奥特兰克的统治者却在之后悄悄的背叛联盟，并与部落的毁灭之锤氏族偷偷通信，艾登王在提尔之手悄悄制造农民暴动，好让部落可以方便在该处的矿坑挖掘并取得资源。他们不但绑架达拉然的法师，还派刺客意图杀死圣光使者乌瑟尔，如果这个行动成功了，就能让部落头痛的银白之手骑士团快速地分崩离析。
这些背叛的行为很快就被联盟所探知，而乌瑟尔立即发表了以下的声明：
“从现在开始，无论是被称为艾登?匹瑞诺德的国王或者是他的盟友们，由于这个国家在与部落的战争期间的卖国行为，违反联盟的契约、也背叛联盟的公民，理当被剥夺领土、人民与财产。就连其他的联盟叛徒也将失去所有联盟公民的权利。事实上，他们应该被视为所有罗德隆公民的敌人，善良的罗德隆人民不应给予他们庇护以及怜悯，针对他们的背叛行为，这惩罚是他们应得的。
以上公告为新生联盟的第七年所发表，乌瑟尔爵士，银白之手骑士团。”
因此，激流堡的索拉斯?托尔贝恩被联盟授命带兵进驻奥特兰克城并实施戒严。这个过程并不和平，而艾登与奥特兰克的贵族就此被软禁，而奥特兰克的人民也被遣送到其他国家去。因为艾登是国王的身分，所以他不能被处决，也不能被放逐。无论联盟如何威胁与利诱，他就是不愿意退位放弃他的国王身分─因为他很清楚退位就意味着死亡。
没有人会想到，当兽人对人类战争的胜利几乎唾手可得时，艾泽拉斯最强大的两个兽人之间爆发了强烈的冲突。邪恶的巫师古尔丹--暗中操纵兽人命运的影子议会的头领--领导着一些反叛的氏族，与强大的部落酋长奥格瑞姆·毁灭之锤分庭抗礼。当毁灭之锤准备对洛丹伦王国的首都城市洛丹伦城发动最后的致命进攻时，古尔丹和他属下的叛乱氏族遗弃了他们的营地并乘船逃出了海。因为这次叛逃事件，毁灭之锤失去了将近一半的精锐部队，手忙脚乱的他被迫全线撤退，与他征服整个联盟的机会失之交臂。
极度渴望力量的古尔丹痴迷于获得神格，他拼命派出搜索队以寻找被埋葬在海底的萨格拉斯之墓--他相信在那里隐藏着终极力量的秘密。古尔丹为了获得力量，不惜将跟随他的兽人全部出卖给燃烧军团作为奴隶，他压根没有想过应对毁灭之锤尽职的问题。在暴掠氏族和夜锤氏族的支持下，古尔丹成功地从海底挖出了萨格拉斯之墓。但当他打开这远古地牢的大门时，古尔丹发现等待他的只有疯狂的恶魔。
为了惩罚那些不坚定兽人的背叛行为，毁灭之锤派他的部队杀掉古尔丹并将叛变的兽人投进监牢。古尔丹为他的贪婪付出了代价，他被自己释放的疯狂恶魔撕成了碎片。在他们的领导人死后，叛变的氏族很快就被毁灭之锤的军团击溃。虽然叛变被镇压了，但兽人部落已无法弥补这次事件带来的损失。古尔丹的背叛给联盟带来的不仅是希望，还有重新集结的时间……以及报复。
洛萨爵士看到兽人部落内部产生的分裂，不失时机地集合了他最后的部队，并将兽人逼到了南方，退回到了他那饱经蹂躏的故乡--艾泽拉斯的腹地。
奥格瑞姆的兵力仍然处于优势，若不是古尔丹的叛变，拿下洛丹伦应该不成问题。为了追杀古尔丹，奥格瑞姆从围城的兵力中将雷德·黑手的部队抽了出来，因此实力大降，不得不放弃围攻洛丹伦的计划，率领部落沿着陆路向卡兹莫丹退去。
