2000年，全县连续遭遇干旱、冰雹等灾害，尤其是旱灾，为多年来所罕见。祁连、旦马2乡粮食几乎颗粒无收，草场未能返青；大红沟、东坪、西大滩等乡的粮食作物大部分未能出苗。7～8月份，打柴沟、西大滩、赛什斯等14个乡镇又连遭冰雹袭击和霜冻。全县因灾造成粮食作物减产2767万公斤，油籽减产368.6万公斤，死亡大畜1150头（匹），小畜5952只，洪水冲坏民房和牲畜棚圈3672间，造成各类经济损失3781万元，受灾人口18.6万人，成灾人口12.64万人。县上先后下拨救灾款185万元，救灾粮75万公斤，面粉15万公斤，重点安排了重灾区的群众生活。
2001年，全县遭受特大旱灾，春播前后的60多天无降水，致使部分耕地无法下种，下种的农作物出苗期推迟，大部分乡镇农作物出苗率只有50%～70%，旦马、大红沟、祁连、哈溪尤为严重。水库蓄水量占历年同期的60%，大部分河流来水量减少3～5成，部分人畜饮水管道、机井和水窖已断流干涸。秋季松山、大红沟、哈溪、天堂、东坪、朱岔、赛什斯、炭山岭、石门、柏林、安远等11个乡镇的42个村先后遭受严重冰雹、洪水灾害。全县农作物受灾面积29.56万亩，绝收9.86万亩，大小畜死亡4.2万头（只），全县农牧业直接经济损失6652万元。受灾人口17万人，成灾人口16.2万人。省地安排天祝县救灾款151万元，县上下拨各乡镇救灾款280万元对灾区进行救助。
2002年，石门等乡镇遭受了特大洪水、大面积病虫害、高温干旱、强冰雹等灾害，农作物受灾面积达28.96万亩，占总播种面积的90.21%。洪水冲毁倒塌民房244间。各类经济损失5531万元。受灾人口16.2万人，成灾人口14.2万人。灾情发生后，上级部门安排救灾款125万元，县上下拨各乡镇口粮救灾款180万元，动员社会力量筹措资金164万元，省慈善总会向受灾严重的大红沟乡捐赠面粉5万公斤，解决了灾区群众生活困难。
2003年，朱岔、柏林、赛什斯、打柴沟、东大滩等15个乡镇遭受多次冰雹、暴洪、雪冻、青秕等多种自然灾害，致使39540户168417人受灾，农作物受灾面积24.83万亩，成灾面积22.7万亩，造成直接经济损失6011万元。上级下拨救灾款210万元，县上下拨各乡镇救灾款220万元。同时，安排灾民建房补助款66万元，使5个乡镇220户灾民建房842间，当年迁入新居。
2004年，遭受了雪冻、霜冻、干旱、暴雨、洪水、冰雹、山体滑坡等多种自然灾害，19个乡镇的农作物均遭损失，道路、农田、渠道、人饮工程和学校、民宅等程度不同受损，全县共受灾18.4万人，农作物受灾31.6万亩，成灾31万亩。冻死牲畜2030头（只）。其中，大畜688头，小畜1342只。房屋受损934间（倒塌27间）。山体滑坡致2人死亡。造成直接经济损失1.14亿元。共下拨各乡镇救灾款240万元，安排建房资金30万元，确定建房对象100户，新建房屋459间。
2005年，全县遭受严重干旱、霜冻、洪水等多种自然灾害，造成农业经济损失5099万元，致使4.1万户18.4万农业人口人均减收277元，群众生产生活受到严重影响。县上累计下拨救灾资金410万元，对9名农村癌症患者免费发放价值5万元的药品，对50多名因病、因灾致贫的特困户、残疾户解决救助款4万多元。发放救灾衣物3万多件。完成灾民建房179户。
（二）抗震、抗洪救灾
1.天祝、古浪、景泰6.2级地震救灾
1990年10月20日，天祝与古浪、景泰3县交界处发生了MS6.2级中强度破坏性地震，使天祝的松山、东大滩、钱宝3乡的33个村、3450户、17588人受灾，造成经济损失总额5749.9万元。
