团藏心中暗道不好，让根部忍者留下阻挡琼海自己疯狂逃命。团藏以为一切尽在掌握，哪怕琼海不爽也只能压下怒火，没想到琼海不顾后果直接打开杀戒。心中也后悔将人质放早了不然也不至于这样被动。
团藏没有向根部基地逃跑，而是跑向了九尾暴走的地方。团藏知道猿飞日斩在那里，团藏错估了琼海的实力。也没有想到琼海如此偏激。但是团藏知道这时候，只有猿飞日斩能够救他。
琼海杀心大起，不管根部到底为什么，不管根部的忍者有没有苦衷。只要拦在琼海面前的，不管是哪一族的人，统统都是死。虽然琼海还没有学会飞雷神术，但是琼海杀戮的速度却不比水门来的慢。三十二名根部精英只阻拦了琼海不到一分钟。
琼海解决根部忍者后，继续向团藏追去。此时团藏已经快要跑到动乱地点，猿飞日斩就在团藏眼前。团藏的心稍微安定下来。就在这时，团藏感觉到一股巨力，正是追击而来的琼海，一脚踢到了团藏的腰间。团藏以之前五倍的速度，撞破了一栋又一栋建筑向猿飞日斩飞去。
猿飞日斩也看清了攻击团藏的琼海，手中的如意金钢棒一横，拦住了要继续追击团藏的琼海。这时团藏也从废墟中爬了出来：猿飞日斩，木叶叛忍宇智波琼海，击杀暗部成员还袭击村中顾问。赶快组织人击杀他。
琼海没有理会团藏说什么，看见倒在了血泊中的水门与玖辛奈，走上前去。二人身边还有一个哇哇大哭的婴儿，正是他们的儿子漩涡鸣人。此时的水门与玖辛奈已经没了生命的气息，但脸上还残留着泪水与不舍。
琼海看向猿飞日斩：你真的要保他吗，如果不是他，我能及时赶到，水门与玖辛奈也不会死。
猿飞日斩开口：收手吧琼海，团藏毕竟是村子的顾问，而你也杀了大量的根部忍者。水门和玖辛奈是为了村子牺牲的。他们也不希望看到你杀戮村子的同伴。
呵，同伴？谁是同伴。见死不救是同伴，拿着我的同学与亲人的性命威胁我的人是同伴，还是宁愿村子被破坏，也要用手上的势力拖住我的是同伴。老头子我最后问你一句，你是不是今天保定他了。
三代听了琼海的话，自然联想到团藏的所作所为。这确实是团藏的风格，为了达到目的不择手段。但三代依旧不忍曾经的同伴在眼前被杀：是的，收手吧琼海。
哈哈哈哈，猿飞日斩，记住你今天的话，绳树，这就是你热爱的木叶，腐朽不堪的木叶。猿飞日斩，从今天起，我琼海不欠你的了。好自为之。说完琼海便带着水门与玖辛奈的尸体还有鸣人离去。
见琼海走了团藏对猿飞日斩说：为什么放了他，他残害同村忍者，理法不容。
猿飞日斩淡淡的说道：团藏，你太过分了，根部解散了吧，你自己做了什么你自己清楚。朔茂的事情。这次又是水门夫妇。我希望你安安静静的做一个顾问吧，再有一次，我也保不住你。你不要把琼海逼成宇智波斑，而且这个虚弱的木叶，也没有第二个初代火影能去抗衡他了。说完这些话，猿飞日斩仿佛用尽了力气。
这一天对猿飞日斩来说简直是地狱。听信了团藏的话，没有让琼海守着生产的玖辛奈。琵琶湖死了，水门死了，玖辛奈死了，九尾暴走，木叶被破坏了四分之一，牺牲了近一成的忍者。都是因为自己错误的决定。就连极力挽回的琼海，也被团藏用亲人朋友威胁，自己又因此与琼海交恶。
次日，战损报告出来了。琼海被罢免了暗部总队长禁足家中。团藏的根部明则解散，实则潜入了更深的黑暗中。这都是顾问团商议的结果。猿飞日斩再次接手火影之位。整个木叶都沉浸在九尾之乱后的哀伤中。
琼海被禁足后，也没有再出过家门。鸣人被琼海安排在琼海送给玖辛奈的房子中。美琴高价请了带孩子的佣人。九尾人柱力自然不可能留在宇智波一族中。九尾之乱后，因为九尾的眼睛在暴走时，出现了写轮眼的图案，宇智波一族也被木叶高层孤立。
