大明靖康七年，慕容复为彰显其建国称帝的正统性，发举国之兵十三万，以为慕容钊报仇的命义，侵犯宁锦防线。
此时袁腾飞已升任辽东巡抚，继续坚持避敌所长，击敌之短，凭城固守，渐次进取的原则。
以袁腾飞为代表的主战派，为确保山海关不受鞑虏威胁，坚持“以辽人守辽土，以辽土养辽人”的作战方略，加固和扩建锦州、宁远及中左所、中前所、右屯、大凌河等关外诸城堡，调集兵马，充实粮饷，大兴屯田，募集6万余兵据守各城，袁腾飞坐镇宁远，平辽总兵赵率教镇守锦州，短时间内构成了一道宁锦防线。
五月六日，燕帝慕容复以为父慕容钊复仇、明朝在锦州等地筑城堡没有议和诚意为借口，亲率举国之兵十三万出沈阳，举兵向西，进攻宁锦。袁腾飞得到鞑虏过辽河的战报，立即布置：满宠移驻前屯，孙祖寿移驻山海关，黑云龙移驻一片石。锦州防务：以副总兵左辅统金国奇为左翼，以副总兵朱梅为右翼，平辽总兵赵率教居中调度，贾胜领奇兵东西策应，镇守太监纪用驻锦州，其他相关事宜，做了相应安排。
五月初九日，慕容复率军到了广宁旧边，命郡王德格类、慕容啥朗、亲王慕容阿济格、岳托、萨哈连，大皇子慕容格率护军精骑为前队，攻城诸将率率绵甲军等携带云梯、盾牌等器械为后队，亲自同亲王慕容代善、慕容阿敏、慕容莽古阿泰率军居中，八旗三队，鱼贯而行。鞑虏行进，分前、中、后三队；作战，则列为左、中、右三路。初十日，慕容复至广宁。鞑虏捉获明军斥候，经审讯得知：右屯卫以百人防守，小凌河、大凌河虽修城未竣也有兵驻防，锦州城修缮已毕，有马步军3万人。慕容复命连夜进军，轻取右屯卫城，直奔大凌河城。五月十一日，鞑虏由纵向的前、中、后三队，调整为横向的左、中、右三路——慕容复自率两黄旗和两白旗兵为中路，直奔大凌河城；亲王慕容代善、慕容阿敏，郡王硕托及总兵官、固山额真等，率两红旗和镶蓝旗兵马为右翼，直趋锦州城；亲王慕容莽古尔泰率正蓝旗的兵马为左翼，直取右屯卫。中路慕容复军逼近大凌河城，当时城池还没有修筑完成，守城兵撤往锦州。左翼慕容莾古尔泰逼近右屯卫，当时城池也还没有修筑完成，守军逃遁，奔向锦州。鞑虏轻取大凌河、右屯卫两城后，三路大军会师锦州，距城一里，四靣扎营。
袁腾飞调蓟镇、宣府、大同等地的兵马出关迎敌。锦州城激战后鞑虏进抵锦州城外，四面扎营布兵，将锦州城严密包围。时明太监纪用、总兵赵率教驻锦州，负责筑城、守城。当鞑虏将要到来时，左辅等人撤入锦州，筑城固守，准备抵抗。沿边小堡也都撤兵。沿边小堡也都撤军，归并大城，坚壁清野，合力御敌。
五月十二日开始，鞑虏开始猛攻锦州，直至五月二十六日，慕容复所率八旗军连续攻城十五日，除了在锦州城下丢弃无数的尸体外，连城墙边都没有摸到。
锦州被围，京师震动。明朝必派援兵，因此慕容复打的一直是“围点打援”的主意。攻城这个业务“我大燕”实在不熟，但是野战争锋，天下间还有谁是对手？（等到朱慈炅的大明中兴军登上历史舞台，慕容复之弟睿亲王慕容燕才会知道谁才是野战之王者）袁腾飞对此有着清醒的认识：不发援兵，锦州危殆：若发援兵，“正堕其计”。明军增援，势必失去所恃坚城，为鞑虏所败。
朝廷为了确保宁远，不准袁腾飞亲自率军增援，而是令满宠、祖弼等率军一万，前往锦州。
五月十六日，明山海关总兵满宠率军增援锦州，在爪篱山和鞑虏运粮偏师相遇激战，互有损伤。由于双方皆存戒心，战斗规模并不大。明援兵回到宁远，鞑虏回到塔山。五月十九日，袁腾飞再次派兵扰敌，但进展不大。
五月二十六日，慕容复见诱明野战之计不成，锦州久攻不下，派使劝降失败，便移师攻打宁远。除留少数兵马在锦州城外掘壕三道围困锦州外，鞑虏主力尽数开赴宁远。而宁远有袁腾飞亲自坐镇，鞑虏除了继续丢下无数尸体外，毫无寸进。
此次明军除凭借坚城利炮固守城池外，袁腾飞还令祖弼等将出城依城下寨。鞑虏一见，鼻子都气歪了：“竟然敢与我大燕野战？”明燕双方骑兵激战于野，稍有不利，祖弼等立即退入城下，鞑虏追击到火炮射程之内，明军城头火炮轰鸣，鞑虏军死尸遍地，一片狼藉，气得慕容复大骂袁腾飞卑鄙。
五月二十九日，慕容复回军猛攻锦州。遭红衣大炮炮击，死伤数千人。加之野人不耐暑热，疫病流行，被迫撤军。
六月初五日，慕容复开始锦州撤军，沿途毁坏大小凌河等城堡，于六月十二日回到沈阳。
这场宁锦之战以明军取胜告终，史称“宁锦大捷”。
明廷党争愈演愈烈，袁腾飞为避锋芒，辞官归隐。
大明靖康七年，“木匠皇帝”朱校心血来潮，乘船在御湖游玩，一阵怪风将他吹入湖中，随行宫女大监大乱，幸得随行的大内待卫反应较快，跳下水中将他们的皇帝陞下救起，但朱校从此染上风寒，在这个没有抗生素的吋代，很快要了他的小命。
明靖康帝朱校无子（他不知道皇三子朱慈炅不但活着，日后更能中兴大明，否则他会含笑九泉）在弥留之际，朱校下遗诏：立皇弟信王朱锦为帝，次年改远祥符。
此时大大监“九千岁”卫仲贤独揽朝政，朝中文武俱是他的党羽。他本想加害信王朱锦，谋士劝他说：“万岁（朱校）虽万事不理，他对张皇后和这个弟弟疼爱非常，公公切莫引火烧身。”卫仲贤只得作罢，因此为自己留下杀身之祸。
