商毅收成进的作战计划时，己经是二十九日了，而时间很快就到了弘光元年（1645年）的最后一天。商毅在清早送别了黄震的舰队之后，也开始布置南京守卫，准备参加今天的除夕晚宴。
商家军的第四、五分舰共有战船四十八艘，分别是****巡洋舰十艘，四级驱逐舰十二艘，五级护卫舰八艘。一千料辅助战船四艘、六百料辅助战船十艘。二百料飞剪船四艘。巡洋舰的吨位一般都在八百吨左右，而长江下游一带的江宽河深，足以保证航行了。
离开了南京的金川门之后，黄震指挥着船队一路逆江而上，行驶了大约有一个时辰，经过了秦淮河的长江入口，龙山船厂是位于秦淮河的西岸，现在双方在长江的势力基本是以秦淮河的长江入口为分界，上游属于清军，下游属于商家军。
因此商家军的船队一接近秦淮河的长江入口，就被清军的巡逻船队发现，然后立刻通知给清军的水军大营。
现在淸军已征集到各种船只约有四百余艘，数量虽然是不少，但基本都是二三百料的小船，最大的也不过五百料，连一百料也有，甚致连一些纯靠划浆为动力的小舟的都有不少，水军有一万余人。
付责管理水军的清军将领叫金朔，是汉军镶红旗的一个甲喇额真，清军并沒有专业的水军，这支水军完全就是为了应付这一场战场，另时组建的，因为无论是满旗还是汉旗，都是北方人，不习水战，因此水军基本都是由明降军组成，铺以少量汉旗的将领指挥。其实就是明降军，也都不是什么专业的水军出身，只要会游泳就行了。反正清军也不打算组建一支专门的水军，只要攻下了南京之后，这支水军的任务也就结束了。
得知商家军的船队从水上进攻过来，金朔也不敢大意，因为在二天以后，清军曾派出过一支船队从水上进攻南京，结果双方刚一接战，就被商家军的战船打得落花流水，被击沉了十七艘船，损失了近千名士兵。居逃回来的败兵说，商家军战船数量虽然不多，但十分巨大，而且每一艘船所载的火炮数量极多，火力极为犀利，淸军的战船根本就无法靠陇过去，就被火炮给击沉了。那么这一次商家军主动进攻过来，一定是来者不善，因此金朔一面派人飞报给阿齐格，一面也调集船队出击迎战。
有了上一次的教训之后，金朔也知道，单以战船的实力，清军肯定不是商家军的对手，这几天的时间里，金朔也恶补了一点水战的知识，因此唯一的办法就是以数量取胜，采用群狼战术，几艘船去围攻一艘船。争取靠近商家军的战船，施行登船作战，利用人多的优势取胜。
因此这一次金朔带领了二百三十多艘船出战，其中四百到五百料的约有八十余艘，二三百料的有一百余艘，一百料以上的船有五十余艘，这己经是淸军所能派出的最大规模船队了，至于一百料以下的船，就是派出去也是当炮灰的命，还不如留在船厂里。
但二百多艘战船的调动可也不是一件容易的事情, 何况清军的水军基本都业余级的，等清军的所有战船都驶出了龙山船厂之后，还没等他们列好阵势，商家军的舰队也已经驶过秦淮河的长江入口，接近了龙山船厂的江面上。因此也不容金朔有多余的时间布置，只好立刻下令各船进攻。
虽然清军的战船布置得杂乱无章，但二百三十多艘战船全部排开之后，足可以将千余步之内的江面全部都铺满，因此看上去的架式还是十分吓人的。
黄震把第四分舰队的指挥舰天智号，当作自已的旗舰，这时也已经在船楼上看清了清军的水军，虽然清军的战船布满了整个长江江面之后，但黄震却忍不住要笑出声来。毕竟经过了连续几次海战之后，黄震基本能算一个合格的海军指挥官了，以他专业的眼光来看，清军的水军的船只数量虽然多，基本上就是一群乌合之众，完全就是在江上放好的活靶子，等待着商家军来打。
而且通过望远镜，黄震也可以清楚的看到，清军的所谓战船，其实不过就是一些商船、客船，绝大多数都没有什么船载武器，只有少数战船上会装了一二架弩枪，而装配了火炮的战船，大约只有十几艘，基本都只有一二门火炮，可以说清军的全部火炮加起来，也沒有自己这艘天智号一艘船的火炮多。天智号装配的火炮是七十四门。