不久后传出鸣人是袭击木叶的九尾妖狐的化身，宇智波一族则是幕后的指使者之类的谣言。这种谣言不用想，必然是团藏传出来的。这样一来，鸣人的保姆自然辞职不干了，任谁也不想生活在恐惧之下。
就算是高价雇来的保姆也依旧会厌恶鸣人，对此琼海也很烦恼，总不能不管他让三代接手。况且三代接手的鸣人活得有多惨，如果没有九尾的话怕是吃过期的东西就吃死了。久世小雨前来探望琼海的时候，琼海想到了解决办法。
渣男琼海拜托小雨照顾水门和玖辛奈的遗孤漩涡鸣人。并不是为了什么隐藏身份，而是水门是战争下的孤儿，名字也没有什么来由，自然随玖辛奈的姓氏。小雨难以拒绝琼海的要求，也是因为自己(虽然还有鼬与佐助)，琼海被威胁没有来得及去拯救四代夫妇，鸣人才成了孤儿，对此小雨或多或少有些愧疚。(本来小雨没资格知道这些，琼海告知)
接下来的日子中，琼海自然是禁足家中，闭门谢客。除了几个熟人，谁都不见。三代火影不再熟人之中。琼海显然有这个实力来摆这个谱。猿飞日斩知道现在说什么火之意志也不会有用，也不来触琼海眉头。放任自由。毕竟哪怕琼海不为木叶出力，他在木叶一天，也相当于一尊守护神。虽然没有指望禁足令能限制琼海，但琼海就是这样安稳的待在家中足不出户，高层自然也不会再去找存在感。
木叶的金色闪光，波风水门牺牲在九尾之夜的暴乱中。三代火影从新执掌大权。琼海闭门不出。大蛇丸沉迷科研。自来也长期外出游历。木叶进入了衰落期。猿飞日斩提卡卡西入火影直属暗部中，做自己的头号小弟。卡卡西确实给力听话，为猿飞日斩代替团藏解决了很多问题。优势是比团藏更听话，更容易控制。
一年后，暗部发现大蛇丸在做人体实验，三代率暗部前去清剿。手持金刚如意棒的猿飞日斩将大蛇丸打的毫无还手之力。三代虽然老了，但还挥的动棒子。最后三代动了恻隐之心，放过了大蛇丸，大蛇丸叛逃。木叶村宣布大蛇丸为S级叛忍。
在大蛇丸叛逃前夜，大蛇丸来到宇智波富岳家。
琼海君，你给我传讯有什么事情吗。
琼海回道：大蛇丸老师。虽然我现在不是暗部的总队长了，但毕竟在暗部待了几年，村子有点风吹草动还是很容易知晓的。作为你帮我保存水门与玖辛奈尸体的报酬，免费赠你一条消息好了。团藏有了小动作，你危险了，及时转移。
大蛇丸说道：琼海君的报酬还真是廉价呢，不过这也是重要的消息了，先谢过你了。
琼海说道：消息是免费赠送的，我的报酬当然不会这样廉价。田之国已经被我暗中控制，除此之外还给你准备了五处落脚点。拿着我的信物你就可以全盘接受了。人员方面如果你不喜欢可以就地遣散。说完琼海抛给大蛇丸一柄印着宇智波族徽的忍爱之剑。
大蛇丸见到忍爱之剑后，竖瞳一缩：看来所有人都小看琼海君了。这份礼物我收下了，真是想的周到，琼海君布置很久了吧，看来你早就猜到我会是这个结局了。琼海君的势力和眼界真是不亚于实力呢。
琼海说道：大蛇丸老师，希望你能妥善安排好水门与玖辛奈的尸体，不要耍花样。二代的秽土转生我也有所涉猎，水门的灵魂在死神肚子中无法召唤，需要特殊方法。玖辛奈相信你也没什么兴趣。毕竟八尾你已经研究过了，九尾也差不多，并不在玖辛奈身上。因为这样的小事相信你心里也有权衡。
大蛇丸回道：琼海君真是厉害，连上任八尾人柱力的事情都知道，明明我已经做的很谨慎。放心吧，因为这样的事情得罪你并不值。我要走了，相信琼海君也不想留我吃晚饭。说完大蛇丸缓缓沉入土中。大蛇丸可能永远不会知道，琼海究竟从哪里得知自己的事。
大蛇丸叛逃后，自来也便彻底离开村子，一面寻找大蛇丸，一面这书游历。猿飞日斩又苍老了几分。
