安庆城中聚集了从江南败退来的各路败兵。陆上力量以马士秀、高通之两部最强，这两队人马都是闯军的叛徒，互相之间既合作又戒备。水军则是以黄斌卿最强，黄蜚的余部数量虽多，却已成了一盘散沙，大小军头们各有各的主意。黄得功的部下没逃出多少，已经无足轻重。此外还有一些零零散散的小军阀不断汇聚到安庆，这些人的军纪有好有坏，为了争夺粮饷地盘经常发生冲突。
以张天禄、张天福为首的清军绿营部队紧追不舍。李本深、高进库、胡茂桢、王定、郭虎、田雄、马得功等人都加入了对昔日同僚的追击。他们很快便追到了安庆城下，开始攻击。城内的明军连统一指挥都没有，分守各门抵抗，打了两天便坚持不住了。黄斌卿等人的水师没有弹药，只能自保而已，无法支援陆师。
然而就在安庆危在旦夕的时候，上游方向出现了无数帆樯，有一支军队水陆并进，扑向安庆，岸上的大旗是“大明征虏大将军秦国公刘”，水上的大旗是“大明江西权将军武安侯刘”。
刘宗敏和刘芳亮的出现令绿营诸将大为震惊，尤其是刘宗敏，他现在已经是大明朝实际上的最高统治者，却撇下了武昌的无数事务，长途奔袭七百里，来救援高杰部、马士秀部这些闯军的叛徒，以这些汉奸们狭隘的心胸，是根本想象不到这种事的。由于完全没有想到闯军会来袭击，清军根本没在西侧做警戒，发现闯军的时候，已经来不及逃脱了。八旗部队都在江南忙着镇压抗清运动，追击高通之、黄飞等人的清军全都是绿营，一见情况不对，又没有满洲太君约束，立刻纷纷跑路。在这些天下顶尖的逃跑高手面前，就算是刘宗敏和刘芳亮也没占着什么便宜，虽然缴获了大量的甲仗物资，收降了一批炮灰部队，大将却几乎全都被放跑了，只有王定比较倒霉，因马蹶被擒，解往武昌正法。
刘宗敏、刘芳亮等人入城，面对的是一个尴尬的场景，马士秀和高杰的部下们是闯军的叛徒，与刘宗敏等人曾经势不两立，黄飞等黄得功的部下也曾经是各路农民军的劲敌，如今，这三方势力却站到了一起。见到刘宗敏的仪仗行来，黄斌卿、黄飞、胡学海、高通之、程秀夫等人一齐下拜，刘宗敏急忙跳下马来，扶起黄斌卿：“太祖皇帝有制，见上官稽首为礼，诸位这等大礼，刘某如何敢当。”朱元璋当年确实是有过这样的规定，在蒙元统治之下，汉人处处都要向蒙古人跪拜，因此朱元璋对此甚为憎恶，规定官员见到上司不用跪拜。可是在实际执行之中，这项制度就越来越走样了。上级的官威越来越大，到后来跪拜成了官场惯例，下级不跪拜反而被被视为无礼。海瑞就曾经因为坚持礼制不肯向上官跪拜，被称为“笔架博士”，受到上级的打击排挤。万历年间的袁宏道哀叹：“苦膝欲穿，腰欲断，项欲落，嗟呼，中郎一行作令，文雅都尽。”李自成昔年做驿卒时，也得见人就跪，故而对这种陋习深恶痛绝。建立大顺政权之后，便规定除了“天、地、君、亲、师”之外，任何人不得受人跪拜，甚至恢复了唐宋旧制，臣子可以坐着和皇帝说话。
刘宗敏搀起黄斌卿：“明辅兄抗倭御虏，功勋卓著，刘某虽未谋兄之面，然闻兄大名久矣。”黄斌卿年长刘宗敏十岁，故而刘宗敏以兄称之以示亲近，黄斌卿连忙谦逊。刘宗敏转向黄飞：“靖南侯身殉社稷，名垂千古。我辈武人当铭记靖南侯之高山景行，誓以抗虏兴复为念。”
