胡惟庸是凤阳定远人，1373年由右丞相升任左丞相。胡门生故吏遍于朝野，形成一个势力集团，威胁皇权。1378年，朱元璋对中书省采取行动。一天，胡惟庸的儿子骑马在大街上横冲直撞，结果跌落马下，被一辆过路的马车压了，胡惟庸将马夫抓住，随即杀死。朱元璋十分生气。十一月又发生了占城贡使事件。占城贡使到南京进贡，把象、马赶到皇城门口，被守门的太监发现，报与朱元璋，朱元璋大怒，命令将左丞相胡惟庸和右丞相汪广洋抓进监狱。但是，两丞相不愿承担罪责，便推说接待贡使是礼部的职责，于是，朱元璋便把礼部官员也全部关了起来。
两相入狱，御史们理解了皇上的意图，便群起攻击胡惟庸专权结党。于是，1380年，朱元璋以擅权枉法的罪名处死了胡惟庸和有关的官员，同时宣布废除中书省，以后不再设丞相。
朱元璋以专权枉法之罪杀了胡惟庸后，胡案就成为他打击异己的武器，以致受牵连而被杀者达三万多人，最后太师韩国公李善长也受牵连，77岁的李善长全家被杀。
接着，朱元璋又于1393年杀掉功臣蓝玉。蓝玉是明朝开国大将，被朱元璋封为凉国公。1391年，四川建昌发生叛乱，朱元璋命蓝玉讨伐，临行前，朱元璋面授机宜，命蓝玉手下将领退下，连说三次，竟无一人动身，然而蓝玉一挥手，他们却立刻没了身影。这使朱元璋下决心要除掉蓝玉。1392年的一天，早朝快结束时，锦衣卫指挥使参奏蓝玉谋反，朱元璋随即令人将其拿下，并由吏部审讯。当吏部尚书詹徽令蓝玉招出同党时，蓝玉大呼：“詹徽就是我的同党！”话音未落，武士们便把詹徽拿下，审判官们目瞪口呆，不再审了。三天后，朱元璋将蓝玉杀死，尔后，就是大规模的清洗和株连。胡、蓝两案，前后共杀四万人。
对于朱元璋的滥杀，皇太子朱标深表反对，曾进谏说：“陛下诛戮过滥，恐伤和气。”当时朱元璋没有说话。第二天，他故意把长满刺的荆棘放在地上，命太子拣起。朱标怕刺手，没有立刻去拣，于是朱元璋说：“你怕刺不敢拣，我把这些刺去掉，再交给你，难道不好吗？我杀的都是对国家有危险的人，除去他们，你才能坐稳江山。”然而朱标却说：“有什么样的皇帝，就会有什么样的臣民。”朱元璋大怒，拿起椅子就扔向太子，朱标只好赶紧逃走。
朱元璋出身贫苦，从小饱受元朝贪官污吏的敲诈勒索，他的父母及长兄就是死于残酷剥削和瘟疫，自己被逼迫从小出家当和尚。所以，在他参加起义队伍后就发誓：一旦自己当上皇帝，先杀尽天下贪官。
后来他登基皇位不食言，果然在全国掀起轰轰烈烈的“反贪官”运动，矛头直指中央到地方的各级贪官污吏。他的办法很特别：
首先，朱元璋对贪污六十两银子以上的官员格杀勿论。当他发现御史宇文桂身藏十余封拉关系拍马屁私托求进的信件后，立即派人对中央各部和地方官府进行调查。结果显示从上到下贪污腐败现象极其严重，他龙颜大怒，立即诏令天下：“奉天承运，为惜民命，犯官吏贪赃满六十两者，一律处死，决不宽贷。”并称：从地方县、府到中央六部和中书省，只要是贪污，不管涉及到谁，决不心慈手软，一查到底。
其次，朱元璋敢于从自己身边“高干”开刀。明初的中书省下属吏、户、礼、兵、刑、工六部中，由于大量留用元朝的旧官吏，以及一些造反起家的功臣。他们有恃无恐贪赃枉法。朱元璋大胆对这些官员进行惩处。