因此黄震也立刻下令，所有战船列成一路纵队，以“之”字型的行驶路线，向清军的逼近过去。
在长江中作战与海上不同，水流比风向更重要，因为清军是占据的上游，因此战船只用顺着江流，就可以向商家军的舰队驶去。这也是金朔不得不下令进攻的一个原因，不然清军的战船迟早也会漂过去的。现在金朔只希望能够借助上游的优势，迅速靠近对方的战船，然后进行登船作战。
很快双方之间的距离就己经拉近，而这时商家军的阵列己经调整好了自己的阵形，所有战船都呈一条线排列，而是沿着一条倾斜的航线在行驶着。这时前列的战船己经靠近了长江的北岸，而后排的战船却在靠长江南侧的这一边。而靠近了长江北岸的战船又转调过船头，依然是以斜形的航线，向江南这边行驶。
这也令金朔大为不解，商家军的战船为什么要釆用这么奇怪的航线，在他看来，走直线不是更快一些吗？但现在的局面也不容他多想，因为这时双方的最近距离己经不足两百步了，差不多己经到了弩枪, 还有火炮可以发射的距离了。
但就在这时, 商家军的进攻已经开始了, 天智号一侧的船舷, 第一层的十三门舷炮开始一起发出了巨大的轰鸣声，吐出一道道闪亮的火舌，将炮弹射向斜对面的清军战船。
“轰——轰——轰——轰——” 的数声，第一轮的十三颗炮弹有三颗命中了目标，一颗正好命中一艘船的侧舷，在侧舷上砸开了一个桌面大小的窟窿，江水立刻奔涌而入，而船上的清兵们见势不妙，纷纷跳江而逃；剩下的两颗炮弹都落到了另二艘船的船甲板上，一颗横穿了整个甲板，击倒了几名淸兵之后，在另一侧的船舷边击开一个缺口，落入长江里，而另一颗则砸入船楼，只打得木屑飞溅激射，击死击伤了船上的十余名清兵。，其余十颗炮弹都落入了水中，激了十余道冲天而起的水柱，有好几艘战船都被淋了一甲板冰冷的江水。
这时清军的反击也开始了，只可惜和商家军的进攻相比，清军的反击几乎是微不足道，仅仅只开了两炮，发射出十几支弩箭，对商家军根本就没有造成什么伤害。
而就在这同时, 天智号第二层的十二门舷炮也开火轰击, 在天智号后面跟着的几艘战船也都进入射程，纷纷开火, 江面上立刻炮声轰轰不断, 水柱此起彼伏, 清军的战船也一艘接着一艘的被击中沉没。
天智号在黄震的指挥下，一边开火轰击，一边斜向行驶，在不知不觉中，已经又一次靠近了长江的南岸。而这时几乎和清军的前排战船相接了。商家军的船队也再一次在江上拉成了一条斜向的直线，而且差不多有十几艘船都投入到战斗中来。而这时清军至少己经有三十艘以上的战船被击沉或正在下沉，另外还有十余艘船被打得无法控制，只能跟着江水一起飘流。江面上己往浮了不少残桅断桨，破帆碎板，还有不少在冷冰的江水里挣扎的淸兵。而商家军几乎没有受到一点损失。
其实进入十七世纪以后，水战己经不是以战船的纯数量来决定胜负了，战船的吨位和火力才是决胜的条件。十艘二百吨的战船可以在总吨位超过一艘千吨的战船，但在战斗中，前者肯定完败于后者，原因就在于一艘千吨战船的火力可不是十艘二百吨战船可比的。
尽管清军的战船在数量占绝对的优势，但和商家军的战船相比，无论是在火力还是吨位，都远远不如，就好像是一群野猫去围攻几只猛虎。更何况清军使用的武器基本就是弓箭、弩箭一类，而且战术还是最原始的靠近蹬舷，因此跟本就不可能与商家军相抗衡。
而这时在战场上，回到长江南侧的天智号再次调转了方向，而这一次它一头冲进了清军的阵列中。这一来左右两侧都是清军的战船, 而且距离十分近，最短的己不足二十步，因此天智号也不再釆用斜线行驶，而是改走直线，同时两侧的舷炮也一起开火，命中率竟可以高大五六成，只打淸军叫苦不迭。而且跟在天智号的后面，商家军的战船一艘接一艘的杀入了淸军的阵中。
