之渊薮，盗贼之盘根，必欲塞源拨本，期无东灭西生之患”。经过深入细致的工作之后，“既得要领，渐次晓谕修理大夫源义镇，与国臣鉴续、长生、鉴增、鉴治，亲守鉴速、鉴直，国僧清梁等议，欲遣人附舟报使，请奉国典还国，一体遵照施行，以顺天朝之意，此先知向化之心也。”应该说，郑舜功的工作是成功的，效果是显著的。
其次，是他为后日撰写《日本一鉴》而搜集了异常丰富的资料，并且亲身考察印证：“自广至倭，山水物色，见无不询，询无不志，虽不得乎山海文字之精详，亦必记其声音、向方之仿佛。 ”“钓鱼屿，小东小屿也。”也是由此而志。到达丰后岛：
履涉及诹咨者，若岛屿都域之统属，水陆途次之程期，往泊经由之处所，莫不各究其指归，又非特记其地各倭音之仿佛，且考诸翻译寄我文字之精详矣！
最后，是郑舜功离丰后返国前夕，特派从事往谕日本国王一事，其结果为：
继而从事沈孟纲、胡福宁晓谕日本国王源知仁，与其文武陪臣近卫三条、西柳原、飞鸟井、滕长庆等会议行禁，遂与回书，并付印旗与孟纲等；经过丰后，丰后君臣告以差僧附舟报使文意，亦与信、旗。尽彼之域，回至潮州海上，执批投赴闢望巡检司照验，竟被弓兵毁灭批文，执诬下狱。信报得知，言于军门而不之信；令人赴广伸救，已陷杀于其间矣！这一意外事件，发生在嘉靖三十六年（ 1557年）“夏四月乙巳”即二十二日（ 1557年 5月 20日），晚于郑舜功返抵广东五羊驿 85天。事态发展到如此严重程度，实与当年海寇王直被杀事件有关，详见下文。这里要说明的是，上述记载是翔实可信的。原因在于：引文所述日本国王、文武陪臣之名，若非查有实据，郑舜功是断难凭空杜撰出来的，此其一；其二，沈孟纲、胡福宁二人持日本批文回到潮州近海，是“执批赴投闢望巡检司照验”，按郑舜功此书纪事止于嘉靖四十四年，而两年前“南临海”的原闢望巡检司已经改置为澄海县，新徙的闢望巡检司位于澄海县北的南洋府，地不临海，不可能管理海舶报批查验事务，这是不言而喻的。
采访夷情、随机开谕、归报施行”三项任务，他最终是完成了的。他的特使身份是确实无误的；他所撰写的《日本一鉴》其书具有官方文书性质；书内所记“钓鱼屿，小东小屿也”是当时连日本方面也确认的事实。