洪武十五年，户部官员与地方官府勾结，采取预先空白报表盖印后私自填充虚假支出数额营私肥己贪污财物。朱元璋发现后，立即将各地衙门管印的长官全部处死；副长官打百棍边疆充军。三年后，又查出户部侍郎（相当今天的副部长）郭桓和各司郎中（司长）、员外郎（副司长）与各地到中央缴纳课税的官员结成贪污团伙，采取多收少纳、捏报侵欺手段贪污国库物资折合粮食达两千四百万石的犯罪事实。他将这些贪官统统处死，各省、府、县牵连人员无一幸免，一时几万贪官人头落地，受到不同处理的人就更多了。洪武二十五年，户部尚书赵勉伙同老婆内外受贿十几万银两东窗事发，结果夫妻二人双双成了刀下鬼。
洪武十六年，刑部尚书开济接受一死囚家贿银万两，用另一死囚做替死鬼。他还勒索其他罪囚家人钱物，并导致一家20口人全部自杀的悲剧。洪武十九年，刑部郎中、员外郎受贿虚报死亡并私放两死囚。这些大贪官都被朱元璋斩首。
洪武十八年，工部许多官员借营建宫廷之机，采取虚报工匠工役人数天数多领工银，发放时克扣工匠银两私吞。朱元璋在一次突击检查中就查处侍郎韩铎、李桢贪污受贿案，并且带出中央专门派去监督工部的工科给事中。
兵部侍郎王志把征兵之机当作生财之道，接受逃避服兵役的世袭军户所送贿银达23万两。朱元璋把他也送上断头台。
次年，礼部侍郎章祥，伙同员外郎辛钦，竟然私自侵吞皇帝赏赐公主婚礼的银两，也被朱元璋拿了个正着。朱元璋为了监督各级官吏行为，专设都察院御史和六科给事中职位。然而这些监督部门也被腐败了。洪武十九年，都察院御史刘志仁奉命去淮安处理一宗案件。到达后他故意拖着案子不审，吃了原告吃被告，勒索两家许多钱物，还诱奸良家民女。后被朱元璋处死。朱元璋又查出六科有61个给事中存在不同程度的贪污受贿行为，一一做了处理。
第三，朱元璋发明“剥皮揎草”的残酷刑法处置贪官。一天，朱元璋在翻阅一批处死贪官的卷宗时突发奇想：百姓痛恨的贪官一刀斩首太便宜了他们，何不采取挑筋、断指、断手、削膝盖等酷刑。他还创造了“剥皮揎草”刑法，把那些贪官拉到每个府、州、县都设有的“皮场庙”剥皮，然后在皮囊内填充稻草和石灰，将其放在处死贪官后任的公堂桌座旁边，以警示继任之官员不要重蹈覆辙，否则，这个“臭皮统”就是他的下场。这种触目惊心的举措震慑了一批官员，使他们行为大为收敛。
第四，朱元璋对自己培养的干部决不姑息迁就。为了培养和提拔新力量，朱元璋专门成立了培养人才的国子监，为没有入仕的年轻读书人提供升迁机会。他对这些新科进士和监生厚爱有加，还经常教育他们要尽忠至公，不为私利所动。然而洪武十九年，他派出大批进士和监生下基层查勘水灾，结果有141人接受宴请，收受银钞和土特产品。朱元璋在斩杀他们时伤心的连连叹气。
第五，朱元璋制定整肃贪污的纲领——《大诰》。近两年时间编纂的《大诰》一书是他亲自审讯和判决的一些贪污案例成果的记录，书中还阐述他对贪官态度、办案方法和处置手段等内容。朱元璋下令全国广泛宣传这本书；他还叫人节选抄录贴在路边显眼处和凉亭内，让官员读后自律，让百姓学后对付贪官。
作为开国之君的朱元璋，“人在政举”，借助自己的崇高威望，以极其残酷的法律严惩贪官污吏。其决心之大、力度之强、措施之精确，收到了强烈震慑作用。朱元璋从登基到驾崩，他“杀尽贪官”运动贯穿始终未减弱，但贪官现象始终未根除，晚年只能发出“如何贪官此锁，不足以为杀，早杀晚生”哀叹。