在围攻洛丹伦时，雷德·黑手与麦姆·黑手两兄弟的部队被奥格瑞姆派去追杀古尔丹，两人经历千辛万苦终于在如今的破碎海滩追上了古尔丹的部队，并成功将其属下一举歼灭。然而在前往卡兹莫丹的途中，雷德等人在海上遇到了戴林所率领的联盟舰队，损失惨重，如果不是靠着龙喉氏族所属的龙骑士帮助，这两兄弟的性命恐怕就要被大海所吞没。潮落岛海战是第二次战争中最后一场大规模的海上战争，虽然戴林·普罗德摩尔获得了最终的胜利，但其失去了整个第三舰队以及他的长子德里克·普罗德摩尔。
在卡兹莫丹的铁炉堡外，奥格瑞姆见到了血窟氏族的酋长基尔罗格·死眼，在认识到铁炉堡矮人仍然还是个威胁时，不得不继续南撤，退往燃烧平原的黑石塔进行驻扎。在奥格瑞姆的大部队离开后，图拉扬等人所率领的联盟军队也来到了卡兹莫丹，在铁炉堡矮人和诺莫瑞根的侏儒帮助下，逐步清理了盘踞在铁炉堡周围的兽人残余，进而解放了整个卡兹莫丹。
卡兹莫丹解放后，联盟大军在安度因·洛萨的带领下来到了燃烧平原，并包围了黑石塔，准备在这里进行持久战，将部落耗死在塔内。然而奥格瑞姆决定孤注一掷，率领全部兵马冲向了联盟的大军，面对拼死命的兽人，联盟一时之间不知道如何是好，不少士兵还没来得及穿上铠甲就死在了部落的手上。在混战中，奥格瑞姆找到了洛萨，在一番激战之后将其击杀，可是令奥格瑞姆没想到的是愤怒的图拉扬将其一剑击倒，并登高一呼，带领联盟士兵赢得了最后的胜利。
燃烧平原一战后，失去领导者的兽人如一盘散沙，向南一直逃到了诅咒之地，联盟在图拉扬的带领下，解放原暴风王国全境之后，穿越悲伤沼泽也跟随他们来到了这片废弃的土地。在黑暗之门前，图拉扬率军与兽人部落进行了第二次战争的最后一场大战，由于黑暗之门被卡德加等人用强大的法术摧毁，自知已无胜算的兽人们选择了向联盟投降，第二次大战就此结束。
在阿尔萨斯从奎尔萨拉斯回来之后，他就告诉了泰瑞纳斯老国王，“父亲，接下来联盟会迎来巨大的转机，我希望您能在联盟胜利之后，尽量对巴罗夫家族说些好话，不要趁机谋夺他们家族的财产，这样对我们洛丹伦王国也是非常有利的。之后对兽人俘虏的事件上，您不要过多的发表意见，只要配合其他几个国王就好，要钱给钱，要人给人。”
在经过了一系列的事件之后，泰瑞纳斯对自己这个还未成年的儿子，特别信任，也就同意了阿尔萨斯的提议。
所以在接下来胜利之后，联盟的几个国家，在奥特兰克分配的扯皮中，泰瑞纳斯提议，由巴罗夫家族的族长接任奥特兰克的国王，却遭到了其他几国的反对，尤其吉尔尼斯最为激烈，并且还提议由巴罗夫家族出让几块地皮，来建立兽人俘虏收容所。却得到了大部分人的认可。
这可让阿历克斯·巴罗夫恨透了吉恩·格雷迈恩。但是看向泰瑞纳斯却露出了感激的眼神。而泰瑞纳斯看着阿历克斯，“抱歉，我只能做到这样了。以后有什么需要，尽管来找我。”
“再次感谢您，国王陛下。”阿历克斯微微鞠了一躬。
之后，四分五裂的兽人氏族很快被赶进了严密警戒下的俘虏收容所。虽然看起来兽人已经被完全击败了，但仍然有人怀疑这种和平能否持久。麦迪文以前的学徒卡德加说服联盟的高层，建立了守望堡要塞以监视黑暗之门的废墟，确保没有从德拉诺发动的新的入侵。
第二次战争规模之大，伤亡之多，除了上古之战之外，还没有哪场战争的激烈程度能超过它。从二战中涌现出的那些英雄，如图拉扬、乌瑟尔、卡德加、亚历山德罗斯等人，他们都在往后的岁月里为世人所铭记。