刘宗敏对黄蜚部下们也勉励一番。黄蜚的部队是辽海上各路水师的大杂烩，中军游击沈邦清，旗鼓周应选、牛英、李永年，副总兵黄虎、池凤高，参将周方苏，福建将官林察，抚顺将官郭惠明，标营将张大炮，都司沈高简，天津总兵曹友义，石城总兵马登洪，觉华岛副总兵向明时，游击黄光祉、张成功，都司池凤鸣，总兵朱赞明、胡学海、包玉……这些人跟随黄蜚从辽海来到长江，都有比较坚决的抗清意志。黄蜚死后，他们没有统一的指挥核心，互相不服，每一个小军头实力都不强，正好可以被闯军吸收利用，补充水战的短板。
最后，轮到高通之、程秀夫、马士秀了。
刘宗敏拉住高通之的手：“我与你父早年相识，他是个老实本分的庄稼人，当年陕北大饥时，他周济过我两碗稀粥，若不是这两碗他从牙缝里省下来的粥，说不定我早就饿死在什么地方了。先闯王曾经说过，翻山鹞若肯归来，往事一笔勾销。如今你叔父抗虏而死，过去的恩恩怨怨，尽数不必再提。”刘宗敏望向高通之身后的邢夫人和高元爵，神色有些尴尬，“元爵侄儿自当袭父之爵，他母子仍由通之你来奉养。”最后来到马士秀面前，马士秀深施一礼：“士秀愧对总掌盘，愧对总哨。”刘宗敏长叹一声，“总掌盘”和“总哨”正是当年李自成和刘宗敏纵横陕西时的称呼，马士秀就是在那时背叛了李自成。刘宗敏说：“九江、安庆之役，将军挫败左贼投敌卖国的阴谋，有大功于国，不管我们之前有什么私怨，只要将军走上扶明抗清这条路，宗敏都敬你是条汉子。”
刘宗敏率领众人来到安庆巡抚衙门，宣读义兴皇帝朱慈烺的诏书。首先是封赠史可法、黄得功、高杰、黄蜚等抗清殉难官员。黄得功之子黄雷袭靖南侯之爵，高杰之子高元爵袭兴平伯之爵，黄蜚之子黄定辽袭南昌伯之爵。虽然义兴朝廷实行的是和大顺一样的降等袭爵制度，但是为国捐躯者的爵位不在此列。刘宗敏重新整编安庆的明军部队，原属于黄蜚部的人马全部编入了周凤梧指挥的湖广水师，黄斌卿就任提督长江水师权将军，统辖池州、安庆、九江三地的水师，制将军马进忠副之。安庆的陆上防务由制将军郭升负责，果毅将军马士秀副之，郭升是明朝正规军出身，和马士秀从未打过交道，和他合作马士秀会比较轻松。驻守池州的是制将军刘汝魁，果毅将军马惟兴副之。高通之授果毅将军，程秀夫授威武将军，隶属于郭升。至于黄飞，刘宗敏另有安排。战斗于宁国一带的义军金声部被绿营于永绶、丘越部击败，败退到了徽州，闯军刘世俊部接管了徽州的防务，金声被任命为徽州知府，吴应箕被任命为池州知府，其余江天一、尹民兴、朱盛浓等义军首领大部分被授予文职，有的留在本地，有的前往湖广、江西任职，范云龙等武将则编入刘世俊麾下。领导宁国义军的邱祖德曾经是明朝的山东巡抚，闯军攻下北京之后派人招降他，他杀了闯军的使者逃走，然而刘宗敏还是亲自接见了他，委任其为安庆知府。不过，如今知府一职的权力也没有多大了，刘宗敏以安、池、徽三府地处前线为由，实行军管，钱粮事务都由郭升、刘汝魁、刘世俊三人掌握，官吏考核也是文官和武官一同说了算，就算是刑狱诉讼，也不完全由知府负责，凡是涉及通敌逆案的，全都是三个制将军做主。刘宗敏欣喜地看到，三府的士绅有不少与清军勾连。这些日子明朝的文官们经常劝刘宗敏不要杀戮过多，刘宗敏便决定采用“温和”的办法——通通发配贵州。这样一来，很多土地就没有主人了，没收的土地或者直接分给原来的佃户，或者交给军队家属耕种。这些工作都以军队为主，知府只起辅助作用。