由于朱元璋是开国皇帝，明初皇帝的力量较强大，到了明朝中后期则文官的力量变的强大起来。朱元璋利用特务机构，派出大量名为“检校”的特务人员，遍布朝野，暗中监视。有一次，学士宋濂上朝，朱元璋问宋濂昨天在家喝酒没有，请了哪些客人，宋濂一一照实回答。朱元璋听后满意地说：“果未骗朕。”著名儒士钱宰被征参编《孟子节文》，一日散朝回家，随口吟诗道：“四鼓冬冬起着衣，午门朝见尚嫌迟。何日得遂田园乐，睡到人间饭熟时。”结果第二天上朝，朱元璋便问钱宰：“昨天的诗不错，不过朕没有‘嫌’迟，改作‘忧’字，如何？”钱宰一听，吓得忙磕头请罪。
出于监控官员的需要，朱元璋将管辖皇帝禁卫军的亲军都尉府改为锦衣卫，并授以侦察、缉捕、审判、处罚罪犯等权力，这是一个正式的军事特务机构，由皇帝直接掌控。它有自己的法庭和监狱，俗称“诏狱”，诏狱里采取剥皮、抽肠、刺心等种种酷刑。朱元璋还让锦衣卫在朝廷上执行廷杖，有很多大臣惨死杖下，工部尚书薛禄就是这样被活活打死的。
在地方上，在各府县的重要地方，朱元璋还设置了巡检司，负责把关盘查、缉捕盗贼、盘诘奸伪。1370年，朱元璋下令设科取士，士人参与科举考试必须通过三场的考试，不过写法或偶或散，无定规。某些野史记载，朱元璋出生贫寒，并且早年做过和尚，所以十分忌讳“光”、“秃”等字眼，就连“僧”也不喜欢，甚至连和“僧”读音差不多的“生”也同样厌恶；他曾参加过红巾军，因此不喜欢别人说“贼”、“寇”，连和贼读音相近的“则”也厌恶。但经过现代学者考证，此类记载多为不实。朱元璋从未忌讳谈及自己曾为和尚，《大明皇陵碑》及明太祖御笔诗文等都大谈朱元璋少年时做和尚的事迹。野史称朱元璋忌讳“光”“秃”“僧”“生”等字眼，缺乏一定的可信度。
兴修水利，复兴文化
明朝建立伊始，中华大地经过近二十年战乱的破坏，一片凋敝。对此情形，朱元璋实行了发展生产，与民休息的政策。1368年，朱元璋称帝不久，外地州县官来朝见，朱元璋对他们说：“天下初定，老百姓财力困乏，像刚会飞的鸟，不可拔它的羽毛；如同新栽的树，不可动摇它的根，重要的是休养生息”。
朱元璋接受大臣建议，鼓励开垦荒地，并下令：北方郡县荒芜田地，不限亩数，全部免三年租税。他还采取强制手段，把人多地少地区的农民迁往地广人稀的地区；对于垦荒者，由政府供给耕牛、农具和种子；并规定免税三年，所垦之地归垦荒者所有；还规定，农民有田五至十亩的，必须栽种桑、棉、麻各半亩，有田十亩以上者加倍种植。这些措施大大激发了农民垦荒的积极性。
除了民屯外，明初还有军屯和商屯。军屯由卫所管理，官府提供耕牛和农具。明军士屯守比例是：边地军队三分守城，七分屯田；内地军队二分守城，八分屯田。军粮基本上自给自足。商屯是指商人在边境雇人屯田，就地交粮，省去了贩运费用，获利更丰。商屯的实行，解决了军粮问题，同时也开发了边疆。
