清乡在日本侵略者和汪伪政府看来，不啻他们“强身健体”的良药，实际上这是他们试图抓住的救命稻草，他们是抱着必成的心态来推行所谓的“清乡”工作的。所以日本人和汉奸们都对此极为重视，进行了相当周密的筹备工作。光是“清乡委员会”的筹备谈话会，就在李士群的主持下召开了八次。
鉴于以往的类似活动，如华中的“扫荡清剿”和华北的“治安肃正”屡遭失利的情况，他们决定在“清乡”中实行更为狡猾和毒辣的方式。李士群就叫嚣，要“军政并进、剿抚兼施、由城而乡、遍及全区”。晴气庆胤也强调，“清乡”工作相辅而行，可谓三分军事七分政治，以政治为中心而以军事推动之，且特工又从旁协助。总而言之，就是要通过暴力和蛊惑两大手段，来达到他们实现对占领区域牢牢控制的目的。
经过商议，他们确定了“清乡”的步骤。第一步是“军事清乡”，办法是所谓的分区肃清。第二步是“维持治安”，“在封锁线内收编游兵股匪，抚缉游亡离散”，对抗日军民“设法感化，令其诚服来归，为政府效命”。第三步为“整理建设”。“严整保甲编织，整顿农村生产，推动教育发展，加强党务活动及训练民主，扩大宣传，调整交通，调剂金融等”。准备通过蚕食的方式，一步步实现他们的目的。他们还确定了先从京（南京）沪线沿线展开的具体工作步骤，制定了大批法规，训练了众多的专门人员。
1941年6月，罪恶昭彰的“清乡”开始了。李士群他们在苏州设立了“清乡委员会”办事处，李士群自兼处长，副处长则由汪曼云兼任。他们叠床架屋地设立了一大堆下属机构，俨然一个小朝廷的规模。同时，南京的清乡委员会的各机构也改归办事处指挥，除了留下少量秘书人员驻南京办公外，其余人员被李士群悉数带往苏州。实际上，“清乡委员会”变成了一个空架子。
事实上，“清乡”的一切活动都是在日本人的监控下进行的。在驻苏办事处成立的同时，日本侵略者的各路人马也纷纷来到了苏州。日本第十三军团设立了由一名少将主持的“清乡指挥部”；汪伪政府军事顾问部也派出了由晴气和小笠原负责的出张所（即支所，支部）；甚至一手策划了汪伪傀儡政权的“梅机关”也抛头露面，设立了出张所，日军的江苏联络部则把常驻的联络官派进了各个区公署。这些机构名义上都是要负责日本有关方面和“清乡”各环节的联系、联络工作，实际上是对“清乡”进行指挥和控制。日本人所谓的“自治”、“全不干预”等谎言不戳自破。
“清乡”的第一阶段于1941年夏至1942年夏期间在苏南地区进行，主要包括苏州、常熟、太仓地区和无锡、武进、江阴地区，共分三期。
第一期是在1941年7月至9月间完成，在吴县、常熟、昆山和太仓几个县的部分地区进行的。日军、伪军和伪清乡警察总队向苏、常、太地区的新四军和游击根据地发起了猖狂的进攻。他们采用闪电战术，从四面八方分十几队、几十队，对这些地区进行梳篦、拉网式的进攻和搜索，试图消灭地区内的新四军部队和中共党政机关。紧接着，他们就设立了大量据点，构筑电网、铁丝网、竹篱笆，设置“检问所”，设立碉堡、瞭望哨，对清乡地区实行全面封锁，继而进行“政治清乡”，实行伪化统治。由于缺乏反“清乡”斗争的经验，该地区的新四军部队对敌情的判断出现了失误，仅以一般的“扫荡”对待，结果蒙受了较大的损失。
第二期“清乡”的目标为无锡、常熟、江阴三县的部分地区，第三期移到昆山、吴县、无锡三县在京沪铁路以南的地区，以及江阴、武进两县的部分地区进行。在这两期的“清乡”中，“清乡”地区的抗日军民吸取了苏、常、太地区的反清乡斗争经验，准备充分，部署周密，基本达到了隐蔽和坚持的目的。
李士群竭力推行“清乡”还有他不可示人的隐秘目的，那就是进一步攫取权力，而伪清乡委员会的各项条例和法规为他打开了方便之门。根据相关规定，“清乡”地区的行政、税赋、教育、建设等诸项大权，不论原来是属于中央还是地方，一并划归为“清乡”机构，待“清乡”完成后再交由原属机构接管。如此一来，原属伪江苏省政府的大权实际上就转移到了李士群的手中，使他成了另外一个江苏省政府主席！
