在天空与人类世界的大海相连的海洋深处，生活着掌管着人类世界万物运行规律的“其他人”。居住在“神之围楼”里的女孩“椿”，十六岁生日那天变作一条海豚到人间巡礼，被大海中的一张网困住，一个人类男孩因为救她而落入深海死去。为了报恩，她需要在自己的世界里帮助男孩的灵魂--一条拇指那么大的小鱼，成长为比鲸更巨大的鱼并回归大海、历经种种困难与阻碍，男孩死后终于获得重生，但这一过程却不断地违背“神”的世界规律而引发种种灾难。
不顾一切，追求内心的自由。儒家文化对中华民族的影响十分深远，大部分国人在面对个人利益及集体利益时，会将集体利益放在首位。而《大鱼海棠》的思想理念恰恰与此相反，非常注重个人自由，椿始终忠实于自己的内心，在面对爱情和家族利益时，毫不犹豫地选择了爱情，甚至因为与灵婆交易而引发巨大的灾难。自从作品播出之后，椿便成为了人们关注与争论的焦点。椿具有强烈的反抗意识，并且异常坚强勇敢，尽管现实中她一直生活在围楼中，表面上遵守秩序，事实上却始终在试图冲破秩序所带来的束缚，这一.角色所反映，并不是所谓的真善美，而是为了感情义无反顾。椿最突出的优点在于不为外界所动，始终忠实于自己的内心，纵然最后的结果十分残酷，椿却没有丝毫后悔，只注重情感，而不在乎利益。所以，当鲲为救她牺牲性命之后，椿对鲲的感情上升到--个高潮，而椿心中灼热的感情也被鲲彻底唤醒。面对这火-- 般炙热的感情，即使是道德与理智都失去了任何意义。尽管这-动机看似狭隘，但却是椿心中最为热切的向往。而湫看到了在风雨中疾行的椿，对于椿热烈的爱让他甘愿为椿舍弃性命，同时也是他发自内心的选择。可以说，《大鱼海棠》当中每一-个人物都是随着自己的内心在行动，寄托着创作者想冲破一切束缚，大胆追求真爱的向往。
历练成长，承担自身责任。从某个角度而言，《大鱼海棠》其实也是椿的成长过程。其一是感情的成长。椿原本懵懂无知，-直遵循着家族多年延续的秩序，一旦遇到问题就会去找爷爷求助。她原本生活的世界很小，虽然身为天神，但对外面的世界一无所知。直到鲲出现在她的视野中，才唤醒了她心中沉睡已久的爱情，让她心甘情愿地为爱付出一切。其二是能力方面的成长。影片一开始，掌管海棠的凤想让椿成为自己的继承者，但椿自己的能力还未觉醒。格一直努力地想承担责任，并且尝试各种方法，直到爷爷化为大树并且态度鲜明地给予她支持，椿才开始真正体现出自己的能力，历经种种磨难，椿开始懂得了如何才能担负自己的责任，如何维护家族，并且在危难时刻挺身而出，化身为一株巨大的海棠树。故事最后部分，一心想打破规则的椿选择了回归，从最开始不愿意遵守家族规则，到最后勇敢地承担起自已的职责，期间经历种种磨难，这也是故事所要表达的另--个主题。
雪泥鸿爪，领悟传统生死观。《大鱼海棠>最大的特色就是描绘出一个属于鱼的世界，通过老年椿的独白点明故事的主旨:每个人的生命结束之后，灵魂都会化为大鱼。海洋文明和大陆文明最大的差别在于，它象征着自由，更接近于众神的境界。在影片当中，神仙也并非无欲无求，而是在遵守着另一种秩序，其设定十分贴近人类。就好像故事当中的椿，最开始的时候莽撞情懂，还会故意调皮来吸引他人注意，当心中的感情苏醒之后，开始懂得隐忍，懂得付出，即使知道后果，却愿意舍弃自已的性命去挑战权威，就如同人间少女--般，敢于为感情付出一.切。除椿之外，《大鱼海棠》中还塑造了其他的众神形象，让人感觉亲切的同时又让人觉得神秘。最为重要的一-点在于，影片当中的神仙与人一样，也有着固定的寿命，比如椿，在不断成长的过程当中也亲眼目睹了亲人们的逝去，但人物角色死亡之时都显得十分坦然，他们的死亡让椿成长，同时也让椿真正懂得了“雪泥鸿爪”这一-传统生死观。
由于影片长度受限，使得许多情节来不及展开，给人一种莫名其妙的感觉。尤其是--些并不熟悉作品背景的观众，要理解人物之间微妙的情感很费力，对于更深层次的观念则是一知半解。椿虽然义无反顾地牺牲了自己的性命，是否就能阻止海难?海螺究竟被谁偷走了?.上述情节对故事的推进极其重要，但作品并未给出合理的解释，剧情的重点在于描述椿、鲲及湫三人的命运纠葛，但剧情的脉络很不清晰，甚至让观众觉得莫名其妙，显得本末倒置。
《大鱼海棠》取材于庄子《逍遥游》，作品也充分体现了庄子逍遥自由的理念。在情感的羁绊面前，生与死都显得轻于鸿毛，甚至可以在鼠婆和灵婆那里进行交易，从而透露出生死的自由与淡然。
《大鱼海棠》在借鉴传统文化的基础上构建出一个全新的属于鱼的世界，运用大海的背景以及人物之间的聚散离合，无论是内容还是手法，都进行了创新，从而带给观众完全不同的感受。
