荷兰人当然不可能就这样放弃，之后他们又做了多次和中国通商的尝试，还曾经想让暹罗国王做中间人，但是都失败了。原因有四，第一是明朝的官员对于海外事物都有天然的恐惧，多一事不如少一事，一见洋人到来，第一反应就是赶走了事。第二是因为葡萄牙人决不允许有人和自己分享明朝的生意，想尽办法行贿、游说，鼓动明朝官府驱逐荷兰人。第三是因为荷兰人和葡萄牙人刚到东亚时一样，还把这里当成非洲沿海那种没有强大国家政权的地方，肆无忌惮地劫掠，激怒了明朝。葡萄牙人很机灵，及时转变了政策，因此租到了澳门，荷兰人却还没有及时转型，而且他们试图武力夺取澳门，更让明朝官府认为他们是个威胁。第四是明朝官府了解到荷兰与日本的关系很密切，明朝刚刚在朝鲜结束和日本的战争，这种时候凡是和日本有关的事情都会拒绝。结果就是，荷兰人虽然在日本那里获得了经销权，却没能带来足够的中国商品，日本人也开始怀疑荷兰人的诚意，甚至认为他们根本就没有购买中国货物的渠道，现有的这点货物都是抢来的。
万历末年，荷兰逐步巩固了自己在东印度群岛的统治，建立了巴达维亚城，也吸引了一部分华商到巴达维亚贸易，但是巴达维亚的距离太远，前去贸易的华商数量不仅和澳门完全无法相提并论，和西班牙人控制的吕宋相比也远远不如。到了天启年间，荷兰人认为不用武力无法打开中国的国门，于是再度出兵攻击澳门和澎湖。然而，澳门的葡萄牙人并非能随便捏的软柿子，明军虽然在军事科技上已经落后于欧洲，但毕竟还有压倒性的数量优势，荷兰人的行动再次失败。福建巡抚南居益方面派出千总陈士瑛前往巴达维亚交涉，要求荷兰人停止对中国沿海的进犯。陈士瑛并没有到达巴达维亚，只是和荷兰在北大年的领导进行了交涉，双方并没有谈拢。荷兰人铁了心要和明朝直接贸易，明朝官府铁了心不让他们来。
荷兰人在台湾大员筑城之后，情况发生了变化。过去明朝海军强盛的时候，会在这一带巡逻，但是现在连巡逻都没有了，在大员也没有建立据点，没有明确的管辖机构。荷兰人占大员，没有触及朝廷的底线。虽然仍有一部分官员极力主张发兵驱逐荷兰人，可是始终没能实现。大员离明朝统治区的距离比巴达维亚近得多，所以也能吸引更多的明朝商人，但是明朝的海禁政策越来越严，只靠小规模的走私，荷兰人还是难以获取足量的货物。于是荷兰人通过明朝海商作为中间人，先是许心素，随后是郑芝龙，但是很快，荷兰人就发现他们在价格上受制于这些有垄断地位的中间商。而且，由于明朝海军的孱弱，荷兰人没有像葡萄牙人那样选择用贿赂的方式讨好明朝官府，而是继续进行海盗行为，试图以武力掌握中国沿海的贸易。
郑芝龙接受明朝的招安之后，逐渐成为了中国沿海的海贼王，也开始垄断贸易，其海军也装备了大量欧式船只和火器，开始有了与荷兰人叫板的实力。由于郑芝龙在日本有很深厚的关系，郑家船只直接前往日本贸易，让荷兰人的利润大为减少。荷郑双方不断摩擦，甚至发生了料罗湾海战这样的大规模对决，郑芝龙在明朝官府的支持下，有着在荷兰人看来近乎无穷无尽的船炮，荷兰人在中国沿海无法和这样庞大的兵力相对抗。郑军虽然一度吃了些亏，但是船只、人员都有源源不断的补给，很快就击败了荷兰人与海贼刘香的联军，东印度公司所有试图武力压服郑芝龙的尝试均以失败告终。
在荷兰人到来之前，明朝商人是东印度群岛土著各邦的最大客户，他们买走了大量的香料带回广东、福建。荷兰人到来之后，不许明朝船只前往吕宋、高棉、暹罗等地贸易，威逼明朝商船都前往大员或巴达维亚。爪哇岛上的下港原本是一座以华商为主的贸易中心，荷兰人强迫当地的华人迁往巴达维亚。更大的问题出在胡椒上，明朝商人利用原来的关系网，深入摩鹿加群岛，直接从土著手中购买香料带回国内，荷兰东印度公司为此想方设法切断明朝与摩鹿加群岛、安汶岛之间的航线，拦截过往的明朝商船。由于荷兰和西班牙是敌对关系，荷兰人对前往吕宋、鸡笼的明朝船只也是想方设法拦截。巴达维亚是因华人而兴盛起来的，当地的商人和工匠几乎都是华人，如果没有华人输入各种物资，缴纳赋税，荷兰人在巴达维亚根本待不下去，但是华人也遭到荷兰人的重税盘剥，受到各种限制。
被各种内忧外患折腾得焦头烂额的崇祯皇帝当然不可能注意到这些，但是葡萄牙人注意到了。此时，欧洲的局势发生了巨大变化，最近几年，西班牙在欧洲战场上的处境十分不利，接连被法国击败。借着加泰罗尼亚大起义的机会，葡萄牙也脱离了西班牙的统治。荷兰的长达七十多年的独立战争就要结束了，澳门当局认为，西班牙很快就会承认荷兰的地位，与之停战，但是，荷兰东印度公司对葡萄牙殖民地的攻击绝不会因此停止。马六甲已经被荷兰人夺走了，由于阿曼的崛起，葡萄牙在印度洋西岸的势力退缩到了莫桑比克，还面临当地人的频繁抵抗，葡萄牙人目前需要拼死保卫澳门、科伦坡、果阿，实在是没有余力去顾及边远的帝汶了。帝汶有丰富的檀香资源，也是葡萄牙离香料群岛最近的据点，然而那里离澳门的直线距离超过三千六百公里，又在荷兰人的控制区背后，葡萄牙人要维持在那里的统治是十分困难的事情，很大程度上仅仅是靠当地部族首领的合作。要想真的在帝汶站稳脚跟，必须有足够多的移民，修建起要塞和码头。澳门的葡萄牙人当然没有这么多人口，所以他们希望和荷兰建设巴达维亚一样用华人去殖民。