但李士群权欲熏天，不满足于实际上的权力行使，他还要来个名至实归！江苏省政府主席高冠吾虽然只剩下了一个空壳，但丝毫没有让出的意思。他又不好明抢明夺，只好按捺住心中的痒痒，以待时机。
这个机会终于被李士群等到了，蔡洪田案给了他发力一击的绝好机会。
蔡洪田这时当上了伪江苏省政府民政厅厅长，也是“汪记”国民党中央的委员。李士群到江苏开展“清乡”之初，就有意把蔡洪田拉拢到自己的旗下，让他到驻苏办事处任职。但蔡洪田认为李士群是政治上的暴发户，不甘于屈居其下，就拒绝了李士群的一番美意。此举让李士群十分不快，自此心中对蔡洪田有了芥蒂。
蔡洪田虽然不愿与李士群同流合污，但也不是什么好饼，也是千里当官只为财的个中人物。就在李士群大肆“清乡”之际，蔡洪田却动起了敛财的心思。当官敛财通常有两种，一是别人主动送来，当然这主动背后是利益的驱动，送的方式多种多样；一是自己去要，不同的人在不同情况下有不同的要法，五花八门。还有很多时候，隐晦地“要”会带来“主动”地送，其中大有学问。蔡洪田见没人送，就打起了要的主意——他看上了伪江都县长潘宏器。
潘宏器在扬州为官多年，众所周知是个中饱私囊的家伙，多年下来宦囊颇丰无疑。蔡洪田知道他是伪维新政府的旧人，便料定他在汪伪体系里没什么奥援，这样一块大肥肉若不咬上两口，让他实在心有不甘。于是，他就指使手下的科长王春元向潘宏器“要”五万块，声言如果不给的话就要将其撤换。
本来以为这是咬一口就流油的肥肉，没想到却被烫了嘴。这潘宏器非但逢“要”没“送”，还通过七拐八绕的关系走了陈璧君的路子，到汪精卫那里告了“御状”。“清乡”本来在名义上就有“揭发官员恶劣行为”的内容，王春元属于顶风作案，给汪伪政府和“清乡”大业“抹了黑”。恰恰事发地点又在“清乡”地区，于是汪精卫就把这件事交由李士群来处理。
李士群接到这个案子之后仔细一琢磨，觉得里面大有文章可做，而且这正是他所需要的。他认为这事绝对有幕后的主使者，否则一个科长没有这么大的胆子公开对一个县长进行敲诈。那么，这个主使者就只能是蔡洪田了。
于是，李士群就高举着“清乡”的大旗把蔡洪田拘押起来。其实捉蔡洪田不是他的目的，他的目的在于逼高冠吾。谁都知道，蔡洪田在伪江苏政府里和高冠吾是穿一条裤子的，如果能在蔡洪田的身上打开缺口，抖搂出点儿什么东西来，高冠吾自然是要跟着吃挂落儿的。
想好了这一局棋该怎么下，李士群就让人到处放风，说蔡洪田被拘是因为发现了江苏省政府有贪污行为，直接把高冠吾放到了风口浪尖上。为了速战速决，李士群不仅打攻心战，还打起了“实力战”，直接请出晴气去给高冠吾施加压力。
高冠吾早在军阀时代就官至中将，还做过“蒋记”国民政府的警备司令，自然不是白给的。但如今他跟着汪精卫吃饭，就不得不看日本人的脸色，因为他们是主子的主子啊！自己就是再恋栈也不能分不清形势，侧有恶狼环伺，上有泰山重压，留不得呀！加之太平洋战争爆发之后，日本更加重视“清乡”运动，正有实现“清乡”和伪省行政“一元化”的打算。高冠吾就是不主动退出也会被动下课，还不如由自己提出来体面一点儿。
就这样，一切都变得顺理成章。李士群用高冠吾的痛苦兑换来了自己的快乐！1941年12月18日，伪中央政治委员会通过决议，改组伪江苏省政府，特任李士群为江苏省政府主席。12月31日，李士群又兼任了江苏省的保安司令。而高冠吾被调任，做了伪安徽省政府主席。
李士群把江苏省政府主席这顶帽子弄到手之后，对省政府进行了大换血。他在驻苏办事处里的亲信们，每人都又多了一顶省政府里的乌纱帽，从而实现了他彻底把持江苏省的目的。当初丁默邨在和汪精卫谈判的时候提出要江苏省政府主席这个位子，李士群大和稀泥，现在他却自己使用手段登上了这个宝座，可见人心的确是随着形式在变啊！
蔡洪田的案子虽然被李士群煽风点火地搞得轰动一时，但高冠吾把省政府主席的位子让出来之后，李士群对这事就再也没了兴趣，也不大喊惩处官员恶劣行为了。他先是替蔡洪田把屎盆子都扣在王春元的头上，让蔡洪田恢复了自由。后来，蔡洪田又走了汪曼云的门路，就把王春元也释放了，这件事也就不了了之。一切都以实现目的为中心。
