在去义乌之前，戚继光总结自己十几年练兵和作战生涯，汇总整理自己的治军思想和策略，已经完成了《纪效新书》的初稿，这是一部流传后世的兵书佳作。
在这部书中戚继光面向文化程度有限的士兵，采用浅白平直的手法，详细阐述了他的一整套练兵教战思想：从严格选兵，到从严治军严明号令；从实战标准训练，到严明军纪亲爱百姓；从赏罚公平爱护士卒，到以身作则培养将领；从革新装备创新阵法，到操作要求考核标准，与现代特种兵训练的思想和方法已经非常接近。
戚继光就以此书为基础制定了新军独特的训练计划，并在台州沿海的一处山谷内建好了营寨，一应训练物资和用具都已齐备，万事俱备只欠东风。
戚继光带着四千新兵来这里驻扎，面对这支全新的军队，戚继光踌躇满志，他终于有机会按照自己的练兵思想和方法，训练出一支真正的铁军--铁一般纪律、铁一般本领、铁一般担当、铁一般精神。
训练之前先要整编部队，戚继光摒弃了卫所和营伍两种军事编制，而是通过层层选取的方式，从将领到哨官到哨长到队长到士兵，自上而下自行挑选。这样的好处在于能够保证士兵之间的团结。编队完成后，记入花名册，每人都发一枚记载个人信息的身份牌，不得擅自变动，今后日常训练、分发军饷、领取武器等均按照花名册和身份牌实行。
训练主要分为练将和练兵，戚继光认为练兵之要，先在练将，将帅是一军之长、一举一动都会影响到全军。通过对将领进行德、才、识、艺四方面培养，再根据各个将领的特点，委以相应的职务。
对士兵主要进行耳、目、手、足、心以及营阵的全面训练。
一练耳目，使士兵绝对听从指挥，令行禁止。
戚继光对军纪律法要求非常严苛，讲究上行下效，令行禁止。给士兵们灌输军人服从军纪律法为唯一天职，军纪之重要，犹如军人之核心，只有军纪森严，才能得堂堂正正之师，结堂堂正正之战阵，摧枯拉朽，所向披靡。
二练手足，使士兵体格健壮，武艺精强。
为了让士兵活动手足，提高肢体的灵活性、耐受力和协调能力，戚继光从“武当内家拳”及“太祖三十二势长拳”和“温家七十二行拳”等拳法中挑选招式，去粗取精，去繁存简，编写了一套《拳经三十二式》，包括三十二个技术动作。在每天训练开始前，士兵们都要先练习此拳，活动筋骨。后来这套拳法散落民间，成为太极拳的起源之一。
初期的体能训练，就让义乌兵吃够了苦头，戚继光的训练方式堪称魔鬼，让士兵腿上绑沙袋，肩上扛沙包，穿上几十斤重的铁甲，手持十几斤重的大枪，练习急行军，以达到奔跑一里而不气喘为训练标准。最终目标是让他们成为顽强毅力、健壮体力、持久耐力于一体的强兵，这完全符合一名合格特种兵的必备条件，也体现了现代特种兵训练的方法和标准，正是这样的训练保障了戚家军持续作战能力和长途奔袭能力。
戚继光要求士兵习武务必要遵循实战技巧，不许学习和使用花式套路。他认为套路是不能杀敌的，招式练得再纯熟，也是死招，但是那些套路经过戚继光的提纯，那些士兵经过有针对性的反复苦练，能得稳、准、狠、快之诀窍，更容易杀敌制胜。
以枪法训练为例，戚继光把每个作战技巧都总结成一个字，士兵对练时“一字对戳一枪”，“万遍不得失，字字对得过”，每个技巧都要练习万遍以上，达到人枪合一的地步，将复杂动作内化为自然动作。俗语“不怕千招会，就怕一招熟”就是这个道理。这也与现代特种兵简单实用的格斗训练方式不谋而合。