县抗震救灾指挥部及下设后勤组现场办公室、社会治安组、医疗组、物资供应组、灾情调查组等，分头展开抗震救灾应急工作。共搭设帐篷245顶，防震棚791间，修复牲畜棚圈1690间，无偿发放兽医药品价值1.05万元，灾民医药品2000多元，救灾面粉13075公斤，煤炭186吨，洋芋8000公斤，油渣4000公斤，竹帘子410捆，毛毡322条，棉毯1269条，发放应急赈灾皮大衣、棉大衣、棉裤、棉鞋等2921件（双），旧衣物35000件，各类捐款16.28万元，使灾民生活初步得到了安置，迅速恢复了自救生产能力。随后，国务院拨专款748万元，用于灾区重建家园。
1991年5月28日，重建家园工作正式开始，核定灾民1008户4942人。进驻灾区的各类工程队57个。经过8个月的施工，共完成投资717.23万元，重建单项工程800多项，各类房屋建设5255间，建筑面积69710平方米。其中民建部分完成投资433.41万元，修建民房4033间，52240.74平方米；用于重建、加固畜牧兽医站、乡村文化站、学校、乡卫生院、派出所、粮站、供销社等公共房屋254.15万元，建房391间，28829.95平方米。投资75.7万元，建成农电线路21.6公里；投资15万元，建成人畜饮水渠1.5公里，新打大口井18眼，解决了2977户人，14140头（匹）牲畜的饮水困难，恢复了1700亩农田的灌溉。
对于地震八度区之内的囊锁、藏民2村群众除主房外的所有侧房、棚圈、大门、围墙等，也都按照统一抗震要求进行自建。群众共自筹重建家园劳力和各类建材实物等折合人民币368.2万元，自建房屋638间7320平方米，自建棚圈2130间46880平方米（其中新建468间10296平方米，加固维修1662间36564平方米），民工建勤修建乡、村道路5公里，修建饮水管道16公里。
2.天祝、古浪5.4级地震救灾
1996年6月1日晚，抓喜秀龙、安远、哈溪一带与相邻的古浪部分地区发生了MS5.4级地震。
震灾发生后，县委、政府立即抽调干部逐户核查灾情，并争取重建资金179万元，发动全县干部群众捐助10万元，安排灾民生活，使1.8万灾民得到了救助，1300间危房和棚圈得到了修复，6所学校恢复了正常教学，2所医院得到了重建，3项水利工程如期竣工，妥善安置了灾民的正常生产生活。
3.“6·7”抗洪救灾
2002年6月7日，天祝县遭遇自1951年以来最大的强降雨引起的洪水灾害。石门、抓喜秀龙、打柴沟、华藏寺、安远、炭山岭、朵什、赛什斯、祁连、旦马、大红沟、东大滩、天堂、朱岔、西大滩等15个乡镇遭灾，石门河沿岸尤为严重。洪水造成2人死亡，3600亩庄稼被淹，1600余头（只）牲畜被冲走，沿岸公路、桥梁、树木、房屋及其他建筑物均被毁坏。
灾害发生的当日，市、县主要领导和有关部门负责人急赴现场领导救灾，解放军指战员、机关干部、农牧民群众、学校师生共3400余人参加抗洪抢险，营救溺水人员3人，救治伤员3人，疏散、解救被困群众160余人。灾后重建中又得到了省市有关部门的大力资助，灾区的生产生活很快得到恢复。
五、城乡社会保障
1998年10月，县上制定了《天祝县城乡居民最低生活保障制度》。1999年7月，又制定了《天祝藏族自治县城乡居民最低生活保障制度实施办法》。当年共保障低保对象122户379人，发放保障金21万元。2000年，县上成立了专门调查机构，对22个乡镇、82个行政事业单位、36家国有和集体企业进行调查。经调查，应享受城市低保对象1998户5479人，农村应保对象9987户43090人。当年，共向城市低保对象发放低保金176户581人计37万元，向农村低保对象发放低保金280户434人计10.94万元。2001年向270户892人发放城市低保金46万元，至2005年，增加到1991户5018人390万元。
六、群众自治机构建设
（一）村（居）委会建制
1990年，全县共辖5镇17乡221个村，4个居民委员会。同年在原有安远、哈溪、团结路东、团结路西居委会的基础上，新设华藏寺南街、中街2个居委会，居委会总数增加为6个。