为了恢复和发展生产，朱元璋十分重视兴修水利和赈济灾荒。在即位之初，朱元璋就下令，凡是百姓提出有关水利的建议，地方官吏须及时奏报，否则加以处罚。到1395年，全国共开塘堰大约40987处，疏通河流大约4162道，成绩卓然。朱元璋出身农民，深知灾荒给农民造成的痛苦，在他即位后，常常减免受灾和受战争影响的地区的农民的赋税，或给以救济。朱元璋还十分爱惜民力，提倡节俭。他即位后，在应天修建宫室，只求坚固耐用，不求奇巧华丽，还让人在墙上画了许多历史故事，以提醒自己。按惯例，朱元璋使用的车舆、器具等物，应该用黄金装饰，朱元璋下令全部以铜代替。主管的官员报告说用不了很多黄金，朱元璋却说，他不是吝惜这点黄金，而是提倡节俭，自己应作为典范。在朱元璋积极措施的推动下，农民生产热忱高涨。明初农业发展迅速，元末农村的残破景象得以改观。农业生产的恢复发展，促进明代手工业和商业的发展。朱元璋的休养生息政策巩固了新王朝的统治，稳定了农民生活，促进了生产的发展。
明朝洪武移民是中国历史上规模最大，历史最久的一次有组织有计划的汉民族迁移行动，涉及人数达百万之众。其声势之大，范围之广，旷古绝今。自古就有民谚：“问我祖先何处来，山西洪洞大槐树”。洪武移民不仅合理地分布了人口生存空间，而且移民与当地土著在文化上、心理上、习俗上经过长期的交融交换，地域文明必然会相互照应，培育出新的文明种子，在中国古移民史上留下了浓墨重彩的一笔，为大明帝国成为当时世界最强盛的国家奠定了基础，为汉民族文化发展做出了贡献。大明建国之初，由于连年战乱，加上疫病流行、黄河、淮河、运河连连泛滥，中原、江南人口锐减，而山西却未经大战，人口稠密。河南、河北、山东三省人口相加，还不及山西人口的一半。洪武八年，洪水暴发，淹了山东。江苏、河南、河北、安徽数省，洪水冲垮海堤，海水倒灌，把明朝廷的主要税收——盐场也一并冲毁。中原大地赤野千里，人迹罕见。正所谓白骨露於野，千里无鸡鸣。为此，朱元障下决心从山西大规模移民整修河堤、恢复盐场、发展生产。增加中原和江南人口。
朱元璋在创立明王朝的过程中认识到，元朝之所以灭亡，除了统治者本身的素质以外，整个社会失于教化也是一个原因。因此，一登上皇位，他就采取了一系列强制措施，兴建学校，选拔学官，并坚持把“教育工作”作为衡量地方官政绩的重要指标。为了选拔能听命于皇帝的官吏，明朝政府规定科举考试只许在四书五经范围内命题，考生只能根据指定的观点答卷，不准发挥自己的见解。答卷的文体，必须分成八个部分（指文章的八个部分：破题、承题、起讲、入手、起股、中股、后股、束股。）称为“八股文”。
九年六月，山东日照县知县马亮任职考满，入京觐见皇帝，州里给他下的评语是“无课农兴学之绩而长于督运”。针对这个鉴定，朱元璋的批示是：农桑乃衣食之本，学校是风化之源，这个县令放着分内的事不做却长于督运，这是他的职责吗？结果，那位马县令不但没有晋升反而被“黜降”了。
类似的事很久以前就发生过了。洪武十二年三月二十七日，退朝之后，朱元璋召儒臣谈论治国之道，大家畅所欲言，只有国子学官李思迪和马懿沉默不语。朱元璋极不高兴，把他们给贬了。之后，在下发给国子监的“通报”中说：身为人师，应该“模范其志，竭胸中所有，发世之良能，不隐而训……”李思迪和马懿，出身草野，能与皇帝议论国事，皇帝这么虚心请教，他们竟连一句话都不愿说，对皇帝尚且如此，还能指望他们尽心尽力教学生吗？
对待“高级教师”（国子学官），朱元璋的标准更高了，除了关注国计民生，还要具备参政议政的素质。呵呵，可以想见，那些生活在洪武朝的老师，尤其整天在朱元璋眼皮子底下晃悠的国子学官们，日子真是如履薄冰呀！