三练心胆，使士兵亲附将领，士气高昂，勇敢作战。
戚继光坚持为将者应以身作则，所有将领都要在训练中与士兵同甘共苦、身先士卒、充当表率。
戚继光还坚持赏罚分明的原则，主张无论平日训练还是战时行动都应赏罚公正，赏不避仇罚不避亲。他制定实行严格的训练条律和连坐法，并将这些年剿灭倭寇时俘获的巨额财富大都用做训练经费和军饷，重赏训练表现优异的将士，对训练中操作失误或不听指挥的情况则严惩不贷。
为方便赏罚操作，他制定了“军士考核制度”，将士兵技艺分为不同的等级，训练表现好的将士等级会不断提高，而训练效果差的将士等级会下降，等级提高则给予奖赏，等级降低则给予惩罚，以提高军士荣誉感，更让军队凝聚成一个整体，爆发出强大的战斗力。这完全就是现代KPI考核制度的翻版，这也体现了戚继光的先进的训练理念。
四练营阵，使士兵协同作战，共同对敌，增强威力。
戚继光在长期的实战中早就意识到，面对装备精良、训练有素、剽悍勇猛的倭寇，如果单凭顽强的战斗精神和奋勇的舍身搏杀，出身乡民、训练时间尚短的新兵无法占得上风，只会造成巨大的伤亡损失。只有通过实用高效的阵法，才能弥补新军的弱点，极大地提高他们的战斗力。
为此戚继光编练了很多阵法，但都不太满意，直到他的老朋友徐渭的到来。徐渭是代表浙直总督胡宗宪来视察并慰问的，同时他还给戚继光带来了一个人--兵部职方司郎中唐顺之。
唐顺之是明代一位奇人，他是阳明心学传人，同时又是儒学大师、军事家、散文家、数学家，可谓博采众长，有经世济时之才，却始终得不到重用，混到现在五十几岁，还只是个五品的兵部郎中。
这次他从京城到浙江视察军情，与胡宗宪协谋讨伐倭寇。为了平定东南倭患，他写了《武编》详细论述了自己抗倭的军事思想、战略和战术。到浙江后，他便到处推销自己的这本著作，希望浙江将领把它用在实战，然而事与愿违，这本书无人问津，这让唐顺之大失所望。
后来他遇到了徐渭，徐渭看了这本书，长叹一声对唐顺之说：“能看懂你这本书，并把它发扬光大的全浙仅有一人。”唐顺之忙问是谁，徐渭说：“我刚好要去看他练兵，你和我一起去吧。”就这样，他把唐顺之带到了台州。
徐渭和唐顺之首先参观了新军的训练，看到四千新兵热情高涨，军容严整，都赞不绝口。
看完训练后，三人在戚继光的大帐内叙话，徐渭把《武编》递给戚继光，戚继光随意翻看起来，很快就爱不释手，看到兴起处他猛地拍了一下桌子，把徐渭和唐顺之都吓了一跳。戚继光有点不好意思，他拿起书问徐渭道：“不知此书是何人所著？”徐渭哈哈大笑：“远在天边近在眼前，正是唐大人。”戚继光对唐顺之躬身行礼：“若得此书何愁倭寇不灭。”唐顺之连忙将戚继光扶起：“我遇将军如伯牙遇子期，如将军不弃，我愿以此书相赠。”两人惺惺相惜，一见如故。
当晚三个志同道合的人在一起畅所欲言，就书中的内容进行了热烈的研讨，一夜未眠，直到天明。离开台州后，唐顺之对徐渭说：“东南之安危系于戚元敬一身矣！”徐渭笑而不语，心中暗自得意：这一点我三年前就知道了。