1991年，将东坪乡的扎帐村分设为罗家湾和扎帐2个村，赛什斯乡的大克岔村分设为大克岔和小克岔2个村。全县村委会数增加到223个。
1992年，将大红沟乡的20个村合并为9个村；即西顶、马房沟并为西顶村，东槐、朵家沟并为东槐村，灰条沟、陶家湾、格岔沟并为灰条沟村，东圈湾、三角城并为东圈湾村，大红沟、峡口并为大红沟村，马路、道阳并为马路村，大沟、排路台并为大沟村，红沟寺、旧寺沟并为红沟寺村，地湾子、长沟并为下西顶村。赛什斯乡的20个村并为12个村，即上水、大滩、先明寺并为大滩村，克岔、华家沟并为克岔村，大克岔、小克岔并为大克岔村，野狐川、雪沟并为野狐川村，土城、石家滩、藏民沟、野狐川脑并为土城村，原阳洼、麻渣塘、拉干、下古城、上古城、东大寺、先明峡7个村不变。将钱宝乡12个村以原生产大队为基础，调整为红石、石塘、滩口、中大沟、阿岗湾、芨芨滩6个村，全县村委会数调整为198个。
1993年，将祁连乡的12个村合并为8个村，即边沟、南岔并为边沟村，下河、宽沟滩、寨子滩并为祁连村，石达坂、长达坂并为石达坂村。全县村委会数调整为194个。
1994年，将东坪乡的9个村并为先锋、坪山、扎帐、大麦花4个村。全县的村委会数调整为189个。
1995年，在县景电移民区成立了富民、红溪、小岭子3个村，全县村委会数调整为192个。
1998年，将祁连乡的祁连村分设为祁连、寨子滩村。旦马乡的白羊圈、康路并为康路村，赛什斯乡大克岔村的大克岔组并入阳洼村，小克岔组并入克岔村，景电移民区的3个村移交给景泰县，全县的村委会数调整为188个。
2000年，全县辖5镇17乡，188个村，6个居民委员会。
2003年，炭山岭、石门、打柴沟、安远、哈溪、钱宝、赛什斯设立9个社区居民委员会。2004年12月，因对乡镇区划进行调整，对打柴沟等镇的村民委员会进行调整，原柏林乡划归打柴沟镇的石板沟、上庙儿沟、下庙儿沟合并后称多隆村。松山镇藏民、囊索合并为藏民村，达隆、果曲、水沟合并为达隆村，鞍子山、大沟、土沟、马圈合并为鞍子山村，松山街、松山城合并为松山村。祁连乡撤销边沟村，边沟村的村民小组分别划入天山村和祁连村；撤销庙台村，庙台村村民小组分别划入祁连村和岔山村；老虎沟村并入马场滩村。炭山岭镇的旺直良、祝藏沟并入拉卜子村；大科什旦、阿沿沟村合并为阿沿沟村，石门脑并入四台沟村。
调整后全县有172个村民委员会，758个村民小组，17个社区居民委员会。
（二）群众自治
1991年，县上在钱宝乡进行了村级组织建设试点工作。1992年，在华藏寺镇开展了以党支部为核心的村级组织整体化建设试点工作，并在全县各乡（镇）、村推行，健全了党支部、村委会、共青团、妇女、治保、民事调解、计划生育、科普、村民小组、红白理事会等各种村级组织。
1993年，全县开展了村委会第一届换届选举。在各村普遍建立了村民代表大会制度、村民议事制度和村理财委员会，制定了村规民约。
1996年，全县进行了第二届村委会换届选举。对村、组等其他组织进行了调整，完善了村规民约等制度。
1999年，全县举行了第三届村委会换届选举。各村均建立了3年任期目标规划，村干部工资从乡统筹中支付，年薪在600～3600元之间。
2001年，县委、县政府制定了《关于全县推进城市社区建设的意见》，成立了天祝县社区建设工作指导委员会，加强城市社区群众自治工作。全县有191名村干部分别在省、市、县党校受培训，69名村干部进入县委党校大专班接受培训。
2002年，城市社区建设工作全面开展，对原有居民委员会进行了调整。县城社区居委会调整为南街、中街、路西、华干路、路东、铁路新村、花园台、寺滩8个居民委员会，主任、支部书记由一人兼任，人选从公务员中选拔，给予副科级待遇；文书由公务员担任；在居民中选举副主任，月工资350元，由财政供给；从居民中选举3～5名居委会委员。
2004年，新设立更名社区居民委员会9个，完成了第五届村民委员会换届选举和居民委员会选举工作。