送走徐渭和唐顺之后，戚继光努力钻研《武编》，其中的秘战篇对他来说更是雪中送炭。他吸收了唐顺之的理论，终于创造了属于自己的秘密武器--鸳鸯阵，一种多兵种配合、适合东南海滨地带作战的步兵阵法，由刀牌手、狼筅手、长枪手、镋钯手共十一人组成相互配合的攻守同盟，最前为队长，左右二人一执长牌、一执藤牌掩护队长及后队前进。长牌手遮挡倭寇的箭矢、长枪，藤牌手带有腰刀，除了掩护还可与敌近战。再二人为狼筅（带枝毛竹）手，狼筅枝叶繁茂，可以提供有效防护，而且尖刺可以进攻，万一被敌人用倭刀劈中，也很容易将倭刀卡住。再后面是四名长枪手，是鸳鸯阵的主要攻击力量，万一倭寇凭借个人武艺突破长枪阵，也有最后面的两名镋钯手负责支援。如此严密的阵势，能有效遏制以贴身近战为主要特征的倭寇武士的攻击，并能扬长避短发挥团队优势反击敌人，就算宫本武藏来了（日本剑圣）也要望阵兴叹。
根据不同作战时机和地形，鸳鸯阵还能随时演化成适合巷战的五行阵和追击残敌的三才阵及两仪阵，这被称为“变鸳鸯阵”，极大地丰富了新军的作战手段。
戚继光很快将这些阵法编入训练内容，并作为训练重点，他深入浅出地教习新军演练阵法，并以实战的要求训练士卒，日常训练都模拟实际作战环境，要求士兵们以堂堂之阵迎敌，听从号令同进同退。
通过一段时间强化训练后，戚继光开始组织士兵进行激烈的实战对抗演习，既锻炼了武艺阵法和基层指挥，又培养了密切协作的团队精神，逐渐磨砺出一支熟悉阵法、进退有据的军队。
现代特种兵作战主要以数人构成的特战小组为单位，小组成员之前的战术配合可以说是古代阵法的延伸，从这一点上说，戚继光的鸳鸯阵就是最适合戚家军的战术配合手段。
戚继光不仅看重士兵的战斗力，也十分重视武器装备的研发革新，戚继光针对倭刀特点，就地取材，以当地盛产的毛竹为枝干，发明狼筅，又制作镗钯，这些都成为鸳鸯阵中的重要装备，成为新军布阵攻防的利器。
新军刚成立之时，仍以冷兵器为主，后来戚继光与时俱进，他充分认识到火器在战争中的作用，逐渐转型为冷热兵器并重，研发装备了虎蹲炮、火铳、佛郎机等火器，大大提升了远距离作战攻防打击能力，强大的火力装备正是现代特种兵的标配。
除了训练新军的作战技艺，戚继光非常善于做思想工作，他对士兵进行了“爱国、爱家、爱自己”的三热爱教育。
训练之初，他就苦口婆心的劝诫所有新兵：“你们当兵之日，虽刮风下雨，袖手高坐，也少不得你一日三分。这银分毫都是官府征派你地方百姓办纳来的。你在家那个不是耕种的百姓？你思量在家种田时办纳的苦楚艰难，即当思想今日食银容易。又不用你耕种担作，养了一年，不过望你一二阵杀胜。你不肯杀贼保障他，养你何用？就是军法漏网，天也假手于人杀你！“
从这点上来说，戚继光的做法和别的将领与众不同，其他将领的士兵只知道打仗，不知道为谁而打仗，而戚继光让他们明白自己的责任和担当，让士兵有明确的奋斗目标和愿景，并把这些愿景转换成战斗力，使得他们个个争当英雄好汉。对国家、对民族的忠诚正是现代成为特种兵的首要条件，这也是特种兵在作战中具有不畏艰苦、不怕牺牲和英勇战斗精神的思想基础。戚继光以民族大义感召将士，以高尚人格感染士气，以铁的纪律练就“戚家军”将士铁的意志和精神。
一年以后，戚继光以其独特的练兵思想和方法，训练出一支武艺精、战术强、守纪律、听指挥、万众一心、勇敢善战的明代特种部队。不久之后这支部队会威震天下，成为当时世界上堪称最强的王牌军队。
